View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5424-Insertion-3 (Length: 880)

Name: NF5424-Insertion-3
Description: NF5424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5424-Insertion-3
NF5424-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-877)||(36707321-36708193)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 36708193 - 36707321
Alignment:
Q  8 ctcgtaacccaaatcacgtgcaagttcaatgacacttttccttgtgactccaggaagaatagttccaagtgtaggtgcagttgaaagaaccttaccctat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36708193 ctcgtaacccaaatcacgtgcaagttcaatgacacttttccttgtgactccaggaagaatagttccaagtgtaggtgcagttgaaagaaccttaccctat 36708094  T
Q  108 atatgaagtacaaactatatttatgtgccatctcaacataaatcttgatgnnnnnnnnntataaaacatgaaaaattaacaannnnnnnnngttgtaata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||         |||||||||    
T  36708093 atatgaagtacaaactatatttatgtgccatctcaacataaatcttgatgaaaaaaaaatataaaacatgaaaaattaacaatttttttt-gttgtaata 36707995  T
Q  208 taacattaccttcacaatgaaagcattacacgaagatacctcttcaatgtatttatgttccactgcatctagaaaaagcacatcggaaaatcctttggct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36707994 taacattaccttcacaatgaaagcattacacgaagatacctcttcaatgtatttatgttccactgcatctagaaaaagcacatcggaaaatcctttggct 36707895  T
Q  308 tttgcttcttttacaacttggaaaacctatttaggagataaaaatttcaaccaaatacttatagttatagataaattctattattttattttaatttgca 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36707894 tttgcttcttttacaacttggaaaacctatttaggagataaaaatttcaaccaaatgcttatagttatagataacttctattattttattttaatttgca 36707795  T
Q  408 gatttaaataacttacaagtggataattaccaatactttttactccaccagttccaccaggatatgcacgaggaaagttttcattaatcaacaaactcaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36707794 gatttaaataacttacaagtggataattactaatactttttactccaccagttccaccaggatatgcacgaggaaagttttcattaatcaacaaattcaa 36707695  T
Q  508 ggctgatgtttgtccctgtccatgtttacactttggttattagtcctcaattgttttgacataataaattctaattgaaaattagatactgtaccttgta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36707694 ggctgatgtttgtccctgtccatgtttacactttggttattagtcctcaattgttttgacataataaattctaattgaaaattagataccgtaccttgta 36707595  T
Q  608 aatgttgctaattggattagtgaatattaagagggtgcattgaggtgctggtccaatacccagaacaggtccgcttccaaatagtaaaggcctaatgtac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36707594 aatgttgctaattggattagtgaatattaagagggtgcattgaggtgctggtccaatacccagaacaggtccgcttccaaatagtaaaggcctaatgtac 36707495  T
Q  708 aatgttcccttttccccaaggaggcacctacaattccaattacaaatttgaaataatcaaactcgaactcattagtgcatactccaacttactaa----c 803  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |    
T  36707494 aatgtt-ccttttccccaaggaggcacctacaattccaattacaaatttgaaataatcaaactcgaactcattagtgcatactcgaacttactaactagc 36707396  T
Q  804 tacatgtttggtatcac-atgtattttgtctgaaccatatggactcattatgattctgacaaatacatcgtaata 877  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36707395 tacatgtttggtatcacaatgaattttgtctgaaccatagtcacttattatgattctgacaaatacatcgtaata 36707321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University