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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5427_low_4 (Length: 429)
Name: NF5427_low_4
Description: NF5427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5427_low_4 |
 | |
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| [»] scaffold0021 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0378 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0512 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0049 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0176 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0329 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0021 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:
Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 412
Target Start/End: Original strand, 162750 - 163143
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
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| T |
162750 |
tgttgagataaattccaaaaatcccttta-aaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
162848 |
T |
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| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccaca |
218 |
Q |
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| T |
162849 |
tgtgttcttgagtgatttaaaagataggttaaaaaacaagcaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatactcttggtatgccacg |
162948 |
T |
|
| Q |
219 |
ccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatcaaa |
317 |
Q |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
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|
| T |
162949 |
ccaaaatcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaaa |
163048 |
T |
|
| Q |
318 |
ggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaag |
412 |
Q |
| |
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| T |
163049 |
ggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaag |
163143 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 19 - 412
Target Start/End: Original strand, 21928109 - 21928495
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
| |
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|
|
| T |
21928109 |
tgttgagataaattctaaaaatccctttt-aaattgttttaatgataacaaaatatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
21928207 |
T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccaca |
218 |
Q |
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| T |
21928208 |
tgtgttcttgagtgatttaaaagataggttgaaaaacaagcaaacattttcaagaa-------agaacaaaactcatcacaatactcttggtatgccaca |
21928300 |
T |
|
| Q |
219 |
ccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgtg-aaatatggaacaacaggatcaaa |
317 |
Q |
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| T |
21928301 |
ccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaaa |
21928400 |
T |
|
| Q |
318 |
ggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaag |
412 |
Q |
| |
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|
| T |
21928401 |
ggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaag |
21928495 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Original strand, 14805027 - 14805408
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14805027 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
14805126 |
T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaa-acatttt-caagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtatacca |
216 |
Q |
| |
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|
| T |
14805127 |
tgtgttcttgagtgttattaaagatagacttaaagcaaacaaatacttttttcaagaacattctcggaacaaagctcatcaca-taatcttggtatgcca |
14805225 |
T |
|
| Q |
217 |
caccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatca |
315 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
14805226 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
14805325 |
T |
|
| Q |
316 |
aaggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctat |
398 |
Q |
| |
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||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
14805326 |
aaggttctacactacaaaagaaacatatttattgtgatatatcttcaaatgaatgaagaaaaataaataaatatagatcctat |
14805408 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0378 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: scaffold0378
Description:
Target: scaffold0378; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5084 - 4691
Alignment:
| Q |
21 |
ttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaacatg |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||| || || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5084 |
ttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaacatg |
4985 |
T |
|
| Q |
121 |
tgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaa-acattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccacac |
219 |
Q |
| |
|
||||||||| || | | ||||||| ||| ||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |
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|
| T |
4984 |
tgttcttgagtgttattaaagataagtttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaacaaagctcatcacaataatcttggtatgccacgc |
4885 |
T |
|
| Q |
220 |
caaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatcaaag |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
4884 |
caaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaagcatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaaag |
4785 |
T |
|
| Q |
319 |
gttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaag |
412 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4784 |
gttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaagagaaataaataaatatagatcctatgagagaacaaaaag |
4691 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 411
Target Start/End: Original strand, 16284615 - 16285008
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
16284615 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacattttaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttgaca |
16284714 |
T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaaacatttt-caagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccac |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||| || | | | | ||||||| ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||| |
|
|
| T |
16284715 |
tgtgttcttgagtgttattacaaataggtttaaag-caagcaaatatttttcaagaacattctcgtaacaaagctcatcacaatacgcttggtatgccac |
16284813 |
T |
|
| Q |
218 |
accaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatcaa |
316 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16284814 |
gccaaagtgagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaa |
16284913 |
T |
|
| Q |
317 |
aggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaa |
411 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
16284914 |
aggttctatgctacaaaaggaatatatttattatgatataccttcaaaggaatgaagagaaataaataaatatagatcctatgggaaaacaaaaa |
16285008 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 165 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 25892277 - 25892092
Alignment:
| Q |
165 |
ttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccacaccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggctttta |
264 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
25892277 |
ttttcaagaatattctcagaacaaagctcatcaccactatcttgatatgccacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaattagaagatcttggcattta |
25892178 |
T |
|
| Q |
265 |
agaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatcaaaggttctatgctatgaaaggaacatatttatta |
349 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25892177 |
agaagaattaatgtgtcaaggatctttgtggaaatatagaacaaaaggatcaagagttctatgctacaaaaggaacatatttatta |
25892092 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 79 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 25892393 - 25892324
Alignment:
| Q |
79 |
attatattaaatgaattctgagattatttgttatttaacatgtgttcttgactgatttaaaagataggtt |
148 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
25892393 |
attatattaaatgaattttgagattatttgttatttaacatgtgtttttgagtgattttaaagataggtt |
25892324 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 25893684 - 25893616
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatatta |
87 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25893684 |
tgttgagataaattctaaaaatccctttttaaattattttaatgataataaaacaattaaattatatta |
25893616 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 412
Target Start/End: Original strand, 16952656 - 16953051
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
16952656 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
16952755 |
T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaa-acattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccac |
217 |
Q |
| |
|
|||||| | || || | | ||||||||| | |||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
16952756 |
tgtgttttagagtgttattaaagataggcttaaaacaaacaaatattttttcaagaacattctcggaacaaagctcatcacaataatcttggtatgccac |
16952855 |
T |
|
| Q |
218 |
accaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatcaa |
316 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || | |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16952856 |
gccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatcattatggaaatatggaacaaaaggatcaa |
16952955 |
T |
|
| Q |
317 |
aggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaag |
412 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
16952956 |
aggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaataaagagaaataaataaatataaatcctatgagagaacaaaaag |
16953051 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 10461111 - 10461003
Alignment:
| Q |
18 |
ctgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaac |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| | ||||||||| |
|
|
| T |
10461111 |
ctgttgagataaaatctaaaaatcccttct--aatt-ttttaatgataacaaaacatttaaattatattttaagaattatgatattagtgtttatttaac |
10461015 |
T |
|
| Q |
118 |
atgtgttcttga |
129 |
Q |
| |
|
|||| |||||| |
|
|
| T |
10461014 |
ttgtgctcttga |
10461003 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Original strand, 28390959 - 28391347
Alignment:
| Q |
18 |
ctgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaac |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28390959 |
ctgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaac |
28391058 |
T |
|
| Q |
118 |
atgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaa---aacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtatac |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || | | ||||||||||| ||| ||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |
|
|
| T |
28391059 |
atgtgttcttgagtgttattaaagataggtttaaagcaaacaa-atacctttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacacaa-tcttggtatgc |
28391156 |
T |
|
| Q |
215 |
cacaccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggat |
313 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28391157 |
cacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggat |
28391256 |
T |
|
| Q |
314 |
caaaggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaa |
404 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28391257 |
caaaggttctacactacaaaaggaacatatttattattgtatatcttcaaaggaatgaataaaaataaataaatatatatcctataagaaa |
28391347 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 18 - 405
Target Start/End: Original strand, 34142815 - 34143207
Alignment:
| Q |
18 |
ctgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaac |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34142815 |
ctgttgagataaattccaagaatctttttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaac |
34142914 |
T |
|
| Q |
118 |
atgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaa-acatttt-caagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtatacc |
215 |
Q |
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34142915 |
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34143013 |
T |
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| Q |
216 |
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314 |
Q |
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| T |
34143014 |
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34143113 |
T |
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| Q |
315 |
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405 |
Q |
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| T |
34143114 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 17219820 - 17219465
Alignment:
| Q |
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118 |
Q |
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| T |
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17219721 |
T |
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| Q |
119 |
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217 |
Q |
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| T |
17219720 |
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17219621 |
T |
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| Q |
218 |
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316 |
Q |
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| T |
17219620 |
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17219521 |
T |
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| Q |
317 |
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372 |
Q |
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17219520 |
gagttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaa |
17219465 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 21877081 - 21876701
Alignment:
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117 |
Q |
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| T |
21877081 |
tgttgagataaactccaaaaaatccctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatataaa-----ttatgagattatttgttatttaac |
21876987 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
21876986 |
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21876896 |
T |
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| Q |
218 |
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316 |
Q |
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| T |
21876895 |
accaaagtcagctcaagcaaa-acaaaatagaagatcttagtgtttaagaagaatttatgtgtcaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaagatcaa |
21876797 |
T |
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| Q |
317 |
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412 |
Q |
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| T |
21876796 |
aggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaagagaaataaataaatatagatcctatgagaaaacaaaaag |
21876701 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 27751602 - 27751215
Alignment:
| Q |
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118 |
Q |
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| T |
27751602 |
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27751503 |
T |
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| Q |
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215 |
Q |
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| T |
27751502 |
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27751405 |
T |
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| Q |
216 |
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314 |
Q |
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| T |
27751404 |
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T |
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| Q |
315 |
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404 |
Q |
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| T |
27751304 |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 27742421 - 27742034
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
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| T |
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tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
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T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaa---aacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtatacc |
215 |
Q |
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| T |
27742321 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataagtttaaagcaaacaa-atacctttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacacaa-tcttggtatgcc |
27742224 |
T |
|
| Q |
216 |
acaccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatc |
314 |
Q |
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| T |
27742223 |
acgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatc |
27742124 |
T |
|
| Q |
315 |
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404 |
Q |
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| T |
27742123 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 19 - 390
Target Start/End: Original strand, 4891606 - 4891979
Alignment:
| Q |
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117 |
Q |
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| T |
4891606 |
tgttgagataaaaatccaagaatatcttttaaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgaaattatttgttatttaac |
4891705 |
T |
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| Q |
118 |
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216 |
Q |
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| T |
4891706 |
atgtgttttttagtgttattaaagataggtttaaagcaaacaaatatttttttaagaacattctcggaacaaagctcatcacaataatcttggtatgcca |
4891805 |
T |
|
| Q |
217 |
caccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatca |
315 |
Q |
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| T |
4891806 |
cgctaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttttgt-ttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
4891904 |
T |
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| Q |
316 |
aaggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatata |
390 |
Q |
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| T |
4891905 |
aaggttctatgctacaaaaggaacaaatttattatgatataccttcaaagaaatgaagagaaataaataaatata |
4891979 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 258
Target Start/End: Original strand, 16209306 - 16209535
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| Q |
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tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
| |
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| T |
16209306 |
tgttgagataaattccaaaaatccctttcttaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaataaattctgagattatttgttatttaaca |
16209405 |
T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccaca |
218 |
Q |
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| T |
16209406 |
tgtgttcttgagtgatgttaaagatatgttgcaaagcaagcaaatattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcaccatg---------tgccacg |
16209496 |
T |
|
| Q |
219 |
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258 |
Q |
| |
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| T |
16209497 |
ccaaagtcaactcaagcaaa-acaaaatagaagatcttgg |
16209535 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 25511858 - 25511467
Alignment:
| Q |
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118 |
Q |
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|
|
| T |
25511858 |
tgttgagataaattccaaaaatccctttt-aaattgttttaatgataacaaaatatttaaattatattaagagaattctgagattatttgttatttaaca |
25511760 |
T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatt-taaaagataggttgaaaaacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccac |
217 |
Q |
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| T |
25511759 |
tgtgttcttgagtgaatattaaagataggttacaaagcaagcaaatgttttcaagaacattctcataacaaagctcatcatgactctcttgatataccac |
25511660 |
T |
|
| Q |
218 |
accaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgtg-aaatatggaacaacaggatcaa |
316 |
Q |
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| T |
25511659 |
gccaaagtcagctcaatcaaagacaaattagaagatcttggtatttaagaat---ttatgtgtcaagaatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaa |
25511563 |
T |
|
| Q |
317 |
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412 |
Q |
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| T |
25511562 |
gagttctatgctataaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaaaataaataaataaatatagatcctatgagaaaacaaaaag |
25511467 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 5152061 - 5151898
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttg---ttattta |
115 |
Q |
| |
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| T |
5152061 |
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T |
|
| Q |
116 |
acatgtgttcttgactg-atttaaaagataggttgaaaaacaagaaaacattttcaagaacattct |
180 |
Q |
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| T |
5151963 |
acatttgttcttgagtgaattttaaagataggttacatagcaagcaaatattttcaagaacattct |
5151898 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 412
Target Start/End: Original strand, 29862703 - 29863089
Alignment:
| Q |
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tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
118 |
Q |
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| T |
29862703 |
tgttgacataaattccaagaatctctttttaa-ttgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaactctgagattatttgttatttaaca |
29862801 |
T |
|
| Q |
119 |
tgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccaca |
218 |
Q |
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| T |
29862802 |
tgtattcttgagtgttattaaagacaggttttaaa-caagcaatatttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatactcttggtg--ccacg |
29862898 |
T |
|
| Q |
219 |
ccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgtg-aaatatggaacaacaggatcaaa |
317 |
Q |
| |
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| T |
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ccaaagtcagctcaagcaaagacaaaagagaagatcttggcttttaagaag---taatgtgttaaaaatctttgtggaaaaatggaacaaagggatcaaa |
29862995 |
T |
|
| Q |
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ggttctatgctatgaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaagaatgaagagaaataaataaatatatatcctatgagaaaacaaaaag |
412 |
Q |
| |
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| T |
29862996 |
ggttctatgctacaaaaggaacatatt-attatgatatatcttcaaatgaatgaagagaaataaataaatatatatgctatgagaaaacaaaaag |
29863089 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 97 - 281
Target Start/End: Original strand, 33239536 - 33239720
Alignment:
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195 |
Q |
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| T |
33239536 |
tgagattatttgttatttgacatgtgttcttgagtgttattaaagataggtttaaag-caagcaaatatttttcaagaacattctcgtaacaaagctcat |
33239634 |
T |
|
| Q |
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cacaatgctcttggtataccacaccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgtt |
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Q |
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cacaatactcttggtatgtcacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatataagatcttggcttttaagaagaagttatgtgtt |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 275 - 408
Target Start/End: Original strand, 33272360 - 33272494
Alignment:
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275 |
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373 |
Q |
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| T |
33272360 |
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33272459 |
T |
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| Q |
374 |
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408 |
Q |
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| T |
33272460 |
agaaataaataaatatagatcctatgagagaacaa |
33272494 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0512 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: scaffold0512
Description:
Target: scaffold0512; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 7457 - 7065
Alignment:
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Q |
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| T |
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tgttgagataaattccaaaaatctctttt-aaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatga-ttatgagattatttgttatttaaca |
7360 |
T |
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| Q |
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217 |
Q |
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| T |
7359 |
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7261 |
T |
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218 |
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315 |
Q |
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| T |
7260 |
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7161 |
T |
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316 |
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412 |
Q |
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| T |
7160 |
agagttttatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttc-aaagaatgaaaagaaataaataaatatggaacctatgagaaaacaaaaag |
7065 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0049 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:
Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Original strand, 28680 - 28993
Alignment:
| Q |
18 |
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117 |
Q |
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| T |
28680 |
ctgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaac |
28779 |
T |
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| Q |
118 |
atgtgttcttgactgatttaaaagataggttgaaaaacaagaaa-acattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtatacca |
216 |
Q |
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| T |
28780 |
atgtgttcttgagtgttattaaagataagtttaaagcaaacaaatattttttcaataacattctcggaacaaagctcatcataataatcttggtatgcca |
28879 |
T |
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| Q |
217 |
caccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatca |
315 |
Q |
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| T |
28880 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaagcatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
28979 |
T |
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| Q |
316 |
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329 |
Q |
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| T |
28980 |
aaggttctatgcta |
28993 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0176 (Bit Score: 168; Significance: 7e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:
Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 350
Target Start/End: Original strand, 3740 - 4074
Alignment:
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18 |
ctgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaac |
117 |
Q |
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| T |
3740 |
ctgttgagataaattccaagaatctttttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaac |
3839 |
T |
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| Q |
118 |
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215 |
Q |
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3840 |
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T |
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216 |
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314 |
Q |
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3939 |
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4038 |
T |
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315 |
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350 |
Q |
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4039 |
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4074 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0329 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0329
Description:
Target: scaffold0329; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 316
Target Start/End: Original strand, 716 - 1010
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagataaaatcgaaaaatccctttttaaattcttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaaca |
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Q |
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716 |
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815 |
T |
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| Q |
119 |
tgtgttcttgactga-tttaaaagataggttgaaaaacaagaaaacattttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatgctcttggtataccac |
217 |
Q |
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tgttttcttgagtgattttataagataggttacaaagcaatcaattgttttcaagaacattctcagaacaaagctcataaccactctcttgatatgccat |
915 |
T |
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| Q |
218 |
accaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgt-gaaatatggaacaacaggatcaa |
316 |
Q |
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916 |
gccaaagtcacctc-----aagacaatttagaagatcatgttgtttaagaagaatttatgtgtcaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaa |
1010 |
T |
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