View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5432-Insertion-3 (Length: 907)

Name: NF5432-Insertion-3
Description: NF5432
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5432-Insertion-3
NF5432-Insertion-3
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (7-907)||(48911628-48912529)
chr4 (9-539)||(48958141-48958671)
chr4 (9-573)||(48965326-48965887)
chr4 (9-286)||(48961288-48961567)
chr4 (348-555)||(48962627-48962834)
chr4 (180-508)||(48951399-48951727)
chr4 (9-103)||(48974115-48974209)
[»] scaffold0536 (4 HSPs)
scaffold0536 (7-866)||(5835-6695)
scaffold0536 (7-883)||(9802-10677)
scaffold0536 (702-790)||(860-948)
scaffold0536 (337-492)||(1164-1319)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (27-573)||(12589787-12590336)
chr6 (26-492)||(12483163-12483632)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (9-540)||(13440197-13440725)
chr2 (9-539)||(13448360-13448887)
chr2 (9-539)||(13454831-13455358)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (26-552)||(12540699-12541222)
chr5 (164-552)||(28385483-28385871)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-550)||(12641122-12641660)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-387)||(3417334-3417709)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 858; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 858; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 48912529 - 48911628
Alignment:
Q  7 aaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccac 106  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912529 aaaactgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccac 48912430  T
Q  107 ggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912429 ggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccat 48912330  T
Q  207 ttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912329 ttttctttctcctcttcattgtcattctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcat 48912230  T
Q  307 aaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacact 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912229 aaagttgtttatccgaaaaatgacattggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacact 48912130  T
Q  407 cacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912129 cacaacactctcttctcctctctcagccttctcttgaatagttctgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcg 48912030  T
Q  507 tagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaacaatttac 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48912029 tagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaataatttac 48911930  T
Q  607 tcagctgcttcggtggtgctgcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911929 tcagctgcttcggtggtgctgcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattc 48911830  T
Q  707 catggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagcg 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48911829 catggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagcc 48911730  T
Q  807 acgatgc-atctggtgggtgctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtggctgctcgatagattttggtgaggttgtcgaggtcggtgg 905  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911729 acgatgcaatctggtgggtgctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtggctgctcgatagattttggtgaggttgtcgaggtcggtgg 48911630  T
Q  906 tg 907  Q
    ||    
T  48911629 tg 48911628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 9 - 539
Target Start/End: Original strand, 48958141 - 48958671
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacgg 108  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48958141 aattgttctccatgcaccggccacgtgatcattggaacccccgcgctaacagcctccacagtggagttccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacgg 48958240  T
Q  109 ctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccattt 208  Q
    |  ||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||| |||| | | ||||||||||| ||  |||||||||| || || || |||||||| ||    
T  48958241 caatgtggctcagaatcaaaacttgtggggcccaccccctaatgatcaaacctttcttctttccaatgtttctctcttcgaatcctttcggcaaccactt 48958340  T
Q  209 ttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataa 308  Q
    | |||||||||||||| | || |  ||  ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  48958341 tcctttctcctcttcactctcgtcttctttccctttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacctgatgcttctatcccacacgcaatctcataa 48958440  T
Q  309 agttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactca 408  Q
    ||||||||||| || |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |   ||| |||| |||||||||| |||  | |||||||| |    
T  48958441 agttgtttatcagataaataacatatgcttccaaagcatatgtacaacactgagttatgtctcttcaagttgagccaactcagacaaccatgcacactaa 48958540  T
Q  409 caacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgta 508  Q
    ||||| |||| | ||| |||| || |||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||  ||  |||||| |||    
T  48958541 caacattctcatttcccctctctgatttctcttgaatggtttggcgaataagagaagcaggaccaagatgccaaaccttgtgacccgtgattttcttgta 48958640  T
Q  509 gtgttcgatatactcttcaccgtcaagttca 539  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  48958641 gtgttcgatgcactcttcaccatcaagttca 48958671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 9 - 573
Target Start/End: Original strand, 48965326 - 48965887
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacgg 108  Q
    ||||||||||||||    ||||| || ||||| |||||||| |||| ||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |    
T  48965326 aattgttctccatgtgaaggccatgtaatcatcggaacccccgcaccaacagcctccactgtggagttccaaccacaatgagtcataaaggcacccacag 48965425  T
Q  109 ctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccattt 208  Q
    | | |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||   ||| ||  |||||||||| || |||||||| ||||| ||    
T  48965426 cggggtggctcagaatcagaacctgcggagcccaacccctaataatcaaacccttctt---tccaatgtttctctcttcgaatccctttggtaaccactt 48965522  T
Q  209 ttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataa 308  Q
    ||  |||||||||||| | |||| |||  |||  || ||    |||| ||||||||| || || |||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||    
T  48965523 ttgcttctcctcttcactctcatcctctttcccgttattaaggggaataacccatataaaatcatgacccgatgcttctattgcacacgcaatctcataa 48965622  T
Q  309 agttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactca 408  Q
    || |||||||||  | || ||||  |||||||||||| |||||||| ||| ||||||| | | || || || ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  48965623 agctgtttatcctgataacgacagaggcttccaaagcttatgtacaacactgagttatgtcgcttggaattgagccaactcaaacactcttgcacgctca 48965722  T
Q  409 caacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgta 508  Q
    |  ||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||  |  || | ||    
T  48965723 ctgcactctcttgtcccctctctgctttctcttgaacagttttacgaataagagaagctggaccaagatgccaagccttatgacccgtgctactcacata 48965822  T
Q  509 gtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttga 573  Q
     | ||  || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  48965823 atatttaatgtactcttccccgtcaagctcagcgaaattgttgacaatgagtccattacttttga 48965887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 9 - 286
Target Start/End: Original strand, 48961288 - 48961567
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaa--ttccacccacaatgtgtcataaatgcacccac 106  Q
    |||||||||||||| |  ||||| || |||||||| | |||||||||| | |||||||  |||||   |||||||| ||||| ||||||||  |||||||    
T  48961288 aattgttctccatgtacgggccatgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgcaatgcgtcataaacacacccac 48961387  T
Q  107 ggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccat 206  Q
     |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| | ||  ||||||||||||| || || ||||||||     
T  48961388 cgctgtgtggcccaggatcataacttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctcttcaaatcctttcggcaaccac 48961487  T
Q  207 ttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttc 286  Q
    || ||||||||||||||  | |||| | |  ||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  48961488 ttgtctttctcctcttcgctctcatccactttcccttttttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacccgatgcttc 48961567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 348 - 555
Target Start/End: Original strand, 48962627 - 48962834
Alignment:
Q  348 atgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatag 447  Q
    ||||||| ||| ||||||| | | || || |||||||| | || |||||| || || | |||||||||||| | ||| || | ||||||||||||||  |    
T  48962627 atgtacaacactgagttatgtcgctttgaattaagccaccacagacactcttgtacgcccacaacactctcatgtcccctttctgctttctcttgaacgg 48962726  T
Q  448 ttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaatt 547  Q
     | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||    
T  48962727 atttgcgaataagagaaactggaccgagatgccaagccttgtgacccgtggttttctcgtagtgttcgatgcactcttcaccgtcaagttcagcgaagtt 48962826  T
Q  548 gttgacaa 555  Q
    ||||||||    
T  48962827 gttgacaa 48962834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 180 - 508
Target Start/End: Original strand, 48951399 - 48951727
Alignment:
Q  180 ctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcg 279  Q
    |||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||| ||| | || | |||| |||  |||||||| || ||||||||||||||||| | ||  |    
T  48951399 ctctcttcaaactccctgggtaaccatttttccttctcctcatcactctcgttctccttccccttcttttctgggacaacccatatgaattcataacctg 48951498  T
Q  280 atgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagtt 379  Q
    || |||| ||| |||  ||||||||||| | ||| ||||| |  || | |||     |||||||||  ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  48951499 attcttctatcgcgcttgcaatctcatacaattgcttatctgggaagtaacaaattgttccaaagctaatgtaaagcactgagttatcttgcttcgagtt 48951598  T
Q  380 aagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgc 479  Q
     | |||| ||||| |||  ||||| ||||   | || ||  ||||||| | ||| ||||||||| ||||| |||||| |||||| || ||||||||||||    
T  48951599 caaccaattcaaatacttttgcacgctcatttcgctttcccctcctctatttgccttctcttgagtagttttgcgaacaagagaggccggaccaagatgc 48951698  T
Q  480 caagctttgtgacaagtagttttctcgta 508  Q
    ||||| |||||||   | |||||||||||    
T  48951699 caagccttgtgaccgatggttttctcgta 48951727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 103
Target Start/End: Original strand, 48974115 - 48974209
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 103  Q
    ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  48974115 aattgttcgtcatgcactggccacgtgatcattggaacccctgcactaacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaagaatgcacc 48974209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 6695 - 5835
Alignment:
Q  7 aaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccac 106  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||     
T  6695 aaaattgttctccatgcaccggccacgtgatcatcggaacccctgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccag 6596  T
Q  107 ggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccat 206  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||    
T  6595 agctttgtggctcaaaatcataacttgtggagcccaacccctaataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccat 6496  T
Q  207 ttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcat 306  Q
    ||| |||||||||||||| | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  6495 tttcctttctcctcttcactctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatttgtgacccgatgcttctatcccacatgcaatctcgt 6396  T
Q  307 aaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacact 406  Q
    |||||||||||||||  ||| | |||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||    
T  6395 aaagttgtttatccgggaaaaggcataagcttccaaagcatatgtacaacactgagttatctggcttcgagtctagccaactcagacactcatgcacact 6296  T
Q  407 cacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcg 506  Q
    ||||||||| | || ||| ||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  6295 cacaacactttgttgtcccctctgtgctttttcttgaacagttctacgaataagagaagccggaccaagatgccaagctttgtgacctgtagttttctcg 6196  T
Q  507 tagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaacaatttac 606  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||| || | ||    
T  6195 tagtgttcgatgtactcttcaccgtcaagttcagaaaaattgttaacaatgattccgttgcttttgaaaaccgtctccaaaagcgcttccaataagtcac 6096  T
Q  607 tcagctgcttcggtggtgctgcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattc 706  Q
    ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6095 tcatctgcttcggcggagctgcattcatggcaatagaatgaggaagaccaggaattacaaatgaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattc 5996  T
Q  707 catggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagcg 806  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||     
T  5995 tatggcacaaattgcaaacagagagaaaccgttgaaactgagtctaggaatttgaagcttgtttgcaagttcatcaacccaaggaaacaagaaatccgcc 5896  T
Q  807 acgatgc-atctggtgggtgctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtgg 866  Q
    || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  5895 acaatgcaatccggtgggtgctgctccacgaagtgttggatgggtggttggaggagagtgg 5835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 10677 - 9802
Alignment:
Q  7 aaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccac 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10677 aaaattgttctccatgcattggccacgtgatcattggaacccctgcactaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcataaacgcacccac 10578  T
Q  107 ggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccat 206  Q
      | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| ||| |||||||| || || || | ||||    
T  10577 aacagtgtggcttagaatcataacctgaggggcccaacccttaataatcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatcctttcggtagccat 10478  T
Q  207 ttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcat 306  Q
    |||||||||||||||| | | |||| |||  ||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||    
T  10477 ttttctttctcctcttgactctcattctctttccctttcttctcaggaacaactcatacaaattcgtaacccgatgcttctaccctgcacgcaatctcat 10378  T
Q  307 aaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacact 406  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  10377 aaagttgtttatctgaaaaataacataggcttccaaagcaaatgtacaacactga--tatctcgcttcaagttaagccaactcagacactcatgcacact 10280  T
Q  407 cacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcg 506  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||| | |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||| |    
T  10279 cacaacactctgttctcctctctctgttttctcttgaacagttctacgaacaagataagctggactaagatgccaagctttctgacccgtagttttcttg 10180  T
Q  507 tagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaacaatttac 606  Q
    ||||||||||| | || || ||||||||||||  ||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||  |||| | | || || |||| | || ||    
T  10179 tagtgttcgatgtgctatttaccgtcaagttctacaaaattattgacaaggatcccttgacttttgaaaaccatctccaaacgctctcccaagatttcac 10080  T
Q  607 tcagctgcttcggtggtgctgcattcatggcaatagaatgaggaagatgaggaattacaaaagaagcagattcataaagagagtgtgctttaacagattc 706  Q
    ||| |||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10079 tcatctgcttaggcggtgttgcattcatgacaatagaatgaggaagaccaggaattacaaaagaagcatatccataaagtgagtgtgctttaacagattc 9980  T
Q  707 catggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaaggatacatgaaatcagcg 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| |      
T  9979 catggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagagagtcttggaatttgaagcttgtttgcaagttcatcaacccaaggaaacaaaaaatctgtc 9880  T
Q  807 acgatgc-atctggtgggtgctgctccacgaagtgttggatggttggtcggagtagagtggctgctcgatagattttg 883  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||| || ||||||||    
T  9879 acgatgcaatccggtgggtgctgctccacgaagtgttggatgggtggtcggaggagagtggtagcttgaaagattttg 9802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 702 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 948 - 860
Alignment:
Q  702 gattccatggcacaaatagcaaacagagagaaaccgttgaaagcaagtctaggaatttgtagcttgtttgcaagttcatgaacccaagg 790  Q
    |||||||||||||| || | ||| || |||||||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||||||| || ||||  ||||||||    
T  948 gattccatggcacatatggtaaatagtgagaaaccgttgaaggcaaatctcggaatgtgaagcttgtttgccagctcatccacccaagg 860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 337 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 1319 - 1164
Alignment:
Q  337 ttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgcttt 436  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||||||| | || ||||| |||||| | ||  |||  ||||||||||     |||| |||||| || | ||||||    
T  1319 ttccaaagcatatgtagagtactgagttatctcgctttgagttgagccaagttaagaacttttgcacactcaacgtgctcttttctcccctatttgcttt 1220  T
Q  437 ctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgac 492  Q
    ||||||| | ||| |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  1219 ctcttgagtggttttgcgaacaagagatgctgggccaagaagccaagccttgtgac 1164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 4e-87; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 27 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 12590336 - 12589787
Alignment:
Q  27 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 126  Q
    ||||| |||||||| ||||  || |||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||| |||||    
T  12590336 ggccatgtgatcatcggaattccagcactaaccgcctccacgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatca 12590237  T
Q  127 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttc---cgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttc 223  Q
    | || ||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||||||   | ||  ||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  12590236 ttacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttctttctcccaatgtttctctcttcaaatccactaggcaaccatttttgtttatcctcatc 12590137  T
Q  224 attgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaa 323  Q
    | | ||||  ||| ||| ||| || || |||| |||||||| ||||||||| |  |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| ||     
T  12590136 actctcatcttccttcccttttttctcgggaataacccatacgaattcgtggcctgatgcttctatgccacacgaaatctcataaagttgtttatctgag 12590037  T
Q  324 aaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctc 423  Q
    ||||  |||  ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||| | ||    
T  12590036 aaatagcatatgctcccaaagcatatgtacaacacagagttatctcgcttcgagtttagccaactcagacactcttgcacgttcacaacactctcatttc 12589937  T
Q  424 ctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactc 523  Q
    | || | |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||| || | ||||    
T  12589936 ccctatctgctttctcttgaacagttttgtgaataagagaagctggaccaagatgccaagccttgtgacctgtggttttctcatagtgtttgacacactc 12589837  T
Q  524 ttcaccgtcaagttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttga 573  Q
    ||  || ||||||||||| || ||||| |||| || ||| ||||||||||    
T  12589836 ttggccatcaagttcagcgaagttgttaacaatgagtccattacttttga 12589787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 12483632 - 12483163
Alignment:
Q  26 cggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatc 125  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| || || |||   |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||| ||||    
T  12483632 cggccacgtgatcattggaatccctgcactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatc 12483533  T
Q  126 ataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataat---tctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctctt 222  Q
    |  |||||||| ||||| ||| | || || | | || |||| || |   ||||   |||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  12483532 agtacctgtggtgcccaccccctgatgattaaacccatcttattccttctaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcat 12483433  T
Q  223 cattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccga 322  Q
    |  | ||||  ||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||  | || ||||||||| || ||||| | ||| || ||||| |||||||| ||    
T  12483432 cgctctcatcttccttcccttttttctcaggaacaacccatatgaattttttacccgatgcttctattccgcatgaaatttcgtaaagctgtttatcaga 12483333  T
Q  323 aaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttct 422  Q
     ||||  ||| |||| |||||||||||||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||   |||||| ||||| |||||||||||||| | |    
T  12483332 gaaattgcataggctcccaaagcatatgtacaacactgaattttcttgctttgagtttagccaactttgacactcatgcacgctcacaacactctcgttt 12483233  T
Q  423 cctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgac 492  Q
    || |||| ||| || ||||||| ||||   | |||||| |||  |||||| | ||||||||| |||||||    
T  12483232 cccctctctgccttttcttgaacagtttcacaaataagtgaatgtggacctaaatgccaagccttgtgac 12483163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 1e-59; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 540
Target Start/End: Original strand, 13440197 - 13440725
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacgg 108  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||| | ||| ||| | || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| |    
T  13440197 aattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagactctacaattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccaccg 13440296  T
Q  109 ctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccattt 208  Q
    | | ||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| | || || || |    ||  |||||||||| || |||||||||||||| ||    
T  13440297 cagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccttaatgatcaaacccatcctccta---atgtttctctcttcgaatccctttggcaaccactt 13440393  T
Q  209 ttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataa 308  Q
    ||||||||| || ||| | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||     
T  13440394 ttctttctcttcctcactctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgactagatgcttctattgcgcacgccatctcatat 13440493  T
Q  309 agttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactca 408  Q
    ||||||||||| || ||||       ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||  |  ||||  ||||||||||  || |||||||   |||    
T  13440494 agttgtttatcagagaaatagttgatgcttccaaaacatatgtacaacaccgagttaactttctctgagtcgagccaactcatgcattcgtgcatgttca 13440593  T
Q  409 caacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgta 508  Q
    || ||| ||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||  || |||||||| ||    
T  13440594 catcaccctcctttcccctctctgctttctcttgaatggttttacgaataagagaagttggaccgagatgccaaaccttgtgacccgtggttttctcata 13440693  T
Q  509 gtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcag 540  Q
    ||||| |||  ||||||| |||||||||||||    
T  13440694 gtgttggatgcactcttctccgtcaagttcag 13440725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 539
Target Start/End: Original strand, 13448360 - 13448887
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacgg 108  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| |    
T  13448360 aattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactg 13448459  T
Q  109 ctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccattt 208  Q
    | | ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||   |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||    
T  13448460 cagggtggctcaatatcttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccactt 13448556  T
Q  209 ttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataa 308  Q
    ||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||  |||||||| ||| | || || ||||| ||     
T  13448557 ttctttctcttcttcgctctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgaccggatgcttctatcgcacatgccatctcgtat 13448656  T
Q  309 agttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactca 408  Q
    ||||||||||| |||||||       ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||   |  || |  ||||||||||  | |||||||||| |||    
T  13448657 agttgtttatcagaaaaatagttgatgcttccaaaacatatgtacaacactgagttaactctctctgaatcgagccaactcaggctctcgtgcacattca 13448756  T
Q  409 caacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgta 508  Q
    || ||| ||| | ||| |||| || ||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||  || | |||||||||    
T  13448757 cagcaccctcatttcccctctctgatttctcttgagcagttttgcgaataagagaagttggaccaagatgccaaaccttgtgacccgtggctttctcgta 13448856  T
Q  509 gtgttcgatatactcttcaccgtcaagttca 539  Q
    |||||  ||  ||||||| || |||||||||    
T  13448857 gtgttgtatgcactcttctccatcaagttca 13448887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 9 - 539
Target Start/End: Original strand, 13454831 - 13455358
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacgg 108  Q
    ||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||    ||||| ||||| ||  | || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| |    
T  13454831 aattgatctccatggactggccacgttatcattggaactcccatgctaacagcctctacgattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactg 13454930  T
Q  109 ctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccattt 208  Q
    | | ||| ||||  ||| |||| ||||| ||||||||| |||| |||| | |||| ||||   ||||  || |||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  13454931 cagggtgactcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaaccctttttct---cgatgtttttctcttcaaatcccttcggcaaccactt 13455027  T
Q  209 ttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataa 308  Q
    || ||||||||||||  | ||||  ||  ||| |||||| || |||||||||||||||||    ||||  | |||||| |    ||| || ||||||||     
T  13455028 ttgtttctcctcttcgctctcatcttctttccctttcttctccggaacaacccatatgaacggttgacctgctgcttctagtgagcatgccatctcatat 13455127  T
Q  309 agttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactca 408  Q
    ||||||||||  ||  ||| |     ||||||||| ||||||||||  || |||||| ||   || |||| |||||| ||||  |||||||| ||| |||    
T  13455128 agttgtttattagatgaataattgatgcttccaaaacatatgtacaatactgagttaactctctttgagtcaagccagctcaggcactcgtgtacattca 13455227  T
Q  409 caacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgta 508  Q
    ||| |  ||| | ||| |||| || ||| |||||||  ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||  || ||||| |||||    
T  13455228 caaaaacctcgtttcccctctctgatttttcttgaacggttctgcaaataagagaagttggaccaatatgccaaaccttgtgacctgttgttttttcgta 13455327  T
Q  509 gtgttcgatatactcttcaccgtcaagttca 539  Q
    ||||| |||  ||||||| || |||| ||||    
T  13455328 gtgttggatgcactcttctccatcaaattca 13455358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 552
Target Start/End: Original strand, 12540699 - 12541222
Alignment:
Q  26 cggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatc 125  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| ||| | || || | ||||||||||||||||||| | ||||| || | ||||||||  |||    
T  12540699 cggccacgttatcattggaactcccgcaccaacagcctctacaattgagtttcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatc 12540798  T
Q  126 ataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcat 225  Q
     |||||||||| ||||||||| |||| |||| | |||| ||   ||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||     
T  12540799 ttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttttt---tccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcag 12540895  T
Q  226 tgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaa 325  Q
    | ||||  ||  ||| | |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |  | |||| |   | || ||||||||||| |||||||| ||  | ||    
T  12540896 tctcatcttctttccctctcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgacccattccttctactgcacatgcaatctcatatagttgtttgtcaaagaa 12540995  T
Q  326 atgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcct 425  Q
    ||||  |  ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |  ||||| ||||| || |   |||||||| | ||| || ||| ||| | |||     
T  12540996 atgatttatgcttccaaaacatatgtacaccactgagttaacttgctgtgagttgagccagctaagggactcgtgctcgctcgcagcaccctcatttccc 12541095  T
Q  426 ctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactctt 525  Q
    |||  |||||||||||||||  || |  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||| || | ||||||    
T  12541096 ctccctgctttctcttgaatgtttttctgaataaaagaagttggaccaagatgccaagccttgtgacccgtggttttctcgtagtgttggacacactctt 12541195  T
Q  526 caccgtcaagttcagcaaaattgttga 552  Q
    | || ||||||||| |||| |||||||    
T  12541196 ctccatcaagttcaacaaagttgttga 12541222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 164 - 552
Target Start/End: Original strand, 28385483 - 28385871
Alignment:
Q  164 cttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccat 263  Q
    ||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||    
T  28385483 cttctttccaatgtttctctcctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccat 28385582  T
Q  264 atgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagt 363  Q
    ||||||  |||||  |||||||| |   |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||   |  ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  28385583 atgaatgggtgacctgatgcttctactgcgcatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatggtttatgcttccaaaacatatgtacacaactgagt 28385682  T
Q  364 tatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagaga 463  Q
    || || | |  || || |||||  |||  ||||||||| | |||||| ||||||  | |||  ||| |||||||||||||| |||| | |||||||  ||    
T  28385683 taactcgctgtgatttgagccagttcaggcactcgtgctcgctcacatcactcttgtttcccttctctgctttctcttgaacagttttacgaataaagga 28385782  T
Q  464 agctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttga 552  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||| || | ||||||| || ||||||||| |||| |||||||    
T  28385783 agttggaccaagatgccaagccttgtgacccgtggttttctcgtagtgtttgacacactcttctccatcaagttcaacaaagttgttga 28385871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 12 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 12641660 - 12641122
Alignment:
Q  12 tgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctg 111  Q
    |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||   ||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  12641660 tgttctccttgcactggccacgtgatcattggaatccctgcactaacagcctctaccaaggagttcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcag 12641561  T
Q  112 tgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttc 211  Q
     |||||| | |||||| || ||||| |||||  || |||| || | | | ||||| ||| | | | |||||||||| || || || |||||||| |||||    
T  12641560 cgtggcttaaaatcattacttgtggggcccactccctaatgataaaacctttcttattttcaacatttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttc 12641461  T
Q  212 tttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagt 311  Q
    ||||||||||||| | ||||  |   ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||  ||   ||| || |||| ||||||||| ||||||    
T  12641460 tttctcctcttcactctcatcttttttccctttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacctgaattttctattccgctcgcaatctcgtaaagt 12641361  T
Q  312 tgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaa 411  Q
    |||||||| || |||| | |   ||| ||||| |||||||| | ||| || |||||||| || || || |||||||  | |||||  ||| | || || |    
T  12641360 tgtttatcagagaaataagagatgctcccaaaacatatgtataacactgaattatcttgctttgaattgagccaacctagacacttatgcgcgctaacca 12641261  T
Q  412 cactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtg 511  Q
    ||||||| |  || |||   | |||||||| || |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||   | |||||||| |||||    
T  12641260 cactctcattgcccctcatagatttctcttcaaaagttttgcgaataagacaagttggaccaagatgccaagccttgtaacccatggttttctcatagtg 12641161  T
Q  512 ttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgtt 550  Q
    || |||  | |||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  12641160 tttgatgcaatcttcaccatcaagttcaacaaagttgtt 12641122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 9 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 3417709 - 3417334
Alignment:
Q  9 aattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacgg 108  Q
    ||||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||   || |||| ||||||||||||||||||| | || || |    
T  3417709 aattgatctccatgacccggccacgttatcattggaactcctgcaccaacagcctcaacaaatgagttccccccacaatgtgtcataaatccccctaccg 3417610  T
Q  109 ctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccattt 208  Q
    | | ||||||||  |||  ||||||||| ||||||||| |||  |||| | |   ||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||    
T  3417609 cagggtggctcaatatctgaacctgtggggcccaacccctaacgatcaaacc---cttctttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccactt 3417513  T
Q  209 ttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataa 308  Q
    ||||||||| ||||| || ||||  ||  | | |||||| ||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||  || | |||||||||||     
T  3417512 ttctttctcttcttcgttctcatcttcttttcctttcttctcaagaacaacccatatgaatgggtgacccgatgcttctattgcgtatgcaatctcatat 3417413  T
Q  309 agttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaac 387  Q
    ||||||||||| || ||||    |  ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||  ||||| |||||||    
T  3417412 agttgtttatcagagaaatagtttaagcttccaaaacatatgtacaacactgagttaacttgttgtgagttgagccaac 3417334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University