View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5434-Insertion-2 (Length: 1095)

Name: NF5434-Insertion-2
Description: NF5434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5434-Insertion-2
NF5434-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-1053)||(8446383-8447437)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 916; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 916; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1053
Target Start/End: Complemental strand, 8447437 - 8446383
Alignment:
Q  8 caaagctgaacacagaaaacctgattttctcaaaatccatgtaataataataat---------tcatacacttcacttcttctaccttgttgttatgtta 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  8447437 caaagctgaacacagaaaacctgatttcctcaaaatccatgtaataataataataataataattcatacacttcacttcttctaccttgttgtta----- 8447343  T
Q  99 gtcatcatcataattttc-acattgcttgtttaattttcagccatttggtcaagtacctgcatatcaagatcacgacatttctctcttcggtaagtaatt 197  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8447342 gtcatcatcataatttttgacattgcttgtttaattttcagccatttggtcaagtacctgcatatcaagatcacgacatttctctcttcggtaagtaatt 8447243  T
Q  198 cattcattaatt-aatcagttgcttcttacttaattaataatcaattagtattttcaattttaattgtataacatcagagtcaagagctatatgtcggta 296  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8447242 cattaattaatttaatcagttgcttcttacttaattaataatcaattagtattttcaatttaaattgtataacatcagagtcaagagcgatatgtcggta 8447143  T
Q  297 cgtatgtgagaaaaatagagagaaagggaacaaacaactgtatgatacaaatccattggcaaaggcttcaatagatcaatggttagaagctgaaggacaa 396  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8447142 cgtatgcgagaaaaatatagagaaagggaacaaacaactgtatggtacaaatccattggcaaaggcttcaatagatcaatggttagaagctgaaggacaa 8447043  T
Q  397 agcttcaatccaccttcttcaactctggtgtttcagcttgcatttgctcctcgaatgaagatcaaacaagacgaaggagcaattcgacagagtaaagaaa 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8447042 agcttcaatccaccttcttcaactctggtgtttcagcttgcatttgctcctcgaatgaagatcaaacaagacgaaggagcaattcgacagagtaaagaaa 8446943  T
Q  497 agctcaagaaagtgcttgatgtgtacgataagaggcttggggaaactcgctacttggctggtgatgagttcacacttgccgacctttcacatcttcccaa 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8446942 agctcaagaaagtgcttgatgtgtacgataagaggcttggggaaactcgctacttggctggtgatgaattcacacttgccgacctttcacatcttcccaa 8446843  T
Q  597 tattcactacttggtggctgctgctgatgccgacaccgctgatttgtttacttcttcgtcaagaaacaatgtgtcaaggtggtggacggaaatatccaca 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8446842 tattcactacttggtggctgctgctgatgccgacaccgctgatttgtttacttcttcgtcaagaaacaatgtgtcaaggtggtggacggaaatatccaca 8446743  T
Q  697 cgtgagtcgtggaaaaaggtcatcgatttgtacccaaaaccttgattcattaatcacattcacacatttggaacattggtagctctttgatattctagac 796  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8446742 cgtgagtcgtggaaaaaggtcatcgatttgtacccaaaaccttgattcattaatcacattcacacatttggaacattggtagctctttgatattctagac 8446643  T
Q  797 caaacagtccagccatgtccctaatgcttgaatgcgagattttttcagaccggagcaagtcccatttccttttactcccgcactcatagacgttagatca 896  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8446642 caaacagtccaaccatgtccctaatgcttgaatgcgagattttttcagaccggagcaagtcccatttccttttacccccgcactcatagacgttagatca 8446543  T
Q  897 gcagattaataacgaccagtactatgctttctatgcattttat-atatttttcactttctatcgtgattgttgacatggctccttttctttatttgtatg 995  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8446542 gcagattaataacgaccagtactatgctttctatgcattttataatatttttcaatttctatcgtgattgttgacatggctccttttctttatttgtatg 8446443  T
Q  996 atgaacattttgattcgagtgatctaggatgct-aattgttaagctttga-tctaaattt 1053  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  8446442 atgaacattttgattcgagtgatttaggatgctaaattgttaagctttgattctaaattt 8446383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University