View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5434-Insertion-3 (Length: 1080)

Name: NF5434-Insertion-3
Description: NF5434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5434-Insertion-3
NF5434-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-1055)||(46834697-46835747)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (346-384)||(31314202-31314240)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 901; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 901; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1055
Target Start/End: Original strand, 46834697 - 46835747
Alignment:
Q  7 agatggacacataatgctttcagattttgatctttcactcaaatgtgacgttgttccaaagctcttaagaagcaaaacaagattagaacgaagtatcaaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46834697 agatggacacataatgctttcagattttgatctttcactcaaatgtgacgttgttccaaagctcttaagaagcaaaacaagattagaacgaagtatcaaa 46834796  T
Q  107 acaactactacaatgagatgttcaacaccttcttgcatttctcccatgcaaccagttctgtcttgttttttatcatcatcaacaaagaaaaataaaacaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46834797 acaactactacaatgagatgttcaacaccttcttgcatttctcccatgcaaccagttctgtcttgtttcttatcatcatcaacaaagaaaaagaaaacaa 46834896  T
Q  207 aacttgaaactgttattagagaaaatgttcaagaagagtttgaggttgatcctgatcctgattttgtagctgaaccaattgaagcaagatcaaaatcatt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46834897 aacttgaaactgttattagagaaaatgttcaagaagagtttgaggttgatcttgatcctgattttgtagctgaaccaattgaagcaagatcaaaatcatt 46834996  T
Q  307 tgtggggacacatgaatatttagcaccagaagttatattaggacaaggtcatggaagtgcagtggattggtggacatttggtgnnnnnnngtatgaaatg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  46834997 tgtggggacacatgaatatttagcaccagaagttatattaggacaaggtcatggaagtgcagtggattggtggacatttggtgtttttttgtatgaaatg 46835096  T
Q  407 ttatatggaagaacaccatttaaaggtgataacaatgggaaaacattggtcaacattctcaaacaacctttgacttttcctaggattggtgttagtagta 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46835097 ttatatggaagaacaccatttaaaggtgagaacaatgagaaaacattggtcaacattcttaagcaacctttgacttttcctaggattggtgttagtagta 46835196  T
Q  507 attatgcgtttgaagagatggtgaaagttcaagatcttattagcaaattgttggtgaagaatccaagtaagagaattggaagctgtttgggttctgttga 606  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46835197 attatgagtttgaagagatggtgaaagttcaagatcttattagcaaattgttggtgaagaatccaagtaagagaattggaagctgtttgggttctgttga 46835296  T
Q  607 gattaaaagacatgagttttttaagggtgttaattgggctttgattagatcagttagaccccctgaggttcctagtgacaagaataagactaggaataga 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46835297 gattaaaagacatgagttttttaagggtgttaattgggctttgattagatcagttagaccccctgaggttcctagtgacaagaataagactaggaataga 46835396  T
Q  707 gttttggtgcctaaattaagcaagaaagatagagatcaaccatttcagcttaaacatcaatttgattacttctaagtgtatgtttggattttcagagttt 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||     
T  46835397 gttttggtgcctaaattaagcaagaaagatagagatcaaccatttcagcttaaacatcaatttgattacttctaagtgtatgtttggtttgtcggagttc 46835496  T
Q  807 gataaaattattatatcgtgccattgattttaaatggagcttcaataaaattatggtatcacgatgattttatggaatacacttatgttatgatcgtaga 906  Q
    ||||||   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46835497 gataaa---attatatcatgccattaattttaaatggagcttcaataaaattatggtatcacgatgattttatggaatacacttatgttctgatcgtaga 46835593  T
Q  907 atgtaattacaatagtttagggaaaacatgttgtgttttccataaaaggaaattccga-ttatgtctta-tttattttttgtatgatgagat-agagagt 1003  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46835594 atgtaattacaatagtttagggaaaatatgttgtgttttccacaaaa-gaaattccgatttatgtcttattttattttttgtatgatgagataagagagt 46835692  T
Q  1004 tataaattaatgtatgatgaccaagg--tactatgcattg-actaagttatttgt 1055  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  46835693 tataaattaatgtatgatgaccaaggtatactatgcattgaactaagttatttgt 46835747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 346 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 31314240 - 31314202
Alignment:
Q  346 aggacaaggtcatggaagtgcagtggattggtggacatt 384  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31314240 aggagaaggtcatggaagtgcagttgattggtggacatt 31314202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University