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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5435-Insertion-3 (Length: 980)
Name: NF5435-Insertion-3
Description: NF5435
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5435-Insertion-3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 601
Target Start/End: Original strand, 46628108 - 46628697
Alignment:
| Q |
8 |
atatacttgtttttcctacagtgcttcagaacttaccaagcatgcactagcagctatatcatgttctctgattagctggaatcaaaggatttatatatct |
107 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
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| T |
46628108 |
atatacttgtttttcctacagtgcttcagaacttaccaagcatgcactagcagctatatcatgttctctgattagctggaatcaaaggatttat----ct |
46628203 |
T |
|
| Q |
108 |
ccaatcaaacagtatctcatattgtaaacccatgtgaacaacattattagccatacacaagattctccaaagttgttgattcaaagcctgtgccttgtat |
207 |
Q |
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| T |
46628204 |
ccaatcaaacagtatctcatattgtaaacccatgtgaacaacattattagccatacacaagattctccaaagttgttgattcaaagcctgtgccttgtat |
46628303 |
T |
|
| Q |
208 |
tatcccttgttttagtattctaaacaaggtaataaacaatttaaactccattattttgttttaagtcaagtattattatcatgtaatgaataacagaatg |
307 |
Q |
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| T |
46628304 |
tgtcccttgttttagtattctaaacaaggtaataaacaatttaaactccattattttgttttaagtcaagtattattatcatgtaatgaataacagaatg |
46628403 |
T |
|
| Q |
308 |
tctttgaagggatatgttgattgttgactacatccacatggggtagaagagaaattaaatcaaaattttggactctcctacaggccccacttggagagga |
407 |
Q |
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| T |
46628404 |
tctttgaagggatatgttgattgttgactacatccacatggggtagaagagaaattaaatcaaaattttggactctcctacaggccccacttggagagga |
46628503 |
T |
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| Q |
408 |
tcttctgcattcagatatcagattatgttttaaacatgtcttctttacgtaccatataagaactttccaagaaaatgcatcatcactggcccatcttata |
507 |
Q |
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| T |
46628504 |
tcttctgcattcagatatcagattatgttttaaacatgtcttctttacgtaccatataagaactttccaagaaaatgcatcatcactggcccatcttata |
46628603 |
T |
|
| Q |
508 |
ttacatgcttttggacttttgggttggattcgttgaatgattgctatactagtttttaaccatagaatagaagcaaatttttcatcaaatattg |
601 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
46628604 |
ttacatgcttttggacttttgggttggattcgttgaatgattgctatactagtttttaaccatagaatagaagcaaatttttcatcaaatattg |
46628697 |
T |
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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 615 - 980
Target Start/End: Original strand, 46628736 - 46629107
Alignment:
| Q |
615 |
ataaattattgatattatatattcaactaaggtccaagactcaggaaacatatttgctgctgttaccgacatttaccacatatatgtactatttaacata |
714 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46628736 |
ataaattattgatattatatattcaactaaggtccaagactcaggaaacatatttgctgctgttaccgacatttaccacatatatgtactatttaacata |
46628835 |
T |
|
| Q |
715 |
tggtttagagtgatttgcaaataacttgtacaattttacagaattaagggtatacatcatagagaaggcaatgaggaaaattccaaaggtggtgtttcct |
814 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46628836 |
tggtttagagtgatttgcaaataacttgtacaattttacagaattaagggtatacatcatagagaaggcaatgaggaaaattccaaaggtggtgtttcct |
46628935 |
T |
|
| Q |
815 |
ccaacagaacaccttgtaaaatgggggagc--atatgtaaacatgccatgtgattgccaactagtggtttgtatatgaaaatatatccttcagatcaaaa |
912 |
Q |
| |
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| T |
46628936 |
ccaacagaacaccttgtaaaatgggggagcatatatgtaaacatgccatgtgattgccaactagtggtttgtatatgaaaatatatccttcagatcaaaa |
46629035 |
T |
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| Q |
913 |
caaatatgc-aattaattacttactc---tatatgaataagatgggcctatagctattaatttgatgtatac |
980 |
Q |
| |
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|
| T |
46629036 |
caaatatgcaaattaattacttactctattatatgaataagatgggcctatagctattaatttgatgtatac |
46629107 |
T |
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