View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5439-Insertion-2 (Length: 1190)

Name: NF5439-Insertion-2
Description: NF5439
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5439-Insertion-2
NF5439-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-1047)||(15947465-15948514)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 923; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 923; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1047
Target Start/End: Complemental strand, 15948514 - 15947465
Alignment:
Q  8 acacactctattattaagtaaaagttgcatgggtcttattaatgaaggagagggtccgtccctatattgatattcttcctcgactgtccctaaaagcata 107  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15948514 acactctctattattaagtaaaagtcgcatgggtcttattaatgaaggagagggtccgtccctatattgatattcttcctcgactgtccctaaaagcata 15948415  T
Q  108 ggttgaatatagtttggaatatgcggctacatgtttgacaattttgtacaaaattgattttaaatcaaaacattaatcttgttattctaatgcagaagta 207  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15948414 agttgaatatagtttggaatatgcggctacatgtttgacaattttgtacaaaattgattttatatcaaaacattaatcttgttattctaatgcagaagta 15948315  T
Q  208 ataaatatttctttccggcaaaggaaaatcacgtttgctatatattggcaaaatcaccctcatattttaacaatgtctttttacttaacactaattatgt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15948314 ataaatatttctttccggcaaaggaaaatcacgtttgctatatattggcaaaatcaccctcatattttaacaatgtctttttacttaacactaattatat 15948215  T
Q  308 atccatcttaataatgttgcatctaaaagtgatttttt-gtcagcactatccaaataatgttcattatgtaaaaattatttttcactccaatgttccaaa 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15948214 atccatcttaataatgttgcatctaaaagtgatttttttgtcagcactatccaaataatgttcattatgtaaaaattatttttcactccaatgttccaaa 15948115  T
Q  407 aatcaatcaactcactcttttcgtgactaaaatcaactttaccgaagttcaaccaaaatcaaatttacaaactctaatgcaaacatacactaggtttcct 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15948114 aatcaatcaactcactcttttcgtgactaaaatcaactttaccgaagttcaaccaaaatcaaatttacaaactctaatgcaaacatacactaggtttcct 15948015  T
Q  507 aaattcaacatatatacaaaatctaggtcttgttggcttctggttcattgtccttacacataatggttgaatgtccacattgtacaccattctaag---- 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||        
T  15948014 aaattcaacatatatacaaaatctaggtcttgttggcttctggttcattgtccttacacataatggttgaatgtccacattgtactccattctaagtaag 15947915  T
Q  603 gtcttattttgttctgacaatgtcctgttttcatgactactcatgcagggggatgccaagactgagagccgtcgatagctgcacaggtggagaaggtaaa 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15947914 gtcttattttgttctgacaatgtcctgttttcatgactactcatgcagggagatgccaagactgagagccgtcgatagctgcacaggtggagaaggtaaa 15947815  T
Q  703 gagaggagtaaataaatagaggttaaacacaccagtgtgtctggtagtatgtgttcaaaggagaagttaatttcaacaatatgatattctagtttagtat 802  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15947814 gagaggagtaaatgaatagaggttaaacacaccagtgtgtctggtagtatgtgttcaaaggagaagttgatttcaacaatatgatattctagtttagtat 15947715  T
Q  803 gcaatagtggaacagttgagcaatcttcttctagttaaatagggagcttaattatgaacattctgaggaataggaggaaggagtgcacatcatttgttga 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15947714 gcaatagtggaacagttgagcaatcttcttctagttaaatagggagcttaattatgaacattctgaggagtaggaggaaggagtgcacatcatttgttga 15947615  T
Q  903 tgacaaatttcttcttcgcactccttccatgaagtttgaactag-aaataatattgtataatg-tttaataatgtgaaaaatgcataatattttcttgta 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  15947614 tgacaaatttcttcttcgcactccttccatgaagtttgaactagaaaataatattgtataatgttttaataatatgaaaaatgcat-atattttcttgta 15947516  T
Q  1001 --tgg-tgcatcatttttc-ttctattcattctatgggtgatgaatatgct 1047  Q
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  15947515 attggttgcatcatttttctttctattcattctatgggtgattgatatgct 15947465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University