View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5440-Insertion-5 (Length: 1006)

Name: NF5440-Insertion-5
Description: NF5440
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5440-Insertion-5
NF5440-Insertion-5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-1006)||(44799365-44800366)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (656-726)||(8349624-8349694)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 921; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 921; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1006
Target Start/End: Complemental strand, 44800366 - 44799365
Alignment:
Q  7 acaatggaagtgatgcttctttctttatcattctagctgcatctctaactctaggcctcttctcataatctggatgcacacaaacaagccctaccaataa 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44800366 acaatggaagtggtgcttctttctttatcattctagctgcatctctaactctaggtctcttctcataatctggatgcacacaaacaagccctaccaataa 44800267  T
Q  107 catcctctccatctcaattacatcaaattcccccatcaatttcggatcagccgcctcaacgagtctattcttttcccacagtttccaaacatagtcacca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  44800266 catcctctccatctcaattacatcaaattcccccatcaatttcggatcagccgcctcaacgagtctattcttttcccacagactccaaacatagtcacca 44800167  T
Q  207 atgacagttccatcgtctgcaacaggcttcctcccagtcgcaacttcaattatcacgacaccaaaactatatacatcggtcttcacggttggaacacccg 306  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44800166 atgacagttccgtcgtctgcaacaggcttcctcccagtcgcaacttcaattatcacgacaccaaaactatatacatcagtcttcacggttggaacacccg 44800067  T
Q  307 aataaacatattcgggtgcaagatatcccattgttcctgctggtatagtagcatcccttgtactagaactatgttcatacacttctgctagtccaaaatc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44800066 aataaacatattcgggtgcaagatatcccattgttcctgctggtatagtagcatcccttgtactagaactatgttcatacacttctgctagtccaaaatc 44799967  T
Q  407 accaagctttgcattgaaatcaacatcaagcattatgttacatgtcttcacatctctatgaatgatttgtctctcacattcttcatgaagataggtaaga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44799966 accaagctttgcattgaaatcaacatcaagcattatgttacatgtcttcacatctctatgaatgatttgtctctcacattcttcatgaagataggtaaga 44799867  T
Q  507 gcagcagcaacacctagaattatattaactctttgtttccatgaaagaacaaatgaagaacttaaattcctatgcagaactttatcaaggcttccatttg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44799866 gcagcagcaacacctagaattatattaactctttgtttccatgaaagaacaaatgaagaacttaaattcctatgcagaactttatcaaggcttccatttg 44799767  T
Q  607 gtagatactcataaaccaaaaccaattcattcccttcacaacaccaccctttaagctgaaccagattcttgtgccgcaagcaacctaccattgtagcgaa 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44799766 gtagatactcataaaccaaaaccaattcattcccttcacaacaccaccctttaagctgaaccagattcttgtgccgcaagcaacctaccattgtagcgaa 44799667  T
Q  707 ctcggttgcaaaaggattgtgtaagcggtccaattcatcgattttttcgaatctcttgacagctacatcacctccaaatggaagtgaccctttataaact 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44799666 ctcggttgcaaaaggattgtgtaagcgatccaattcatcgattttttcgaatctcttgacagctacatcacctccaaatggaagtgaccctttataaact 44799567  T
Q  807 tttgctgatgccccttcaccaactagtctatctctattaaatcccattgtagctgatgtaatctctgaaagtgataacttgactggaactttatttgtct 906  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44799566 tttgctgatgcaccttcaccaactagtctatctctattaaatcccattgtagctgatgtaatctctgaaagtgataacttgactggaactttatttgtct 44799467  T
Q  907 gaaacctactactctgaccttccctaatctttctaattacannnnnnntttttccttttatcaaaacacatatcac-acgattagtgcc-atgcagaccc 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  44799466 gaaacctactactctgaccttccctaatctttctaattacacccccccttttccttttaatcaaaacacatatcacaacgattagtgccaatgcagaccc 44799367  T
Q  1005 ca 1006  Q
    ||    
T  44799366 ca 44799365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 47; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 656 - 726
Target Start/End: Original strand, 8349624 - 8349694
Alignment:
Q  656 tttaagctgaaccagattcttgtgccgcaagcaacctaccattgtagcgaactcggttgcaaaaggattgt 726  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||| || |||||||    
T  8349624 tttaagctgaaccagattcttgtgccgcaagcaaccaatcattgaagcaaactcggttgcgaacggattgt 8349694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University