View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5443-Insertion-3 (Length: 1001)

Name: NF5443-Insertion-3
Description: NF5443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5443-Insertion-3
NF5443-Insertion-3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-994)||(10194135-10195126)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (271-539)||(19459034-19459304)
chr1 (680-824)||(19458868-19459012)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 897; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 897; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 994
Target Start/End: Original strand, 10194135 - 10195126
Alignment:
Q  7 acataatctggtattgcaatttgtcataaactgcatcgcatcaattgcattcactgcaacatggaacttatcaaaattttctgtccctaacaccattcca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10194135 acataatctggtattgcaatttgtcataaactgaatc-----aattgcattcactgcaacatggaacttatcaaaattttctgtccctaacaccattcca 10194229  T
Q  107 ggcatcctgatatcaggatcaaggaattcgaactcatctgttactgaacatgccgcctaacagtgtttgatcataaatcgcaaattataattgacaagaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10194230 ggcatcctgatatcaggatcaaggaattcgaactcatctgttactgaacatgcagcctaacagtgtttgatcataaatcgcaaattataattgacaagaa 10194329  T
Q  207 ---------aaccctaaaccgtataagtagtgatcggatcttttgcacttcgcttgtctttcatcatatttatctttaaatgcgttacttattcaaaatc 297  Q
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10194330 aaaccagaaaaccctaaaccgtataagtagtgatcggatcttttgcacttcgcttgtctttcatcatatttatctttaaatgcgttacttattcaaaata 10194429  T
Q  298 gaatgctttgtttccaaaactcaagccagcacagctcatctcaatacaatagcttttgattaaaacaccgtttaaatccactaaagctaatcagcaaaat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10194430 gaatgctttgtttccaaaactcaagccagcacagctcatctcaatacaatagcttttgattaaaacaccgtttaaatccactaaagctaatcagcaaaat 10194529  T
Q  398 cacaggttcagaactaaactgtagataaccgaaaccaccctttacttcaagtgctgtcaagggtaatttgtgcagaaccaaaaatccccaaaactaaaat 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10194530 cacaggttcagaactaaactgtagataactgaaaccaccctttacttcaagtgctgtcaagggtaatttgtgcagaaccaaaaatccccaaaactaaaat 10194629  T
Q  498 tcatgtaaacacaaactaatacttgaactacaataaagcttcacataaataaatttgagcttctacactaatgcagagtacgccaatatgacaagctcaa 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  10194630 tcatgtaaacacaaactaatacttgaactacaataaagcttcacataaataaatttgagcttctacactaatgcagagtacaccaataagacaagctcaa 10194729  T
Q  598 actttgaaattgacaaagaaacatacgaagaaatcttaggggaggaaatagaagaattttttgaaccaaagaatacatggaaaaccaaagattcagttga 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10194730 actttgaaattgacaaagaaacatacgaagaaatcttaggggaggaaatagaagaattttttgaaccaaagaatacatggaaaaccaaagattcagttga 10194829  T
Q  698 gagaataaagcctcgtacagggtctggacattcagtcaatgcagatacaacataaaggggaggtttgtaagcctttaagaggctgctataactcagtttg 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10194830 gagaataaagcctcgtacagggtctggacattaagtcaatgcagatacaacataaagaggaggtttgtaagactttaagaggctgctataactcagtttg 10194929  T
Q  798 ttgcctcaaaaacctaatactacatcacaatccatcaatgaccagttcaaaattttatcatctgtatatctgtttaactgctaaaaaagaaatatcctat 897  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10194930 ttgcctcaaaaaccaaatactacatcacaatccatcaatgaccagttcaaaattttatcatctgtatatctatttaactgctaaaaaagaaatatcctat 10195029  T
Q  898 ctatagatacacacaccaataacggatatatatcagtacaaaaaacataccaacacccatctccagaaaaatttcttcctgtattgcagtggttaca 994  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10195030 ctatagatacacacaccaataaaggatatatatcagtacaaaaaacataccaacacccatctccagaaaaatttcttcctgtattgcagtggttaca 10195126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 271 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 19459304 - 19459034
Alignment:
Q  271 ctttaaatgcgttacttattcaaaatcgaatgctttgtttccaaaactcaagccagcacagctcatctcaatacaatagcttttgattaaaacaccgttt 370  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  19459304 ctttgaatgcgttacttgttcaaaatcaaactctttgtttccaaaactcaagccagcacagctcatctcaatacaatagcttttgattaaaatacggttt 19459205  T
Q  371 aaatccactaaagctaatcagcaaaatcacaggttcagaactaaactgtagataaccgaaaccaccctttacttcaagtgctgtcaagggtaatttgtgc 470  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||    
T  19459204 aaatccactgaagctaatcagcaaaatcacaggttcagaactaaactgtagataactgaaaccaccctttacatcaattgctgtcacaggtaatttgtgc 19459105  T
Q  471 agaaccaaaaatccccaaaactaaaattcatgta--aacacaaactaatacttgaactacaataaagcttc 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||    
T  19459104 agaaccaaaaatccccaaaactaaaattcatgtaagaacacatgctaatacttaaactataataaagcttc 19459034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 680 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 19459012 - 19458868
Alignment:
Q  680 aaccaaagattcagttgagagaataaagcctcgtacagggtctggacattcagtcaatgcagatacaacataaaggggaggtttgtaagcctttaagagg 779  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||| || |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19459012 aaccaaaggttcagttgagagaataaagcctcgtacagggttcggattttcattcgatgcagatacaataaaaaggggaggcttgtaagcctttaagagg 19458913  T
Q  780 ctgctataactcagtttgttgcctcaaaaacctaatactacatca 824  Q
    ||||||||||||||| |||   ||||||||||||| |||||||||    
T  19458912 ctgctataactcagtctgtgaactcaaaaacctaacactacatca 19458868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University