View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5444-Insertion-1 (Length: 869)

Name: NF5444-Insertion-1
Description: NF5444
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5444-Insertion-1
NF5444-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-833)||(26031018-26031843)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 833
Target Start/End: Original strand, 26031018 - 26031843
Alignment:
Q  7 attaattacaaaaaagaactactccaatgatttgtgtatatggtgttttgtgatagatggagatgcatcctgggtggagaaatgataagatgctcgaggc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26031018 attaattacaaaaaagaactactccaatgatttgtgtatatggtgttttgtgatagatggagatgcatcctgggtggagaaatgataagatgctcgaggc 26031117  T
Q  107 ttgcaagaagaacggcatccatgtcacggtaatttacacgaaggttttaaataaagggcgtgataacggttgtgtcgtgatctttggtaccgcggtacca 206  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26031118 ttgcaagaagaatggcatccatgtcacggtaatttacacgaaggttttaaataaagggcgtgataacggttttgtcgtgatctttggtaccgcggtacca 26031217  T
Q  207 cagagaattgcagtcaaatgaaattaatgtggcttcaattgctgccgcgttatgttgctcagatcgcgtacacaaacctttgtttaaaaccttgattact 306  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26031218 cagagaattgcaatcaaatgaaattaatgtggcttcaattgctgccgcgttatgttgctcagatcgcgtacacaaacctttgtttaaaaccttgattact 26031317  T
Q  307 acactcctaatttgattttcttcatttgtttatatggttttgtgattgaatttatgattagaattgtcaaaattgctgctctctaggcctattcaccact 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  26031318 acactcctaatttgattttcttcatttgtttatatggttttgtgattgaatttatgattagaattgtcaaaattgctgttatctaggcctattcaccact 26031417  T
Q  407 tggatcacaagatggtgggagagatctcatccatgatcaaacggttgataggatagccaagaagctgaacaagagtccagggcaagtgttggtgaagtgg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26031418 tggatcacaagatggtgggagagatctcatccatgatcaaacggttgataggatagccaagaagctgaacaagagtccagggcaagtgttggtgaagtgg 26031517  T
Q  507 gccatgcagagagggacaagtgtcattcccaaatcaaccaacccaaataggatcaaagagaatgtggttgtcttcaattgggaacttccagataatgact 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26031518 gccatgcagagagggacaagtgtcattcccaaatcaaccaacccaaataggatcaaagagaatgtggttgtcttcaattgggaacttccagataatgact 26031617  T
Q  607 tcaacaaacttagcaaaataccagatcaggtagctcacaagcatgggtcgaaatagtttccgatttgataaatagatctttaaaattgttaatttcatcc 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26031618 tcaacaaacttagcaaaataccagatcaggtagctcacaagcattggtcgaaatag-ttccgatttgataaatagatctttaaaattgttaatttcatcc 26031716  T
Q  707 aaaatggtccatccgttgacttctactattggagctatgatgtggcacgttaacgggatatactacattggcatgttgatctcacattaaggtcatccaa 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||   |||| ||||||| ||||||| ||| ||| || | ||||||| |    
T  26031717 aaaatggtccatccgttgacttctactattggagctatgacgtggaacattaaccaaatatgctacatt-gcatgttcatcccacgttgacgtcatccca 26031815  T
Q  807 ctagtgcctatg-aattcaggtcttctt 833  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||    
T  26031816 ttagtgcctatgaaattcaggtcttctt 26031843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University