View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5448-Insertion-7 (Length: 701)

Name: NF5448-Insertion-7
Description: NF5448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5448-Insertion-7
NF5448-Insertion-7
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-701)||(26732905-26733603)
chr4 (298-667)||(26724460-26724814)
chr4 (8-239)||(26725058-26725289)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 26733603 - 26732905
Alignment:
Q  8 taaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgcttttcatctttctcttttgctcagttttgtacctatgaattggtttgcaatgcttgcattg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26733603 taaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgtttttcatctttctcttttgctcagttttgtacctatgaattggtttgcaatgtttgcattg 26733504  T
Q  108 ggtgtatttaatttctctttttggtaccacac-----tcacactacatgcagtgattgcattctgtatttataataagtacaattatagttaatttaatt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733503 ggtgtatttaatttctctttttggtaccacaccactctcacactacatgcagtgattgcattctgtatttataataagtacaattatagttaatttaatt 26733404  T
Q  203 gatgttatcttattggttaacatatggtagagtggagtataatctttgtgtaatatcctatttcccactagttaagtccacgagtagacttaatttactt 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733403 gatgttatcttattggttaacatatggtagagtggagtataatctttgtgtaatatcctatttcccactagttaagtccacgagtagacttaatttactt 26733304  T
Q  303 ttgtaacaaagatgcaattctttgtaaaagacacactttagaatgaaaccaaagttgatttatgtatttctccaaattnnnnnnngaaactggagagaag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||    
T  26733303 ttgtaacaaagatgcaattctttgtaaaagacacactttggaatgaaaccaaagttgatttatgtatttttccaaattaaaaaaagaaactggagagaag 26733204  T
Q  403 aaaaggtgttttacgtggaagaattggaactttgtatttgagaaagttgttgctcgtgaaaaggtgaaggcattgattctatgtttcaagttatttccac 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733203 aaaaggtgttttacgtggaagaattggaactttgtatttgagaaagttgttgctcgtgaaaaggtgaaggcattgattctatgtttcaagttatttccac 26733104  T
Q  503 catcatccactagatattgcagaatcgtattctatgtttggttaaagtgtattatgcattagttaaatttttaattgtttttatgcgtatatggttctgt 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733103 catcatccactagatattgcagaatcgtattctatgtttggttaaagtgtattatgcattagttaaatttttaattgtttttatgcgtatatggttctgt 26733004  T
Q  603 cccaaacattttcaagtttaaatataaataatctttttggattatactagagtgattagatgtaaatcaactttgtgacaatggattatagctagagca 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733003 cccaaacattttcaagtttaaatataaataatctttttggcttatactagagtgattagatgtaaatcaactttgtgacaatggattatagctagagca 26732905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 298 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 26724814 - 26724460
Alignment:
Q  298 tacttttgtaacaaagatgcaattctttgtaaaagacacactttagaatgaaaccaaagttgatttatgtatttctccaaattnnnnnnngaaactggag 397  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||       |||| ||| |    
T  26724814 tacttttgtgacaaagatgcaattctttgttaaagacgcactttggaatgaaaccaaagttgatttatgtagtttgccaaattaaaaaa-gaaaatgggg 26724716  T
Q  398 agaagaaaaggtgttttacgtggaagaattggaactttgtatttgagaaagttgttgctcgtgaaaaggtgaaggcattgattctatgtttcaagttatt 497  Q
    ||||||||||||||||      ||  ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26724715 agaagaaaaggtgttt------gagaaattggaa-------tttgagaaagttgttgctcgtgaaaaggtgaaggcattgattctatgtttcaagttatt 26724629  T
Q  498 tccaccatcatccactagatattgcagaatcgtattctatgtttggttaaagtgtattatgcattagttaaatttttaattgtttttatgcgtatatggt 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26724628 tccaccatcatccactagatattgcagaatcgtattctatgtttggttaaagtgtattatgcattagttaaatttttaattgtttttatgcgtatatggt 26724529  T
Q  598 tctgtcccaaacattttcaagtttaaatataaataatctttttggattatactagagtgattagatgtaa 667  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26724528 tctgtccctaacatttccaagttt-aatataaataatctttttggcttatactagagtgattagatgtaa 26724460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 8 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 26725289 - 26725058
Alignment:
Q  8 taaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgcttttcatctttctcttttgctcagttttgtacctatgaattggtttgcaatgcttgcattg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26725289 taaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgcttttcatctttctcttttgctaagttttgtacctatgaattggtttgcaatgtttgcattg 26725190  T
Q  108 ggtgtatttaatttctctttttggtaccacactcacactacatgcagtgattgcattctgtatttataataagtacaattatagttaatttaattgatgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26725189 ggtgtatttaatttctctttttggtaccacactcacactacatgcagtgattgcattctatatttataataagtacaattatagttaatttaattgatat 26725090  T
Q  208 tatcttattggttaacatatggtagagtggag 239  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  26725089 tatcttatttgttcacatatggtggagtggag 26725058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University