View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5448_high_1 (Length: 985)

Name: NF5448_high_1
Description: NF5448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5448_high_1
NF5448_high_1
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-496)||(11860726-11861224)
chr5 (514-972)||(11861356-11861805)
chr5 (1-500)||(11828591-11829096)
chr5 (506-972)||(11829222-11829706)
chr5 (530-972)||(11900713-11901146)
chr5 (521-968)||(12040158-12040596)
chr5 (307-500)||(11901284-11901477)
chr5 (307-500)||(12039824-12040017)
chr5 (160-289)||(11901516-11901645)
chr5 (700-962)||(11733223-11733485)
chr5 (147-289)||(12039643-12039785)
chr5 (112-276)||(11732512-11732676)
chr5 (304-452)||(11732725-11732876)
chr5 (306-363)||(11973736-11973793)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 496
Target Start/End: Original strand, 11860726 - 11861224
Alignment:
Q  1 ttcttgactctaagatgggatca---cgaggaggaagaaagcgatgtcgtcatcgataataaatttatggattttctcgagccacatcagaatctgaaag 97  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11860726 ttcttgactctaagatgggatcatgacgaggaggaagaaagcaatgtcgacattgataataaatttatcgattgtctcgagccacatcagaatctgaaag 11860825  T
Q  98 tgctattagtcgtcgggtaccatggccacatgttgtctaattggctcacttcacttcaattccttgttaagtttaccttgaacgactgtcccaattgcaa 197  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11860826 agctattagttgtcgggtaccatggccacatgttgtctaattggctcgcttcacttcaattccttggtaaatttaccttgaacgactgtcccaattgcaa 11860925  T
Q  198 atttctcccaccaatggatcagcttccacgtctcaaggttctccaacttcgtagattggactctttgaaattcattgcaaagaacaatcaagataatacn 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||     
T  11860926 atttctcccaccaatggatcagcttccacatctcaaggttctccaacttcggagattggactctttgaaattcattgcagagaacaatcacactaataca 11861025  T
Q  298 nnnnnnttctttccatgcttgaaggaacttacaatctcagattgtcctaatctaaaaagttggtgggaaaaagacatatcggaaaaagatagaccatctt 397  Q
          |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  11861026 ccaaaattctttccatccttgaaggaacttgcaatctcagattgtcctaatctaaaaagttggtgggaaaaagacatacgggaaaatgatagaccatctt 11861125  T
Q  398 tcagttgcatttcaaagctaaatatccaatattgtcctcagttagcttgcatgccgctatatcccggtcttgatgatgagctcgttctggtggagtcga 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11861126 tcagttgcatttcaaagctaaatatccaatattgtcctcagttagcttccatgccactatatcccggtcttgatgatgagctcgttgtggtggagtcga 11861224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 514 - 972
Target Start/End: Original strand, 11861356 - 11861805
Alignment:
Q  514 tggctcgaaaacctcatttcacttaaggaacttcacattagagattgttttaatttaacgtctctgccacaaggttttaagtctttgagttcactctcat 613  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |     
T  11861356 tggctcaaaaacttcatttcacttgaggaacttcacattagagattgttttaatttagcgtctctaccacaaggtttcaagtctttgagttcactccaaa 11861455  T
Q  614 cactatctattgaaaaatgtgaacaacttgtttttgatattgacaaattcgctggaactgaatgggagggtctgaaaaatcttcgttctcttacgttaag 713  Q
    ||||  ||||||||| |||| || ||||||      || ||||||||    |   || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  11861456 cactcactattgaaagatgtcaagaacttg------atcttgacaaacatcc---aaatgagtgggagggtctgaaaaaccttcgttctcttacattaag 11861546  T
Q  714 gagtattccaaaactgaagacccttccatggggacctgaaaacgtgaaaactttggaagacttaaggatttatgattgccatggtttaacttctttacca 813  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  11861547 gagtattccaaaacttaagtcccttccatggggagttgaaaatgtgaacactttgaaagacttaaggatttatgattgtcatggtttaacttttttacca 11861646  T
Q  814 gaaagtataggtaacctaacttcacttgaaaaactggttctttctgaatgcagaaagttaggttctctgcccaaaggaatggaaaagcttgagtctctaa 913  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11861647 gaaagtataggtaacctcacttcacttgaaaaactggttctttctgaatgcagaaagttagattctctgcccaaaggaatggaaaagcttgagtctctaa 11861746  T
Q  914 atactttgattattatggattgccctttgttattgccaaggtgtcaaccagacacaggt 972  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11861747 atactttgattattatggattgccctttgttattgccaaggtgtcaaccagacacaggt 11861805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 11828591 - 11829096
Alignment:
Q  1 ttcttgactctaagatgggatcacgaggagga------agaaagcgatgtcgtcatcgataataaatttatggattttctcgagccacatcagaatctga 94  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||| ||||||  |  || || ||||   | |||| |||| |||||||||  ||||||     
T  11828591 ttcttgactctaagatgggatcacgatgaggaggacgaagaaagcaatgtcgagaaagacaagaaatcgcttgattgtctccagccacatccaaatctgc 11828690  T
Q  95 aagtgctattagtcgtcgggtaccatggccacatgttgtctaattggctcacttcacttcaattccttgttaagtttaccttgaacgactgtcccaattg 194  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || ||||  |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  11828691 aagtgctattagttgtcgggtacaacggtcacacattgtctaactggctcgcttcacttcaatgccttgttaagtttaccttgaatgactgtcccaaatg 11828790  T
Q  195 caaatttctcccaccaatggatcagcttccacgtctcaaggttctccaacttcgtagattggactctttgaaattcattgcaaagaacaatcaagataat 294  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||    
T  11828791 cgaatttctcccaccaatggatgagcttccacatctcaaggttctccaacttcggagattggactctttgaaatttattgcaaagaacaatcaagctgat 11828890  T
Q  295 acnnnnnnnttctttccatgcttgaaggaacttacaatctcagattgtcctaatctaaaaagttggtgggaaaaagacatatcggaaaaagatagaccat 394  Q
    ||       |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||    
T  11828891 acacctatattctttccatccttgaaggaactaacaatctcagattgtcttaaactaaaaggttggtgggaaaatgacatatgggacaatgatagaccat 11828990  T
Q  395 ctttcagttgcatttcaaagctaaatatccaatattgtcctcagttagcttgcatgccgctatatcccggtcttgatgatgagctcgttctggtggagtc 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11828991 ctttcagttgcatttcaaagctaaatatccaatactgtcctcaattagcttgcatgctgctctatcccggtcttgatgatgagctcgttctggtggagtc 11829090  T
Q  495 gaacgt 500  Q
    ||||||    
T  11829091 gaacgt 11829096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 506 - 972
Target Start/End: Original strand, 11829222 - 11829706
Alignment:
Q  506 cagagagttggctcgaaaacctcatttcacttaaggaacttcacattagagattgttttaatttaacgtctctgccacaaggttttaagtctttgagttc 605  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| ||||||||||| |||| ||| || ||    
T  11829222 cagagagttggcttaaaaacttcatttcacttgaggaacttcacattagagattgttttattttggagtctctaccacaaggtttcaagtttttaagctc 11829321  T
Q  606 actctcatcactatctattgaaaaatgtgaacaacttgtttttgatattgacaaattcgctggaactg------------------aatgggagggtctg 687  Q
    ||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||| | || |||||||||| ||| |||||||                  ||||||||||||||    
T  11829322 actcatatcactttctattgaaagatgtgaacaacttgttctggacattgacaaatccgccggaactgaatgggatggtctgactgaatgggagggtctg 11829421  T
Q  688 aaaaatcttcgttctcttacgttaaggagtattccaaaactgaagacccttccatggggacctgaaaacgtgaaaactttggaagacttaaggatttatg 787  Q
    ||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11829422 aaaaaccttcaatctcttacattaaggagtattccaaaactgaagtcccttccatggggagttgaaaacgtgaaaactttgaaagacttgaggatttatg 11829521  T
Q  788 attgccatggtttaacttctttaccagaaagtataggtaacctaacttcacttgaaaaactggttctttctgaatgcagaaagttaggttctctgcccaa 887  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  11829522 attgtcatggtttaacttctttaccagaaagtataggtaacctcacttcacttgaaagactggttctttctgaatgcagaaatttagattctcttcccaa 11829621  T
Q  888 aggaatggaaaagcttgagtctctaaatactttgattattatggattgccctttgttattgccaaggtgtcaaccagacacaggt 972  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11829622 aggaatggaaatgcttcagtctctaaatactttgattattatggattgccctttgttattgccaaggtgtcaaccagacacaggt 11829706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 530 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 11901146 - 11900713
Alignment:
Q  530 tttcacttaaggaacttcacattagagattgttttaatttaacgtctctgccacaaggttttaagtctttgagttcactctcatcactatctattgaaaa 629  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||  ||||||| |     
T  11901146 tttcgcttgaggaacttcacattagagattgtgttattttaaagtctttaccacaaggtttcaagtctttgagttcactcatatcactcactattgagag 11901047  T
Q  630 atgtgaacaacttgtttttgatattgacaaattcgctggaactgaatgggagggtctgaaaaatcttcgttctcttacgttaaggagtattccaaaactg 729  Q
    ||||||| ||||||      || | ||||   || | |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  11901046 atgtgaagaacttg------atctcgaca---tctccggaactgaatggaagggtctgagaaagcttcgttctcttacattaaggagtattcccaaactc 11900956  T
Q  730 aagacccttccatggggacctgaaaacgtgaaaactttggaagacttaaggatttatgattgccatggtttaacttctttaccagaaagtataggtaacc 829  Q
    ||| |||||||| ||| |  ||||||| ||||  ||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||||    || ||||||| ||||||||||    
T  11900955 aagtcccttccaagggaaattgaaaacttgaactctttgcatgatttaaggctttatgattgccatggtctaactgacctaacagaaagcataggtaacc 11900856  T
Q  830 taacttcacttgaaaaactggttctttctgaatgcagaaagttaggttctctgcccaaaggaatggaaaagcttgagtctctaaatactttgattattat 929  Q
    | ||||| ||||  ||||| ||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||| || ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  11900855 tcacttcccttggcaaactagttatttctgaatgcagaaatttagattatctgcccaaggggatggaaatgctacagtctctaaatactttgattattat 11900756  T
Q  930 ggattgccctttgttattgccaaggtgtcaaccagacacaggt 972  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11900755 ggattgccctttgttattgccaaggtgtcaacccgacacaggt 11900713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 521 - 968
Target Start/End: Original strand, 12040158 - 12040596
Alignment:
Q  521 aaaacctcatttcacttaaggaacttcacattagagattgttttaatttaacgtctctgccacaaggttttaagtctttgagttcactctcatcactatc 620  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| | |||||| ||  |||||||   ||||||||||||||||  | ||||  |    
T  12040158 aaaacttcatttcacttaaggaacttcacattcgagattgtttccatttgaagtctctacctgaaggtttccggtctttgagttcactcgaaacactcac 12040257  T
Q  621 tattgaaaaatgtgaacaacttgtttttgatattgacaaattcgctggaactgaatgggagggtctgaaaaatcttcgttctcttacgttaaggagtatt 720  Q
    |||||||| |||| ||||||||| | ||||          | | |   || ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  12040258 tattgaaagatgtcaacaacttgatcttgag---------tcctccccaaatgagtgggagggtctgataaaccttcgttctcttacattaaggagtatt 12040348  T
Q  721 ccaaaactgaagacccttccatggggacctgaaaacgtgaaaactttggaagacttaaggatttatgattgccatggtttaacttctttaccagaaagta 820  Q
    ||||| || ||| |||||||   ||||   || |  |||||  ||||  ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| |    
T  12040349 ccaaatctcaagtcccttcctcagggattcgagattgtgaactctttacaagtcttaaggctttatgattgccagggtttaacttctctcccggaaagca 12040448  T
Q  821 taggtaacctaacttcacttgaaaaactggttctttctgaatgcagaaagttaggttctctgcccaaaggaatggaaaagcttgagtctctaaatacttt 920  Q
    || | ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||    
T  12040449 tatgcaacttcgcttcacttgaaaaactggttctttcggaatgcagaaagttagattctctgcccaaaggaatggaaacgctacagtctctaaagacttt 12040548  T
Q  921 gattattatggattgccctttgttattgccaaggtgtcaaccagacac 968  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12040549 gattattagggactgcccgttgttattgccaaggtgtcaaccagacac 12040596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 307 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 11901477 - 11901284
Alignment:
Q  307 tttccatgcttgaaggaacttacaatctcagattgtcctaatctaaaaagttggtgggaaaaagacatatcggaaaaagatagaccatctttcagttgca 406  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||  || |||||||||| |||||||||||    
T  11901477 tttccatccttgaaggaacttacaatttcggattgtcctaatctgaaaagttggtgggaaaatgagatttggggtaatgatagaccatatttcagttgca 11901378  T
Q  407 tttcaaagctaaatatccaatattgtcctcagttagcttgcatgccgctatatcccggtcttgatgatgagctcgttctggtggagtcgaacgt 500  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  11901377 tttcaaaactaaacatccaatgttgtcctaaattagcttgcatgcctctatatcctggtcttgatgatgagcttgttcttgtggagtcgaacgt 11901284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 307 - 500
Target Start/End: Original strand, 12039824 - 12040017
Alignment:
Q  307 tttccatgcttgaaggaacttacaatctcagattgtcctaatctaaaaagttggtgggaaaaagacatatcggaaaaagatagaccatctttcagttgca 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  || |||| ||| || ||||||||||||||||||||||    
T  12039824 tttccatccttgaaggaacttacaatctcggattgtccaaatctaaacagttggtgggaaactgagatatgggataatgatagaccatctttcagttgca 12039923  T
Q  407 tttcaaagctaaatatccaatattgtcctcagttagcttgcatgccgctatatcccggtcttgatgatgagctcgttctggtggagtcgaacgt 500  Q
    |||| || |||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12039924 tttccaaactaaatgtccaatattgccccaagttagcttgcatgccactatatcctaatcttgatgatgagctcgttctggtggagtcaaacgt 12040017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 160 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 11901645 - 11901516
Alignment:
Q  160 cttgttaagtttaccttgaacgactgtcccaattgcaaatttctcccaccaatggatcagcttccacgtctcaaggttctccaacttcgtagattggact 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  11901645 cttgttaagtttaccttgaacgactgtcccaaatgcgagtttctccccccaatggatcagcttccacatctcaaggttctccaaattcggagactggact 11901546  T
Q  260 ctttgaaattcattgcaaagaacaatcaag 289  Q
    || |||||||||||||| | ||||||||||    
T  11901545 ctctgaaattcattgcagaaaacaatcaag 11901516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 700 - 962
Target Start/End: Original strand, 11733223 - 11733485
Alignment:
Q  700 tctcttacgttaaggagtattccaaaactgaagacccttccatggggacctgaaaacgtgaaaactttggaagacttaaggatttatgattgccatggtt 799  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||| || | |||  || |||| ||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  11733223 tctcttactttaaggagtattccaaaactagtgacccttacacgcggatttggaaacttgaaatcattgaaagatttaaggatttatgattgccctagtt 11733322  T
Q  800 taacttctttaccagaaagtataggtaacctaacttcacttgaaaaactggttctttctgaatgcagaaagttaggttctctgcccaaaggaatggaaaa 899  Q
    |||||  |||||||||||  ||||  || || |||||||||    ||||||||||||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||  |||    
T  11733323 taactcatttaccagaaaccatagacaatctcacttcacttcgtgaactggttctttctgaatgcagaagtatggattctctgcccaaaggaatgataaa 11733422  T
Q  900 gcttgagtctctaaatactttgattattatggattgccctttgttattgccaaggtgtcaacc 962  Q
    |||   ||| |||  ||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11733423 gctcacgtcactatttaccttgatcattatggactgccccttgttattgccaaggtgtcaacc 11733485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 147 - 289
Target Start/End: Original strand, 12039643 - 12039785
Alignment:
Q  147 ttcacttcaattccttgttaagtttaccttgaacgactgtcccaattgcaaatttctcccaccaatggatcagcttccacgtctcaaggttctccaactt 246  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12039643 ttcacttcattgtcttgttaagtttaccttgaatgactgcccaaaatgcgaatttctcccgccaatggatgagcttccacatctcaaggttctccaactt 12039742  T
Q  247 cgtagattggactctttgaaattcattgcaaagaacaatcaag 289  Q
    || || ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  12039743 cgaaggttggactcactgaaattcattgcaaaaaacaatcaag 12039785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 112 - 276
Target Start/End: Original strand, 11732512 - 11732676
Alignment:
Q  112 gggtaccatggccacatgttgtctaattggctcacttcacttcaattccttgttaagtttaccttgaacgactgtcccaattgcaaatttctcccaccaa 211  Q
    |||||| |||||| ||  || ||||| ||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| || ||||    
T  11732512 gggtacaatggccgcaccttatctaaatggctcgattcgcttcaatgccttgttaagtttaccttgagtgactgtcctaaatgcaaatttctaccgccaa 11732611  T
Q  212 tggatcagcttccacgtctcaaggttctccaacttcgtagattggactctttgaaattcattgca 276  Q
    | ||||| ||||||  |||||||| |||||| ||||| || ||||| ||| |  |||||||||||    
T  11732612 tcgatcaccttccaaatctcaaggctctccatcttcggaggttggaatctcttgaattcattgca 11732676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 304 - 452
Target Start/End: Original strand, 11732725 - 11732876
Alignment:
Q  304 ttctttccatgcttgaaggaacttacaatctcagattgtcctaatctaaaaagttggtgggaaaaag---acatatcggaaaaagatagaccatctttca 400  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| |   | | || | ||||| | ||||||||||||     
T  11732725 ttctttccagccttgaaggagcttacaatttcggattgtcctaaactcgaaagttggtgggaaaatgataagacattgaaaaaaaacagaccatctttcc 11732824  T
Q  401 gttgcatttcaaagctaaatatccaatattgtcctcagttagcttgcatgcc 452  Q
     |||||||||||| |||||||||| || ||||||| | ||||| ||| ||||    
T  11732825 cttgcatttcaaaactaaatatccgatgttgtcctaaattagcatgcgtgcc 11732876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 11973793 - 11973736
Alignment:
Q  306 ctttccatgcttgaaggaacttacaatctcagattgtcctaatctaaaaagttggtgg 363  Q
    ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  11973793 ctttccatctttggaggaactcacaatctcagattgtcctaatctcaagaggtggtgg 11973736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University