View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5450-Insertion-1 (Length: 921)

Name: NF5450-Insertion-1
Description: NF5450
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5450-Insertion-1
NF5450-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-911)||(45081711-45082624)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 718; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 911
Target Start/End: Original strand, 45081711 - 45082624
Alignment:
Q  8 atatatgcctcacatgcatattgtttcagactggattaggtcccatccaaaccggacttataggtcagtggtcgcatgatatcaatcagccgttgatccg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45081711 atatatgcctcacatgcatattgtttcagactggattagggcccatccaaaccggacttataggtcagtggtcgcatgatatcaatcagccgttgatccg 45081810  T
Q  108 catatcacaacgggatccagatgtctagtaacattctcaacggactttttcgttattttccctcaacggtatcactatataaggaatttccttcctctta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45081811 catatcacaacgggatccagatgtctagtaacattctcaacggactttttcgttattttccctcaacggtatcactatataaggaatttccttcctctta 45081910  T
Q  208 agaaaattatacactatttcagttcaccgctcactccccttaatcttgattaacttgtgcgtcaaggtgtttgcaaataccccaccacaacagagacctt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45081911 agaaaattatacactatttcagttcaccgctcactccccttaatcttgattaacttgtgcgtcaaggtgtttgcaaataccccaccacaacagagacctt 45082010  T
Q  308 ctagatgccttgtcgtcctctgtcacgcttcaacatctccaaccaccgttcgagatctaattcggatcacatatgttattatgttaatggaattaatata 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45082011 ctagatgccttgtcgtcctctgtcacgcttcaacatctccaaccaccgttcgagatctacttcggatcacatatgttgttatgttaatggaattaatata 45082110  T
Q  408 atatcctaatccatgtcatgcaacaaaagcatgtcacttatttatgaatagcttatgtgcgtgtaaatgataaactttagggacaacctttt-------- 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  45082111 atatcctaatccatgtcatgcaacaaaagcatgtcacttatttatgaatagcttatgtgcgtgtaaatgataaactttagggacaacctttttagtgata 45082210  T
Q  500 ---tggtggagaagattcacccccttatcaacaataatggtccaaataattatcatcactacaacatgaaagcaagaccgcacttgtttacgagtttact 596  Q
       | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45082211 gtattgtgtggaagattcacccccttatcaacaataatggtccaaacaattatcatcattacaacatgaaagcaagaccgcacttgtttacgagtttact 45082310  T
Q  597 tgaaaaagggggttttcaaaagagagggaat-aaaagtgtataagcaattacaggaacaaagtatgtgagtggtaatgttgtatgacattctactattcc 695  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45082311 tgaaaaa-ggggttttcaaaagagagggaataaaaagtgtataagcaattacaggaacaaagtatgtgagtggtaatgttgtatgacgttctactattcc 45082409  T
Q  696 ttggtggggttcattacattaactcattcgttgattttggcttatagagcttacatcgctgtctaattattccaaaatctctgtcgttttgaggtnnnnn 795  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||         
T  45082410 ttggtggggttcattacattaactcattctttgatttt-gcttatagagcttacatcgctgtctaattattccaaaatctctgtcgttttga-gtaaaaa 45082507  T
Q  796 nnntggtaacaaaaagatcaaaaccaatagtgtaacat-acatcatactataaaaa--caaagtagtcgggtttacatcatctaataggttgtggattgg 892  Q
         |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||   ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | |    
T  45082508 aaaatgtaacaaaaagatcaaaaacaatagtgtaacataatatcatactataaaaaacaaaagtagtc-ggttaacatcatctaatagg-tgtggaattg 45082605  T
Q  893 aaccacaaaaagttatatt 911  Q
    |||||||||||||||||||    
T  45082606 aaccacaaaaagttatatt 45082624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University