View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5453-Insertion-3 (Length: 912)

Name: NF5453-Insertion-3
Description: NF5453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5453-Insertion-3
NF5453-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (26-912)||(39503753-39504642)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 822; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 822; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 912
Target Start/End: Original strand, 39503753 - 39504642
Alignment:
Q  26 aatgtctgaatctaatgttaaaatgctaataaaaccaacaagaaatcattaaacatgaaactaggc----tagctacgacgaaatcccaaaacttcatcc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39503753 aatgtctgaatctaatgttaaaatgctaataaaaccaacaagaaatcattaaacatgaaactaggcaggctagctacgacgaaatcccaaaacttcatcc 39503852  T
Q  122 aaacaatagttatcaatagacccaaaatcatgaaagaactcttcatccataccaatttcatcatctttactcaatgccatttccataggatcttcattct 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39503853 aaacaatagttatcaatagacccaaaatcatgaaagaactcttcatccataccaatttcatcatctttactcaatgccatttccataggatcttcattct 39503952  T
Q  222 cctcagccacaacttgcttccctttcacctcatcttccaacacaacagcaggcatatgaccctcaaacaaagcaacatgtccaaacaacttatccttcct 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39503953 cctcagccacaacttgcttccctttcacctcatcttccaacacaacagcaggcatatgaccctcaaacaaagcaacatgtccaaacaacttatccttcct 39504052  T
Q  322 ggaaaaagtactcccacaagaacacttccacttagactcaccacattgcctcatatgactcttcaaatccgaaagcattgaataattcttcttacgacaa 421  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39504053 agaaaaagtactcccacaagaacacttccacttagactcaccacattgcctcatatgactcttcaaatccgaaagcattgaataattcttcttacgacaa 39504152  T
Q  422 agattacacgaatacatcttcggacaatgactcctcttgaaatgggtcttcacacaaatcaccgatttcaatgctttgaatttcttatgttttttgtttc 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39504153 agattacacgaatacatcttcggacaatgactcctcttgaaatgggtcttcacacaaatcaccgatttcaatgctttgaatttcttatgctttttgtttc 39504252  T
Q  522 tgttacatccttcaaacggacacgagaattgcgttggacgacggagcatgtttaaaggcttcgctaaagcttccggcgtcttgaattgattcccgtgagc 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39504253 tgttacatccttcaaacggacacgagaattgcgttggacgacggaccatgtttaaaggcttcgctaaagcttccggcgtcttgaattgattcccgtgagc 39504352  T
Q  622 tctcatgtgcatccggagattcgcgtcgcgcttgaagcctttgccgcatatctcgcaaaagtggagatgttcagctagcaattccatggcgtcgagctcc 721  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39504353 tctcatgtgcatccggagattcgcgtcgcgcttgaagcctttgccgcatatctcgcaaaagtggagatgttcagctagcaattccatggcgtcgagctcc 39504452  T
Q  722 acaatttcgcaattggaatcttccacgacggcgaggggtttgttgttgacagaatcgaaggtggcggagggaaagacggaggcgccaggaacgagggcgg 821  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39504453 acaatttcgcaatcggaatcttccacggcggcgagggggttgttgttgaaagaatcgaaggtggcggaggggaagacggagacgccaggaacgagggcgg 39504552  T
Q  822 cggcgttgactatggtatggtggaggacagtgaagatatggttggagacggcggttaatttgatcgttggtgacaggagcgttggtggtga 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39504553 cggcgttgactatggtatggtggaggacggtgaagatttggttggagacggcggttaa-ttgatcgttggtgacaggagcgttggtggtga 39504642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University