View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5453-Insertion-5 (Length: 740)

Name: NF5453-Insertion-5
Description: NF5453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5453-Insertion-5
NF5453-Insertion-5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-733)||(48881921-48882641)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 48882641 - 48881921
Alignment:
Q  8 gaaactagtggtaaggttatgaaatttgtaattttaccggataaagaagttgacacgtcaaggataccggaaaagcttgtggaatatcaggttgttgatt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48882641 gaaactagtggtaaggttatgaaatttgtaattttaccggataaagaagttgacacgtcaaggataccggaaaagcttgtggaatatccggttgttgatt 48882542  T
Q  108 tatcaagtgtgacgcaaacacggtatattgctatgtatgagtacacgagtgatattgatgaaccgattcacttgtatttcaacgcgaaaccttacgaagc 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48882541 tatcaagtgtgacggaaacacggtatattgctatgtatgagtacacgagtgatattgatgaaccgattcacttgtatttcaacgcgaaaccttacgaagc 48882442  T
Q  208 acaggttacagaaattgtgaaagtggggtccagtgaggtgtggtatgtgattaatttgactgatgataatcacccacttcatattcatttgggtttgttt 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48882441 acaggttacagaaattgcgaaagtggggtccagtgaggtgtggtatgtgattaatttgactgatgataatcacccacttcatattcatttgggtttgttt 48882342  T
Q  308 aaggttttggatcagaccgagcttgtgaaatctgatgaatttaaggattgtatgacgaaaaataatgatgccgtgaagtgccacgtggatgagcatgcac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48882341 aaggttttggatcagaccgagctagtgaaatctgatgaatttaaggattgtatgacgaaaaataatgatgctgtgaagtgccacgtggatgagcatgcac 48882242  T
Q  408 gtgggaagaaagttaaggtgcctgattatgagaaagggtggaagaatgtgtttaagatgagacctgggtttgttacaaagattgttgttaggtttgctta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48882241 gtgggaagaaagttaaggtgcctgattatgagaaagggtggaagaatgtgtttaagatgagacctgggtttgttacaaagattgttgttaggtttgctta 48882142  T
Q  508 catacataccaatgcaacgtatgggtttgatgcaactaaggagtctggttacgtgtatcattgtcatgtaagtgcttataa-atatannnnnnngtaaca 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||        ||||||    
T  48882141 catacataccaatgcaacgtatgggtttgatgcaactaaggagtctggttacgtgtatcattgtcatgtaagtgcttataatatat-tttttttgtaaca 48882043  T
Q  607 attattaaaaaatatacatgtattgatcctcatttttgatgtagatattggaccatgaagacaatgctatgatgaagaccctttgaagatgatcaggtga 706  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  48882042 attatt-aaaaatatacatgtattgatactca-ttttgatgtagatattggaccatgaagacaatgctatgatg-agaccc-ttgaagatgatcaagtga 48881947  T
Q  707 agcttctccaatggataatataggtgc 733  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  48881946 agcttctccaat-gataatataggtgc 48881921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University