View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5455-Insertion-1 (Length: 820)

Name: NF5455-Insertion-1
Description: NF5455
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5455-Insertion-1
NF5455-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-819)||(1583989-1584795)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 819
Target Start/End: Original strand, 1583989 - 1584795
Alignment:
Q  8 caactaacatagagaaattgatatagcaattgaggaagtgatagtcactacccgctatataatttatgagttgaagttcattacatgtattagactccat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1583989 caactaacatagagaaattgatatagcaattgaggaagtgatagtcactacccgctatataatttatgagttgaagttcattacatgcattagactccat 1584088  T
Q  108 catgttgtagcatatcatcaagatgtaacgatacataaaaagtgcataactaatttcagtattttataatcatttggacgtgtgcaagccatttctactg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1584089 catgttgtagcatatcatcaagatgtaatgatacataaaaagtgcataactaatttcagtattttataatcatttggatgtgtgcaagccatttctactg 1584188  T
Q  208 attttatctaccggttaatgtgtgtgagagagattagaaaataatacccaaatcatgagattataaattaagcttttatcattgagttaacactgtaagt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1584189 attttatctaccggttaatgtgtgtgagagagattagaaaataataccaaaatcatgagattataaattaagcttttatcattgagttaacactctaagt 1584288  T
Q  308 gtaaaatgtttctaaagtcgattaaaagagtgatcgaaaaattagagtgtccnnnnnnnnncttttcaaaatcttaaactacaccaagatatagtcttag 407  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1584289 gtaaaatgtttctaaagccgattaaaagagtgatcgaaaaattagagtgtcctttttttt-cttttcaaaatcttaaactacaccaagatatagtcttag 1584387  T
Q  408 ccctctaaaaccattccctataaaatccaactagaaaattttttacatctaaaaataatcatctcgttagttgatttcgacagatagactattaggcaag 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1584388 ccctctaaaaccattccctataaaatccaactagcaaattctttacatctaaaaataatcatctcgttagttgatttcgacagatagactattaggcaag 1584487  T
Q  508 gaagcctctcaatcgatggaaggatatgctatgctaaagcagcagagcgagggaagttgattatttctcataaccactaacttagtatgcgggtcgcaaa 607  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1584488 gaagcctctcaatcaatggaaggatatgctatgctaaagcagcagagcgagagaagttgattatttctcataaccactaacttagtatgcgggtcgcaaa 1584587  T
Q  608 tgcctcaaactgattcgaaacatagtgagattggacaatgacgcaagaaactcacattcaatatttttaacaaactaaccgcatgaagggatgagatgag 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1584588 tgcctcaaactgattcgaaacatagtgagattggacaatgacgcaagaaactcacattcaatatttttaacaaactaaccgcatgaagggatgagatgag 1584687  T
Q  708 acataatctcgtaagagttgcgctctaagggactatgtgaacgcaccacaccttgaagaagggagataacaagtgtatttaacacatcccttaatcaaat 807  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1584688 acataatctcgtaagagttgtgctctaa-ggactatgtgaacgcaccacaccgtgaagaa-ggagataacaagcgtatttaacacat-ccttaatcaaat 1584784  T
Q  808 agggcgtatttg 819  Q
    | ||||||||||    
T  1584785 a-ggcgtatttg 1584795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University