View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5455-Insertion-3 (Length: 425)

Name: NF5455-Insertion-3
Description: NF5455
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5455-Insertion-3
NF5455-Insertion-3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-425)||(48024754-48025171)
chr4 (11-425)||(48019971-48020382)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (8-425)||(13528-13942)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-425)||(51934358-51934772)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 425
Target Start/End: Original strand, 48024754 - 48025171
Alignment:
Q  8 ctctctcccttccacgtcatcacccatcatcaacacaaccacttcttcgacggcgccgcctctgaactctcttctcgttgagccacacttcgtttccgat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48024754 ctctctcccttccacgtcatcacccatcatcaacacaaccacttcttcgacggcgccgcctctgaactctcttctcgtcgagccacacttcgtttccgat 48024853  T
Q  108 tctacaatgatgatgaacggtttgtcgtttcacttaaagcaaaaggggttctagtcaacggcgtgcgtcgtgtagaggaagacgaggaagatttggaccc 207  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  48024854 tctataatgatgatgaacggtgtgtcgtttcacttaaagcaaaaggggttctagtcaacggcgtgcgtcgtgtagaggaagacgaggaagatttggatcc 48024953  T
Q  208 gaagattggtcgagattgcgttgatgaaccggggaagttgttgggttttgtggattcgaggattatggggagagtgaaggaggaatttggcgtggttggt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48024954 gaagattggtcgagattgcgttgatgaaccggggaagttgttgggttttgtggattccaggattatggggagagtgaaggaggaatttggggtggttggt 48025053  T
Q  308 aaaaatgggtttgtgggtttaggggattttaggaatgtgaggaatgtttatgaatggaaaggtttgaaattggaagttgatgagactggttttgattttg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  48025054 aaaaatgggtttgtgggtttaggggattttaggaatgtgaggaatgtttatgaatggaaaggtttgaaattggaagtagatgaaactggttttgattttg 48025153  T
Q  408 gggctttgtttgagattg 425  Q
    || |||||||||||||||    
T  48025154 ggactttgtttgagattg 48025171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 425
Target Start/End: Original strand, 48019971 - 48020382
Alignment:
Q  11 tctcccttccacgtcatcacccatcatcaacacaaccacttcttcgacggcgccgcctctgaactctcttctcgttgagccacacttcgtttccgattct 110  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||| || | ||||||||||||||| |  || ||||||||||||||| | || |  |||||  | |||||||    
T  48019971 tctcccttccacgttatcactcatcgtcaacataatctcttcttcgacggcgctggatcggaactctcttctcgtcgcgctattcttcggctacgattct 48020070  T
Q  111 acaatgatgatgaacggtttgtcgtttcacttaaagcaaaaggggttctagtcaacggcgtgcgtcgtgtagaggaagacgaggaagatttggacccgaa 210  Q
    ||  ||| |||||||||| ||| |||||  | |||||||| | |||||| ||  | || ||| ||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  48020071 acggtgacgatgaacggtgtgttgtttcgttgaaagcaaaggcggttctggttgatggtgtgagtcgtgttgaagaagatgaggaggatttggatccgaa 48020170  T
Q  211 gattggtcgagattgcgttgatgaaccggggaagttgttgggttttgtggattcgaggattatggggagagtgaaggaggaatttggcgtggttggtaaa 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||   || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||    
T  48020171 gattggtcgagattgtgttgatgaaccggggaaattg---gggttggtggagtcgaggattatggggagggtgaaggaggaatttggggtggtgggtgaa 48020267  T
Q  311 aatgggtttgtgggtttaggggattttaggaatgtgaggaatgtttatgaatggaaaggtttgaaattggaagttgatgagactggttttgattttgggg 410  Q
    ||||||||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||      
T  48020268 aatgggtttgtgggtttgggaggttttaagaatgtgaggaatgtttatgattggaaaggtttgaaattggaagtggatgagactcattttgattttggaa 48020367  T
Q  411 ctttgtttgagattg 425  Q
    |||||||||||||||    
T  48020368 ctttgtttgagattg 48020382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 425
Target Start/End: Original strand, 13528 - 13942
Alignment:
Q  8 ctctctcccttccacgtcatcacccatcatcaacacaaccacttcttcgacggcgccgcctctgaactctcttctcgttgagccacacttcgtttccgat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  13528 ctctctcccttccacgtcatcacccatcatcaacacaaccacttcttcgacggcgccgcctccgaactctcttctcgtcgagccacatttcgttttcgat 13627  T
Q  108 tctacaatgatgatgaacggtttgtcgtttcacttaaagcaaaaggggttctagtcaacggcgtgcgtcgtgtagaggaagacgaggaagatttggaccc 207  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13628 tctacaatgatgatgaacggtgtgtcgtttcacttaaagcaaaaggggttctagtcaacggcgtgcgtcgtgtagaggaagacgaggaagatttggatcc 13727  T
Q  208 gaagattggtcgagattgcgttgatgaaccggggaagttgttgggttttgtggattcgaggattatggggagagtgaaggaggaatttggcgtggttggt 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  13728 gaagattggtcgagattccgttgatgaactggggaa---gttgggttttgtggattcgaggattatggggagagtgaaggaggaatttggggtggtgggt 13824  T
Q  308 aaaaatgggtttgtgggtttaggggattttaggaatgtgaggaatgtttatgaatggaaaggtttgaaattggaagttgatgagactggttttgattttg 407  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13825 aaaaatgggtttgtgggattagggaagtttaggaatgtgaggaatgtttatgaatggaaaggtttgaaattggaagttgatgaaactggttttgattttg 13924  T
Q  408 gggctttgtttgagattg 425  Q
    || |||||||||||||||    
T  13925 ggactttgtttgagattg 13942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 425
Target Start/End: Original strand, 51934358 - 51934772
Alignment:
Q  8 ctctctcccttccacgtcatcacccatcatcaacacaaccacttcttcgacggcgccgcctctgaactctcttctcgttgagccacacttcgtttccgat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||    
T  51934358 ctctctcccttccacgtcatcacccatcatcaacacaaccacttcttcgacggcgccgcctctgaactctcttctcgtcgagccacatttcgtttttgat 51934457  T
Q  108 tctacaatgatgatgaacggtttgtcgtttcacttaaagcaaaaggggttctagtcaacggcgtgcgtcgtgtagaggaagacgaggaagatttggaccc 207  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51934458 tctataatgatgatgaacggtgtgtcgtttcacttaaagcaaaaggggttctagtcaacggcgtgcgttgtgtagaggaagacgaggaagatttggatcc 51934557  T
Q  208 gaagattggtcgagattgcgttgatgaaccggggaagttgttgggttttgtggattcgaggattatggggagagtgaaggaggaatttggcgtggttggt 307  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  51934558 gaagattggtcgagattccgttgatgaaccagggaa---gttgggttttgtggattcgaggattatggggagagtgaaggaggaatttggggtggtgggt 51934654  T
Q  308 aaaaatgggtttgtgggtttaggggattttaggaatgtgaggaatgtttatgaatggaaaggtttgaaattggaagttgatgagactggttttgattttg 407  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51934655 aaaaatgggtttgtgggattagaggattttaggaatgtgatgaatgtttatgaatggaaaggtttgaaattggaagttgatgaaactggttttgattttg 51934754  T
Q  408 gggctttgtttgagattg 425  Q
     | |||||||||||||||    
T  51934755 agactttgtttgagattg 51934772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University