View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5457-Insertion-3 (Length: 795)

Name: NF5457-Insertion-3
Description: NF5457
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5457-Insertion-3
NF5457-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-795)||(31176751-31177524)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 31177524 - 31176751
Alignment:
Q  17 atatgatactcatactttgaaagaaattcataatgcaaatgtatataccagacacgtagtaaaatgcagacaagacacatgaacgaagatgcatacaaac 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31177524 atatgatactcatactttgaaagaaattcataatgcaaatttatataccagacacgtagtaaaatgcagacatgacacatgaacgaagatgcatacaaac 31177425  T
Q  117 acaaatctagcaacatatatttaatcagacttcaaggaaccccctgatattgataaacatgttatattatggcttgtcttaaaattatgattataatttt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31177424 acaaatctagcaacatatatttaatcagacttcaaggaaccccctgattttgataaacatgttatattatggcttgtcttaaaattatgattataatttt 31177325  T
Q  217 cactagattaacagaaacccttgggacaattagttcctttggattcatgcaatgagagtggctagtggctagtctctatagagcgagatcaaannnnnnn 316  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||           
T  31177324 cactagatcaacagaaacccttgggacaattaattcctttggattcacgcaatgagagtggctagtggctagtctctatagagcgagctcaaattttttt 31177225  T
Q  317 atttccaattcacatattctttggatgttaagccttagcattcattttctctttagaatgttaaacctaaatagaacaatacatgttcttccaagatgtt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31177224 atttccaattcacatattctttggatgttaagccttagcattcattttctctttacaatgttaaacctaaatagaacaatacatgttcttccaagatgtt 31177125  T
Q  417 aagcctctagaaacaaggatgaattgaaaa-atacattagaataatgctacactctaacattactgagatgctttactttaaacataaagattgggggta 515  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  31177124 aagcctctagaaacaatgatgaattgaaaatatacattagaataatgctacactctaacattactgagatgctttactttaaacataaagattgaaggta 31177025  T
Q  516 gaggaaagtgtccgaatgtaagtatacagacaccaacaaaactgatatagcgattgcagtgatgaatgagctattcctgatatgttctctcagttccctt 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31177024 gaggaaagtgtccgaatgtaagtatacagaaaccgacaaaactgatatagcgattgcagtgatgaatgagctattcctgatatgttctctcagtt-cctt 31176926  T
Q  616 actcttactttctattttcctattttactttctaaatctgtctatatctaacctactaaggttctaatgtatctctttaacttatactaatctaaacttg 715  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  31176925 actcttactttcta-tttccta-tttactttctaaatctgtctatatctaacctactaa-gttctaatgtatctc-ttaacttatactaatct-aacttg 31176831  T
Q  716 tttcctaaccataatattttcttcatcacaaacagactaattcacaatacctcctaccctattttctaaaacatgtatat 795  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31176830 tttcctaaccataatattttcttcatcacaaacagactaattcacaatacctcctaccctattttctaaaacatgtatat 31176751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University