View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5460-Insertion-1 (Length: 926)

Name: NF5460-Insertion-1
Description: NF5460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5460-Insertion-1
NF5460-Insertion-1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (7-926)||(688029-688947)
chr1 (7-398)||(652123-652510)
chr1 (623-884)||(653199-653458)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 855; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 855; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 926
Target Start/End: Original strand, 688029 - 688947
Alignment:
Q  7 atattttaggttcaagggaattccaagaagcaaatgcacgccttagattcgtatatttccctttctcagaggtaatggaaataaatagcctattgtattg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688029 atattttaggttcaagggaattccaagaagcaaatgcacgccttagattcgtatatttccctttctcagaggtaatggaaataaatagcctattgtattg 688128  T
Q  107 gactttgtctataatggatctcataatcaagaccaatcaaatgaacactatgtacacaattatagggaaaggagagcattgagagggttttggaaaattt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688129 gactttgtctataatggatctcataatcaagaccaatcaaatgaacactatgtacacaattatagggaaaggagagcattgagagggttttggaaaattt 688228  T
Q  207 aacggctgacggttacattataaaggagagcttcgaaaactttagtcgggtttccgttaggcggcttggtcgtctccttccagatgctcgctgggtaaac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688229 aacggctgacggttacattataaaggagagcttcgaaaactttagtcgggtttccgttaggcggcttggtcgtctccttccagatgctcgctgggtaaac 688328  T
Q  307 ttccaaccttttctctgaacttgtcaatataatttgtcctgtgctttggttctagcactataatgagtttgagttctaaaaatattttcctccttaagtt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688329 ttccaaccttttctctgaacttgtcaatataatttgtcctgtgcgttggttctagcactataatgagtttgagttctaaaaatattttcctccttaagtt 688428  T
Q  407 ctattttctatacttgttagttactcttacaaacttgtttatacttcttgaatacnnnnnnnngaataaaccatcaatttaacgtactctaaactatcat 506  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688429 cta-tttctatacttgttagttactcttacaaacttgtttatacttcttgaatacttttttttgaataaaccatcaatttaacgtactctaaactatcat 688527  T
Q  507 catatcttcaatttagtccataaactatataaatcaaataaatttctttcaattaattcattggnnnnnnnatgtggattaacttgctagttatttttgc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  688528 catatcttcaatttagtccataaactatataaatcaaataactttctttcaattaattcattggtttttttatgtggattaacttgctagttatttttgc 688627  T
Q  607 ctaattgagcgaaaatattgttgacgagttacaattcttttgaaccagactttacttccttttatggactggaggaacaaaagggtattgactaataaga 706  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688628 ctaattgagcgaaaatattgttgatgagttacaattcttttgaaccagactttacttccttttatggactggaggaacaaaagggtattgactaataaga 688727  T
Q  707 caaggatactgaagagatgttccctaagagttaaatgctatgttggtatgtagttaccgtatgtaatcatgcactttcatatttattatgtttctttgct 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688728 caaggatactgaagagatgttccctaagagttaaatgctatgttggtatgtagttaccgtatgtaatcatgcactttcatatttattatgtttctttgct 688827  T
Q  807 tgatcatctgagtctgactttctaattcgcagaaactgatgctggttttaagccaacccagtcaaaggttagacttgcgatattttaaaatatttgttcg 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  688828 tgatcatctgagtctgactttctaattcgcagaaactgatgctggttttaagccaacccagtcaaaggttagacttgcgatattttaaaatatttgttcg 688927  T
Q  907 taaataaatgtgctattgtg 926  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  688928 taaataaatgtgctattgtg 688947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 398
Target Start/End: Original strand, 652123 - 652510
Alignment:
Q  7 atattttaggttcaagggaattccaagaagcaaatgcacgccttagattcgtatatttccctttctcagaggtaatggaaataaatagcctattgtattg 106  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||   |||||||| |||||| ||||||    
T  652123 atattttaggttcaagggaatccaaagaagcaaatgcacaccttagatttgtatatttccctttcacaaaggtaacacaaataaattgcctatagtattg 652222  T
Q  107 gactttgtctataatggatctcataatcaagaccaatcaaatgaacactatgtacacaattatagggaaaggagagcattgagagggttttggaaaattt 206  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||    |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||    
T  652223 gactttgtctatcttggatctcataatcaagaccagtcaaatgaatgttatgta----attacagggaaaggagagtattgagagagttttggaaacttt 652318  T
Q  207 aacggctgacggttacattataaaggagagcttcgaaaactttagtcgggtttccgttaggcggcttggtcgtctccttccagatgctcgctgggtaaac 306  Q
     | || ||| ||| | |||||||| || | |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  652319 gaaggatgatggtcatattataaaagaaaacttccaaaactttagtcgggtctctgttaggcggcttggtcgtctccttccagatgctcgctgggtaaac 652418  T
Q  307 ttccaaccttttctctgaacttgtcaatataatttgtcctgtgctttggttctagcactataatgagtttgagttctaaaaatattttcctc 398  Q
    ||| |||||||| |  ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||   |  |||||||||||||||||    
T  652419 ttctaaccttttattggaatttgtcgataaaatttgtcttgtgctttggttctggcagtataataagttcctgagctaaaaatattttcctc 652510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 623 - 884
Target Start/End: Original strand, 653199 - 653458
Alignment:
Q  623 attgttgacgagttacaattcttttgaaccagactttacttccttttatggactggaggaacaaaagggtattgactaataagacaaggatactgaagag 722  Q
    |||| |||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||||||||||   |||||||||| |||   | ||||| | |||| ||| |||||||    
T  653199 attgctgacgagttacaattcttttgggtcaggctttccttccttttatggacttacggaacaaaagagtaactagtaatacggcaagcatattgaagag 653298  T
Q  723 atgttccctaagagttaaatgctatgttggtatgtagttaccgtatgtaatcatgcactttcatatttattatgtttctttgcttgatcatctgagtctg 822  Q
    ||||||  | || || |||||||||||||||||||  | ||||||||| ||   ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  653299 atgttcgttgagggtaaaatgctatgttggtatgtcataaccgtatgttatgc-gcacttt-atgtttattatgtttctttgcttggtcatctgagccag 653396  T
Q  823 actttctaattcgcagaaactgatgctggttttaagccaacccagtcaaaggttagacttgc 884  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  653397 actttctaatttgcagaaaccgatgccggttttaagcctacacagtcaaaggttagacttgc 653458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University