View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5461-Insertion-3 (Length: 827)

Name: NF5461-Insertion-3
Description: NF5461
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5461-Insertion-3
NF5461-Insertion-3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-827)||(33502846-33503655)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 827
Target Start/End: Original strand, 33502846 - 33503655
Alignment:
Q  8 agaatcattacaaaatcgttataacggcatgtatcatgtagttacacaatcattttgcctcaaattgattcttatgccgctacaaaattattttggctct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33502846 agaatcattacaaaatcgttataacggcatgtatcatgtagttacacaatcattttgcctcaaattgattcttatgccgctacaaaattattttgcctct 33502945  T
Q  108 atagttgattctaactcgaatctattgattttgcaaatgtctcatcccgctacaaaatcattttgcctcttgatgctagaattatgaatgaatgaatatc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||    
T  33502946 atagttgattctaactcgaatctattgattttgcaaatgtctcatcccgctacaaaatcattttgcctcttgatgctagaattatga----atgaatatc 33503041  T
Q  208 aaagaaatatataaacttattatcaacgattgaacattacaaaattattatggaggcatgtatcatgcagttagcctagctaggtagggaagggaataaa 307  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33503042 aaagaaatataaaaacttattatcaacgattgaacattacaaaattattatggaggcatgtatcatgcagttagcctagctaggtagggaagggagtaaa 33503141  T
Q  308 gccatatatatcttcctgcaggaagattggcctcaacccgaagttatatatcaatacatattaatgtattaattttttgaactccagaaaattatcttta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33503142 gccatatatatcttcctgcaggaagattggcctcaacccgaagttatatatcaatacatatcaatgtattaactttttgaactccagaaaattatcttta 33503241  T
Q  408 atcagatcaaagcattacttgtccatttctttcaggaacatgtcgtatgctggaaaatgtagtcggaggcctgttggtgctgttaaagattcaaaagtga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503242 atcagatcaaagcattacttgtccatttctttcaggaacatgtcgtatgctggaaaatgtagtcggaggcctgttggtgctgttaaagattcaaaagtga 33503341  T
Q  508 accttccattcgcaacatctgctactaatggaactaatgatcccaaccatacaaatgcatcctctccaacagttggctcattagtaacctggtgagataa 607  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503342 accttccattcgctacatctgctactaatggaactaatgatcccaaccatacaaatgcatcctctccaacagttggctcattagtaacctggtgagataa 33503441  T
Q  608 tttatgcaatatgattagaaagcaagttgtacaaagtaagagtaagtaaccagttacactttggacctaaaatcataaatattcaatttcaatgtacctg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| ||    
T  33503442 tttatgcaatatgattagaaagcaagttgtacaaagtaagagtaagtaaccagttacactttggacctaaaatcataaata------ttcaatgtacttg 33503535  T
Q  708 tatcaatctggcttggtttcaaaatttaaaaaatgaagaagaaaatgttcttacaaggaggggcatgatgtctgaataaaaaagagggatatcatcctgt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503536 tatcaatctggcttggtttcaaatttttaaaaatgaagaagaaaatgttcttacaaggaggggcatgatgtctgaataaaaaagagggatatcatcctgt 33503635  T
Q  808 tcttgagtggtttttgcagt 827  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  33503636 tcttgagtggtttttgcagt 33503655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University