View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5462-Insertion-4 (Length: 815)

Name: NF5462-Insertion-4
Description: NF5462
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5462-Insertion-4
NF5462-Insertion-4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-815)||(53057457-53058265)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 53058265 - 53057457
Alignment:
Q  7 acatccatctttttcttgcaacagcctgtcaagcatgaattattattaatcccatgattgtagttttaaatttgagctgttttctttgttgtttcttagt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53058265 acatccatctttttcttgcaacagcctgtcaagcatgaattattattaatcccatgattatagttttaaatttgagctgttttctttgttgtttcttagt 53058166  T
Q  107 gaagggttgaacacaagagttttgttgttttctatgatatatctttctcaggatcccccatgttgttggattgatctatcctttttgtctctcaaagaga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53058165 gaagggttgaacacaagagttttgttgttttctatgatatatctttctcaggatcccccatgttgttggattgatctatcctttttgtctctcaaagaga 53058066  T
Q  207 ataatgagataaatgaccaactgtataaattaataatattactatattggacttgagtgtagaaatggtggcatgagggaggaagaagatgttcaatgac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53058065 ataatgagataaatgaccaactgtataaattaataatattactatattggacttgagtgtagaaatggtggcatgagggaggaagaagatgttcaatgac 53057966  T
Q  307 attcaccagagaaaactgcaattctgctacttcttattacaggtatgtattgtattagacttacacttcacagatacatatttctttccattaacttgaa 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057965 attcaccagagaaaactgcaattctgctacttcttattacaggtatgtattgtattagacctacacttcacagatacatatttctttccattaacttgaa 53057866  T
Q  407 ttagttatacaaacctatagttatattttggtgtttatgtggagtttccaaacatatatatatggtgcatgtgtgaagatgttgtagttctgaaatttaa 506  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057865 ttagatatacaaacctatagttatattttggtgtttatgtggagtttccaaacatatatatatggtgcatgtgtgaagatgttgtagttctgaaatttaa 53057766  T
Q  507 tgcttcttttagtccatgggtgatacatnnnnnnnttctgaagaataacgtgaaaataagttgacttgcacatgtccttgacttgtaattgtaaactcct 606  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057765 tgcttcttttagtccat-ggtgatacataaaaaatttctgaagaataacgtgaaaataagttgacttgcacatgtccttgacttgtaattgtaaactcct 53057667  T
Q  607 gctagtatctagtttatgatgccttatgcatagatcaataattttatggacttacattcattttgatatttaac-aaaaccgtacatatgacctctctca 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  53057666 gctagtatctagtttatgatgccttatgcatagatcagtaattttatggacttacattcattttgatatttaacaaaaactgtagatatgacctctctca 53057567  T
Q  706 taaattttttcactatgattcccccacataactttaggcctcacctcgtgttggattttctgaggccagagttgcagatgaattaagtactactgttaag 805  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057566 taaattttttcactgtgattcccccacataactttaggcctcacctcgtgttggattttctgaggccagagttgcagatgaattaagtactactgttaag 53057467  T
Q  806 ggctttatgg 815  Q
    ||||||||||    
T  53057466 ggctttatgg 53057457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University