View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5462-Insertion-6 (Length: 695)

Name: NF5462-Insertion-6
Description: NF5462
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5462-Insertion-6
NF5462-Insertion-6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-694)||(563119-563792)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 563792 - 563119
Alignment:
Q  8 gatttgttacacattgtggttggttttctacacttgagtgtgttgttaatggggtgccaatagtagcttggccactttttgctgagcagagaatgaatgc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  563792 gatttgttacacattgtggttggttttctacacttgagtgtgttgtaaatggggtgccaatagtagcttggccactttttgctgagcagagaatgaatgc 563693  T
Q  108 aaccattctagctgatgggattaaaattgctataaggccaatgattgataatgtgagtggtgttgtagaaaaagttgaaattgtaaatgtcttgaagagg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  563692 aaccattctagctgatgggattaaaattgctataaggccaacgattgataatgtgagtggtgttgtagaaaaagttgaaattgtaaatgtcttgaagagg 563593  T
Q  208 ttaattgtagatgaaggaattgagattcgtggaagaatcaaagtgctaaaagatgctgctgctaatgcaatgaaagtagatggatcttccataatcatta 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  563592 ttaattgtagatgaaggaattgagattcgtagaagaatgaaagtactaaaagatgctgctgctaatgcaatgaaagtagatggatcttccataatcacta 563493  T
Q  308 tgtcccaattggtcaccaaatggacaaagatggaaggttttgatgaaaattagtttcatattttttctacgtacgtatgaatgtgaatgtaatgtatttt 407  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||    
T  563492 tgtcccaattggtcacaaaatggacaaagatggaaggttttgatgaaaattagtttcatattttttctacgtacgtatg------aatgcaatgtatttt 563399  T
Q  408 tcttagcttggttccgttttaacttttgtatgaccgtaaaaataaattctattatcatactattgttctttggttacaactatcatattgttcattttaa 507  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  563398 tcttagcttggttctgttttaacttttgcatgaccgtaaaaataaattctattatcatactattgttctttggttacaactatcatattgttcattttaa 563299  T
Q  508 tatgtatttatttytcattaaattgactattgagtcttttatatcttagaaattacaataccacttaaagaaagaaggtgggatgtttgtgcaaggaaca 607  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  563298 tatgtatttatttttcatgaaattgactattgagtcttttatatcttagaaattacaataccacttaaagaaagaaggtgggatgtttgtgctaggaaca 563199  T
Q  608 atgacaagtatggtgttannnnnnnnngaaaggaagtgtatatgggtgttattgatatgggctcgtttggaacaaaaaattaaattg 694  Q
    ||||||||||||||||||         ||||||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  563198 atgacaagtatggtgtta-ttttttttgaaaggaa----atat-ggtgttattgatatgggctcgtttggaac-aaaaattaaattg 563119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University