View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5465-Insertion-4 (Length: 570)
Name: NF5465-Insertion-4
Description: NF5465
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5465-Insertion-4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 14174303 - 14173881
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaac |
242 |
Q |
| |
|
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| T |
14174303 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagtgataaaaaaaatgaac |
14174204 |
T |
|
| Q |
243 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
342 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14174203 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
14174104 |
T |
|
| Q |
343 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
442 |
Q |
| |
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| T |
14174103 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
14174004 |
T |
|
| Q |
443 |
tgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtattt |
541 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |
|
|
| T |
14174003 |
tgata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaaactttgtattt |
14173906 |
T |
|
| Q |
542 |
tc-cttctgcctcattgatttcatt |
565 |
Q |
| |
|
|| ||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
14173905 |
tcacttctgcttcattgatttcatt |
14173881 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 14179057 - 14178635
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaac |
242 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14179057 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcaataaaaaaaatgaac |
14178958 |
T |
|
| Q |
243 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
342 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178957 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
14178858 |
T |
|
| Q |
343 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
442 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178857 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
14178758 |
T |
|
| Q |
443 |
tgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtattt |
541 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |
|
|
| T |
14178757 |
tgata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattt |
14178660 |
T |
|
| Q |
542 |
tc-cttctgcctcattgatttcatt |
565 |
Q |
| |
|
|| ||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
14178659 |
tcacttctgcttcattgatttcatt |
14178635 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 543
Target Start/End: Original strand, 28611567 - 28611966
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaac |
242 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28611567 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaac |
28611666 |
T |
|
| Q |
243 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
342 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611667 |
accaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
28611766 |
T |
|
| Q |
343 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
442 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611767 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
28611866 |
T |
|
| Q |
443 |
tgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtattt |
541 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |
|
|
| T |
28611867 |
tgata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattt |
28611964 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 142 - 543
Target Start/End: Original strand, 28606804 - 28607204
Alignment:
| Q |
142 |
attgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaa |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |
|
|
| T |
28606804 |
attgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaattaa |
28606903 |
T |
|
| Q |
242 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
341 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28606904 |
caccaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
28607003 |
T |
|
| Q |
342 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
441 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607004 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
28607103 |
T |
|
| Q |
442 |
atgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtatt |
540 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |
|
|
| T |
28607104 |
atgata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatt |
28607201 |
T |
|
| Q |
541 |
ttc |
543 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
28607202 |
ttc |
28607204 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 144 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 44161949 - 44161568
Alignment:
| Q |
144 |
tgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaaca |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
44161949 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
44161850 |
T |
|
| Q |
244 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
343 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44161849 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaat--tctct |
44161752 |
T |
|
| Q |
344 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
443 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161751 |
ccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
44161652 |
T |
|
| Q |
444 |
gataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaa |
529 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
44161651 |
gata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctattattcctctcacacacctctacacacagaa |
44161568 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 144 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11104829 - 11104431
Alignment:
| Q |
144 |
tgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaaca |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| |
|
|
| T |
11104829 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagctgtagcg---ataaaaatgaaca |
11104733 |
T |
|
| Q |
244 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
343 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104732 |
ccaatatttaacatagaaaatcctctaatatcgagggtaaa-ccacgggacaaactccgaaaaatattccaccatatctaagaatattacaatattctct |
11104634 |
T |
|
| Q |
344 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
443 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104633 |
ccactctcttacacaca-aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttatagagat |
11104535 |
T |
|
| Q |
444 |
gataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaacctttgtattttc |
543 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||| |
|
|
| T |
11104534 |
gata-tccacccggtgtattttt-cctacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacatag-aagctttgtatttga |
11104438 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 142 - 447
Target Start/End: Original strand, 48826700 - 48827000
Alignment:
| Q |
142 |
attgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaa |
241 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
48826700 |
attgttgggatcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaattcaa--gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatagaaaaa--gaa |
48826795 |
T |
|
| Q |
242 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
341 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826796 |
caccaatatttaacgtggaaaatcctctaataccgagggaaaaatcacgggacaa-ctccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
48826894 |
T |
|
| Q |
342 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
441 |
Q |
| |
|
|| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826895 |
cttcgctctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
48826994 |
T |
|
| Q |
442 |
atgata |
447 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
48826995 |
atgata |
48827000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 259 - 420
Target Start/End: Original strand, 24726288 - 24726446
Alignment:
| Q |
259 |
gaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacaca |
358 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| | ||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||| ||||| || | |
|
|
| T |
24726288 |
gaaaaccatctaatatcaagggaaaagccacgagacaaactctgaaaaatattccattatattaaagaacataataatattctctccattctcttaccga |
24726387 |
T |
|
| Q |
359 |
cacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatttta |
420 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
24726388 |
cac--gagatacactatattgttttccgtgagacc-actcctattcaaatgttattatttta |
24726446 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 344
Target Start/End: Original strand, 48708155 - 48708256
Alignment:
| Q |
243 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
342 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||| || |||||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48708155 |
accaatatttaacatgaaaaactctataatactaagagaaaaaccacgtgacaaactccaaaaaatatttcattatattaaaaaatattacaatattctc |
48708254 |
T |
|
| Q |
343 |
tc |
344 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
48708255 |
tc |
48708256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 12931041 - 12930643
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaac |
242 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12931041 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcg-ataaaaaaatgaac |
12930943 |
T |
|
| Q |
243 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
342 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930942 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
12930843 |
T |
|
| Q |
343 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
442 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930842 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
12930743 |
T |
|
| Q |
443 |
tgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtattt |
541 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |
|
|
| T |
12930742 |
tgata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattt |
12930645 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 144 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 12935786 - 12935389
Alignment:
| Q |
144 |
tgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaaca |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12935786 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaactggatcttgcagcgcagcggtagcg-ataaaaaaatgaaca |
12935688 |
T |
|
| Q |
244 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
343 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935687 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
12935588 |
T |
|
| Q |
344 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
443 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935587 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
12935488 |
T |
|
| Q |
444 |
gataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtatttt |
542 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |
|
|
| T |
12935487 |
gata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
12935390 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 240 - 352
Target Start/End: Original strand, 26504945 - 26505055
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| Q |
240 |
aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatatt |
339 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| || ||| ||||||| | ||| |||| |||| | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26504945 |
aacatcaatatttaacgtg-aataccgtctaataacaaggcaaaa-ccacagtacaaactccaaaaaatattcaactataataaaaaatattacaatatt |
26505042 |
T |
|
| Q |
340 |
ctctccactctct |
352 |
Q |
| |
|
|| || ||||||| |
|
|
| T |
26505043 |
ctttcaactctct |
26505055 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 238 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 15589060 - 15588948
Alignment:
| Q |
238 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaata |
337 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||| || | ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| |||||||||| | |
|
|
| T |
15589060 |
tgaacatcaatatttattttgaaaaaccctctattaatgagagaaaaatcaagtgacaaactctaaaaaatatttcactttatcaaacaatattacaaca |
15588961 |
T |
|
| Q |
338 |
ttctctccactct |
350 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |
|
|
| T |
15588960 |
ttttctccactct |
15588948 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 144 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 34907503 - 34907106
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243 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
34907503 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcg-ataaaaaaatgaaca |
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T |
|
| Q |
244 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
343 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907404 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
34907305 |
T |
|
| Q |
344 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
443 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907304 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
34907205 |
T |
|
| Q |
444 |
gataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtatttt |
542 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |
|
|
| T |
34907204 |
gata-cccacccggtgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
34907107 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 144 - 543
Target Start/End: Original strand, 37040426 - 37040824
Alignment:
| Q |
144 |
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243 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37040426 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
37040525 |
T |
|
| Q |
244 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
343 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
37040526 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattttct |
37040625 |
T |
|
| Q |
344 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
443 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040626 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
37040725 |
T |
|
| Q |
444 |
gataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtatttt |
542 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |
|
|
| T |
37040726 |
gata-cccacccgatgtattttt-cccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtatttt |
37040823 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 143 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 15290595 - 15290220
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa-gagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaa |
241 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
15290595 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaatccaaaaagagattggatcttgcagcgcagccttagcgataaaaaaaatgaa |
15290496 |
T |
|
| Q |
242 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
341 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290495 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggtataaaccacgggacaaactccaaaagattttccactatatttaagaatattacaatattct |
15290396 |
T |
|
| Q |
342 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
441 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290395 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgaatgctattattt--cagcacctagaagttatagag |
15290299 |
T |
|
| Q |
442 |
atgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaa |
529 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290298 |
atgata-cccacccggtgtattttt--ccacactttctggatttagtcaacactctat------tctcacacacttctacacacagaa |
15290220 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 144 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 12099361 - 12098983
Alignment:
| Q |
144 |
tgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaaca |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||| | |
|
|
| T |
12099361 |
tgttgggctcgacgagtttaacgcgagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagatatgatcttgcagctcaccgatagcg---ataaaaatgaaaa |
12099265 |
T |
|
| Q |
244 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
343 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||| ||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12099264 |
gcaatattttacgtgaaaaaccctctaatgacgaaggaaaaaccaagggacaaactccgaaaaaatttcaactatattaaagaatattacaatattctct |
12099165 |
T |
|
| Q |
344 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
443 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12099164 |
ccactctcttacacgcacaagagacacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttatagagat |
12099065 |
T |
|
| Q |
444 |
gataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaac |
531 |
Q |
| |
|
|||| | ||| | | |||||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12099064 |
gata-ctcactcaatctatttt---cgaga--ctctgaatttactcaacactctatttttcctttcacatacttctacacacaaaaac |
12098983 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 295 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 12082227 - 12082002
Alignment:
| Q |
295 |
aaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacct |
394 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12082227 |
aaactccaaaaaatattccactatattaa-gaatattacaatattttctccactctcttacacggaaaagagatacaatatagtgtttctaatgagactc |
12082129 |
T |
|
| Q |
395 |
acttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacac |
494 |
Q |
| |
|
|| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||| | |||||||||| | | ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12082128 |
gctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataata-cctacccgatatatttttccc--ctttttctggatttacccaacac |
12082032 |
T |
|
| Q |
495 |
tctatttttcctctcacacacttctacaca |
524 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12082031 |
tctaattttctgatcacacacttctacaca |
12082002 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 304 - 382
Target Start/End: Original strand, 2757370 - 2757448
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| Q |
304 |
aaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgttt |
382 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2757370 |
aaaatattccactatatttaaaaatattgcactattctctccactctctttcacactcaagagatacaatatagtgttt |
2757448 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 144 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 12084751 - 12084668
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| Q |
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tgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcg |
227 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
12084751 |
tgttgggctcaacgagcttaacacgagggtaaattaaaatttcaaaatccaatagacattggatcttgtagcgcaacggtagcg |
12084668 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 199
Target Start/End: Original strand, 2757212 - 2757268
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| Q |
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ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaga |
199 |
Q |
| |
|
|||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
2757212 |
ttgttgtgttcaacgagcttattacaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaaga |
2757268 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 495 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 15302960 - 15302911
Alignment:
| Q |
495 |
tctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtattttc |
543 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| |
|
|
| T |
15302960 |
tctatttttgctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttc |
15302911 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 144 - 541
Target Start/End: Original strand, 29106878 - 29107269
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| Q |
144 |
tgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaaca |
243 |
Q |
| |
|
||||||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
29106878 |
tgttgggatcgaggagcttaatgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagattggatcttgcagcgcagcggtagcg---ttaaaaatgaaca |
29106974 |
T |
|
| Q |
244 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
343 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29106975 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
29107074 |
T |
|
| Q |
344 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
443 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
29107075 |
ccactctcttacacacacaagagatacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttataaagat |
29107173 |
T |
|
| Q |
444 |
gataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtattt |
541 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
29107174 |
gataccccacccaatgtattttt-cccacactctctggatttactcaaca--ctattttttctctcacacacttctacatacagagaagctttgtattt |
29107269 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 143 - 526
Target Start/End: Original strand, 42910992 - 42911369
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaac |
242 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | || ||||| |
|
|
| T |
42910992 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtggaaattaaaattttaaaatccaaaagagattagatcttgcagcgcagcggcaacg---ataaaaatgaac |
42911088 |
T |
|
| Q |
243 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
342 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911089 |
accaatatttaacatggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaa-tattccactatatttaagaatattacaatattctc |
42911187 |
T |
|
| Q |
343 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
442 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
42911188 |
tccactctctcacacacacaaaagatacaatatagtgtttcccttgagacctacttctattctaatgctattattttatagcaccaagaagttatagaga |
42911287 |
T |
|
| Q |
443 |
tgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacaca |
526 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911288 |
tgata-cccacccagtgtattttt-tccacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacaca |
42911369 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 239 - 329
Target Start/End: Original strand, 38997230 - 38997320
Alignment:
| Q |
239 |
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Q |
| |
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| T |
38997230 |
gaacagcaatattttacgtcgaaaaccctctaatatcgaacgaaaaactacgggacaaactccaaaaaataatccattatattaaagaata |
38997320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 224
Target Start/End: Original strand, 38994698 - 38994779
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggta |
224 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
38994698 |
ttgttgggcttgacgatcttaatgctagtgtaaattaaaattccaaaacccaaacaaaattggatcttgcagtgcagcggta |
38994779 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 142 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8539550 - 8539150
Alignment:
| Q |
142 |
attgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaa |
241 |
Q |
| |
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|
| T |
8539550 |
attgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaattctaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtaac--aataaaaaatgaa |
8539453 |
T |
|
| Q |
242 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
341 |
Q |
| |
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|
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| T |
8539452 |
catcaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaagatattccactatatttaagaatattacaatattat |
8539353 |
T |
|
| Q |
342 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaa---tatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
438 |
Q |
| |
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| T |
8539352 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatattatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagttata |
8539254 |
T |
|
| Q |
439 |
gagatgataccccacccggtgtatttttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgt |
537 |
Q |
| |
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| T |
8539253 |
gagatgata-cccatccgatgtattttt-cccacactctctgaatttactgaacactatatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgt |
8539156 |
T |
|
| Q |
538 |
attttc |
543 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
8539155 |
attttc |
8539150 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 143
Target Start/End: Original strand, 7945304 - 7945437
Alignment:
| Q |
8 |
agtagtatctaaaaacattatgtttcttagacttcnnnnnnngggtgaatagggaaattgcatccttaaaattgtaaccatcgatcaaagtagcctctcn |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7945304 |
agtagtatctaaaaacattatgtttcttagacttctttttttgg-tgaatagg-aaattgcatccttaaaattgcaaccatcgatcaaagtagcctctct |
7945401 |
T |
|
| Q |
108 |
nnnnnncgaattagcaattgcgtccttgacgtcaat |
143 |
Q |
| |
|
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| T |
7945402 |
ttttttcgaattagcaattgcgtccttgacgtcaat |
7945437 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 364 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302128
Alignment:
| Q |
364 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgataccccacccggtgtatt |
463 |
Q |
| |
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|
| T |
51302306 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgat-tcccacccggtgta-t |
51302209 |
T |
|
| Q |
464 |
tttccccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacaga-aacctttgtattttc |
543 |
Q |
| |
|
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| T |
51302208 |
tttatccacactctctggatttactcaatactctatttttcctcacacacacttctacacacacagaagctttgtattttc |
51302128 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 143 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 51303020 - 51302937
Alignment:
| Q |
143 |
ttgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagc |
226 |
Q |
| |
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| T |
51303020 |
ttgttgggatcgacgagcttaatgcaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaacagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
51302937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 51302344 - 51302304
Alignment:
| Q |
238 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
278 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
51302344 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
51302304 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 144 - 329
Target Start/End: Original strand, 2100199 - 2100379
Alignment:
| Q |
144 |
tgttgggctcaacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactgga-tcttgcagcgcagcggtagcggnnnnnnnnntgaac |
242 |
Q |
| |
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| T |
2100199 |
tgttgggctcgacgagcttaacacaagtgtaaattaaaattccaaaattcataagagatttgaattttgcagcacaacgataatg---ataaaattgaac |
2100295 |
T |
|
| Q |
243 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggaaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
329 |
Q |
| |
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| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
2100296 |
atcaatatttaaggtggaaaaccctttaataatgagcgaaaa---acggggcaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
2100379 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 322 - 370
Target Start/End: Original strand, 2100723 - 2100771
Alignment:
| Q |
322 |
aaagaatattacaatattctctccactctctcacacacacaagagatac |
370 |
Q |
| |
|
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| T |
2100723 |
aaagaatattacaatattctctccactctcttacatacacaagagatac |
2100771 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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