View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5466-Insertion-3 (Length: 711)

Name: NF5466-Insertion-3
Description: NF5466
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5466-Insertion-3
NF5466-Insertion-3
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (6-711)||(9058715-9059442)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 711
Target Start/End: Original strand, 9058715 - 9059442
Alignment:
Q  6 caaaaaccactttctttagccattgtattcataataggtggtcctcatggcacctactatggtggtccaccataaatgcaacctcactttaatcatctaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9058715 caaaaaccactttctttagccattgtattcataataggtggtcctcatggcacctactatggtggtccaccataaatgcaacctcactttaatcatctaa 9058814  T
Q  106 aattttaaagttgtacaaactttctaattgaagctagtctttccaattctttctttgatatcacactgagctgnnnnnnn-tcatgttggttcatcttga 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||        | |||||||||||||||||    
T  9058815 aattttaaagttgtacaaactttctaattgaagctagtctttccaattctttctttcatatcacactgagttgaaaaaaaataatgttggttcatcttga 9058914  T
Q  205 tattgtaaaataagtatacacattatagattcaacaaaattacgatatcattatgatattttgtgcaactcgttctgataacaaaaataccttaatcact 304  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  9058915 tattgcaaaataaatatacactttatagattcaacaaaattacgatatcattatgatattttgttcaactcgttctgataacaaaaataccctaatcagt 9059014  T
Q  305 ttttaaataagatgaggtgaaattcaattagtttatacatactttatgattttcaacatttactaactacatgattagttgaaatgcaaaagctttacaa 404  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9059015 ttttaaacaaggtaaggtgaaatccaattagtttatacataatctatgattttcaacatttactaactacatgattagttaaaatgcaaaagctttacaa 9059114  T
Q  405 gcata----------------------atttcaaataaaagttaacaaactatactatgatctacacatatatagttaccctaatgagttattttcagag 482  Q
    |||||                      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9059115 gcataatttagtagcattatttatataatttcaaataaaagttaacaaactatactatgatctacacatatatagttaccctaatgagttattttcagag 9059214  T
Q  483 ggttggtcctcactcttaccaaaactctcaaaataaaacacatcaacacaccaatcattaaaccgattcctatggtaagctcttttgtgactaaacagct 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9059215 ggttggtcctcactcttaccaaaactctcaaaataaaacacatcaacacaccaatcattaaaccgattcctatgataagctcttttgtgactaaacagct 9059314  T
Q  583 tatttccaacaccatttttcttcttcaaagttaaaattgttgatgaccctttctcagtttcttgaacaagattgtgaaaattcccttggccctcctgaag 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9059315 tatttccaacaccatttttcttcttcaaagttaaaattgttgatgaccctttctcagcttcttgaacaagattgtg-aaattcccttggccctcctgaag 9059413  T
Q  683 gaattctagtaattctcaatggatttttc 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9059414 gaattctagtaattctcaatggatttttc 9059442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University