View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5466_low_1 (Length: 507)

Name: NF5466_low_1
Description: NF5466
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5466_low_1
NF5466_low_1
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (20-502)||(22458637-22459119)
chr3 (20-502)||(22481618-22482100)
chr3 (20-405)||(22468096-22468481)
chr3 (36-405)||(22630603-22630972)
chr3 (20-298)||(22358150-22358428)
chr3 (20-376)||(22442887-22443243)
chr3 (20-298)||(22635651-22635929)
chr3 (44-280)||(22179475-22179711)
chr3 (134-391)||(22431414-22431670)
chr3 (134-215)||(22615521-22615602)
chr3 (33-275)||(30989466-30989708)
chr3 (120-286)||(22436882-22437048)
chr3 (60-280)||(22028058-22028278)
chr3 (147-299)||(22368187-22368339)
chr3 (118-280)||(21937211-21937373)
chr3 (60-280)||(22187046-22187266)
chr3 (37-280)||(22052791-22053034)
chr3 (142-280)||(21945682-21945820)
chr3 (211-405)||(22632204-22632398)
chr3 (142-280)||(22034575-22034713)
chr3 (20-106)||(22368075-22368161)
chr3 (36-280)||(22115143-22115387)
chr3 (20-299)||(22353959-22354240)
chr3 (163-280)||(22657357-22657474)
chr3 (142-280)||(21930479-21930617)
chr3 (118-215)||(22648404-22648501)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (36-265)||(29610731-29610961)
chr4 (317-404)||(29611001-29611088)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (118-215)||(34980285-34980382)
chr1 (163-215)||(2305776-2305828)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 502
Target Start/End: Original strand, 22458637 - 22459119
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458637 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 22458736  T
Q  120 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458737 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 22458836  T
Q  220 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctac 319  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22458837 cgatcttgttgtcgtcaaaaaccttctttgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctat 22458936  T
Q  320 caaccaatcaattagtatgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttctccatgttgaagttt 419  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458937 caaccaatcaattagtatgtctcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttctccatgttgaagttt 22459036  T
Q  420 gttgcagtactgcttgacccttgttccaaagatgattggatatgcaagctatgttcttttccacttgtatcattcatctcact 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22459037 gttgcagtactgcttgacccttgttccaaagatgattggatatgcaagctatgttcttttccacttgtatcattcatttcact 22459119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 502
Target Start/End: Original strand, 22481618 - 22482100
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481618 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 22481717  T
Q  120 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481718 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 22481817  T
Q  220 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctac 319  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22481818 cgatcttgttgtcgtcaaaaaccttctttgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctat 22481917  T
Q  320 caaccaatcaattagtatgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttctccatgttgaagttt 419  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481918 caaccaatcaattagtatgtctcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttctccatgttgaagttt 22482017  T
Q  420 gttgcagtactgcttgacccttgttccaaagatgattggatatgcaagctatgttcttttccacttgtatcattcatctcact 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22482018 gttgcagtactgcttgacccttgttccaaagatgattggatatgcaagctatgttcttttccacttgtatcattcatttcact 22482100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 405
Target Start/End: Original strand, 22468096 - 22468481
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 119  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||| ||||| | ||| || ||  ||| | |     
T  22468096 atcaaacactataacatacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatctgatggagactctgaggaggatcttcc 22468195  T
Q  120 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 219  Q
    |||||||||| |||||  | | |||| || ||||||| ||||  |||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22468196 ccttgttgtttgtaaatatcgagcaaaatttccctcaacaatttttctatattgtatggtcgagacaccgtgatccatacatgacaatcaaaatgtttaa 22468295  T
Q  220 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctac 319  Q
    ||| ||| |  | ||||||||| ||||| || | ||| ||||||||  |||||||| ||||||| |||| |||||  ||| || || ||||  |||||||    
T  22468296 cgaccttttggttgtcaaaaactttcttggctatagtggtttttcccagtcctcccattccaactatggagacaacggtgcgctctgctcttccctctac 22468395  T
Q  320 caaccaatcaattagtatgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttct 405  Q
    |||| ||||||| | | ||| || |||  ||||||| || |||| |||| ||||||| ||| ||||| |||| | |||||||||||    
T  22468396 caacaaatcaatcaatttgtctcgtggctcttcaaatcccacaagatcagcttcatccatataaaatggagcgtctcgaaggttct 22468481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 36 - 405
Target Start/End: Original strand, 22630603 - 22630972
Alignment:
Q  36 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaa 135  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | |||||| ||  ||| |   |||||||||| |||||    
T  22630603 tacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatggagactttgaggaggatctttcccttgttgtttgtaaa 22630702  T
Q  136 acttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtc 235  Q
     || | |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||| | |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    | |||    
T  22630703 tctcgagcaaaatgtccctcaacaatgtttctatattgtatggtcgagacaccgtgatccattcatgacaatcaaagtgtttaacgacctttcggttgtc 22630802  T
Q  236 aaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctaccaaccaatcaattagt 335  Q
    |||||  ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||| | ||||| |||| |  || ||||  |||||| || ||||||||| | |    
T  22630803 aaaaattttcttggcaagagtggttttccccagtcctcccattccaacaatagagacaactgtgcgttctgctcttccctctatcagccaatcaatcaat 22630902  T
Q  336 atgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttct 405  Q
     ||| || |||  | |||||||| ||||||||| ||||||| | | | ||| |||| | |||||||||||    
T  22630903 ttgtctcgtggctcgtcaaagcccacaacatcagcttcatccaaatacaatggagcatctcgaaggttct 22630972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 298
Target Start/End: Original strand, 22358150 - 22358428
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 119  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| | | ||| || ||  ||  |       
T  22358150 atcaaacactacaacataccttttttcttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttgacggagactctgaggaggaactttc 22358249  T
Q  120 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 219  Q
    | |||||||| |||||||| | |||  |||||||||| || |  |||| ||||||||| | |||||||  | ||||||||| ||| |||||||||||| |    
T  22358250 ctttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtccctcaacactttttctgtattgtatggtcgagacaccgtaatccatacacgacgatcaaagtgtttta 22358349  T
Q  220 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgt 298  Q
    ||| |||    | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  22358350 cgacctttgggttgtcaaaaactttcttcgctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaattgt 22358428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 376
Target Start/End: Original strand, 22442887 - 22443243
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 119  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||| || ||  ||  |       
T  22442887 atcaaacactacaacataccttttttcttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttgatggagactctgaggaggaactttc 22442986  T
Q  120 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 219  Q
    | |||||||| |||||||| | |||  |||||||||| || |  ||| |||||| |||||||||||||  ||||||||| | |||| |||||||| ||||    
T  22442987 ctttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtccctcaacactttttcaatattgaatgattgagacaccatgatccataaaagacagtcaaagtgcttaa 22443086  T
Q  220 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctac 319  Q
    | | ||| |  | ||||||||  |   | || ||||| ||||||||   ||||||| |||||||||||| ||||| |||| |  |||||||  |||||||    
T  22443087 ctaccttttggttgtcaaaaatttgtctggctagagtggtttttcccaatcctcccattccaacaatggagacaactgtgcggtcttctcttccctctac 22443186  T
Q  320 caaccaatcaattagtatgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatc 376  Q
    |||| ||||||| | | ||| ||||||  |||||||||| |||| |||| |||||||    
T  22443187 caacaaatcaatcaatttgtctcttggctcttcaaagccaacaatatcagcttcatc 22443243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 298
Target Start/End: Original strand, 22635651 - 22635929
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 119  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| | || |||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||| |  ||  ||  | |     
T  22635651 atcaaacactaaaacatacctttttccttgaaagtggtttctcacttcatcaactaatgactttcgatccatttgatggagactctcaggaggaacttcc 22635750  T
Q  120 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 219  Q
    |||||||||| |||||||| | |||  ||||| | || || |  |||| ||||||||| | |||||||  | ||||||||| |||||||||||| ||| |    
T  22635751 ccttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtctcgcaacactttttctgtattgtatggtcgagacaccgtaatccatacacgacaatcaaagtatttta 22635850  T
Q  220 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgt 298  Q
    ||| |||    | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||    
T  22635851 cgacctttgggttgtcaaaaactttcttcgctagagtggtttttccttgtcctcccattccaaagatggagacaattgt 22635929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 22179711 - 22179475
Alignment:
Q  44 ttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttg-ctccttgttgttcgtaaaacttgtg 142  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | ||| ||||||  |||||| ||||| | ||| |||  |    
T  22179711 ttcctgcaagtaatttctcacttcattagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcggg-agatttcactcctttttgtttgcaaatctttag 22179613  T
Q  143 caacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaacc 242  Q
    ||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  || ||| |  ||   |||||||||     
T  22179612 caacatgtctctcaacaatccttcagcattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtccaatgatatccttgctgtcaaaaact 22179513  T
Q  243 ttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 280  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22179512 ttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22179475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 134 - 391
Target Start/End: Original strand, 22431414 - 22431670
Alignment:
Q  134 aaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcg 233  Q
    ||||||||||||||| | |  || ||||  ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||| | |    
T  22431414 aaacttgtgcaacattttctgcaacaatttttctatatcatatggttgagacactgtgatccataaacgacaatcaaagtgtttaaggaccctgttgttg 22431513  T
Q  234 tcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctctcctctaccaaccaatcaatta 333  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||  |||||||| |||| ||||||| ||| | |||| || ||||| |  | | ||||| ||||||||| |    
T  22431514 tcaaaaactttcttggttagagtggtttttcccagtcctcccattcc-acaatggagaccactgtgagctcttcttttccatttaccagccaatcaatca 22431612  T
Q  334 gtatgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagc 391  Q
     ||||| ||||||  ||||||| || ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||    
T  22431613 atatgtctcttggctcttcaaatcccacaacatcagcttcatccatataaaatggagc 22431670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 134 - 215
Target Start/End: Original strand, 22615521 - 22615602
Alignment:
Q  134 aaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22615521 aaacttgcgcaacatgtccctcaacaacccttctatactgtatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgt 22615602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 33 - 275
Target Start/End: Original strand, 30989466 - 30989708
Alignment:
Q  33 acataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaata-ctttgggggagatttgctccttgttgttcg 131  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||  |||| | || || | ||| | || | | ||||| |    
T  30989466 acatacctttttaaccgcaagtagtttctcacttcatcagtcaatgaccctcgatccatttgaaaaatatccttaggag-gatcttcttcgttttgtttg 30989564  T
Q  132 taaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttat 231  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || ||  ||  | |    
T  30989565 taaaactttagcaacatgtccctcaacaacccttcaacagtatatgattgagacactatgatccatacacgacaatcaaagtgtccaatgacattcctgt 30989664  T
Q  232 cgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccc 275  Q
     ||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||    
T  30989665 tgtcaaaaactttcttcgtaagagtggttttaccttgccctccc 30989708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 120 - 286
Target Start/End: Original strand, 22436882 - 22437048
Alignment:
Q  120 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 219  Q
    |||||||||| ||||| || | |||| |||||||||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  22436882 ccttgttgtttgtaaatctcgagcaaaatgtccctcaacaatttttctttactgtatgattgagacactgtgatccatacatgacagtcaaattgtttta 22436981  T
Q  220 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaat 286  Q
     ||  ||| | |  |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  22436982 agactttgatgttctcaaaaactttcttggccagagtagtttttccttgccctcccattcctacaat 22437048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 60 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 22028278 - 22028058
Alignment:
Q  60 ctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagca 159  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | ||| ||  |  |||||| ||||| | ||| |||  |||||||||| |||| ||    
T  22028278 ctcacttcatcagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcgggaagtgtcactcctttttgtttgcaaacctttagcaacatgtctctcaaca 22028179  T
Q  160 atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgt 259  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||   | ||| |  ||   ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  22028178 atccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgt 22028079  T
Q  260 ttttccttgtcctccctttcc 280  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  22028078 ttttccttgccctcccattcc 22028058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 147 - 299
Target Start/End: Original strand, 22368187 - 22368339
Alignment:
Q  147 atgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttct 246  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||| |||| | |||| ||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||| ||||    
T  22368187 atgtccttcagcaatttttctttattatatggtcgagaaaccgtgatccataaacgacaatcaaagtgtttaacgaccttttggttgtcaaaaactttct 22368286  T
Q  247 tcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 299  Q
    | || ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  22368287 tggctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaactgtg 22368339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 21937373 - 21937211
Alignment:
Q  118 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgttt 217  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||| | ||  |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||      
T  21937373 ctcctttttgtttgtaaaacttgagcaacatgtccttcaacaacccttcaacatcatatgcttgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtcc 21937274  T
Q  218 aacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 280  Q
    |||||  |  ||   ||||||| | ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  21937273 aacgacatccttgctgtcaaaagctttcttagctagagtggtttttccttgccctcccattcc 21937211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 60 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 22187266 - 22187046
Alignment:
Q  60 ctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagca 159  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | |||  |  |  |||||| ||||| | ||| |||  |||||||||| |||| ||    
T  22187266 ctcacttcatcagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcgggaggtgtctctcctttttgtttgcaaacctttagcaacatgtctctcaaca 22187167  T
Q  160 atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgt 259  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||   | ||| |  ||   ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  22187166 atccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgt 22187067  T
Q  260 ttttccttgtcctccctttcc 280  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  22187066 ttttccttgccctcccattcc 22187046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 22053034 - 22052791
Alignment:
Q  37 accttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaa 136  Q
    |||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  |||||   |||||| |||||||| |||||| ||  || ||||  |||||| ||||| |||||     
T  22053034 acctctttttctgcaggtaatttctcacttcatcagtcaatgttcctcgatccatttgataaatactctgatggggattgtctcctttttgtttgtaaag 22052935  T
Q  137 cttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtca 236  Q
     ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| | ||  ||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||| |||  || ||| |  ||   ||||    
T  22052934 ttttagcaacatttccctcaacaacccttcaacatcatatgattgagacactgtaatccatacccgacaatcaaaatgtccaatgatatccttgctgtca 22052835  T
Q  237 aaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 280  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22052834 aaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22052791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 142 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 21945820 - 21945682
Alignment:
Q  142 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 241  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||  ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  || ||  |  ||   |||||||||    
T  21945820 gcaacatgtccctcaacaatccttcaacatcatatgattgagacacagtgatccatacaagacaatcaaagtgtcaaatgacatccttgctgtcaaaaac 21945721  T
Q  242 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 280  Q
     ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  21945720 tttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcc 21945682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 405
Target Start/End: Original strand, 22632204 - 22632398
Alignment:
Q  211 agtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctct 310  Q
    ||||||||||||||||    | ||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||  |||||||| |||||| ||||| ||||| |||| |  || ||||    
T  22632204 agtgtttaacgatctttcggttgtcaaaaactttcttggctagagtggttttccccagtcctcccattccaataatggagacaactgtgcgatctgctct 22632303  T
Q  311 ctcctctaccaaccaatcaattagtatgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttct 405  Q
      ||||||||| ||||| ||||||| | | | ||||  ||||||| || ||||||||| ||||||| ||| ||||| |||| | |||||||||||    
T  22632304 tccctctaccagccaattaattagtttctctattggctcttcaaatcccacaacatcagcttcatccatataaaatggagcgtctcgaaggttct 22632398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 142 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 22034713 - 22034575
Alignment:
Q  142 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 241  Q
    |||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||   | ||| |  ||   |||||||||    
T  22034713 gcaacatgtctctcaacaatccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgataatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaac 22034614  T
Q  242 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 280  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22034613 tttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22034575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 106
Target Start/End: Original strand, 22368075 - 22368161
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttg 106  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| || || ||||||||||| ||||||    
T  22368075 atcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaataactttccatccatttgatgaagactttg 22368161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 22115387 - 22115143
Alignment:
Q  36 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaa 135  Q
    ||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||   ||| |  |||||| |||||||| ||||||    ||  ||||  |||||| ||||| |||||    
T  22115387 tacctctttttctgcaagtattttctcacttcatcagttaataatcctcgatccatttgataaatactcgaaggtggattgtctccttcttgtttgtaaa 22115288  T
Q  136 acttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtc 235  Q
      ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| |  |  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || ||| |  ||   |||    
T  22115287 tttttggcaacatatccctcaacaacccttcaacttcatatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtccaatgatatccttgctgtc 22115188  T
Q  236 aaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 280  Q
    |||||| ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  22115187 aaaaactttctttgatagagtggtttttccttgccctcccattcc 22115143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 299
Target Start/End: Original strand, 22353959 - 22354240
Alignment:
Q  20 atcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgct 119  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | ||| || ||  ||| |  |    
T  22353959 atcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagttgtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatggagactctgaggaggatct-tt 22354057  T
Q  120 cctt-gttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatcc--atacatgacaatcaaagtgtt 216  Q
    |||| |||||| ||||| ||   |||| |||||||||| || |  |||||| ||||||| | |||| ||  ||||||  |||||| |||||||||||  |    
T  22354058 ccttcgttgtttgtaaatctccagcaaaatgtccctcaacactttttctatgttgtatggtcgagataccgtgatccatatacataacaatcaaagttct 22354157  T
Q  217 taacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 299  Q
    |||| | ||| |  | ||||||||| ||  | || ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  22354158 taactaccttttggttgtcaaaaacttttctggctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaactgtg 22354240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 163 - 280
Target Start/End: Original strand, 22657357 - 22657474
Alignment:
Q  163 cttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttt 262  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||  ||| | ||  ||   ||||||||| || || |||||||| |||||    
T  22657357 cttctatattgtaagattgtgacactgtgatccaaacacgacattcaaagtgtccaacaacctctttgctgtcaaaaacttttttagcaagagtagtttt 22657456  T
Q  263 tccttgtcctccctttcc 280  Q
    |||||| |||||| ||||    
T  22657457 tccttgccctcccattcc 22657474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 142 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 21930617 - 21930479
Alignment:
Q  142 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 241  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||||  |  ||| ||| |||  || ||| |  ||   |||||||||    
T  21930617 gcaacatgtccctcaacaacccttcaacatcatatgattgagacactgtgatccatactcggaaatgaaaatgtccaatgatatccttgctgtcaaaaac 21930518  T
Q  242 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 280  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21930517 tttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 21930479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 215
Target Start/End: Original strand, 22648404 - 22648501
Alignment:
Q  118 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 215  Q
    |||||| ||||| ||||| ||  | ||||||| | |||||||| |||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  22648404 ctcctttttgtttgtaaagctcattcaacatgcctctcagcaacccttctgtatagtatgattgcaacactttgatccatacacgaaattcaaagtgt 22648501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 36 - 265
Target Start/End: Original strand, 29610731 - 29610961
Alignment:
Q  36 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgac---tctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgt 132  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||   ||||| | |||||||  ||||||||| ||  |||   |||| | ||||| ||    
T  29610731 taccttttctcctgcaagtaatttctcacttcatcgactaacgacgactctcgctccatttgagaaatactttgaggaggatcatctcccttttgtttgt 29610830  T
Q  133 aaaa-cttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttat 231  Q
    |||| ||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||   |||||||||| ||||| ||||||      
T  29610831 aaaaacttctccaacatgccccttagcaatccttctatattgtatgattgtgatactgtgatccatacacgattgtcaaagtgttcaacgaccttgtt-- 29610928  T
Q  232 cgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttcc 265  Q
     ||||||||| ||||| |  ||||| ||||||||    
T  29610929 -gtcaaaaactttcttagttagagtagtttttcc 29610961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 317 - 404
Target Start/End: Original strand, 29611001 - 29611088
Alignment:
Q  317 taccaaccaatcaattagtatgtttcttggaacttcaaagcctacaacatcatcttcatcgatacaaaattgagcctttcgaaggttc 404  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | ||||||  ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||    
T  29611001 taccagccaatcaattaatatttctcttggctcttcaaagcctgcaacgtcagcttcatccatgtaaaatggagcctttcgaaggttc 29611088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 34980382 - 34980285
Alignment:
Q  118 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 215  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | |||||||   ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  34980382 ctcctttttgttcgtaaagcttcttcaacatgcgtctcagcaatacttcaatattgtatgattgtgacactgtgatccatacacgacattcaaagtgt 34980285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 215
Target Start/End: Original strand, 2305776 - 2305828
Alignment:
Q  163 cttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| |||||||||    
T  2305776 cttctatattgtatgattgtgacattgtgatccatacacgacattcaaagtgt 2305828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University