View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5466_low_14 (Length: 255)

Name: NF5466_low_14
Description: NF5466
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5466_low_14
NF5466_low_14
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (12-255)||(53319-53562)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (12-255)||(29541756-29541999)
chr6 (12-255)||(18161374-18161617)
chr6 (12-255)||(16899255-16899498)
chr6 (12-255)||(31358870-31359113)
chr6 (14-255)||(34766667-34766908)
chr6 (14-255)||(18704832-18705073)
chr6 (14-255)||(18710767-18711008)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (11-255)||(14892541-14892785)
chr8 (12-255)||(21211759-21212002)
chr8 (85-252)||(22832121-22832288)
chr8 (104-219)||(18233759-18233874)
chr8 (104-219)||(18243210-18243325)
chr8 (104-219)||(25036173-25036288)
chr8 (104-219)||(25050210-25050325)
chr8 (104-219)||(12916388-12916503)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (12-255)||(9544029-9544272)
chr7 (12-255)||(16140973-16141216)
chr7 (12-255)||(5389960-5390203)
chr7 (12-255)||(26304865-26305108)
chr7 (12-255)||(26361710-26361953)
chr7 (12-255)||(32099689-32099932)
chr7 (12-255)||(46498423-46498666)
chr7 (12-255)||(8502358-8502601)
chr7 (12-255)||(44898608-44898851)
chr7 (12-255)||(6535793-6536036)
chr7 (42-255)||(13284218-13284432)
chr7 (14-174)||(42596698-42596858)
chr7 (105-219)||(7582477-7582591)
chr7 (105-175)||(15175386-15175456)
chr7 (210-255)||(42596865-42596910)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (12-255)||(18362586-18362829)
chr5 (12-255)||(26201114-26201357)
chr5 (12-255)||(27413457-27413700)
chr5 (12-255)||(33940629-33940872)
chr5 (14-255)||(20949166-20949407)
chr5 (21-255)||(23375686-23375920)
chr5 (104-175)||(5601579-5601650)
chr5 (105-219)||(24413672-24413786)
chr5 (105-219)||(30453421-30453535)
chr5 (105-219)||(30458499-30458613)
chr5 (14-87)||(19781874-19781947)
chr5 (104-219)||(24289908-24290023)
chr5 (104-219)||(24299415-24299530)
chr5 (104-176)||(22456711-22456783)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (12-255)||(8974155-8974398)
chr3 (12-255)||(6423616-6423859)
chr3 (12-255)||(9538444-9538687)
chr3 (12-255)||(12387297-12387539)
chr3 (104-175)||(48979673-48979744)
chr3 (113-222)||(28366893-28367002)
chr3 (104-175)||(4384458-4384529)
chr3 (113-163)||(28374773-28374823)
chr3 (113-163)||(28382595-28382645)
chr3 (21-70)||(11461143-11461192)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (12-255)||(16156192-16156435)
chr1 (14-255)||(1987978-1988219)
chr1 (72-255)||(22959697-22959880)
chr1 (104-219)||(14280877-14280992)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (14-255)||(17150684-17150925)
chr4 (12-255)||(6693527-6693770)
chr4 (13-255)||(16254548-16254785)
chr4 (14-255)||(520702-520943)
chr4 (14-252)||(7845250-7845488)
chr4 (105-219)||(54698596-54698710)
chr4 (113-222)||(26813342-26813451)
chr4 (14-49)||(13791747-13791782)
chr4 (58-96)||(13791715-13791753)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (12-255)||(45015662-45015905)
chr2 (12-255)||(18652527-18652770)
chr2 (12-255)||(9512553-9512796)
chr2 (14-255)||(22903455-22903691)
chr2 (14-255)||(27168775-27169016)
chr2 (104-175)||(1791955-1792026)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (12-255)||(148017-148260)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (14-255)||(7080-7321)
scaffold0313 (14-255)||(10862-11103)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (14-255)||(6357-6598)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (12-255)||(20084-20327)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (21-255)||(16545-16779)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (72-255)||(189315-189498)
[»] scaffold0529 (1 HSPs)
scaffold0529 (179-255)||(1-77)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (105-219)||(103110-103224)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (104-219)||(257898-258013)


Alignment Details
Target: scaffold0058 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 53562 - 53319
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaatagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 53463  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  53462 taaagctagactctttctatcatgtgcattaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttaaaaata 53363  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 53319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 29541756 - 29541999
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  29541756 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 29541855  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29541856 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 29541955  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541956 catcatgagggtcaatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 29541999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 18161374 - 18161617
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  18161374 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18161473  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18161474 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18161573  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18161574 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 18161617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 16899255 - 16899498
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  16899255 tcatcacagatggagactatgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16899354  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  16899355 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgagatactctgaaaata 16899454  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16899455 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 16899498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 31358870 - 31359113
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  31358870 tcatcacaaatgaagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 31358969  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31358970 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 31359069  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359070 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 31359113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 34766667 - 34766908
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  34766667 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 34766766  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  34766767 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 34766866  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34766867 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 34766908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18705073 - 18704832
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||    
T  18705073 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18704974  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| || ||  ||| | ||||    
T  18704973 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgagacactctgagagtaca 18704874  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18704873 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 18704832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18711008 - 18710767
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||    
T  18711008 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18710909  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| || ||  ||| | ||||    
T  18710908 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgagacactctgagagtaca 18710809  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18710808 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 18710767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 11 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 14892785 - 14892541
Alignment:
Q  11 atcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaatt 110  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14892785 atcatcacatatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaatt 14892686  T
Q  111 ctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaat 210  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  14892685 ctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgataaagaggtatgggataccttaaaaat 14892586  T
Q  211 acatcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14892585 acatcatgagggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 14892541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 21212002 - 21211759
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  21212002 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 21211903  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  21211902 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 21211803  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21211802 catcatgagggtacttctcatgtcaaagaaactagaattgacat 21211759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 85 - 252
Target Start/End: Original strand, 22832121 - 22832288
Alignment:
Q  85 tgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgct 184  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||     
T  22832121 tgaaaaagctcaggtattactaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatgaaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgcc 22832220  T
Q  185 aaagaagtatgggataccttgaaaatacatcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattga 252  Q
    ||||| |||||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22832221 aaagaggtatgggacactttgagagtacatcatgaaggtacatctcatatcaaagaaactagaattga 22832288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Original strand, 18233759 - 18233874
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  || |||||| | |||||||| |    
T  18233759 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtactacggcaaaagaaatttgggatacgt 18233858  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||| ||||||||    
T  18233859 taaaaattcatcatga 18233874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Original strand, 18243210 - 18243325
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  || |||||| | |||||||| |    
T  18243210 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtactacggcaaaagaaatttgggatacgt 18243309  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||| ||||||||    
T  18243310 taaaaattcatcatga 18243325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 25036288 - 25036173
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |  || |||||| | |||||||| |    
T  25036288 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgcaccacggcaaaagaaatttgggatacat 25036189  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||||||||||||    
T  25036188 taaaaatacatcatga 25036173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 25050325 - 25050210
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |  || |||||| | |||||||| |    
T  25050325 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgcaccacggcaaaagaaatttgggatacat 25050226  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||||||||||||    
T  25050225 taaaaatacatcatga 25050210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Original strand, 12916388 - 12916503
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |  || |||||| | |||||||| |    
T  12916388 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgcactacggcaaaagaaatttgggatacgt 12916487  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||| ||||||||    
T  12916488 taaaaattcatcatga 12916503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 9544272 - 9544029
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  9544272 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9544173  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9544172 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggataccctgaaaata 9544073  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9544072 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 9544029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 16141216 - 16140973
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  16141216 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16141117  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16141116 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16141017  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16141016 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 16140973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 5390203 - 5389960
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  5390203 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 5390104  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  5390103 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 5390004  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390003 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 5389960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 26304865 - 26305108
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  26304865 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26304964  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  26304965 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26305064  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26305065 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 26305108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26361953 - 26361710
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  26361953 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26361854  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  26361853 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26361754  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26361753 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 26361710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 32099689 - 32099932
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  32099689 tcatcacaaatggagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattattaaactc 32099788  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  32099789 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 32099888  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32099889 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 32099932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 46498423 - 46498666
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  46498423 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 46498522  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  46498523 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 46498622  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46498623 catcatgagggtacatttcatgtcaaagaaactagaattgacat 46498666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 8502358 - 8502601
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  8502358 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8502457  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  8502458 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 8502557  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8502558 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 8502601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 44898608 - 44898851
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  44898608 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 44898707  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  44898708 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 44898807  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44898808 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 44898851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 6535793 - 6536036
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  6535793 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcagcagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6535892  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  6535893 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6535992  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6535993 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 6536036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 42 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13284432 - 13284218
Alignment:
Q  42 ccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatg-gtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcac 140  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  13284432 ccaaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatgtgtcaacagatgaaaaatctcaagtattgttaaattctaaagctagactctttctattatgtgcac 13284333  T
Q  141 taaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatacatcatgagggtacatctcatgtcaaaga 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13284332 taaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaagaatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatgaaggtacatctcatgtcaaaga 13284233  T
Q  241 aactagaattgacat 255  Q
    |||||||||||||||    
T  13284232 aactagaattgacat 13284218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 174
Target Start/End: Original strand, 42596698 - 42596858
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42596698 atcacagatggagactttgttccaaagaccaaaaaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaactcta 42596797  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatg 174  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42596798 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagaggtgatgaatg 42596858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 219
Target Start/End: Original strand, 7582477 - 7582591
Alignment:
Q  105 taaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacctt 204  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||||| ||  |    
T  7582477 taaattctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtttgggacactct 7582576  T
Q  205 gaaaatacatcatga 219  Q
     ||||| ||||||||    
T  7582577 aaaaattcatcatga 7582591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 105 - 175
Target Start/End: Original strand, 15175386 - 15175456
Alignment:
Q  105 taaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 175  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15175386 taaactctaaagcttgactttttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 15175456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 255
Target Start/End: Original strand, 42596865 - 42596910
Alignment:
Q  210 tacatcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42596865 tacatcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaactataattgacat 42596910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 18362586 - 18362829
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  18362586 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18362685  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18362686 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18362785  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18362786 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 18362829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26201357 - 26201114
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  26201357 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26201258  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  26201257 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26201158  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26201157 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 26201114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 27413457 - 27413700
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||     
T  27413457 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaaggtcaggtattactaaattt 27413556  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27413557 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 27413656  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27413657 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 27413700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 33940629 - 33940872
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  33940629 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 33940728  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  33940729 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 33940828  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33940829 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 33940872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 20949166 - 20949407
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  20949166 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 20949265  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  20949266 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 20949365  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20949366 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 20949407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 23375920 - 23375686
Alignment:
Q  21 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaagctag 120  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  23375920 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 23375821  T
Q  121 actatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatacatcatgag 220  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||| |  || | | |||  |||||     
T  23375820 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatgggaaattttaagagtacgccatgaa 23375721  T
Q  221 ggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  23375720 ggtacctctcatgtcaaggaaaccagaattaacat 23375686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 104 - 175
Target Start/End: Original strand, 5601579 - 5601650
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 175  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5601579 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 5601650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 219
Target Start/End: Original strand, 24413672 - 24413786
Alignment:
Q  105 taaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacctt 204  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||||| ||  |    
T  24413672 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 24413771  T
Q  205 gaaaatacatcatga 219  Q
     ||||| ||||||||    
T  24413772 aaaaattcatcatga 24413786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 30453535 - 30453421
Alignment:
Q  105 taaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacctt 204  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||||| ||  |    
T  30453535 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 30453436  T
Q  205 gaaaatacatcatga 219  Q
     ||||| ||||||||    
T  30453435 aaaaattcatcatga 30453421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 30458613 - 30458499
Alignment:
Q  105 taaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacctt 204  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||||| ||  |    
T  30458613 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 30458514  T
Q  205 gaaaatacatcatga 219  Q
     ||||| ||||||||    
T  30458513 aaaaattcatcatga 30458499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 87
Target Start/End: Original strand, 19781874 - 19781947
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatga 87  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  19781874 atcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtaaaggaaaatagtgcatggtccacagatga 19781947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 24290023 - 24289908
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  || |||||| | |||||||| |    
T  24290023 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtactacggcaaaagaaatttgggatacgt 24289924  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||| ||||||||    
T  24289923 taaaaattcatcatga 24289908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 24299530 - 24299415
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  || |||||| | |||||||| |    
T  24299530 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtactacggcaaaagaaatttgggatacgt 24299431  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||| ||||||||    
T  24299430 taaaaattcatcatga 24299415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 22456783 - 22456711
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgta 176  Q
    |||||||| ||||||  ||| ||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  22456783 ttaaattccaaagctcaactctttttacaatgttcattaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 22456711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 8974155 - 8974398
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  8974155 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8974254  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  8974255 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 8974354  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974355 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 8974398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 6423616 - 6423859
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  6423616 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaaatgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6423715  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  6423716 taaagctagactctttctatcgtgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 6423815  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423816 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 6423859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 9538444 - 9538687
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  9538444 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9538543  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  9538544 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaacaagtatgggatactctgaaaata 9538643  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9538644 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 9538687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 12387297 - 12387539
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||| ||    
T  12387297 tcatcacagatggagactttgttccaaaaaccaaagaaggaactgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaagtattaataaactc 12387396  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||| | ||    
T  12387397 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaactgaaagagtttatgaatttaagaatgc-aaagaggtatgggataccttgatagta 12387495  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12387496 catcatgaagttacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 12387539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 104 - 175
Target Start/End: Original strand, 48979673 - 48979744
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 175  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48979673 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 48979744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 28367002 - 28366893
Alignment:
Q  113 aaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatac 212  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| ||  | ||||| |    
T  28367002 aaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtcactgcaaaagaagtttgggacactctaaaaattc 28366903  T
Q  213 atcatgaggg 222  Q
    ||||||||||    
T  28366902 atcatgaggg 28366893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 4384529 - 4384458
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 175  Q
    ||||||||||||||| || | | | |||||||   | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4384529 ttaaattctaaagctcgagtctatctatcatgcagattaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 4384458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 113 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28374823 - 28374773
Alignment:
Q  113 aaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 163  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28374823 aaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28374773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 113 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28382645 - 28382595
Alignment:
Q  113 aaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 163  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28382645 aaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28382595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 70
Target Start/End: Original strand, 11461143 - 11461192
Alignment:
Q  21 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagt 70  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11461143 atggagattttgttcaaataaccaaagaaggagttgtcaaataaaagagt 11461192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 16156192 - 16156435
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  16156192 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16156291  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16156292 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16156391  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16156392 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 16156435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 1988219 - 1987978
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  1988219 atcacagatggagactttgttccattaaccaaagaaggaatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 1988120  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  1988119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 1988020  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1988019 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 1987978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 72 - 255
Target Start/End: Original strand, 22959697 - 22959880
Alignment:
Q  72 catggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatga 171  Q
    ||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  22959697 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcattaaccttggaagaaagtgaaagggttgatga 22959796  T
Q  172 atgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatacatcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||| || || ||| |||||||||| || ||  |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  22959797 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatgaaggaaccactcatgtcgaagaaacaagaattgacat 22959880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 14280992 - 14280877
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| ||||||||   ||| ||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |  || |||||| | |||||||| |    
T  14280992 ttaaactctaaagcccaactctttttacaatgttcaataaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgcactacggcaaaagaaatttgggatacgt 14280893  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||| ||||||||    
T  14280892 taaaaattcatcatga 14280877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 17150684 - 17150925
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  17150684 atcacagatggagactttgttccaacaaccaacgaaggaactgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaatgctcaggtattgttaaacttta 17150783  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17150784 aagctagactctttctatcatttgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 17150883  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17150884 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 17150925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 6693527 - 6693770
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  6693527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6693626  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  6693627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6693726  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6693727 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 6693770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 13 - 255
Target Start/End: Original strand, 16254548 - 16254785
Alignment:
Q  13 catcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattct 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  16254548 catcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtcacagaaaagagtacatggtcaacagatgaaaaagctcaagtattgttaaactct 16254647  T
Q  113 aaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatac 212  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     ||||||||||||||||||    
T  16254648 aaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaaga-----gggataccttgaaaatac 16254742  T
Q  213 atcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16254743 atcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 16254785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 520943 - 520702
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  520943 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 520844  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  520843 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 520744  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  520743 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 520702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7845488 - 7845250
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||    
T  7845488 atcacagatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctataaaggaaaagaaggcatggtcaacagatgaaaaggctcatgtattactaaactcta 7845389  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| |||||||| ||  |||||||| |    
T  7845388 aagctagactttttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgggacactctgaaaatata 7845289  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7845288 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattga 7845250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 54698710 - 54698596
Alignment:
Q  105 taaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacctt 204  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||||| ||  |    
T  54698710 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 54698611  T
Q  205 gaaaatacatcatga 219  Q
     ||||| ||||||||    
T  54698610 aaaaattcatcatga 54698596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 222
Target Start/End: Original strand, 26813342 - 26813451
Alignment:
Q  113 aaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatac 212  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| ||  | ||||| |    
T  26813342 aaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgttactgcaaaagaagtttgggacactctaaaaattc 26813441  T
Q  213 atcatgaggg 222  Q
    ||||||||||    
T  26813442 atcatgaggg 26813451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 14 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 13791782 - 13791747
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaa 49  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13791782 atcaaagatggagactttgttccaacaaccaaagaa 13791747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 13791753 - 13791715
Alignment:
Q  58 caaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctca 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13791753 caaagaaaagagtgcatggtcaacaaatgacaaagctca 13791715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 45015662 - 45015905
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||    
T  45015662 tcattatagatgaagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactatactc 45015761  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45015762 taaagctagagtctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 45015861  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45015862 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 45015905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 18652527 - 18652770
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  18652527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18652626  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  18652627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 18652726  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18652727 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 18652770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 9512796 - 9512553
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  9512796 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9512697  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  9512696 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 9512597  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9512596 catcatgagggtacatctcatgtcagagaaactagaattgacat 9512553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 22903455 - 22903691
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||| |||||||||||||||     ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  22903455 atcacagatagagactttgttccaa-----aaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaaactcaggtattgttaaactcta 22903549  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||| | ||||    
T  22903550 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtattaatgctaaagatgtatgggatattttgatattaca 22903649  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22903650 tcatgatggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 22903691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 27169016 - 27168775
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  27169016 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 27168917  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  27168916 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 27168817  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  27168816 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagagaccagaattgacat 27168775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 104 - 175
Target Start/End: Original strand, 1791955 - 1792026
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 175  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1791955 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 1792026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 148017 - 148260
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||    
T  148017 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaggtattactaaactc 148116  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
    | |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  148117 ttaagctagactctttctatcatgtgcacttaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgtgataccttaaaaata 148216  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  148217 catcatgagggtacttctcatgtcaaagaaactagaattgacat 148260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 7080 - 7321
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  7080 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 7179  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  7180 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 7279  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7280 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 7321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 10862 - 11103
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  10862 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 10961  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  10962 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 11061  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11062 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 11103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 6598 - 6357
Alignment:
Q  14 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattcta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  6598 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 6499  T
Q  114 aagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaataca 213  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  6498 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 6399  T
Q  214 tcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6398 tcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaaccagaattgacat 6357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 20084 - 20327
Alignment:
Q  12 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||    
T  20084 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaatctcaggtattactaaactc 20183  T
Q  112 taaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaata 211  Q
     ||||||||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||| |||||||| ||  ||| | ||    
T  20184 caaagctagactctttctatcatgtgcactgactagggaagaaagtgaaagagttgatgtgtgtaaaaatgccaaagatgtatgggacactctgagagta 20283  T
Q  212 catcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20284 catcataaaggtacatctcatgtcaaaggaactagaattgacat 20327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Original strand, 16545 - 16779
Alignment:
Q  21 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaagctag 120  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  16545 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 16644  T
Q  121 actatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatacatcatgag 220  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||| |  || | | |||  |||||     
T  16645 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatgggaaattttaagagtacgccatgaa 16744  T
Q  221 ggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  16745 ggtacctctcatgtcaaggaaaccagaattaacat 16779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 72 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 189498 - 189315
Alignment:
Q  72 catggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatga 171  Q
    ||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  189498 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcactaaccttggaagaaattgaaagggttgatga 189399  T
Q  172 atgtacgaatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatacatcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||| || || ||| |||||||||| || || ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  189398 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatgaaggaacctctcatgtcgaagaaacaagaattgacat 189315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0529 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0529
Description:

Target: scaffold0529; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 179 - 255
Target Start/End: Original strand, 1 - 77
Alignment:
Q  179 aatgctaaagaagtatgggataccttgaaaatacatcatgagggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 255  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 aatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatgaaggtacatctcatgtcaaagaaactagaattgacat 77  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 103224 - 103110
Alignment:
Q  105 taaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacctt 204  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||||| ||  |    
T  103224 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 103125  T
Q  205 gaaaatacatcatga 219  Q
     ||||| ||||||||    
T  103124 aaaaattcatcatga 103110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 104 - 219
Target Start/End: Original strand, 257898 - 258013
Alignment:
Q  104 ttaaattctaaagctagactatttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacgaatgctaaagaagtatgggatacct 203  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  || |||||| |||||||||| |    
T  257898 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtactacggcaaaagaaatatgggatacgt 257997  T
Q  204 tgaaaatacatcatga 219  Q
    | ||||| ||||||||    
T  257998 taaaaattcatcatga 258013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University