View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5474_low_3 (Length: 781)

Name: NF5474_low_3
Description: NF5474
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5474_low_3
NF5474_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (4-773)||(50654274-50655037)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 773
Target Start/End: Original strand, 50654274 - 50655037
Alignment:
Q  4 gatggacatcatcacccttctaccccagtcnnnnnnngtataggatgagagaatggaataacataggttataaacttggtggcttctaaggtgagagagc 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||    
T  50654274 gatgaacatcatcacccttctaccccagtcaaaaaaagtataggatgagagaatggaataacataggttataaacttggtggcaga-aaggtgagagagc 50654372  T
Q  104 catcaagttcctcaccagtgtactattggatctattaaaataattaaagggttcagatatattaaaaaattaagagtagcacataagtcttccctcaccc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654373 catcaagttcctcaccagtgtaccattggatctattaaaataattaaagggttcagatatattaaaaaattaagagtagcacataagtcttccctcaccc 50654472  T
Q  204 aatccctccttgtttaactctttccctgctaaaccttccttgttatgatgtcttcaccttcaatttacgccactgacttatcttgttttctactcaagtg 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654473 aatccctccttgtttaactctttccctgctaaaccttccttgttatgatgtcttcaccttcaatttacgccactgacttatcttgttttctactcaagtg 50654572  T
Q  304 taaaatcaattattgttcagcacaaccagaaaagttgcaacccatgataataataacatnnnnnnnggatagtccagtgcatcaaaactcccgcacatgc 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  50654573 taaaatcaattattgttcagcacaaccagaaaagttgcgacccatgataataataacataaaaaaaggatagtccagtgcaccaaaagtcccgcatatgc 50654672  T
Q  404 agggtccagggataacaataacatcaataataacaaataatgggtaaacaggaattcaagacaacaatttatgcaaccaaataaaatccaaaacctatag 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654673 agggtccagggataacaataacatcagtaataacaaataatgggtgaacaggaattcacgacaacaatttatgcaaccaaataaaatccaaaacctatag 50654772  T
Q  504 ttcaacaaaaaccattaacccgaactaaggatctgttagtccacataaaattggaatctgtaattaagaagattgtatcatttgagagcaaaccaatcag 603  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  50654773 ttcaacaaaaaccaataacccgaactaaggatctgttagtccacataaaattggaatctgtaattaagaagattgtatcatttgagagcaaaccaattag 50654872  T
Q  604 ttcaagtgaggaaacttatactatgctaaaaagactaatgaatgttacttatgaattgcaaaatgattcagtcactatgatattgattttccctcaacnn 703  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  50654873 ttcaagtgaggaaaattatactatgctaaaaagactaatgaatgttacttatgaattgcaaaatgattcagtcactatgatattgattttccctcaa--- 50654969  T
Q  704 nnnnnnnnnnnnnnctaagatattgatttctatctttctcagtc--atgaatattgggatatgattgatgat 773  Q
                  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  50654970 ----aaaaaaaaaactaagatattgatttctatctttctcaatcatatgaatattgggatatgattgatgat 50655037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University