View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5477-Insertion-1 (Length: 1020)

Name: NF5477-Insertion-1
Description: NF5477
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5477-Insertion-1
NF5477-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-771)||(6226749-6227527)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 675; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 675; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 771
Target Start/End: Original strand, 6226749 - 6227527
Alignment:
Q  8 ataacaaatatagcataacaatcctcctttataagcagcaggcagaagaaggtgaatttacattcatccattcgatatacaagtaacgctatcctccgat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6226749 ataacaaatatagcataacaatcctcctttataagcagcaggcagaacaagatgaatttacattcatccattcgatatacaagtaacgctatcctccgat 6226848  T
Q  108 cgaagataagaagagcttggaaagatggcagcaattgagatgaaaacgatgaagtcacggtgtggagacgtcggcactacgatctcctctgttcgcgatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6226849 cgaagataagaagagcttggaaagatggcagcaattgagatgaaaacgatgaagtcacggtgtggagacgtcggcactacgatctcctctgttcgcgatc 6226948  T
Q  208 cctcatggtggtttgcacatgacagtaaggatttcgcttttccgttttttctattagttatctccccatataagttttcactattttgcaatcacaattt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6226949 cctcatggtggtttgcacatgacagtaaggatttcgcttttccgttttttctattagttatctccc-atataagttttcactattttgcaatcacaattt 6227047  T
Q  308 tcatgtcaatcaat----------------atctatctacaggtttcggcaatgagcttgagtttccattaccttgtccaacacgttgttgtcatactgt 391  Q
    ||||||||||||||                || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6227048 tcatgtcaatcaatctaatgatctgtatctatatatctacaggtttcggcaatgagcttgagtttccattaccttgtccaacacgttgttgtcatactgt 6227147  T
Q  392 ttatcatccagttattcgtgttgattatacacctccgattgcgggtatgtttgtaccctcatacctgaaggcttttgtgaaagagatgactactctgtcc 491  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6227148 ttatcatccagttattcgtgttgattatacacctccgattgcgggtatgtttgtacctccatacctgaaggcttttgtgaaagagatgactactctgtcc 6227247  T
Q  492 tccgatgacaagaacaagaattcttttctggtagtcgtaggcaacctcccgcccgagacaaggaaccatgatttgcttcaacttttccagccttttggtc 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6227248 tccgatgacaagaacaagaattcttttctggtagtaggaggcaacctcccacccgagacaaggaaccatgatttgcttcaacttttccagccttttggtc 6227347  T
Q  592 atgtcatcggtgccgatgttgctattgctcatcacactggccttagtggccgttttgcctttgttaactttgccaccaaggaagctgctcagagtgctat 691  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6227348 atgtcatcggtgccgatattgctattgctcaacacactggccttagtggccgttttgcctttgttaactttgccaccaaggaagctgctcagagtgctat 6227447  T
Q  692 tgaaagactcaatgggatcgactaccacaatttcatccttagagttgaatgttccaccccaacaacaacctaaaagtata 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6227448 tgaaagactcaatgggatcgactaccacaatttcatccttagagttgaatggtccaccccaacaacaacctaaaagtata 6227527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University