View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5481_high_4 (Length: 433)

Name: NF5481_high_4
Description: NF5481
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5481_high_4
NF5481_high_4
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (6-373)||(36425965-36426332)
chr4 (12-417)||(36397558-36397963)
chr4 (12-388)||(36404491-36404869)
chr4 (14-417)||(36411807-36412220)
chr4 (14-417)||(36417138-36417551)
chr4 (21-303)||(36387788-36388070)
chr4 (19-342)||(36433835-36434158)
chr4 (12-269)||(36369200-36369457)
chr4 (12-295)||(36373819-36374102)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 6 - 373
Target Start/End: Original strand, 36425965 - 36426332
Alignment:
Q  6 agaaacaaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtt 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425965 agaaagaaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtt 36426064  T
Q  106 tgaatttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatg 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36426065 tgaatttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatg 36426164  T
Q  206 gcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctact 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  36426165 gcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtcgctaaagttgaactaggtaagattttccctcctgct 36426264  T
Q  306 gnnnnnnnncttctaaatttgacaccacttatgtgtagtttaaacttctctggacttgtttcttctta 373  Q
    |         | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36426265 ggttttttcttgctaaatttgacaccacttatgtgtagtttaaacttctttggacttgtttcttctta 36426332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 12 - 417
Target Start/End: Original strand, 36397558 - 36397963
Alignment:
Q  12 aaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatt 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||  ||||||| ||||||||||||||| ||    
T  36397558 aaaggtgcatctgtctgtgggaatggcgaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatatatctggggcagttaccatagatggtttgagtt 36397657  T
Q  112 tggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatgg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36397658 tggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcctgtacttcctatgcagtagccgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttggcatggcatgg 36397757  T
Q  212 ggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctactgnnnnn 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  36397758 ggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctactgttttt 36397857  T
Q  312 nnncttctaaatttgacaccacttatgtgtagtttaaacttctctggacttgtttcttcttatcagctaattacaacnnnnnnngcaaaggagtccttga 411  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  36397858 tttcttctaaatttgacaccacttatgtgtagtttaaacttctctggacttgtttcttcttatcagctaattacaacaaaaaaagcaaaggagtccttga 36397957  T
Q  412 taaaaa 417  Q
    ||||||    
T  36397958 taaaaa 36397963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 388
Target Start/End: Original strand, 36404491 - 36404869
Alignment:
Q  12 aaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatt 111  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |  |||   |||||||||||||||||||||| ||    
T  36404491 aaaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagtt 36404590  T
Q  112 tggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatgg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36404591 tggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaattgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttggcatggcatgg 36404690  T
Q  212 ggatttaatggacattcaaaaact---tagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctactgnn 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||      
T  36404691 ggatttaatggacattcaaaaacttagtagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtcgataaagttgaactaggtaagatatcccctcctactg-t 36404789  T
Q  309 nnnnnncttctaaatttgacaccacttatgtgtagtttaaacttctctggacttgtttcttcttatcagctaattacaac 388  Q
          ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  36404790 ttttttcttctaaatttgacagcacttatgtatagtttaaacttatttggacttgtatctttatatcagctaattacaac 36404869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Original strand, 36411807 - 36412220
Alignment:
Q  14 aggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatttg 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36411807 aggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttg 36411906  T
Q  114 gatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatgggg 213  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||     
T  36411907 gaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatggga 36412006  T
Q  214 atttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctactg------- 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  36412007 atttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaacttggtaagatattccctcctactgttttttt 36412106  T
Q  307 -nnnnnnnncttctaaatttgacaccac--ttatgtgtagtttaaacttctctggacttgtttcttcttatcagctaattacaacnnnnnnngcaaagga 403  Q
              || |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  36412107 ttttttttgtttataaatttgacaccacttttaagtgtagtttaaacttctttggacttgttttttcttatcagctaattacaacaaaaaaagcaaagga 36412206  T
Q  404 gtccttgataaaaa 417  Q
    ||||||||||||||    
T  36412207 gtccttgataaaaa 36412220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Original strand, 36417138 - 36417551
Alignment:
Q  14 aggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatttg 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36417138 aggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttg 36417237  T
Q  114 gatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatgggg 213  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||     
T  36417238 gaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatggga 36417337  T
Q  214 atttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctactg------- 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  36417338 atttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaacttggtaagatattccctcctactgttttttt 36417437  T
Q  307 -nnnnnnnncttctaaatttgacaccac--ttatgtgtagtttaaacttctctggacttgtttcttcttatcagctaattacaacnnnnnnngcaaagga 403  Q
              || |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  36417438 ttttttttgtttataaatttgacaccacttttaagtgtagtttaaacttctttggacttgttttttcttatcagctaattacaacaaaaaaagcaaagga 36417537  T
Q  404 gtccttgataaaaa 417  Q
    ||||||||||||||    
T  36417538 gtccttgataaaaa 36417551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 21 - 303
Target Start/End: Original strand, 36387788 - 36388070
Alignment:
Q  21 tctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatttggatgaat 120  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||  ||||||||| | |  |||||||| |||||| ||||    
T  36387788 tctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaat 36387887  T
Q  121 gtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatggggatttaat 220  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36387888 gtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaattgctgatgtgaggaatggtggaagtggatgtttggcatggcatggggatttaat 36387987  T
Q  221 ggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctccta 303  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||    
T  36387988 agacattcaaaaacttaatgatcaaggccaagatttatttctacgcgtcgataaaattgaactaggtaagatatacactccta 36388070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 342
Target Start/End: Original strand, 36433835 - 36434158
Alignment:
Q  19 catctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatttggatga 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||| || || | ||||  ||||| || |||||||| |||||| ||    
T  36433835 catctgtttgtgggaatggagaagggtttatcaaaattgtcagcttgaaagttcctgatacatcgatggcaaatgccaaaggtggtttgagtttggaaga 36433934  T
Q  119 atgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatggggattta 218  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| | | ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  36433935 atgtgaaaaagaatgcttcagaaactgttcttgtacagcctatgcagttgataatgtgagcaatggtggaagcgggtgtttggcatggcatggtgattta 36434034  T
Q  219 atggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctactgnnnnnnnncttc 318  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||         |||    
T  36434035 atggacattcaaaaagtaagcgatcaaggccaagatttatttttacgtgtcgataaagttgaactaggtaagaaattccctcttactgttgtcttctttc 36434134  T
Q  319 taaatttgacaccacttatgtgta 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  36434135 taaatttgacaccacttatgtgta 36434158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 12 - 269
Target Start/End: Original strand, 36369200 - 36369457
Alignment:
Q  12 aaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatt 111  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||| || || |||  ||| ||||| | || |||||||| ||    
T  36369200 aaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcccgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtt 36369299  T
Q  112 tggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatgg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36369300 tggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcatgg 36369399  T
Q  212 ggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtc 269  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  36369400 ggatttaatggacgttcagaaacttagcgatcaaggccaggatttatttttacgcgtc 36369457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 12 - 295
Target Start/End: Original strand, 36373819 - 36374102
Alignment:
Q  12 aaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatt 111  Q
    ||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |  |||  ||||||| | | || |||| ||| ||    
T  36373819 aaaggcgcatctatttgtcggaatggagaagggtttatcaaagttgcaagcttgaaagttcctgatatatctgtggcagttactaaaggtggtctgagtt 36373918  T
Q  112 tggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatgg 211  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  36373919 tggaagaatgcgaggaagaatgcttgagaaactgctcttgtacttcctatgcagttgctgatgtgagtaatggtggaagtggctgtttggcatggtatgg 36374018  T
Q  212 ggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatatt 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||  ||||||||| |||||| ||||    
T  36374019 ggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttgtacgtgtcgatgcagttgaactaggtaaggtatt 36374102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University