View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5481_low_1 (Length: 730)

Name: NF5481_low_1
Description: NF5481
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5481_low_1
NF5481_low_1
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (17-720)||(5850965-5851668)
chr3 (332-626)||(5830241-5830532)
chr3 (356-680)||(5804442-5804763)
chr3 (372-662)||(5500634-5500924)
chr3 (387-661)||(5482407-5482678)
chr3 (372-662)||(5487817-5488107)
chr3 (408-636)||(5856085-5856313)
chr3 (386-659)||(5523516-5523789)
chr3 (405-665)||(5452581-5452838)
chr3 (400-662)||(20341452-20341711)
chr3 (400-636)||(5444180-5444413)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 5851668 - 5850965
Alignment:
Q  17 aataatgatgtgtatattcagcattttgatgcatacattacaacaattattcatagctttgaaaaatcttggccaccaagttacatataaatcaaccaca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851668 aataatgatgtgtatattcagcattttgatgcatacattacaacaattattcatagctttgaaaattcttggccaccaagttacatataaatcaaccaca 5851569  T
Q  117 taattacaagataagctacatcgtacttcaatccatttgcaggttgtaaattccaacacacatataagctcctaatagccataacttcagaaatcataca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851568 taattacaagataagctacatcgtacttcaatccatttgcaggttgtaaattccaacacacatataagctcctaatagccataacttcagaaatcataca 5851469  T
Q  217 atttattcaggtgggtaaaatagttagctgttcagagcaaaatagaattttccccattatatttgtagaaaccaaattttagcacatttgtacagtattt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851468 atttattcaggtgggtaaaatagttagctgttcagagcaaaatagaattttccccattatatttgtagaaaccaaattttagcacatttgtacagtattt 5851369  T
Q  317 aatccatgttagtcattctaacgcgcctctaccactgtgattgaagcttcatttatagataaagatcctatgctatttgtatcatcttttcctgcgtaga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851368 aatccatgttagtcattctaacgcgcctctaccactgtgattgaagcttcatttatagataaagatcctatgctatttgtatcatcttttcctgcgtaga 5851269  T
Q  417 acccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacag 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851268 acccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacag 5851169  T
Q  517 tagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcctttcttcgatccatagt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851168 tagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcctttcttcgatccatagt 5851069  T
Q  617 ctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagctcaatccatactctattttcattcgaagtaatgattgataattgttactgtgaaggtc 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851068 ctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagctcaatccatactctattttcattcgaagtaatgattgataattgttactgtgaaggtc 5850969  T
Q  717 tgtg 720  Q
    ||||    
T  5850968 tgtg 5850965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 332 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 5830532 - 5830241
Alignment:
Q  332 ttctaacgcgcctctaccactgtgattgaagcttcatttatagataaagatcctatgctatttgtatcatcttttcctgcgtagaacccgggtttacttg 431  Q
    ||||| |||||||||| || || ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  5830532 ttctaccgcgcctctaacattgagattgaagcatcatttattgatgaagatcctatgctatttgtagtatctcttcctgcatagaacccgggtttacttg 5830433  T
Q  432 gtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaag 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||     
T  5830432 gtttggggagtaaattttcacccttcaacataaaaaccacagatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacaatagaccaacatgaat 5830333  T
Q  532 aaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcctttcttcgatccatagtctccatgcct 626  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||   |  |||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| || ||||||||    
T  5830332 aaatcttattatttttgaagatatggcatcatcat---acgatatgtcagctatgaactccagtgacctttcttcaatccataatcgccatgcct 5830241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 356 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 5804763 - 5804442
Alignment:
Q  356 attgaagcttcatttatagataaagatcctatgctatttgtatcatcttttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccct 455  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5804763 attgaagcttcatatatagatggagatcctacgctatttgtatcatctcctcctgcatagaagccaggtttacttggtttggggagtaaattttcaccct 5804664  T
Q  456 ttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatat 555  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  5804663 ttaacataaaaaccacagatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacaatagcccaacatgaataaatcttattatttttgaagatat 5804564  T
Q  556 ggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcctttcttcgatccatagtctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaata 655  Q
    |   |||| ||| |||||||||| ||| |  |||||   ||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |  |||| ||    
T  5804563 g---tcattatcatataatatgtcagcaagcaactcctctggcctttgctcaatccatagtctccatgcctaaaatgacatcaaagttatagtaagagta 5804467  T
Q  656 agctcaatccatactctattttcat 680  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||    
T  5804466 agctcaatccttactcaattttcat 5804442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 372 - 662
Target Start/End: Original strand, 5500634 - 5500924
Alignment:
Q  372 tagataaagatcctatgctatttgtatcatcttttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgc 471  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||| |||  || |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||| |    
T  5500634 tagatgaagattctatgctatttttattatcgcttgctgcgtagaacccgggttcacttggtttcggaagtaacttttcaccctttaacataaaaaccac 5500733  T
Q  472 agatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtat 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||    
T  5500734 agatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacaatagacccacatgaataaatcttagtatttctgtacatatggcgtcatcatcatat 5500833  T
Q  572 aatatgttagctatgaactctagtggcctttcttcgatccatagtctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagctcaa 662  Q
    |||| || |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |||||||||    
T  5500834 aatacgtcagctattaactccagtggtctttcttcaatccatagtctccatgcctaaaatgacatcaaagttacaacatgagtaagctcaa 5500924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 387 - 661
Target Start/End: Original strand, 5482407 - 5482678
Alignment:
Q  387 tgctatttgtatcatcttttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttagg 486  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  5482407 tgctattagtatcatctcctcctgcgtagaacccgggttcatttggtttggggagtaaattttcaccctttaacataaaaaccacagatgacatgttagg 5482506  T
Q  487 cctattttctggtttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatg 586  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||   |  |||||| ||||||     
T  5482507 cctattttctggtttctgttgaacacacaatagaccaacatgaataaatcttattatttttgaagatatgacatcatcat---acgatatgtcagctatt 5482603  T
Q  587 aactctagtggcctttcttcgatccatagtctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagctca 661  Q
    ||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||    
T  5482604 aactccagtgtccttccttcaatccatagtctccatgcctaaaatgacatcaaagttacaacaagagaaagctca 5482678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 372 - 662
Target Start/End: Original strand, 5487817 - 5488107
Alignment:
Q  372 tagataaagatcctatgctatttgtatcatcttttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgc 471  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| | |||  || | || ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |    
T  5487817 tagatgaagattctatgctatttgttttatcccttgcagcatagaacccgggttcatttggtttggggagtaacttttcaccctttaacataaagaccac 5487916  T
Q  472 agatgacatgttaggcctattttctggtttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtat 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  5487917 agatgacatgttaggcctattttctggtagctgttgcacacacaatagaccaacatgaataaatcttattatttctgaacatatggcctcatcatcatat 5488016  T
Q  572 aatatgttagctatgaactctagtggcctttcttcgatccatagtctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagctcaa 662  Q
    |||| || |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |||||||||    
T  5488017 aatacgtcagctattaactccagtggtctttcttcaatccatagtttccatgcctaaaatgacatcaaagttacaacatgagtaagctcaa 5488107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 408 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 5856313 - 5856085
Alignment:
Q  408 ctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggtttctgttg 507  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||    
T  5856313 ctgcgtagaacccgggttcatttggtttggggagtaacctttcaccctttaacataaagaccacagatgacatattaggcctatcttctggtagctgttg 5856214  T
Q  508 tacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcctttcttcg 607  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  5856213 tacacacaatagaccaacatgaataaatcttattatttctgaacatatgggctcatcatcgtctaatatgtctgctattaactctagtggtctttcttca 5856114  T
Q  608 atccatagtctccatgcctgaaatgacat 636  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5856113 atccatagtctccatgcctaaaatgacat 5856085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 386 - 659
Target Start/End: Original strand, 5523516 - 5523789
Alignment:
Q  386 atgctatttgtatcatcttttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttag 485  Q
    ||||||||||||| |||  || | |||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||    
T  5523516 atgctatttgtattatcccttgcagcgtagaacccgggttcatttggtttcgggagtaacttttcaccctttaacataaagaccacagatgacatattag 5523615  T
Q  486 gcctattttctggtttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctat 585  Q
    |||||| |||||||  ||| ||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||    
T  5523616 gcctatcttctggtagctgctgtacgcacaatagaccaacatgaataaatcttattatttctgaacatatggcctcatcatcatataatatgtctgctat 5523715  T
Q  586 gaactctagtggcctttcttcgatccatagtctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagct 659  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || ||||||    
T  5523716 taactccagtggtctttcttcaatccatagtttccatgccttaaatgacatcaaagttacaacatgagtaagct 5523789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 405 - 665
Target Start/End: Original strand, 5452581 - 5452838
Alignment:
Q  405 ttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggtttctg 504  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5452581 ttcctccgtagaacccgggttcacttggttttgggagtaacttttcgccctttaacataaaaaccacagatgacatgttaggcctattttctggtttctg 5452680  T
Q  505 ttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcctttct 604  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||  || ||||| |||   ||||||||||| |||| |||||| |||||   ||||||  ||    
T  5452681 ttgtacacacaatagaccaacatgaataaatcttattatttcggagcatattgcc---tcatcgtataacatgtcagctattaactcctctggcctgcct 5452777  T
Q  605 tcgatccatagtctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagctcaatcc 665  Q
    || ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  |||||   ||| ||||||||||||    
T  5452778 tcaatccacagtctccatgcctaaaatgacatcaaggttacagacagagtaagctcaatcc 5452838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 400 - 662
Target Start/End: Original strand, 20341452 - 20341711
Alignment:
Q  400 atcttttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggt 499  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||||||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20341452 atctcttcctgcatagaacccaggttcacttggtgttgggagtaacttctcaccctttaacataaaaaccacagatgacatgttaggcctattttctgct 20341551  T
Q  500 ttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcc 599  Q
    |||||||||||||||| || ||| || |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||   ||| |||||| |||||| |||||   || ||    
T  20341552 ttctgttgtacacacaataaacccacatgaataaatcttattatatctgaacatatggcctcatca---tatgatatgtcagctattaactcctttgccc 20341648  T
Q  600 tttcttcgatccatagtctccatgcctgaaatgacataaaatttacatcaagaataagctcaa 662  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||  |||| |||||||||    
T  20341649 tttcttcaatccatagtctccatgcctaaaatgacatcaaggttacaaaaagagtaagctcaa 20341711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 400 - 636
Target Start/End: Original strand, 5444180 - 5444413
Alignment:
Q  400 atcttttcctgcgtagaacccgggtttacttggtttggggagtaaattttcaccctttagcataaaaaccgcagatgacatgttaggcctattttctggt 499  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5444180 atctcttcctccgtagaacccgggttcacttggtttcggaagtaacttttcgccctttaacataaaaaccaccgatgacatgttaggcctattttccggt 5444279  T
Q  500 ttctgttgtacacacagtagaccaacgtgaagaaatcttattatttttgaacatatggcctcatcatcgtataatatgttagctatgaactctagtggcc 599  Q
      |||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||   |||||||||| ||| || |||||   |||||    
T  5444280 agctgttgcacacacaatagaccaacatgaataaatcttattatttctgaacacattgcctcatca---tataatatgtcagccattaactcctctggcc 5444376  T
Q  600 tttcttcgatccatagtctccatgcctgaaatgacat 636  Q
    |  |||| ||||| | | ||||||||| |||||||||    
T  5444377 tgccttcaatccacaatttccatgcctaaaatgacat 5444413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University