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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5489_low_1 (Length: 873)

Name: NF5489_low_1
Description: NF5489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5489_low_1
NF5489_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-867)||(45790560-45791414)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 801; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 867
Target Start/End: Original strand, 45790560 - 45791414
Alignment:
Q  20 ggattagagtttgtaaaattgcctttagctgaaactggttgtcaattatagatgtgaaattgattttgacttttgacacaataaatgtcatttgcataat 119  Q
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T  45790560 ggattagagtttgtaaaattgcctttagctgaaactggttgtcaattatagatgtgaaattgattttgatttttgacacaataaatgtcatttgcatagt 45790659  T
Q  120 attaataaaaatggcttactattagatgtgtgattactgatatgggtgcgtagatattgttgaagtaataatgaagcatcaaatgatgagagtatttttg 219  Q
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T  45790660 attaataaaaatggcttactattagatgtgtgattactgatatgagtgtgtagatattgttgaagtaataatgaagcatcaaatgatgagagtatttttg 45790759  T
Q  220 tgtgtacacatttaatggaatagtagttctttgttttgatgcaaaagtcagtttacttttcggtcaagaaatcaattttactttgaaattaacatgctgg 319  Q
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T  45790760 tctgtacacatttaatggaatagtagttctttgttttgatgcaaaagttagtttacttttcggtcaagaaatcaattttactttgaaattaacatgctgg 45790859  T
Q  320 tgaaaattcctaaaaagttggaaacttcaacttgatttccaaagcattatatttaacacaatcaaacaaacttggttttgaatgcattacattgt----- 414  Q
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T  45790860 tgaaaattcctaaaaagttggaaacttcaacttgatttccaatgcattatatttaacacaatcaaacaaacttggttttgaatgcattacattgtaagtt 45790959  T
Q  415 --aactgatatactctagaagttacagccaatgcattacattttctacctttgtttaagtccaaaatttccattatcctactttccatttactcaatcaa 512  Q
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T  45790960 gtaactgatatactctagaagttacagccaatgcattacattttctacctttgtttaagtccaaaatttccattatcctactttccatttactcaatcaa 45791059  T
Q  513 gcaaatgcttgtactttagtataaatgctatattgctatgaagtttgaagtttgtattatcagttgttgcttccctttattattttatacctgaagctta 612  Q
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T  45791060 gcaaatgcttgtactttagtataaatgctatattgctatgaagtttgaagtttgtattatcagttgttgcttccctttattattttatacctgaagctta 45791159  T
Q  613 tatcaattttggttaccatttgcagatgatacagaactgtttgatgttcccgcagtttctaatattaggcaggatttaactgagtggcaggaaaaacatg 712  Q
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T  45791160 tatcaattttggttaccatttgcagatgatacagaactgtttgatgttcccgcagtttctaatattaggcaggatttaactgagtggcaggaaaaacatg 45791259  T
Q  713 ccaatcttgttctttctactgtcaaggttgcatctatttttaatttatttaagattccaaaggatttatttacacacataatcaaaacacagtgcgtctt 812  Q
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T  45791260 ccaatcttgttctttctactgtcaaggttgcatctatttttaatttatttaagattccaaaggatttatttacacacataatcaaaacacagtgcgtctt 45791359  T
Q  813 gaggattaaatttcccccactattaatacctgtatttgtgaatcagaataatcta 867  Q
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T  45791360 gaggattaaatttcccccactattaatacctgtatttgtgaatcagaataatcta 45791414  T

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