View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5489_low_25 (Length: 273)

Name: NF5489_low_25
Description: NF5489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5489_low_25
NF5489_low_25
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (77-263)||(20297563-20297749)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (90-263)||(30434792-30434965)
chr5 (80-263)||(30059317-30059500)
chr5 (90-263)||(30748613-30748786)
chr5 (92-257)||(4380630-4380795)
chr5 (66-263)||(29871132-29871329)
chr5 (90-263)||(30243332-30243505)
chr5 (90-263)||(30339485-30339658)
chr5 (76-263)||(30399021-30399208)
chr5 (82-263)||(29852261-29852442)
chr5 (90-263)||(30482374-30482547)
chr5 (77-263)||(30678128-30678317)
chr5 (155-263)||(30714394-30714502)
chr5 (91-256)||(30205481-30205646)
chr5 (90-250)||(30203120-30203280)
chr5 (90-137)||(29709995-29710042)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (90-263)||(26706302-26706475)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (155-257)||(7582694-7582796)
chr1 (161-250)||(7098456-7098545)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 77 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20297749 - 20297563
Alignment:
Q  77 taggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggt 176  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20297749 tagggaaagctgagtaagaccacggaaagtagagattgatctcagtaactcattgttacatggatcgacatcgagggatttaagagatggaagacatggc 20297650  T
Q  177 agtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    | ||||||||||||||| |   |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20297649 attccaagtttagggcatttggagattttcaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 20297563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 114; Significance: 7e-58; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 90 - 263
Target Start/End: Original strand, 30434792 - 30434965
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30434792 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacgtccatcgacaccgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 30434891  T
Q  190 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    |||| |   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30434892 ggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30434965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 80 - 263
Target Start/End: Original strand, 30059317 - 30059500
Alignment:
Q  80 gaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagt 179  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30059317 gaaaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattccgatacagtgagggatttaagagatggaagacatggcagt 30059416  T
Q  180 ccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  30059417 ccaagtttacggcattcagagatatccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaaccctctatg 30059500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 90 - 263
Target Start/End: Original strand, 30748613 - 30748786
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  30748613 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccataaatggagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagttcag 30748712  T
Q  190 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    |||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  30748713 ggcaatcccagatatccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataatccctctatg 30748786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 92 - 257
Target Start/End: Original strand, 4380630 - 4380795
Alignment:
Q  92 aagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttaggg 191  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  4380630 aagaccacgaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacaacgaggtgtttaagagatggatgacatggcagtccaagtttaggg 4380729  T
Q  192 caatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccc 257  Q
    ||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4380730 caattctagatatccaagttagaaagacaaggaaacaactcccctctttccactttcaataacccc 4380795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 66 - 263
Target Start/End: Original strand, 29871132 - 29871329
Alignment:
Q  66 tcaccgtcacctaggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatg 165  Q
    |||||||||| ||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||  |||||||||||    
T  29871132 tcaccgtcacttagggcaagctgagtaagaccacaaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggatcggcaacgaggtctttaagagatg 29871231  T
Q  166 gaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |   | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  29871232 gaagacatggcagtccaattttagggcatttccaaatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttcaactttcaataaaccctctatg 29871329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 90 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 30243505 - 30243332
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||  ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30243505 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccatacaaagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 30243406  T
Q  190 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    |||| |   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30243405 ggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30243332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 90 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 30339658 - 30339485
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  30339658 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttag 30339559  T
Q  190 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    ||||||   ||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30339558 ggcaataggagattgtcaagttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30339485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 76 - 263
Target Start/End: Original strand, 30399021 - 30399208
Alignment:
Q  76 ctaggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatgg 175  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30399021 ctagggaaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatagagggatttaagagatggaagacatgg 30399120  T
Q  176 tagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
     | |||||||||||||||| |   |||   ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30399121 cactccaagtttagggcaagctgtgattctcaactcagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30399208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 82 - 263
Target Start/End: Original strand, 29852261 - 29852442
Alignment:
Q  82 aaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtcc 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| |||   ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  29852261 aaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatggagcagtttcagagatggaagacatggcagtcc 29852360  T
Q  182 aagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    ||||| ||||||||   |||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29852361 aagttcagggcaatatgagattttcaaattagaaagacaaggaaatatcttccctctttccactttcaataacccctctatg 29852442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 90 - 263
Target Start/End: Original strand, 30482374 - 30482547
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| ||||  || ||||||||||||| |||| ||||||||||||     
T  30482374 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccatccacatagaggccttcaagagatggaagagatggcagtccaagtttat 30482473  T
Q  190 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    ||||||   |||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30482474 ggcaatatgagatttccaagtaagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30482547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 77 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 30678317 - 30678128
Alignment:
Q  77 taggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggt 176  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |  |||||   |||||||||||||||||||||     
T  30678317 tagggaaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatatctcgagttctttaagagatggaagacatggc 30678218  T
Q  177 agtccaag---tttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    ||||||||   |||||||||||   |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30678217 agtccaagcagtttagggcaattccagatatccaacctagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30678128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 155 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 30714502 - 30714394
Alignment:
Q  155 tttaagagatggaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 254  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714502 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaacaatcgattaccaatttagaaagagaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 30714403  T
Q  255 ccccctatg 263  Q
    ||| |||||    
T  30714402 cccactatg 30714394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 91 - 256
Target Start/End: Original strand, 30205481 - 30205646
Alignment:
Q  91 taagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttagg 190  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||      ||||| |||  ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  30205481 taagaccacaaaagctagagattgacctcagcaactcattgttacatcccaatacatctaggtttttaagagatacaagacatggcagtccaagtttagg 30205580  T
Q  191 gcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaccc 256  Q
    ||||    ||||    |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30205581 gcaaaaggagatggttaaacgagaaagacaaggaaacatctcacctctttccactttcaataaccc 30205646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 90 - 250
Target Start/End: Original strand, 30203120 - 30203280
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 189  Q
    |||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||  |||  ||||| | ||||||||||||  |||  ||||||||    
T  30203120 gtaagaccatagaagctagagatcgacctcagtaactcattgttacattcatttacataaaggtttttaacatatggaagacatgacagttgaagtttag 30203219  T
Q  190 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 250  Q
    || ||     ||||| ||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30203220 ggtaaaaggcgatatccaattgaaaaagacaaggaaacatctcctctctttccactttcaa 30203280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 90 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 29710042 - 29709995
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacat 137  Q
    ||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29710042 gtaagaccacatgaggtagagattgatctcagtaactcattgttacat 29709995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 90 - 263
Target Start/End: Original strand, 26706302 - 26706475
Alignment:
Q  90 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 189  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  26706302 gtaagaccacgaaaggtagggattgacctcagtaactcattgttacatcccgaaacattgagggatttaagagatggaagacatggcagtcctagcttag 26706401  T
Q  190 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 263  Q
    ||||||  || ||   ||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26706402 ggcaatagtatattgtcaaacgagaaagacaaggaaacacctttcctctttccactttcaataacccctctatg 26706475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 155 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 7582796 - 7582694
Alignment:
Q  155 tttaagagatggaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 254  Q
    ||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||  | ||| | |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||    
T  7582796 tttaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgttgatgttcaaaatagaaagacaaggaaacatctcctttttttccactttcaacaac 7582697  T
Q  255 ccc 257  Q
    |||    
T  7582696 ccc 7582694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 161 - 250
Target Start/End: Original strand, 7098456 - 7098545
Alignment:
Q  161 agatggaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 250  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||||  | ||| | |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  7098456 agatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgtcgatttccaaaatagaaagacaaggaaacgtctcatctctttccactttcaa 7098545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University