View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5491-Insertion-2 (Length: 856)

Name: NF5491-Insertion-2
Description: NF5491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5491-Insertion-2
NF5491-Insertion-2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (8-856)||(7277307-7278152)
chr7 (732-856)||(7375687-7375804)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 856
Target Start/End: Original strand, 7277307 - 7278152
Alignment:
Q  8 ctgaatgtggatacaaaggagccaaagaagcagtgcagcttattgctaatcagatacctttgccttcttctgatttagaatggatcatgggtaaaactgc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7277307 ctgaatgtggatacaaaggagccaaagaagcagtgcagcttattgctaatcagatacctttgccttcttctgatttagaatggatcatgggtaaaactgc 7277406  T
Q  108 tgcacaactcttccatagccagttgactgttgctaagcatgaatgaggttgggaatgttacctcttggttgagccttagttttggttcgacttttcatgc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7277407 tgcacaactcttccatagccagttgactgttgctaagcatgaatgaggttgggaatgttacctcttggttgagccttagttttggttcgacttttcatgc 7277506  T
Q  208 atctggcgctgctttcaccgcaattttatagaa--gctcgaaaccaaacttctactacacttttcactgtgaatttggtgacacttgacagaagcaaact 305  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7277507 gtctggcgctgctttcaccgcaattttatagagatgctcgaaaccaaacttctactacacttttcactgtgaatttggtgatacttgacagaagcaaact 7277606  T
Q  306 gtacttaactctttacttac---------aaacaaactatctgttgaatatatgataaacacattgtgtcatagaacatcttttcgaggtgagggtaaaa 396  Q
    ||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7277607 gtacttaactctttacttactttacttacaaacaaactatctgttga--------taaacacattgtgtcatagaacatcttttggaggtgagggtaaaa 7277698  T
Q  397 ctgcttaactggattcgactcctacattcttccttatatgattatatattagcagaagttatgactcggaaggaatagaaaagcctcaaattgtgtatac 496  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7277699 ctgcttaactggattcaactcctacattcttctttatatgattatatattagcagaagttatgactcggaagtaatagaaaagcctcaaattgtgtatac 7277798  T
Q  497 ataaactagaaagttgagcgtaatgaagtagaaaggaatggagcgagtatagcgaatattcaatagtaaattagactacatcgtcgatttaattggccga 596  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7277799 ataaactagaaagttgagcgtaacggagtggaaaggaatggagcgagtataacgaatattcaatagtaaattagactgcatcgtcgatttaattggccga 7277898  T
Q  597 attcactttgattaatgttcttttgtgcattttacttgtatatttctttagaatcagatttgcttatcaagagataacacgattaaagaaaaggcaacgt 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7277899 attcactttgattaatgttcttttgtgcattttacttgtatatttctttagaatcagattt-cttatcaagagataacacgattaaagaaaaggcaatgt 7277997  T
Q  697 gtttacaaaactcaaacaaaaggcaattgaaaaatcactttcattgaagtttagttacactg--atcactataaacacatgattgagagacaacaaaatt 794  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7277998 gtttacaaaactcaaacaaaaggcaattgaaaagccactttcattgaag-ttagttacactgatatcacaataaacacatgattgagagacaacaaaatt 7278096  T
Q  795 cattacaaatgaaaagacaagatcattaaagaaagcaaaagtcatcaaatgcaaccattatg 856  Q
    ||||||      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7278097 cattac------aaagacaagatcattaaacaaagcaaaagtcatcaaatgcaaccattatg 7278152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 732 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 7375804 - 7375687
Alignment:
Q  732 cactttcattgaagtttagttacactgatcactataaacacatgattgagagacaacaaaattcattacaaatgaaaagacaagatcattaaagaaagca 831  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||| ||||||    
T  7375804 cactttctttgaagtt-agttacattgatcacaataaacacatgattgagagacaacaaaattcattac------aaagacaagatcattaaacaaagca 7375712  T
Q  832 aaagtcatcaaatgcaaccattatg 856  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  7375711 aaagtcatcaaatgcaaccattatg 7375687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University