View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5491-Insertion-4 (Length: 729)

Name: NF5491-Insertion-4
Description: NF5491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5491-Insertion-4
NF5491-Insertion-4
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (8-729)||(40994477-40995198)
chr1 (8-555)||(40986834-40987384)
chr1 (9-436)||(31462895-31463322)
chr1 (9-318)||(31476694-31477004)
chr1 (9-318)||(31462408-31462717)
chr1 (11-363)||(31477012-31477356)
chr1 (662-701)||(40986679-40986718)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (53-716)||(21179651-21180314)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 40995198 - 40994477
Alignment:
Q  8 gacttcatcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaag 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40995198 gactttatcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaag 40995099  T
Q  108 gttgtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagcgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40995098 gttgtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagtgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgtt 40994999  T
Q  208 gttccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40994998 gttccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgtt 40994899  T
Q  308 gcactcaaagatttgtctttgggttggattgaagttgaaatcaaaactctcaaaaaattgttatcaacttgtagaacgattgataatttgagtcttgaga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40994898 gcactcaaagatttgtctttgggttggattgaagttgaaatcaaaactctcaaaaaattgttatcaacttgtagaacgattgataatttgagtcttgaga 40994799  T
Q  408 aatgtttgaatttggyaaactttgatttgggagatgaaccacttggattaacaagattggtggtaaacaagtgtgatgctgagtatttcatatttaatgc 507  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40994798 aatgtttgaatttggcaaactttgatttgggagatgaaccacttggattaacaagattggtggtaaacaagtgtgatgctgagtatttcatatttaatgc 40994699  T
Q  508 accaaatcttaaatacttcgaatattctggggctgtgtttacttcagatataaatgtaagggctatagaagaggtagacattgatttttctctagaatcg 607  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40994698 accaaatcttaaatacttcaaatattctggggctgtgtttacttcagatataaatgtaagggctatagaagaggtatacattgatttttctctagaatcg 40994599  T
Q  608 gagtatcatgaacgtggsaatgaactctgccaaatccttcatgatttctcggccgctaagattctaacagtttgcagttatctactccaggtactcttta 707  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  40994598 gagtttcatgaacgtggcaatgaactctgccaaatccttcatgatttctccgccgctaagattctaacagtttgcagttatctactccaggtactctttt 40994499  T
Q  708 aattaatttcttgattgtgttt 729  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  40994498 aattaatttcttgcttgtgttt 40994477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 40987384 - 40986834
Alignment:
Q  8 gacttcatcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaag 107  Q
    |||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |   || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  40987384 gacttcatcaaaaattggattgcacaattcactagccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaac 40987285  T
Q  108 gttgtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagcgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgtt 207  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||  || | || ||  ||||||||  |||||||||| |    
T  40987284 gttgtgttgctttcgtgacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgct 40987185  T
Q  208 gttccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgtt 307  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |  ||  ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||   || ||| |||||||| |    
T  40987184 gttccaattgccaacacatgtttatcaactcggatcgttgctcaaatcactaaaattgtattcatgcagttttgatatgccggatattcttaactttggt 40987085  T
Q  308 gcactcaaagatttgtctttgggttggattgaagttgaaatcaaaactctcaaaaaattgttatcaacttgtagaacgattgataatttgagtcttgaga 407  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||||||||   || || ||||||||||  |||||||||||||| |  || ||||| ||||||||| |  |||    
T  40987084 gcactcaaagacgtttctttgggttggattgaagttcccatgaatactctcaaaacgttgttatcaacttgcaagactattgagaatttgagtttgaaga 40986985  T
Q  408 aatgtttgaatttggyaaactttgatttgggaga---tgaaccacttggattaacaagattggtggtaaacaagtgtgatgctgagtatttcatatttaa 504  Q
      |||| ||||||||   ||||||||||   |||   || || |||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||| |  ||| | ||| |||  |    
T  40986984 ggtgttggaatttggtggactttgatttaaaagatattgtacaacttgggttaaaaagaatggtgctaaacaagtgtgatacacagtgtatcaaattaga 40986885  T
Q  505 tgcaccaaatcttaaatacttcgaatattctggggctgtgtttacttcaga 555  Q
    ||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  40986884 tgcaccaaatcttaaattcttcaagtattctggggatgtgtttacttcaga 40986834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 31463322 - 31462895
Alignment:
Q  9 acttcatcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaagg 108  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||  |||||| |  ||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  31463322 acttcatcacaaattggattgcacacttgtctagccgtcgcattaacaaattttctctcatggtttcaaaccctcaaatttgtggggaaacaattgaaca 31463223  T
Q  109 ttgtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagcgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgttg 208  Q
    |||||||||||| |||| |||||  || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||  | ||| ||||||||  |||||||| ||||    
T  31463222 ttgtgttgctttcgcgatacaacgcggtgtgaaagatttaactcttgatttctctgatcctaaatgggactagaacgatttggatgataaacatgtgttg 31463123  T
Q  209 ttccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgttg 308  Q
    || |||||| ||| ||| |||||||||||| ||  ||  |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| | || ||  |||||||| ||    
T  31463122 tttcaattgtcaatgcatgtttatcaactcagactattccttgaatctctgaaattgtattcatgtgattttgatatgctagatttttttaactttggtg 31463023  T
Q  309 cactcaaagatttgtctttgggttggattgaagttgaaatcaaaactctcaaaaaattgttatcaacttgtagaacgattgataatttgagtcttgagaa 408  Q
    |||||||| |  | ||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||  ||||||||||||||||  || ||||| | |||||||||| |||     
T  31463022 cactcaaaaacgtttctttgggttggattgaagttcacatcgatactctcaaaactttgttatcaacttgtaagactattgagagtttgagtcttaagag 31462923  T
Q  409 atgtttgaatttggyaaactttgatttg 436  Q
     |||| |||||| |   |||||||||||    
T  31462922 gtgttggaatttagtggactttgatttg 31462895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 318
Target Start/End: Original strand, 31476694 - 31477004
Alignment:
Q  9 acttcatcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaatt-gaag 107  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||| | |||| || ||  ||||||||||| |||  ||| |||||||||| |||||||||| | |||     
T  31476694 acttcatcacaaattggattgcacacttcactggccgtcacattaaaaaaatttctctcacggttttgaacactcaaacttgcggggaaacaaatcgaat 31476793  T
Q  108 gttgtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagcgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgtt 207  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||  ||  || |||||| ||| ||||||||||||||| ||||  || | || ||  ||||||||  ||||||||||||    
T  31476794 gttttgttgctttcgtgacacaacgaggtatggaagattaaacttttgatttctctgattctaaatggtatgataatgatttggatgataaacatgcgtt 31476893  T
Q  208 gttccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgtt 307  Q
     ||||||||| |||| || |||||| |||| |||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| || ||||  |    
T  31476894 attccaattgacaacacatgtttattaactaggatcattgcttcaatcactgaaattgtattcatgtggtttggatatgccaaattttcttatctttact 31476993  T
Q  308 gcactcaaaga 318  Q
    ||||| |||||    
T  31476994 gcacttaaaga 31477004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 318
Target Start/End: Original strand, 31462408 - 31462717
Alignment:
Q  9 acttcatcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaagg 108  Q
    |||||||||||||||||||||| || | |||||||| |  ||| |||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  31462408 acttcatcacaaattggattgcacactacactagccgttgcattaacaaaatttctctcacgattttgaaccctcaaacttgtggagaaacaatcgaatg 31462507  T
Q  109 ttgtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagcgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgttg 208  Q
    || ||||||||| || |  ||||  ||   | || |||||||  ||||||||| |||||||||  || | || ||||||||||||  |||||||||||      
T  31462508 ttttgttgctttcgcaatgcaacgaggtacgcaatatttaactcttgatttctatgatcctaaatggtatgagaacaatttggatgataaacatgcgtaa 31462607  T
Q  209 ttccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgttg 308  Q
    || |||||  |||| ||  |||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   || ||| |||||||  ||    
T  31462608 tttcaattttcaacacatttttatcaactaggatcattgcttgaatcactaaaattgtattcatgtggttttgatattccgcattttcttaactttagtg 31462707  T
Q  309 cactcaaaga 318  Q
    ||||||||||    
T  31462708 cactcaaaga 31462717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 11 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 31477356 - 31477012
Alignment:
Q  11 ttcatcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaaggtt 110  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||  | | || ||||| ||||| |||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  31477356 ttcatcacaaattggatcgcacacttcactagctgtcatattaacaaattttccctcatggtttcgaaccctcaaacttgttgggaaacaatcgaacgtt 31477257  T
Q  111 gtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagcgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgttgtt 210  Q
     ||||||||| |||| |||||   | ||||||||||||||  ||||||||||  |||||||   |||    ||| ||||||||        |||||||||    
T  31477256 atgttgctttcgcgatacaacgctgtgtgaaagatttaactcttgatttctcaaatcctaaataggactcgaacgatttggat--------tgcgttgtt 31477165  T
Q  211 ccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgttgca 310  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||  |  ||  ||  ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| | || ||| |||||||  ||||    
T  31477164 ccaattgccaatgcatgtttatcaactcaaactattcctcaaatcactgaaattgtatgcatgtgattttgatatgccagattttcttaacttttgtgca 31477065  T
Q  311 ctcaaagatttgtctttgggttggattgaagttgaaatcaaaactctcaaaaa 363  Q
    ||||||||  | ||||| ||||||||||||||| | ||| | |||||||||||    
T  31477064 ctcaaagacgtttctttaggttggattgaagttcacatcgatactctcaaaaa 31477012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 662 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 40986718 - 40986679
Alignment:
Q  662 gctaagattctaacagtttgcagttatctactccaggtac 701  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40986718 gctaagattctaacagtttgcagctatctactccaggtac 40986679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 716
Target Start/End: Original strand, 21179651 - 21180314
Alignment:
Q  53 aacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaaggttgtgttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacat 152  Q
    |||| ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||| ||||       
T  21179651 aacaggttttctctcacggtttcgaatcctcaaacttgtggggaaacaattgagcgttgtgttgctttcacgatacaacggggagtgaaagagttaattc 21179750  T
Q  153 ttgatttctctgatcctaagcgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgttgttccaattgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttga 252  Q
    |||||||| | ||||| ||  ||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||    
T  21179751 ttgatttcccggatccaaaatgggaagataatgattttgatggtaaacatgcgttgtttcaattgccaacgcatgtttatcaactcggattgtcgcttga 21179850  T
Q  253 atcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgttgcactcaaagatttgtctttgggttggattgaagttgaaatcaaa 352  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||| |||  |||| || ||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21179851 atcactaaaactgtattcttgtggtttcgatgcgcaagattttcttaactttggtgcactcaaagacttatctttgggttggattgaagttaaaatcaaa 21179950  T
Q  353 actctcaaaaaattgttatcaacttgtagaacgattgataatttgagtcttgagaaatgtttgaatttggyaaactttgatttgggagatgaaccacttg 452  Q
    || || |||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21179951 accctaaaaaaattgttatcaatttgtaggacgattgaaagtttgaatcttaagaaatgctggaatttggcgaactttgatttgggagatgaaccacttg 21180050  T
Q  453 gattaacaagattggtggtaaacaagtgtgatgctgagtatttcatatttaatgcaccaaatcttaaatacttcgaatattctggggctgtgtttacttc 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  21180051 gattaacaagattggtggtaaacaagtgtgattctgagtatttcatatttaatgcaccaaatctgaaatacttcaaatattctggagttgtgtttacttc 21180150  T
Q  553 agatataaatgtaagggctatagaagaggtagacattgatttttctctagaatcggagtatcatgaacgtggsaatgaactctgccaaatccttcatgat 652  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |   |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  21180151 agatattaatgttagggctatagaagaggtagacattgatttttctcaagaatcagaattcaatgaacgtggcaacgaactctgccaaatccttcatgat 21180250  T
Q  653 ttctcggccgctaagattctaacagtttgcagttatctactccaggtactctttaaattaattt 716  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  21180251 ttctccgccgccaatattctaactgtttgcagttatctacttcaggtactcttttaattaattt 21180314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University