View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5494-Insertion-1 (Length: 1083)

Name: NF5494-Insertion-1
Description: NF5494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5494-Insertion-1
NF5494-Insertion-1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (7-891)||(28498738-28499619)
chr1 (945-1063)||(28498566-28498691)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 722; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 722; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 28499619 - 28498738
Alignment:
Q  7 agaattgctccatgtttataacatctattccaaacaatttgcaaagcaaaacaaatatctttgcaagaatcctcctagccaagcttcggactcatcccca 106  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  28499619 agaattgttccatgtttataacatctattccaaacaatttgtaaagcaaatcaa-tatctttgcaagaatcctcctagccaagcttcgaactcatccccg 28499521  T
Q  107 aaagagaccaccaaaaccagctcgatgcccaataggaataatagataatttacgcaatatcttggagataataatttctatttaagagaatggcaattca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28499520 aaagagaccaccaaaaccagctcgatgcccaattggaataataaataatttacgcaatatcttggagataataatttctatttaagagaatggcaattca 28499421  T
Q  207 taacaaatgttcttttatacacgtatgaatatgaattctctgcccccatgagaccctgcgattgtagtcatgaatat-aatcattaggtaacgagcccaa 305  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  28499420 tcacaaatgttcttttatacacgtatgaatatgaattttctgcctccatgagaccctgcaactgt-gtcatgaatattaatcattaggtaacgagtccaa 28499322  T
Q  306 attgatttcagacaagtagaatttattttgatagagctagatattctccaatagaattaattttgcatatagaattagtgtatatacttatattcaaatt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28499321 attgatttcagacaagtagaatttattttgatagagctagatattctccaatagaattaattttgcatatagaattagtgtatatacttatattcaaatt 28499222  T
Q  406 caatttgacaaaataacagtgacaccacgattttgttgagcctcaaaaatattgttttgactcgttctaatttatgcaaaaatttaaagtgtttgtcttt 505  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28499221 caatttaataaaataagagtgacaccacgattttgttgagcctcaaaaatattgtattgactcgttctaatttatgcaaaaatttaaaatgtttgtcttt 28499122  T
Q  506 aaattgatctctgacgtgatannnnnnngttcaatccacttttacattgtattttacataaattaattgacactctagtttctttatttcaatcaatttt 605  Q
    |||||||||| | ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||      
T  28499121 aaattgatctatcacgtgatatttttttgttcaatccacttttacattgtattttacataaattaatttacattctagtttctttatttcaatcaatt-- 28499024  T
Q  606 ataaaatcaattcatcaaaataaatagttttatcaccctagaacaaaagagcacacatactcaacatgacaatcaaacacaattttgaatatgtatgatg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28499023 ataaaatcaattcatcaaaataaatagttttatcaccctagaacaaaagagcacacatactcaacatgacaatcaaacacaattttgaatatgtttgatg 28498924  T
Q  706 attatacaacatgagttgtcttcatctataatggtggaaattttcaattgctagaactttcaagtttcaactataagcagtccatttctacacatcaatg 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28498923 attatacaacatgagttgtcttcatctataatggtggaaattttcaattgctagaactttcaagtttcaactataagctgtccatttctacacatcaatg 28498824  T
Q  806 tcctttatatacacaacgagatagtgtatttactcttcaaccacatgcttcataaaattcagacattattactctagtgatgatag 891  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28498823 tcctttatatacagaacgagatagtgtatttactcttcaaccacatgcttcaaagaattcagacattattactctagtgatgatag 28498738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 945 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 28498691 - 28498566
Alignment:
Q  945 ttgtgacttcycatgaagttgtacctgtaaggccactgtgacct-aggcagaggta-tgatcactcgttc-ttttaggag-aggatggtgcaatgtatc- 1039  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  28498691 ttgtgacttctcatgaagttgtacctgtaaggccactgtgacctaaggcagaggtattgatcactcgttctttttaggagaaggatggtgcaatgtatca 28498592  T
Q  1040 acggt-cccactat-gtccaatattt 1063  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||    
T  28498591 acggtccccactatggtccaatattt 28498566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University