View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5494-Insertion-3 (Length: 980)

Name: NF5494-Insertion-3
Description: NF5494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5494-Insertion-3
NF5494-Insertion-3
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (8-683)||(24116245-24116919)
chr3 (8-664)||(24614455-24615109)
chr3 (8-664)||(24108552-24109212)
chr3 (10-598)||(23693016-23693604)
chr3 (10-598)||(23711456-23712044)
chr3 (10-598)||(23729912-23730500)
chr3 (10-598)||(23748367-23748955)
chr3 (13-555)||(23689561-23690103)
chr3 (13-555)||(24061798-24062340)
chr3 (748-980)||(24115946-24116180)
chr3 (897-939)||(24102205-24102247)
chr3 (881-980)||(24615254-24615357)
chr3 (767-810)||(24108402-24108445)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (208-377)||(11390762-11390931)
chr6 (208-377)||(11419693-11419862)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 24116919 - 24116245
Alignment:
Q  8 cctcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatg 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24116919 cctctttgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccggaagaaatatg 24116820  T
Q  108 tcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatcc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116819 tcaaatggagaagctaatcctacaaaaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatcc 24116720  T
Q  208 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116719 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcggaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 24116620  T
Q  308 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116619 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtc 24116520  T
Q  408 ttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116519 ttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttca 24116420  T
Q  508 tgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccattgttcacatcttgttgatgtttgt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116419 tgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccattgttcacatcttgttgatgtttgt 24116320  T
Q  608 tttatcgtttaatatagaatgtaaactaccaattctgcaagcttcattattaaattggctttaatgattcaatcta 683  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24116319 tttatcgtttaatatagaatgtaaactaccaattctgcaagcttcattattaaatt-gctttaatgattcaatcta 24116245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Original strand, 24614455 - 24615109
Alignment:
Q  8 cctcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatg 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24614455 cctcattgttgctggcttccaagtatgaacaaagaagtgcggttggcgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccggaagaaatatg 24614554  T
Q  108 tcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatcc 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  24614555 tcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggatattaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacatgagagcgtgtcttttatcc 24614654  T
Q  208 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |  | |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  24614655 gatcaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctgagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctg 24614754  T
Q  308 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || | |||    
T  24614755 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtc 24614854  T
Q  408 ttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttca 507  Q
    |||||| || |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24614855 ttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttca 24614954  T
Q  508 tgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccattgttcacatcttgttgatgtttgt 607  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  24614955 tgtattgctcaagaatatctc--gatttaagaaatttgtattaatatgtaacattttattgtctgtcgaaaactaatgttcacatctttttgatgtttgt 24615052  T
Q  608 tttatcgtttaatatagaatgtaaactaccaattctgcaagcttcattattaaattg 664  Q
    || || ||||||||||||| || || ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24615053 ttcatagtttaatatagaaagttaagtaccaattctgcaggcttctttattaaattg 24615109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 24109212 - 24108552
Alignment:
Q  8 cctcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  24109212 cctcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttatgacatcgaaggcatggctgattacatttatatgccaaaagaaatatg 24109113  T
Q  108 tcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatcc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||     
T  24109112 tcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttattagaaacataaggacatgccttttatct 24109013  T
Q  208 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 307  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  24109012 gatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctg 24108913  T
Q  308 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || | |||    
T  24108912 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtc 24108813  T
Q  408 ttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttat---atcaatctagggtt 504  Q
    |||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  24108812 ttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagagatggatacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcatcaatctagggtt 24108713  T
Q  505 tcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccat-tgttcacatcttgttgatgt 603  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||    
T  24108712 tcatgtattgctcaagaatttctcgaagtttaagaaattcgtatcaatatgtgacatttcattgtctgtcgaaaactatatgttcacatctttttgatgt 24108613  T
Q  604 ttgttttatcgtttaatatagaatgtaaactaccaattctgcaagcttcattattaaattg 664  Q
    |||||| ||| ||||||||| || || || |||||| ||||||  |||| |||||||||||    
T  24108612 ttgtttcatcatttaatataaaaagttaagtaccaactctgcatacttctttattaaattg 24108552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 598
Target Start/End: Original strand, 23693016 - 23693604
Alignment:
Q  10 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23693016 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagagcggttggtgtttacgacgttgaatacttggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 23693115  T
Q  110 aaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccga 209  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||    
T  23693116 aaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcgga 23693215  T
Q  210 tgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgct 309  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23693216 tgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgct 23693315  T
Q  310 tgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtctt 409  Q
    ||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || || | |||||    
T  23693316 tgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtctt 23693415  T
Q  410 gtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttcatg 509  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23693416 gtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatcaatgtagggtttcatg 23693515  T
Q  510 tattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccattgttcacatcttgtt 598  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| | |||||||||| ||||    
T  23693516 tattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtccgtcggaaactaatgttcacatcctgtt 23693604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 598
Target Start/End: Original strand, 23711456 - 23712044
Alignment:
Q  10 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23711456 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagagcggttggtgtttacgacgttgaatacttggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 23711555  T
Q  110 aaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccga 209  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||    
T  23711556 aaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcgga 23711655  T
Q  210 tgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgct 309  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23711656 tgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgct 23711755  T
Q  310 tgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtctt 409  Q
    ||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || || | |||||    
T  23711756 tgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtctt 23711855  T
Q  410 gtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttcatg 509  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23711856 gtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatcaatgtagggtttcatg 23711955  T
Q  510 tattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccattgttcacatcttgtt 598  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| | |||||||||| ||||    
T  23711956 tattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtccgtcggaaactaatgttcacatcctgtt 23712044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 598
Target Start/End: Original strand, 23729912 - 23730500
Alignment:
Q  10 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23729912 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagagcggttggtgtttacgacgttgaatacttggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 23730011  T
Q  110 aaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccga 209  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||    
T  23730012 aaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcgga 23730111  T
Q  210 tgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgct 309  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23730112 tgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgct 23730211  T
Q  310 tgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtctt 409  Q
    ||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || || | |||||    
T  23730212 tgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtctt 23730311  T
Q  410 gtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttcatg 509  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23730312 gtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatcaatgtagggtttcatg 23730411  T
Q  510 tattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccattgttcacatcttgtt 598  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| | |||||||||| ||||    
T  23730412 tattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtccgtcggaaactaatgttcacatcctgtt 23730500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 598
Target Start/End: Original strand, 23748367 - 23748955
Alignment:
Q  10 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23748367 tcattgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagagcggttggtgtttacgacgttgaatacttggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtc 23748466  T
Q  110 aaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccga 209  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||    
T  23748467 aaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcgga 23748566  T
Q  210 tgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgct 309  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23748567 tgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgct 23748666  T
Q  310 tgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtctt 409  Q
    ||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || || | |||||    
T  23748667 tgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtctt 23748766  T
Q  410 gtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttcatg 509  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23748767 gtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatcaatgtagggtttcatg 23748866  T
Q  510 tattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaaccattgttcacatcttgtt 598  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| | |||||||||| ||||    
T  23748867 tattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtccgtcggaaactaatgttcacatcctgtt 23748955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 555
Target Start/End: Original strand, 23689561 - 23690103
Alignment:
Q  13 ttgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaa 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23689561 ttgttgttggcttccaaatatgaacaaagaaaagctgttggtgtttaccacgtcgagtacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaa 23689660  T
Q  113 tggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatga 212  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||  || |||||    
T  23689661 tggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatga 23689760  T
Q  213 agacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgcttgt 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23689761 agacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctgcttgt 23689860  T
Q  313 tccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtcttgtg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  23689861 tccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgaggaaaacttgttgtcttgtg 23689960  T
Q  413 ctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttcatgtat 512  Q
    |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  23689961 cacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtctttaagaaattttcaagtttatatcaatgtagggtttcatgtgt 23690060  T
Q  513 tgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatg 555  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  23690061 tgctcaagaatttttgaaagtttaagaaatttgtgtcaatatg 23690103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 555
Target Start/End: Original strand, 24061798 - 24062340
Alignment:
Q  13 ttgttgttggcttccaagtatgaacaaagaagtgtggttggtgtttacgatgttgaatacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaa 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061798 ttgttgttggcttccaaatatgaacaaagaaaagctgttggtgtttaccacgtcgagtacatggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaa 24061897  T
Q  113 tggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatga 212  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||  || |||||    
T  24061898 tggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatga 24061997  T
Q  213 agacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgcttgt 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061998 agacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctgcttgt 24062097  T
Q  313 tccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtcttgtg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  24062098 tccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgaggaaaacttgttgtcttgtg 24062197  T
Q  413 ctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaatctagggtttcatgtat 512  Q
    |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  24062198 cacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtctttaagaaattttcaagtttatatcaatgtagggtttcatgtgt 24062297  T
Q  513 tgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatg 555  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  24062298 tgctcaagaatttttgaaagtttaagaaatttgtgtcaatatg 24062340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 748 - 980
Target Start/End: Complemental strand, 24116180 - 24115946
Alignment:
Q  748 gcaaatatcaaaacctaagtaataactagcatgaatatgtattagagtcatgaataaatattagtacatgattagttaataaagaccagactggcatata 847  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116180 gcaaatatcaaaacctaagtaataactagcatgaatatgtattacagtcatgaataaatattagtacatgattagttaataaagaccagactggcatata 24116081  T
Q  848 cgtgtatatatgccaaaggtttgaaccaagatcacatgaatcatttcaaatataagaaaatcatgagaggaaatactagtttgtgaggaaaac-atgagg 946  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  24116080 cgtgtatatatgccaaaggtttgaaccaagatcacatgaatcatttcaaatataagaaaatcatgagaggaaatactggtttgtgaggaaaacaatgagg 24115981  T
Q  947 atatctatctgtttt-aataatataaaaagcagat 980  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24115980 atatctatctgttttaaataatataaaaagcagat 24115946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 897 - 939
Target Start/End: Complemental strand, 24102247 - 24102205
Alignment:
Q  897 atataagaaaatcatgagaggaaatactagtttgtgaggaaaa 939  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24102247 atataagaaaatcatgagaggaaatactggtttgtgaggaaaa 24102205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 881 - 980
Target Start/End: Original strand, 24615254 - 24615357
Alignment:
Q  881 acatgaatcatttcaa----atataagaaaatcatgagaggaaatactagtttgtgaggaaaac-atgaggatatctatctgtttt-aataatataaaaa 974  Q
    ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||  ||||| ||||||||| ||||||||| |||    
T  24615254 acatgaatcatttcaaatatatataagaaaatcatg-gaggaaatactggtctgtgaggaaaacaatgacaatatc-atctgttttaaataatatagaaa 24615351  T
Q  975 gcagat 980  Q
    ||||||    
T  24615352 gcagat 24615357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 767 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 24108445 - 24108402
Alignment:
Q  767 taataactagcatgaatatgtattagagtcatgaataaatatta 810  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||    
T  24108445 taataactagcatgaatatatattacagtgatgaataaatatta 24108402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 70; Significance: 5e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 208 - 377
Target Start/End: Original strand, 11390762 - 11390931
Alignment:
Q  208 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 307  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |  | ||||||||| || |||| |||||||| ||||| || |||||  |||||||||    
T  11390762 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11390861  T
Q  308 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatg 377  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  11390862 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatg 11390931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 208 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 11419862 - 11419693
Alignment:
Q  208 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 307  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |  | ||||||||| || |||| |||||||| ||||| || |||||  |||||||||    
T  11419862 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11419763  T
Q  308 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatg 377  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  11419762 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatg 11419693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University