View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5494-Insertion-4 (Length: 955)

Name: NF5494-Insertion-4
Description: NF5494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5494-Insertion-4
NF5494-Insertion-4
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (8-955)||(8003614-8004565)
chr1 (7-954)||(7900541-7901494)
chr1 (8-457)||(7904498-7904946)
chr1 (7-457)||(7902873-7903325)
chr1 (589-947)||(51518515-51518876)
chr1 (45-157)||(51517987-51518099)
chr1 (191-476)||(51518159-51518446)
chr1 (8-57)||(51517923-51517972)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (473-893)||(1300352-1300778)
chr4 (10-117)||(1301184-1301302)
chr4 (419-476)||(1300798-1300855)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 817; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 817; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 955
Target Start/End: Original strand, 8003614 - 8004565
Alignment:
Q  8 gccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattacttgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttcta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8003614 gccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattacctgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttcta 8003713  T
Q  108 cattcttgaatacattagtagtttcctatataccagcggaatttggctctctcagagtgagtgatttactttagattgatgacaatctatggtctgctgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8003714 cattcttgaatacattagtagtttcctatataccagcggaatttggctctctcagagtgagtgatttactttagattgatgacaatctatggtctgctgt 8003813  T
Q  208 gatttgttatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtacttccccgacttttgagaagccaaatctttgttggtgatgtc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8003814 gatttgttatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtacttccccgacttttgagaagccaaatctttgttggtgatgtc 8003913  T
Q  308 agctggannnnnnncaaattatgtaacggaaacaagttaaaagctaaacctgtgttgannnnnnnnnngaaacttgaatttgttgtgattgatctatgtt 407  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8003914 agctggatttttttcaaattatgtaacggaaacaagttaaaagctaaacctgtgttgattttttttttgaaacttgaatttgttgtgattgatctatgtc 8004013  T
Q  408 tgtctctttaatgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattcacgatccattactgttctatttgtgatgatgttgtagcaagatttttaga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  8004014 tgtctctttaatgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattcacgattcattactgttctatttgtgatgatgttgtggcaagacttttgga 8004113  T
Q  508 actatatcactcagctttgttgcgtgtttgattttgctactttagacatctattcattttaaactaaatagcatttatagttttctaatcagttgctatt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8004114 actatatcactcagctttgttgcgtgtttgtttttcctgctttagacatctattcattttaaactaaatagtatttatagttttctaatcagttgctatt 8004213  T
Q  608 gttctacaacaacagcctgcagacatctatctgatagatgagccaagtgcatatcttgattcggaacagcgtattgttgctgcaaaagtcattaagaggt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8004214 gttctacaacaacagcctgcagacatctatctgatagatgagccaagtgcatatcttgattcagaacagcgtattgttgctgcaaaagtcattaagaggt 8004313  T
Q  708 ttattcttcatgcaaagaaaacagcctttatcgttgagcatgatttcatcatggcaacttatcttgctgacaaagttatcgtttatgagggtcaaccttc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8004314 ttattcttcatgcaaagaaaacagcctttatcgttgagcatgatttcatcatggcaacttatcttgctgacaaagttatcgtttatgagggtcaaccttc 8004413  T
Q  808 aattaattgtactgcaaactgtccacaatcattgcttactgggatgaatcttttcttatctgtaagtgtcattg-ttttcaatgg-ttcattaattcgtt 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  8004414 aattaattgtactgcaaactgtccacaatcattgcttaccgggatgaaccttttcttatctgtaagtgtcattgtttttcaatggtttcattaattcgtt 8004513  T
Q  906 cc-ttttaaaaattcagggtatcacacacgttaaaatt-aaaaattatgttc 955  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8004514 cctttttaaaaattcagggtatcacacacgttaaaattaaaaaattatgttc 8004565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 7901494 - 7900541
Alignment:
Q  7 agccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattacttgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7901494 agccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattgcttgtgcaccttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttct 7901395  T
Q  107 acattcttgaatacattagtagtttcctatataccagcggaatttggctctctcagagtgagtgatttactttagattgatgacaatctatggtctgctg 206  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7901394 acattcttgaatacaatcttagtttcctatataccagtggaattttgctctttcagagtgagttatttactttagattgatgacaatctatgatctgctg 7901295  T
Q  207 tgatttgttatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtacttccccgacttttgagaagccaaatctttgttggtgatgt 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  7901294 tgatttgctatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtactttcctcacttttgagatgcccaatctttgttggtgatgt 7901195  T
Q  307 cagctggannnnnnncaaattatgtaacggaaacaagttaaaagctaaacctgtgttgannnnnnnnnng-aaacttgaatttgttgtgattgatctatg 405  Q
    ||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||            ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  7901194 cagctggatttttttcaaattatgtaacggaaataagttaaaagctcaacctgtgttgattttttttttttaaacttggatttgttgtgattgatctatt 7901095  T
Q  406 tttgtctctttaatgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattcacgatccattactgttctatttgtgatgatgttgtagcaagattttta 505  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7901094 tatatctctttaatgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattcacgattcattactgttctatttgtgatgatgttgtagcaagattttta 7900995  T
Q  506 gaactatatcactcagctttgttgcgtgtttgattttgctactttagacatctattcattttaaactaaatagcatttatagttttctaatcagttgcta 605  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  7900994 gaactatatcactcagctttgttgtgtgtttgattttgctactttagacatctattcattttaaactaaatagtatttatagttttttaatcagttgcta 7900895  T
Q  606 ttgttctacaacaacagcctgcagacatctatctgatagatgagccaagtgcatatcttgattcggaacagcgtattgttgctgcaaaagtcattaagag 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7900894 ttgttctacaacaacagcctgcagacatctatctgatagatgagccaagtgcatatcttgattccgaacagcgtattgtagttgcaaaagtcattaagag 7900795  T
Q  706 gtttattcttcatgcaaagaaaacagcctttatcgttgagcatgatttcatcatggcaacttatcttgctgacaaagttatcgtttatgagggtcaacct 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  7900794 gtttattcttcatgcaaagaaaacagcctttatcgttgagcatgatttcatcatggcaaattatcttgctgacaaagttatcgttcttgagggtcaacct 7900695  T
Q  806 tcaa-ttaattgtactgcaaactgtccacaatcattgcttactgggatgaatcttttcttatctgtaagtgtcattg-ttttcaatgg-ttcattaattc 902  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  7900694 tcaatttaattttactgcaaactgtccacaatcactgcttactgggatgaaccttttcttatctgtaagtgtcattgtttttcaatggtttcattaattc 7900595  T
Q  903 gttcc-ttttaaaaattcagggtatcacacacgttaaaa-ttaaaaattatgtt 954  Q
    || || ||||||||||| |||||||||  || ||||||| ||||||||||||||    
T  7900594 gtccctttttaaaaatttagggtatcatgcatgttaaaatttaaaaattatgtt 7900541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 7904946 - 7904498
Alignment:
Q  8 gccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattacttgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttcta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904946 gccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattacctgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttcta 7904847  T
Q  108 cattcttgaatacattagtagtttcctatataccagcggaatttggctctctcagagtgagtgatttactttagattgatgacaatctatggtctgctgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904846 cattcttgaatacattagtagtttcctatataccagcggaatttggctctctcagagtgagtgatttactttagattgatgacaatctatggtctgctgt 7904747  T
Q  208 gatttgttatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtacttccccgacttttgagaagccaaatctttgttggtgatgtc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904746 gatttgttatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtacttccccgacttttgagaagccaaatctttgttggtgatgtc 7904647  T
Q  308 agctggannnnnnncaaattatgtaacggaaacaagttaaaagctaaacctgtgttgannnnnnnnnngaaacttgaatttgttgtgattgatctatgtt 407  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7904646 agctggatttttttcaaattatgtaacggaaacaagttaaaagctaaacctgtgttga-tttttttttgaaacttgaatttgttgtgattgatctatgtc 7904548  T
Q  408 tgtctctttaatgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattc 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904547 tgtctctttaatgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattc 7904498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 294; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 7 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 7903325 - 7902873
Alignment:
Q  7 agccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattacttgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7903325 agccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggattgcttgtgcaccttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttct 7903226  T
Q  107 acattcttgaatacattagtagtttcctatataccagcggaatttggctctctcagagtgagtgatttactttagattgatgacaatctatggtctgctg 206  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7903225 acattcttgaatacaatcttagtttcctatataccagtggaattttgctctttcagagtgagttatttactttagattgatgacaatctatgatctgctg 7903126  T
Q  207 tgatttgttatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtacttccccgacttttgagaagccaaatctttgttggtgatgt 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  7903125 tgatttgctatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtactttcctcacttttgagatgcccaatctttgttggtgatgt 7903026  T
Q  307 cagctggannnnnnncaaattatgtaacggaaacaagttaaaagctaaacctgtgttga-nnnnnnnnnngaaacttgaatttgttgtgattgatctatg 405  Q
    ||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||            ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  7903025 cagctggatttttttcaaattatgtaacggaaataagttaaaagctcaacctgtgttgattttttttttttaaacttggatttgttgtgattgatctatt 7902926  T
Q  406 tttgtctctttaatgt-atacattttacttcaaacaaaatattaattgaattc 457  Q
    | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7902925 tatatctctttaatgtaatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattc 7902873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 589 - 947
Target Start/End: Original strand, 51518515 - 51518876
Alignment:
Q  589 tttctaatcagttgctattgttctacaacaacagcctgcagacatctatctgatagatgagccaagtgcatatcttgattcggaacagcgtattgttgct 688  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  51518515 tttctaatcagttgctattgtcctacaacaacagcctgcagacatctatctgatagatgagccaagtgcatatcttgattccgaacagcgtattgttgct 51518614  T
Q  689 gcaaaagtcattaagaggtttattcttcatgcaaagaaaacagcctttatcgttgagcatgatttcatcatggcaacttatcttgctgacaaagttatcg 788  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  51518615 gcaaaagtcatcaagaggtttattcttcatgcaaagaaaacagcctttatcgttgagcatgatttcatcatggcaacttatcttgctgacagagttattg 51518714  T
Q  789 tttatgagggtcaaccttcaattaattgtactgcaaactgtccacaatcattgcttactgggatgaatcttttcttatctgtaagtgtcattg-ttttca 887  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  51518715 tttatgagggtcaaccttcaattgactgtactgcaaattgtccacaatcattgctgaccgggatgaaccttttcttatctgtaagtgtcgttgtttttca 51518814  T
Q  888 atgg-ttcattaattcgttcc-ttttaaaaattcagggtatcacacacgttaaaattaaaaa 947  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  | ||||||||| ||||    
T  51518815 atggtttcattaattcattccgttttaaaaatttagggtatcacgaaagttaaaatttaaaa 51518876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 157
Target Start/End: Original strand, 51517987 - 51518099
Alignment:
Q  45 catccttgggattacttgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctttcccttctacattcttgaatacattagtagtttcctatataccagc 144  Q
    |||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  51517987 catccttgagattgcttatgcaccttagttcttgtgtctgtcctgtcttttcttccccttctacattcttgaatacattcgtagtttcttatataccagc 51518086  T
Q  145 ggaatttggctct 157  Q
    | |||||||||||    
T  51518087 gtaatttggctct 51518099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 191 - 476
Target Start/End: Original strand, 51518159 - 51518446
Alignment:
Q  191 aatctatggtctgctgtgatttgttatgaatgttcatcaactgctgtttattttttctatggttgagatgttgtacttccccgacttttgagaagccaaa 290  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  ||  | ||||||||||     
T  51518159 aatctatgatttgctgtgatttgttatgtttgttcttcaactgctgtttatttcttcaatggttgaaatgttgtacttccc--acactagagaagccaac 51518256  T
Q  291 tctttgttggtgatgtcagctg------gannnnnnncaaattatgtaacggaaacaagttaaaagctaaacctgtgttgannnnnnnnnngaaacttga 384  Q
    ||| ||||||||||||||||||               |||| |||| ||   |||| ||||||| ||||||| ||||||||          ||||||||     
T  51518257 tctgtgttggtgatgtcagctgtttttttttttctttcaaaatatgcaatataaacgagttaaatgctaaacatgtgttga--ttttcttggaaacttgg 51518354  T
Q  385 atttgttgtgattgatctatgtttgtctctttaatgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattcacgatccattactgttcta 476  Q
    |||||||||||||| | ||| | | ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  51518355 atttgttgtgattgttatatttctatctgttaaatgtatacattttatttcaaacaaaatattaattgaattcacattccattactgttcta 51518446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 57
Target Start/End: Original strand, 51517923 - 51517972
Alignment:
Q  8 gccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgggatt 57  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51517923 gccttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttgagatt 51517972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 473 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 1300778 - 1300352
Alignment:
Q  473 tctatttgtgatgatgttgtagcaagatttttagaactatatcactcagctttgttgcgtgtttgattttgctactttagacat------ctattcattt 566  Q
    |||||||||| ||| ||  | |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| || |||| ||||||||||| |||  |      ||||| ||||    
T  1300778 tctatttgtgctgacgtcatggcaagatttttagaactatatctcttggctttgttgtgtctttg-ttttgctacttgagatgtgcactcctatttattt 1300680  T
Q  567 taaactaaatagcatttatagttttctaatcagttgctattgttctacaacaacagcctgcagacatctatctgatagatgagccaagtgcatatcttga 666  Q
     |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1300679 caaacgaaatagtatttacagttttctaatcaattgctatcgtcctaccacaacagcctgcagacatttatctgatagatgagccaagtgcatatcttga 1300580  T
Q  667 ttcggaacagcgtattgttgctgcaaaagtcattaagaggtttattcttcatgcaaagaaaacagcctttatcgttgagcatgatttcatcatggcaact 766  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  1300579 ttccgaacagcgtattattgctgcaaaagttatcaagaggtttattcttcatgcaaagaaaacagcctttgtggttgagcatgatttcatcatggcaact 1300480  T
Q  767 tatcttgctgacaaagttatcgtttatgagggtcaaccttcaattaattgtactgcaaactgtccacaatcattgcttactgggatgaatcttttcttat 866  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  1300479 tatcttgctgacagagttattgtttatgagggtcaaccttcaattgactgtactgcaaattctccacaatcactgctgactgggatgaaccttttcttat 1300380  T
Q  867 ctgtaagtgtcattg-ttttcaatggtt 893  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1300379 cagtaagtgtcattgtttttcaatggtt 1300352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 1301302 - 1301184
Alignment:
Q  10 cttatgcctttgtcttggaaaggtattttatgtttcatccttg-----------ggattacttgtgcatcttagttcttgtgtctgccctgtcttttctt 98  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||            |||| |||| ||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  1301302 cttatgtctttgtcttggaaaggtattttaagtttcatccttgaaaactgcataagattgcttgcgcaccttaattctagtgtctgccctgttttttctt 1301203  T
Q  99 tcccttctacattcttgaa 117  Q
    ||| || ||||||||||||    
T  1301202 tcctttttacattcttgaa 1301184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 419 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 1300855 - 1300798
Alignment:
Q  419 tgtatacattttacttcaaacaaaatattaattgaattcacgatccattactgttcta 476  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  1300855 tgtatacattttatttcaaaataaatattaattgaattcctgatccattacggttcta 1300798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University