View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5512-Insertion-1 (Length: 1077)
Name: NF5512-Insertion-1
Description: NF5512
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5512-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 817; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 817; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 1069
Target Start/End: Complemental strand, 866234 - 865403
Alignment:
| Q |
237 |
ctgttatatggttctactagaggtggtttgtggtgggtttctgagaatgctgcaaatataaggagtataagggttgtgaatggttttgttgcgttggttt |
336 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
866234 |
ctgttatatggttctactagaggtggtttgtggtgggtttctgagaatgctgcaaatataaggagtataagggttgtgaatggttttgttgcgttggttt |
866135 |
T |
|
| Q |
337 |
tcgttgtcattgcattggaggtgagagttgtttttcattcgtttgggaggtatattcaagttccagcgccgttgaattatgttcttgttactattaccat |
436 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
866134 |
tcgttgtcattgcattggaggtgagagttgtttttcattcgtttgggaggtatattcaagttccagcgccgttgaattatgttcttgttactattaccat |
866035 |
T |
|
| Q |
437 |
gcttggtggggcgggtgctgctggtgcttatgcaatggggatggtttcggatgcgcttagttcggttgcttttactacttctgctattgtggttagtgct |
536 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
866034 |
gcttggtggggcgggtgctgctggtgcttatgcaatggggatggtttcggatgcgcttagttcggttgcttttactacttctgctattgtggttagtgct |
865935 |
T |
|
| Q |
537 |
gctggagctgttgttgttggatatcctgtactggtgagtggtttctgacttgtttctacgattgcttgcttgaattgtattgaatgtgggttctttgtgg |
636 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
865934 |
gctggagctgttgttgttggatatcctgtactggtgagtggtttctgacttgtttctacgattgcttgcttgaattgtattgaatgtgggttctttgtgg |
865835 |
T |
|
| Q |
637 |
tagatttcaattgttggataacctatagttatttgattctatagatgattgtacattgaatttgaattgtggcaagatattgtttttaggatataaagat |
736 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
865834 |
tagatttcaattgttggataacctatagttatttgattctatagatgattgtacattgaatttgaattgtggcaagatattgtttttaggatataaagat |
865735 |
T |
|
| Q |
737 |
gatgaaatgatcatgaatgaattgtatttagtttgcaagtcctttctagaatcgccggtaaatagaccgggagcactatagtgagtacatgtggttgtca |
836 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
865734 |
gatgaaatgatcatgaatgaattgtatttagtttgcaagtcctttctagaatcgccggtaaatagaccgggagcactatagtgagtacatgtggttgtca |
865635 |
T |
|
| Q |
837 |
agcagatcttcggagattgtcaaaacggtgatgtagatttagttaagtctaagctttgaattgcatgctaggcagtcaagcagacctttgaatgatagtc |
936 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
865634 |
agcagatcttcggagattgtcaaaacggtgatgtagatttagttaagtctaagctttgaattgcatgctaggcagtcaagcagacctttgaatgatagtc |
865535 |
T |
|
| Q |
937 |
aaaactttgtttagatttagataaggcttagctttatcgcgtttgtttgtgacctgcaatctgctttgtatttatgaaccacgggtagttgggaacagtt |
1036 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
865534 |
aaaactttgtttagatttagataaggcttagctttattgcgtttgtttgtgacctgcaatctgctttgtatttatgaa-cacgggtagttgggaacagtt |
865436 |
T |
|
| Q |
1037 |
atgtttcttgtgagtcaggtatttgcacaatga |
1069 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
865435 |
atgtttcttgtgagtcaggcatttgcacaatga |
865403 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 817; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 1069
Target Start/End: Complemental strand, 1227511 - 1226680
Alignment:
| Q |
237 |
ctgttatatggttctactagaggtggtttgtggtgggtttctgagaatgctgcaaatataaggagtataagggttgtgaatggttttgttgcgttggttt |
336 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227511 |
ctgttatatggttctactagaggtggtttgtggtgggtttctgagaatgctgcaaatataaggagtataagggttgtgaatggttttgttgcgttggttt |
1227412 |
T |
|
| Q |
337 |
tcgttgtcattgcattggaggtgagagttgtttttcattcgtttgggaggtatattcaagttccagcgccgttgaattatgttcttgttactattaccat |
436 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227411 |
tcgttgtcattgcattggaggtgagagttgtttttcattcgtttgggaggtatattcaagttccagcgccgttgaattatgttcttgttactattaccat |
1227312 |
T |
|
| Q |
437 |
gcttggtggggcgggtgctgctggtgcttatgcaatggggatggtttcggatgcgcttagttcggttgcttttactacttctgctattgtggttagtgct |
536 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227311 |
gcttggtggggcgggtgctgctggtgcttatgcaatggggatggtttcggatgcgcttagttcggttgcttttactacttctgctattgtggttagtgct |
1227212 |
T |
|
| Q |
537 |
gctggagctgttgttgttggatatcctgtactggtgagtggtttctgacttgtttctacgattgcttgcttgaattgtattgaatgtgggttctttgtgg |
636 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227211 |
gctggagctgttgttgttggatatcctgtactggtgagtggtttctgacttgtttctacgattgcttgcttgaattgtattgaatgtgggttctttgtgg |
1227112 |
T |
|
| Q |
637 |
tagatttcaattgttggataacctatagttatttgattctatagatgattgtacattgaatttgaattgtggcaagatattgtttttaggatataaagat |
736 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227111 |
tagatttcaattgttggataacctatagttatttgattctatagatgattgtacattgaatttgaattgtggcaagatattgtttttaggatataaagat |
1227012 |
T |
|
| Q |
737 |
gatgaaatgatcatgaatgaattgtatttagtttgcaagtcctttctagaatcgccggtaaatagaccgggagcactatagtgagtacatgtggttgtca |
836 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227011 |
gatgaaatgatcatgaatgaattgtatttagtttgcaagtcctttctagaatcgccggtaaatagaccgggagcactatagtgagtacatgtggttgtca |
1226912 |
T |
|
| Q |
837 |
agcagatcttcggagattgtcaaaacggtgatgtagatttagttaagtctaagctttgaattgcatgctaggcagtcaagcagacctttgaatgatagtc |
936 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1226911 |
agcagatcttcggagattgtcaaaacggtgatgtagatttagttaagtctaagctttgaattgcatgctaggcagtcaagcagacctttgaatgatagtc |
1226812 |
T |
|
| Q |
937 |
aaaactttgtttagatttagataaggcttagctttatcgcgtttgtttgtgacctgcaatctgctttgtatttatgaaccacgggtagttgggaacagtt |
1036 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1226811 |
aaaactttgtttagatttagataaggcttagctttattgcgtttgtttgtgacctgcaatctgctttgtatttatgaa-cacgggtagttgggaacagtt |
1226713 |
T |
|
| Q |
1037 |
atgtttcttgtgagtcaggtatttgcacaatga |
1069 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1226712 |
atgtttcttgtgagtcaggcatttgcacaatga |
1226680 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 7 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 866464 - 866269
Alignment:
| Q |
7 |
attccattccgaggatttcttcgtttaagatgaataataatgctaggtttcatggtggtgaagctcctaaagatagttatatacttggtccattagagag |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
866464 |
attccattccgaggatttcttcgtttaagatgaataataatgctaggtttcatggtggtgaagctcctaaagatagttatatacttggtccattagagag |
866365 |
T |
|
| Q |
107 |
ctgtgttcatgcattgtatttggtttttgcgcctatatgttttcatattggatcgcattactcggttgtgttttcgtcgtacgccaatttctgtga |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
866364 |
ctgtgttcatgcattgtatttggtttttgcgcctatatgttttcatattggatcgcattactcggttgtgttttcgtcgtacgccaatttctgtga |
866269 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 7 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 1227741 - 1227546
Alignment:
| Q |
7 |
attccattccgaggatttcttcgtttaagatgaataataatgctaggtttcatggtggtgaagctcctaaagatagttatatacttggtccattagagag |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227741 |
attccattccgaggatttcttcgtttaagatgaataataatgctaggtttcatggtggtgaagctcctaaagatagttatatacttggtccattagagag |
1227642 |
T |
|
| Q |
107 |
ctgtgttcatgcattgtatttggtttttgcgcctatatgttttcatattggatcgcattactcggttgtgttttcgtcgtacgccaatttctgtga |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1227641 |
ctgtgttcatgcattgtatttggtttttgcgcctatatgttttcatattggatcgcattactcggttgtgttttcgtcgtacgccaatttctgtga |
1227546 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University