View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5513-Insertion-1 (Length: 1106)

Name: NF5513-Insertion-1
Description: NF5513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5513-Insertion-1
NF5513-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-949)||(34481110-34482049)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 880; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 880; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 949
Target Start/End: Original strand, 34481110 - 34482049
Alignment:
Q  8 gcatctttctttcagccagctgattcgcatagcccacacataaagccttcctcaaatttcgataatccctccggatctcttcccctttcccatttgttct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34481110 gcatctttctttcagccagctgattcgcatagcccacgcataaagccttcctcaaatttcgataatccctccggatctcttcccctttcccatttgttct 34481209  T
Q  108 tatacccaacggttctattgcaaagttaaaatatatgtaagtgggagaggaacgaacatgtacgataacaagctggaagactcactaatttgaatgnnnn 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  34481210 tatacccaacggttctattgcaaagttaaaatatatgtaagtgggagaggaacgaacatgtacgataacaagctggaagactcactaatttgaatgaaaa 34481309  T
Q  208 nnntgggaaaagaaatgttaaaagagaaagcaatttttccccacaatttaattctacattttattcccttttttggatactgttaactctatttttgtca 307  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34481310 aaatgggaaaagaaatgttaaaagagaaagcaatttttccccacaatttaattctacattttattcccttttttggatactgttaactctatttttgtca 34481409  T
Q  308 aaagatatactcttgcaactgcatgataaagaacgatgacttgtattgttataagttaaaactgaatattgctgtgtaaattatttgaccgcaagagctt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34481410 aaagatatactcttgcaactgcatgataaagaacgatgacttgtattgttataagttaaaactgaatattgctgtgtaaattatttgaccgcaagagctt 34481509  T
Q  408 taaatcctatacacaagaaaaaataacaaagttgttctcatggtggcaatgctttattgtcaaaccatataacttagtgttatgagtagtgcatatttgg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34481510 taaatcctatacacaagaaaaaataacaaagttgttctcatggtggcaatgctttattgtcaaaccatataacttagtgttatgaatagtgcatatttgg 34481609  T
Q  508 gtagaagtgcgagttttattattgttcactcttatttatcatttggtttgcagctgaaaataaatcctatacacttgcagagcatgccatgcttggcaac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34481610 gtagaagtgcgagttttattattgttcactcttatttatcatttggtttgcagctgaaaataaatcctatacacttgcagagcatgccatgcttggcaac 34481709  T
Q  608 tctcccctgaaaacttcctcccgttaatgatattggtgccaggaaattaaccatcataattcataacatccaaaaacatcaatcaatagtatttaataat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34481710 tctcccctgaaaacttcctcccgttaatgatattggtgccaggaaattaaccatcataattcataacatccaaaaacatcaatcaatagtatttaataat 34481809  T
Q  708 taaaatacttatccaaccacaactaattcttacaaaattactttttgatgaatactatcgcacatcaagctcaatctgctaaaagcaacgtttcaaaatt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34481810 taaaatacttatccaaccacaactaattcttacaaaattactttttgatgaatactatcacacatcaagctcaatctgctaaaagcaacgtttcaaaatt 34481909  T
Q  808 aattcaatacaacttaaccaaactgggacatatctaacacaagaacaggaaggaattatattatgccccatgtaaatttcagttttaattcttggcttcg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34481910 aattcaatacaacttaaccaaactgggacatatgtaacac---aacgggaaggaattatattatgccccatgtaaatttcagttttaattcttggcttcg 34482006  T
Q  908 atttaaaaatgag-atttcacagtccacttttactctaaactt 949  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34482007 atttaaaaatgagaatttcacagtccacttttactctaaactt 34482049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University