View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5515-Insertion-1 (Length: 1195)

Name: NF5515-Insertion-1
Description: NF5515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5515-Insertion-1
NF5515-Insertion-1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (112-1115)||(1036988-1037992)
chr3 (8-82)||(1038007-1038081)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 841; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 841; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 112 - 1115
Target Start/End: Complemental strand, 1037992 - 1036988
Alignment:
Q  112 ccaactcaagaaaataataataaagctgaggaggtaaatgatcaaaaggatcaacaaaacacttctgatcaagatcctaaatcaaatgttgaaagtaaag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037992 ccaactcaagaaaataataataaagctgaggaggtaaatgatcaaaaggatcaacaaaacacttctgatcaagatcctaaatcaaatgttgaaagtaaag 1037893  T
Q  212 aagatgctcaaaaagtgactatgcctcaagaagttcaagaagaaaactctcaaaaagatcaagttgcaaaagttgatagcaaaggagagacttatcatga 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037892 aagatgctcaaaaagtgactatgcctcaaaaagttcaagaagaaaattctcaaaaagatcaagttacaaaagttgatagcaaaggagagacttatcatga 1037793  T
Q  312 gacttcaacttcacaagaagccacacaagaatctacacctcaaaaggttcaacaagaaatttctcaaaaggagtctttacctcaaaagggacaagaagaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037792 gacttcaacttcacaagaagccacacaagaatctacacctcaaaaggttcaacaagaaatttctcaaaaagagtctttacctcaaaagggacaagaagaa 1037693  T
Q  412 atttctcaaaaggagtctttacctcaaaagggtcaagaagcaatttcacaaatagagtctttacctcaaaagggccaagaagaaatttctcnnnnnnngt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||    
T  1037692 atttctcaaaaggagtctttacctcaaaagggtcaagaagcaatttcacaaaaagagtctttacctcaaaagggccaagaagaaatttctcaaaaaaagt 1037593  T
Q  512 ctttacctcaaaaggatcaagaagaaatttctcaaaaagagtctttagctcaaaagggtcaagaagaaatttctcaaaaatctcaagttacaaaagttga 611  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037592 ctttacctcagaaggatcaagaagaaatttctcaaaaagagtctttagctcaaaagggtcaagaagaaatttctcaaaaatctcaagttacaaaagttga 1037493  T
Q  612 aagtaaggaaaatgctcatcaagagacttcaactcaatcagaaggcacacatgagtctaaccctcaaaagggtcaagatcaaggaattcaaaataaacct 711  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037492 aagtaaggaaaatactcatcaagagacttcaactcaatcagaaggtacacatgagtctaaccctcaaaagggtcaagatcaaggaattcaaaataaacct 1037393  T
Q  712 acggatacaaaagatgcaaaacttcaaacagaagaaagtgtaaaagatgagaataaggaaaaacaaatggttgtaaaggaagaaactaaggagcatctta 811  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037392 acagatacaaaagatgcaaaacttcaaacagaagaaagtgtaaaagatgagaataaggaaaagcaaatggttgtaaaggaagaaactaaggagcatctta 1037293  T
Q  812 agaaagctatagaatcagaaaagtcacatgtggtagatggttcttcccctacacttgaaagggaaaaccaaaggacgaaagcaaaggatctgcctcagtt 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037292 agaaagctatagaatcagaaaagtcacatgtggtagatgattcttcccctacacttgaaa-ggaaaacc-aaggacgaaagcaaaggatctgcctcagtt 1037195  T
Q  912 gaaacttttccttcaaagaaaacatacaaagaataagggaaaggaaatgattaatgataaatttggtgatcatgatgagaaaaaagattcttgaatcaac 1011  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1037194 gaaacttttcctccaaagaaaacatacaaag-agaagggaaaggaaatgattaatgataaatttggtgatcatgatgag-aaaaagattcttgaatcaac 1037097  T
Q  1012 aa-gacaagaatcaaagacat-gctttatccactactcaagctgt-accag-tatgcaaggagg-tcagtgaagaagaataaac-aaagctaatatacac 1105  Q
    || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  1037096 aaggacaagaatcaaagacatggctctatccactactcaagctgtaaccagttatgcaaagaggttcagtgaagaag-ataaacaaaagctaatatacac 1036998  T
Q  1106 tggtgcaaca 1115  Q
    ||||||||||    
T  1036997 tggtgcaaca 1036988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 1038081 - 1038007
Alignment:
Q  8 gcaatattaaaggtaagattgatggaaaaattgtcactattacaatgcgaaatattccaggtagagctgtccccc 82  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1038081 gcaatattaaaggtaagattgatggaaaaattgtcactattacaatgcgaaatattccagatagagctgtccccc 1038007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University