View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5520-Insertion-4 (Length: 913)

Name: NF5520-Insertion-4
Description: NF5520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5520-Insertion-4
NF5520-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-913)||(48448798-48449703)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 865; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 865; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 913
Target Start/End: Original strand, 48448798 - 48449703
Alignment:
Q  8 agtgagaccttgttgtattatgaaaagaatatagtatgattggaatattatgttggaaattccaagggcctccttactttttagtttatgctatttttgg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48448798 agtgagaccttgttgtattatgaaaagaatatagtatgattggaatattatgttggaaattccaagggcctccttactttttagtttatgctatttttgg 48448897  T
Q  108 tttgtttggtacgatattttggttacactgtttggtagaatttaatactagtgcttttgaaattggaacaagtcttttttccttcctaacatatcggttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48448898 tttgtttggtacgatattttggttacactgtttggtagaatttaatactagtgcttttgaaattggaacaagtcttttttccttcctaacatatcggttt 48448997  T
Q  208 aaagttagatctcttaaatatgcgacaattccgagaaaaataatgcacaaccttagacgtaacctctactaactaaatttaatgaaggaacaaagaatgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48448998 aaagttagatctcttaaatatgcgacaattccgagaaaaataatgcacaaccttagacgtaacctctactaactaaatttaatgaaggaacaaagaatgt 48449097  T
Q  308 gacatgtttttcctcctctttgatagatcgataatttcaccatgtatacactaggtacactatttacctcttatagaattcaacaagctttgcannnnnn 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  48449098 gacatgtttttcctcctctttgatagatcgatcatttcaccatgtatacactaggtacactatttacctcttatagaattcaacaagctttgcatttttt 48449197  T
Q  408 ncctaactaagaactcaatgtccaagttaacgtcttaacctttggaggtacacacacaaaacaaagatgtttttgttttatatagtataggagttgcgtt 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449198 tcctaactaagaactcaatgtccaagttaacgtcttaacctttggaggcacacacacaaaacaaagatgtttttgttttatatagtataggagttgcgtt 48449297  T
Q  508 cattgatgggtaaattggtttaactatgacatgtttttgacatctttaagaaagctatcgttaataacaagaaactagatacatagttcttgtaacagtt 607  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449298 cattgatgggtaaattagtttaactatgacatgtttttgacatctttaagaaagctatcgttaataacaagaaactagatacatagttcttgtaacagtt 48449397  T
Q  608 ttcttataaaatccatattcatatgttaggcttgtttcaggcaccaaaacaacaaaacttaacatgtttgaagctttgtggtctgatatgaagtttttga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449398 ttcttataaaatccatattcatatgttaggcttgtttcaggcaccaaaacaacaaaacttaacatgtttgaagctttgtggtctgatatgaagtttttga 48449497  T
Q  708 ttcacagaaatccaatatagtggaggatcttgctgacttgcacaacaatcaaaagctatggcctacacagcagttggcatacctacctctccaacaacgt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449498 ttcacagaaatccaatatagtggagtatcttgctgacttgcacaacaatcaaaagctatggcctacacagcagttggcatacctacctctccaacaacgt 48449597  T
Q  808 cttcaactaaggacattacaaaagaacgttatggtcttcgccgctcacgctccagcatagacctatgtagacgttccattatgcagaggtcttattctga 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449598 cttcaactaaggacattacaaaagaacgttatggtcttcgccgctcgcgctccagcatagacctatgtagacgttccattatgcagaggtcttattctga 48449697  T
Q  908 cagcta 913  Q
    ||||||    
T  48449698 cagcta 48449703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University