View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5520-Insertion-6 (Length: 750)
Name: NF5520-Insertion-6
Description: NF5520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5520-Insertion-6 |
 | |
|
| [»] chr2 (1 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 41488624 - 41487909
Alignment:
| Q |
42 |
gaaaaagccaatattattaagaggagtgctatatagcacgacacttt-gtcgtgcaaaacacacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgttta |
140 |
Q |
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| T |
41488624 |
gaaaaagccaatattattaagaggagtgctatatagcacgacacttttgtcgtgcaaaacgcacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgttta |
41488525 |
T |
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| Q |
141 |
attattttaatatgttaagaaaaaaccaaatgaaaaatgttctaaatctcataactagtccaccgccaaccgcacatcaactctatttggtgtcatcctt |
240 |
Q |
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| T |
41488524 |
attattttaatatgttaagaaaaaaccaaatgaaaaatgttccaaatctcataactagtccaccgccaaccgcacatcaactctatttggtgtcatcctt |
41488425 |
T |
|
| Q |
241 |
tacacg---------gaaattgtcattgcctcccaccgccattgctgtcattataaagattgaaataccatagtaaattcatccatataaaaatcgtttc |
331 |
Q |
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| T |
41488424 |
tacacgctttacacagaaattgtcattgcctcccaccgccattgctgtcattataaagattgaaataccatagtaaat----ccatataaaaatcgtttc |
41488329 |
T |
|
| Q |
332 |
atctaagaaggagagggagatagatcagagcaatgaaactcaacaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaagaagcagagcacttactggaacaatt |
431 |
Q |
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|
| T |
41488328 |
atctaagaaggagatggagatagatcagaacaatgaaactcaaaaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaggaagcagagcacttactggaacaatt |
41488229 |
T |
|
| Q |
432 |
aaaaacaccatcaaaccatctaaataaccaattgaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttatagcaggtcaattgaaaattga |
531 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41488228 |
aaaaataccatcaaaccatctaaataaccaattgaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttataggaggtcaattgaaaattga |
41488129 |
T |
|
| Q |
532 |
aacggaggatatgaagctgaaaacacaacacataaatagagagaaacatgtttgatatggc-aaccaagtagaaatagcgcattcgtgtgtagcacgaaa |
630 |
Q |
| |
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|
| T |
41488128 |
aacggaagatatgaagctgaaaacacaacacataaatagagagaaacgtgtttgatatggcaaaccaagtagaaatagcgcattcgtgtgtagcacgaaa |
41488029 |
T |
|
| Q |
631 |
aaatctcgtcgtgttatttagcatttttctattattaatgcatcgcctgcacacaagaagcgcaggacttgctaaaaccaacaaacaagaaaaggataga |
730 |
Q |
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|
| T |
41488028 |
aaatcttgtcatgttacttagcatttttctattattaatgcatcgcctgcacacaagtagcgcatgacttgctaaaaccaacaaacaagaaaaggataga |
41487929 |
T |
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| Q |
731 |
cgagcgccgcacccctacac |
750 |
Q |
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| T |
41487928 |
cgagcgccgcacccctacac |
41487909 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 660
Target Start/End: Original strand, 4118262 - 4118871
Alignment:
| Q |
60 |
aagaggagtgctatatagcacgacacttt-gtcgtgcaaaacacacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgtttaattattttaatatgttaa |
158 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4118262 |
aagaggagtgttatatagcacgacacttttgtcgtgcaaaacacacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgtttaattattttaatatgttaa |
4118361 |
T |
|
| Q |
159 |
g-aaaaaaccaaatgaaaaatgttctaaatctcataactagtccaccgccaaccgcacatcaactctatttggtgtcatcctttacacg---------ga |
248 |
Q |
| |
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| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
4118362 |
ggaaaaaaccaaatgaaaaatgttccaaatctcataactagtccaccgccaaccacacattaactctatttggtgtcatcctttacacgctttacacgga |
4118461 |
T |
|
| Q |
249 |
aattgtcattgcctcccaccgccattgctgtcattataaagattgaaataccatagtaaattcatccatataaaaatcgtttcatctaagaaggagaggg |
348 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
4118462 |
aattgtcattgcctcccaccgccattgatgtcattataaagattgaaataccatagtaaat----ccatataaaaatcgtttcatctaaaaaagagaggg |
4118557 |
T |
|
| Q |
349 |
agatagatcagagcaatgaaactcaacaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaagaagcagagcact--tactggaacaattaaaaacaccatcaaa |
446 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4118558 |
agatagatcagagcaatgaaactcaaaaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaggaagcagagcactgttactggaacaattaaaaataccatcaaa |
4118657 |
T |
|
| Q |
447 |
ccatctaaataaccaattgaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttatagcaggtcaattgaaaattgaaacggaggatatgaa |
546 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4118658 |
ccatctaaataaccaattgaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttatagcaggtcaattgaaaattgaaacggaggatatgaa |
4118757 |
T |
|
| Q |
547 |
gctgaaaacacaacacataaatagagagaaacatgtttgatatggc-aaccaagtagaaatagcgcattcgtgtgtagcacgaaaaaatctcgtcgtgtt |
645 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
4118758 |
gctgaaaacacaacacataaatagagagaaacatgtttgatatggcaaaccaagtagaaatagtgcattcgtgtgtagcacg-aaaaatcttgtcgtgtt |
4118856 |
T |
|
| Q |
646 |
atttagcatttttct |
660 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |
|
|
| T |
4118857 |
atttagcatttttct |
4118871 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 62 - 645
Target Start/End: Original strand, 31712948 - 31713541
Alignment:
| Q |
62 |
gaggagtgctatatagcacgacacttt-gtcgtgcaaaacacacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgtttaattattttaatatgttaag- |
159 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31712948 |
gaggagtgctatatagcacgacacttttgtcgtgcaaagcacatgaacacttacaaacttcctatttacagatttgtttaattattttaatatgttaagg |
31713047 |
T |
|
| Q |
160 |
aaaaaaccaaatgaaaaatgttctaaatctcataactagtccaccgccaaccgcacatcaactctatttggtgtcatcctttacacg---------gaaa |
250 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
31713048 |
aaaaaaccaaatgaaaaatgttccaaatctcataactagtccaccgccaaccgcacatcaactctatttggtgtcatcctttacacgctttacacggaaa |
31713147 |
T |
|
| Q |
251 |
ttgtcattgcctcccaccgccattgctgtcattataaagattgaaataccatagtaaattcatccatataaaaatcgtttcatctaagaaggagagggag |
350 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
31713148 |
ttgtcattgcctcccaccgacattgttgtcattataaagattgaaataccatagtgtaa--atccatataaaa-tcgtttcatctaagaaagagagggag |
31713244 |
T |
|
| Q |
351 |
atagatcagagcaatgaaactcaacaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaagaagcagagcact--tactggaacaattaaaaacaccatcaaacc |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
31713245 |
atagatcagagcaatgaaactcaaaaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaggaagcagagcagtgttactggaacaattaaaaatatcatcaaacc |
31713344 |
T |
|
| Q |
449 |
atctaaataaccaattgaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttatagcaggtcaattgaaaattgaaacggaggatatgaagc |
548 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31713345 |
atctaaataatcaattaaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttatagcaggtcaattgaaaattgaaacggaggatatgaagc |
31713444 |
T |
|
| Q |
549 |
tgaaaacacaacacataaatagagagaaacatgtttgatatggc-aaccaagtagaaatagcgcattcgtgtgtagcacgaaaaaatctcgtcgtgtt |
645 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
31713445 |
tgaaaatacaacacataaataaagagaaacgtgtttgatatggcaaaccaagtagaaatagtgcattcgtgtgtagcacg-aaaaatcttgtcgtgtt |
31713541 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 50498618 - 50498016
Alignment:
| Q |
57 |
attaagaggagtgctatatagcacgacacttt-gtcgtgcaaaacacacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgtttaattattttaatatgt |
155 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50498618 |
attaagagaagtgctatatagcacgacatttttgtcgtaaaaaacacacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgtttaattattttaata--- |
50498522 |
T |
|
| Q |
156 |
taagaaaaaaccaaatgaaaaatgttctaaatctcataactagtccaccgccaaccgcacatcaactctatttggtgtcatcctttacacg--------- |
246 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50498521 |
-----aaaaaccaaatgaaaaatgttccaaatctcataactagtccaccgccaaccacacatcaactctatttggtgtcatcctttacacgctttacacg |
50498427 |
T |
|
| Q |
247 |
gaaattgtcattgcctcccaccgccattgctgtcattataaagattgaaataccatagtaaattcatccatataaaaatcgtttcatctaagaaggagag |
346 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
50498426 |
gaaattgtcattgcctcccaccgccattgctgtcattataaagaccgaaataccatggtaaat----ccatataaaaattgtttcatctaagaaagagag |
50498331 |
T |
|
| Q |
347 |
ggagatagatcagagcaatgaaactcaacaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaagaagcagagcact--tactggaacaattaaaaacaccatca |
444 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
50498330 |
ggagatagatcagagcaatgaaactcaaaaaaggtgagagggtgagagatagtggcaaggaagcagagcactgttactggaacaattaaaaataccatca |
50498231 |
T |
|
| Q |
445 |
aaccatctaaataaccaattgaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttatagcaggtcaattgaaaattgaaacggaggatatg |
544 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50498230 |
aaccatctaaataatcaattgaagaggattgtgcattagtagcattacgagcaagaaagatgttatagcagatcaattgaaaattgaaacggaggatatg |
50498131 |
T |
|
| Q |
545 |
aagctgaaaacacaacacataaatagagagaaacatgtttgatatggc-aaccaagtagaaatagcgcattcgtgtgtagcacgaaaaaatctcgtcgtg |
643 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||| |
|
|
| T |
50498130 |
aagctgaaaacacaacacataaatagagagaaacgtgtttgatatgacaaaccaagtagaaatagcgcattcgtgtgtagcacg-aaaatttttgtcgtg |
50498032 |
T |
|
| Q |
644 |
ttatttagcatttttc |
659 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
50498031 |
ttatttagcatttttc |
50498016 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 69 - 158
Target Start/End: Original strand, 3326657 - 3326747
Alignment:
| Q |
69 |
gctatatagcacgacacttt-gtcgtgcaaaacacacgaacacttacaaacttcctatttacagatttgtttaattattttaatatgttaa |
158 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3326657 |
gctatatagcaagacacttttgtcgtccaaaacacgcgaacacttacaaacttcctgtttacggatttgtttaattattttaatatgttaa |
3326747 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 522 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 8913496 - 8913430
Alignment:
| Q |
522 |
tgaaaattgaaacggaggatatgaagctgaaaacacaacacataaatagagagaaacatgtttgata |
588 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
8913496 |
tgaaaatataaaaggaggatatgaagataaaaacacaacattgaaatagagagaaacatgttcgata |
8913430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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