View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5520_high_1 (Length: 615)
Name: NF5520_high_1
Description: NF5520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5520_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 11628950 - 11628345
Alignment:
| Q |
1 |
cacaactcctttgtacccgccataccgaatctggaaggcagatggcatagaatcataaccacattttttagccactctcctggcaagttcaagagatatt |
100 |
Q |
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| T |
11628950 |
cacaactcctttgtacccaccataccgaatctggaaggcggacggcatagaatcataaccacatttttgagccactctcctggcaagttcaagagatatt |
11628851 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcccaattccatcagagaagacatatttggttttattatgtacatcaagaataatttcaatttcggtgctgctgaccgttgtagtttcggtagaggaac |
200 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
11628850 |
ttgccaattccatcagagaagacatatttggttttattatgtacatcaagaataatttcaatttcggtgctgctgaccgttgtagtttcggtagaggaac |
11628751 |
T |
|
| Q |
201 |
caaaagattgtccaagtctagcagcatatttagctacattttttatccggctaaaatctcccatccatttcctgatggaaccagcggtgtctccagttgg |
300 |
Q |
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| T |
11628750 |
caaaagattgtccaagtctagcagcatatttagctacattttttatccggctaaaatctcccatccattcccttatggaaccagcggtatctccagttgg |
11628651 |
T |
|
| Q |
301 |
tgtacgagcaaacatccatagcgaactttcacgcaactgacttgatgaaaaagctagaaattcaaacttcttatcaccaataactatgccatttctaagg |
400 |
Q |
| |
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| T |
11628650 |
tgtacgagcaaacatccatagcgaactttcacgcaattgacttgatgaaaaagctagaaattcaaacttcttatcaccaataactatgccatttctaagg |
11628551 |
T |
|
| Q |
401 |
atggaaagaattctatagtatatatcagttcttccacccacggaaatacgtgaagataaatctgatgaatacagtttatccaactcctcatcaacaaacg |
500 |
Q |
| |
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|
| T |
11628550 |
atggaaagaattctatagtatatatcagttcttccacccacggaaatacgtgaagataaatctgatgaatacagtttatccaactcctcatcaacaaacg |
11628451 |
T |
|
| Q |
501 |
aaacacgtagaaagttatccatatgttttttgtatttacgcagaacacgatttgagacattaatctctggaccacaaaagtatactttgcaaggtgttat |
600 |
Q |
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| T |
11628450 |
aaacacgtagaaagttatccatatgttttttgtatttacgcagaacacgatttgagacattaatctctggaccacaaaagtatactttgcaaggtgttat |
11628351 |
T |
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| Q |
601 |
ctgtgc |
606 |
Q |
| |
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|||||| |
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|
| T |
11628350 |
ctgtgc |
11628345 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 603
Target Start/End: Original strand, 11688839 - 11689450
Alignment:
| Q |
1 |
cacaactcctttgtacccgccataccgaatctggaaggcagatggcatagaatcataaccacattttttagccactctcctggcaagttcaagagatatt |
100 |
Q |
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|
|
| T |
11688839 |
cacaactcctttgaatccaccataccgaatctgaaaggcagatggcattgaatcatgaccacattttttagccactctcctggcaagttcaatagatatt |
11688938 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcccaattccatcagagaagacatatttggttttattatgt---------acatcaagaataatttcaatttcggtgctgctgaccgttgtagtttcgg |
191 |
Q |
| |
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| T |
11688939 |
ttcccgattccatcagagaagacatatttggttgcaccatgtttaaccttcacgtcagaaatagtttcaatttcgttcctgctgacgcttagagtttcgg |
11689038 |
T |
|
| Q |
192 |
tagaggaaccaaaagattgtccaagtctagcagcatatttagctacattttttatccggctaaaatctcccatccatttcctgatggaaccagcggtgtc |
291 |
Q |
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| T |
11689039 |
tagacgaaccaaatgactgtccaagtctagcagcatatttagccacattttttatacggctaaaatctcccatccattcccttatggaatcggcggtaag |
11689138 |
T |
|
| Q |
292 |
tccagttggtgtacgagcaaacatccatagcgaactttcacgcaactgacttgatgaaaaagctagaaattcaaacttcttatcaccaataactatgcca |
391 |
Q |
| |
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|||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
11689139 |
tccagttgttgtaggagaaaacatccatagcgagttttcacgcaactgacttgatgagaaagccagaaattcaaacttcttaccaccaatatctatgcca |
11689238 |
T |
|
| Q |
392 |
tttctaaggatggaaagaattctatagtatatatcagttcttccacccacggaaatacgtgaagataaatctgatgaatacagtttatccaactcctcat |
491 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| | | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |
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|
| T |
11689239 |
tttctaaggatggaaagaattctatagtatatcttagttcgcccactctcagaaatgtgtgaagataaatctgctgaatacagtttatccaacccctcat |
11689338 |
T |
|
| Q |
492 |
caacaaacgaaacacgtagaaagttatccatatgttttttgtatttacgcagaacacgatttgagacattaatctctggaccacaaaagtatactttgca |
591 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | | ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
11689339 |
caacaaaagaaacacgtagaaagttatcgatatgtttatgaaaacgacggagaacacgattagatacattaatctctggaccacaaaagtatactttgga |
11689438 |
T |
|
| Q |
592 |
aggtgttatctg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
11689439 |
aggtgttatctg |
11689450 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 603
Target Start/End: Original strand, 11684827 - 11685438
Alignment:
| Q |
1 |
cacaactcctttgtacccgccataccgaatctggaaggcagatggcatagaatcataaccacattttttagccactctcctggcaagttcaagagatatt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | || | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11684827 |
cacaactcctttgaatccacaataccgaatctgaaaggcagatggcattgaatcatgaccacattttttagccactctcctggcaagttcaatagatatt |
11684926 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcccaattccatcagagaagacatatttggttttattatgt---------acatcaagaataatttcaatttcggtgctgctgaccgttgtagtttcgg |
191 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||| |||| ||||||||||| | |||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
11684927 |
ttcccgattccatcagagaagacatatttggttgcaccatgtttaaccttcacgtcagaaatagtttcaatttcgttcctgctgacgcttagagtttcgg |
11685026 |
T |
|
| Q |
192 |
tagaggaaccaaaagattgtccaagtctagcagcatatttagctacattttttatccggctaaaatctcccatccatttcctgatggaaccagcggtgtc |
291 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||| |
|
|
| T |
11685027 |
tagacgaaccaaatgactgtccaagtctagcagcatatttagccacattttttatacggctaaaatctcccatccattcccttatggaatcggcggtaag |
11685126 |
T |
|
| Q |
292 |
tccagttggtgtacgagcaaacatccatagcgaactttcacgcaactgacttgatgaaaaagctagaaattcaaacttcttatcaccaataactatgcca |
391 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
11685127 |
tccagttgttgtaggagaaaacatccatagcgagttttcacgcaactgacttgatgagaaagccagaaattcaaacttcttaccaccaatatctatgcca |
11685226 |
T |
|
| Q |
392 |
tttctaaggatggaaagaattctatagtatatatcagttcttccacccacggaaatacgtgaagataaatctgatgaatacagtttatccaactcctcat |
491 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| | | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
11685227 |
tttctaaggatggaaagaattctatagtatatcttagttcgcccactctcagaaatgtgtgaagataaatctgctgaatacagtttatccaacccctcat |
11685326 |
T |
|
| Q |
492 |
caacaaacgaaacacgtagaaagttatccatatgttttttgtatttacgcagaacacgatttgagacattaatctctggaccacaaaagtatactttgca |
591 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | | ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
11685327 |
caacaaaagaaacacgtagaaagttatcgatatgtttatgaaaacgacggagaacacgattagatacattaatctctggaccacaaaagtatactttgga |
11685426 |
T |
|
| Q |
592 |
aggtgttatctg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
11685427 |
aggtgttatctg |
11685438 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 5 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 11637715 - 11637108
Alignment:
| Q |
5 |
actcctttgtacccgccataccgaatctggaaggcagatggcatagaatcataaccacattttttagccactctcctggcaagttcaagagatattttcc |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
11637715 |
actcctttgtacccgccatacctaatctgaaacgcagatggcactgaatcatgaccacattttttagccaccctcctggcaagttcaagagatatttttc |
11637616 |
T |
|
| Q |
105 |
caattccatcagagaagacatatttggttttattatgtaca---------tcaagaataatttcaatttcggtgctgctgaccgttgtagtttcggtaga |
195 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||| |||| | |||| | ||| ||||||||||||||||| | || | ||| || |||||||||||| |
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|
| T |
11637615 |
cgattccatcagagaagacatattcggttgcaccatgtttaaccttcgcgtcaggaataatttcaatttcgttccttcggacgcttagagtttcggtaga |
11637516 |
T |
|
| Q |
196 |
ggaaccaaaagattgtccaagtctagcagcatatttagctacattttttatccggctaaaatctcccatccatttcctgatggaaccagcggtgtctcca |
295 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| | || || ||| |
|
|
| T |
11637515 |
cgaaccaaaagattgtccaagtctagcagcatatttagccacattttttatacggctaaaatctcccatccattcccttatggaatcggcagtaagccca |
11637416 |
T |
|
| Q |
296 |
gttggtgtacgagcaaacatccatagcgaactttcacgcaactgacttgatgaaaaagctagaaattcaaacttcttatcaccaataactatgccatttc |
395 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
11637415 |
gttgttgtacgagcaaacatccatagcgagttttcacgcaactgacttgatgagaaagctagaaattcaaacttcataccaccaatatctatgccatttc |
11637316 |
T |
|
| Q |
396 |
taaggatggaaagaattctatagtatatatcagttcttccacccacggaaatacgtgaagataaatctgatgaatacagtttatccaactcctcatcaac |
495 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | | |||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||| || || |
|
|
| T |
11637315 |
taaggatggaaagaattctatagtatatctcagttctcccattctcagaaatacgtgaagataaatcggctgagtacatattatccaactcctcgtcgac |
11637216 |
T |
|
| Q |
496 |
aaacgaaacacgtagaaagttatccatatgttttttgtatttacgcagaacacgatttgagacattaatctctggaccacaaaagtatactttgcaaggt |
595 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||| ||||| ||||||| | | | | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
11637215 |
aaatgaaacacgtagaaaattatcaatatgttgatggaaatgacggagaacccgatttgagacattaatctctggaccacaaaagtatactttgcatggt |
11637116 |
T |
|
| Q |
596 |
gttatctg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
11637115 |
gttatctg |
11637108 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Original strand, 11677090 - 11677193
Alignment:
| Q |
1 |
cacaactcctttgtacccgccataccgaatctggaaggcagatggcatagaatcataaccacattttttagccactctcctggcaagttcaagagatatt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11677090 |
cacaactcctttgaatccacgataccgaatctgaaaggcagatggcatagaatcataatcacatgctttagccactgtcctggcaagttcaagagatatt |
11677189 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcc |
104 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
11677190 |
ttcc |
11677193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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