View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5522-Insertion-1 (Length: 1071)

Name: NF5522-Insertion-1
Description: NF5522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5522-Insertion-1
NF5522-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1071)||(48579522-48580585)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (560-598)||(47030104-47030142)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1071
Target Start/End: Original strand, 48579522 - 48580585
Alignment:
Q  8 ttaagatatggagaattgattttggataaaaataattcttactaaattttagtaataaatttaggaaaatgctagatctcttcaaaatctgtttcacgag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48579522 ttaagatatggagaattgattttggataaaaataattcttactaaattttagttataaatttaggaaaatgctagatctctccaaaatctgtttcacgag 48579621  T
Q  108 agcctagcgaatgacgtggaacggtcatttgcgttttacagcttctctctcaagtcagtcttccctttcttttccttcaaagtttcacactcttcatatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48579622 agcctagcgaatgacgtggaacggtcatttgcgttttacagcttctctctcaagtcagtcttccctttcttttccttcaaagtttcacactcttcatatc 48579721  T
Q  208 actctactatttcacatcctatgtaaattgcccattccttcaattgatgtttgagatttcctgtttgtacccacgattgatcagttttgggaagatgggg 307  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48579722 actctactatttcacatcctttgtaaattgcccattccttcaattgatgtttgagatttcctgtttgtacccacgattgatcagttttgggaagatgggg 48579821  T
Q  308 tttttggaagaagaattagaagctgccgaaagtagtggattccaagatttaaagtttacgtaatcatggtaacatgcaggaagggggtgttctagaccaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48579822 tttttggaagaagaattagaagctgccgaaagtagtggattccaagatttaaagtttatgtaatcatggtaacatgcaggaagggggtgttctagaccaa 48579921  T
Q  408 gtttgtattcaacaacaataaacacatgctatttttgcgtggaacaaaggtgttgaagtgtgctggtagagttttgaaaaagtagattcatattcgaata 507  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48579922 gtttgtattcaacaacaataaatacatgctatttttgcgtggaacaaaggtgttgaagtgtgctggtagagttttgaaaaagtagattcatattcgaata 48580021  T
Q  508 atccaccgccatggaatatgactaaacagagttgttgggtttgtgagagatggtgatggtgatggtgatgtctttgggtgtgtagtgaatatgggttgtc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48580022 atccaccgccatggaatatgactaaacagagctgttgggtttgtgagagatggtgatggtgatggtgatgtctttgggtgtgtagtgaatatgggttgtc 48580121  T
Q  608 tagattgggtagtattacagtcatggcnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttactttatttgnnnnnnngaattagaaaaaattagcatgtatatgttgtatg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48580122 tagattgggtagtattacagtcatggctttttcttttttctttctgtttactttatttgaaaaaaagaattagaaaaaattagcatgtatatgttgtatg 48580221  T
Q  708 cagtctgccttgtaactcataaatacacaccctcgtggaatttcccgaaaaatacataataacttcaagtataattaattctgaaggctgaatcaattcg 807  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48580222 cagtttgccttgtaactcataaatacacaccctcgtggaatttcccaaaaaatac---ataacttcaagtataattaattctgaaggctgaatcaattcg 48580318  T
Q  808 tcaaagtagtcatgacacacatgttggaatatgatc-aaagtgtggtgactagcataagacaatgttgctctagctaa-aaataagaaatattgttggtt 905  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48580319 tcaaagtagtcat--aacacatgttggaatatgatcaaaagtgtggtgactaacataagacaatgttgctctagctaagaaataagaaatattgttggtt 48580416  T
Q  906 tgccgcagaataaaatttaacctaaagtttgatgaagagc-aaataattttctacaaacattt-aaatagcacc-aattctaacttgtgagtaagcttac 1002  Q
    |||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  48580417 tgccgttggataaaatttaacttaaagtttgatgaagagcaaaataattttctacaaacatttaaaatagcaccaaattctaacttgcgagtaagcttac 48580516  T
Q  1003 tcgtggtaccgtcaaccactggc-tgatatctaatcctatcatcatcactttgagtgaaattcaatttca 1071  Q
    ||| ||| |||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  48580517 tcgaggtgccgtcaaccactagcttgaaatttaatcctatcatcatcac-ttgagtgaaattcaaattca 48580585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 560 - 598
Target Start/End: Original strand, 47030104 - 47030142
Alignment:
Q  560 gtgatggtgatggtgatgtctttgggtgtgtagtgaata 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47030104 gtgatggtgatggtgatgtctttgggtgtgtagtgaata 47030142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University