View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5523-Insertion-2 (Length: 1015)

Name: NF5523-Insertion-2
Description: NF5523
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5523-Insertion-2
NF5523-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1015)||(3931367-3932371)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 818; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 818; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1015
Target Start/End: Original strand, 3931367 - 3932371
Alignment:
Q  8 cttttatcttttttaaacactagtcacatacagattgcatagatcctgtgtaatgtggaggagtttctgttccttttagtaacaactcttctggttatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3931367 cttttatcttttttaaacactagtcacatacagattgcatagatcctgtgtaatgtggaggagtttctgttccttttagtaacaactcttctggttatca 3931466  T
Q  108 tgccattttttccacgggataaaaagttaaacttctccaaattccaatttgtgaaacaggnnnnnnntgtacagtgaaggtaaaataagagggagaagag 207  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3931467 tgccattttttccacgtgataagaagttaaacttctccaaattccaatttgtgaaacaggaaaaaa-tgcacagtgaagataaaataagagggagaagag 3931565  T
Q  208 aaattaaaccactatagcttccatatacatcttaatgatggttgaagttatagggtttagtgaggaaaaaatttgagaccggagacttggcatagtatta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  3931566 aaattaaaccactatagcttccatatacatcttaatgatggttgaagttatagggtttagtgaggaaaaaatttgagactggagacttagcatagtatta 3931665  T
Q  308 gacattcgattcgattgatacgatggaagacnnnnnnnnncctaacccctatatatgcaaaacaaaaaaggtcaagtactagacttctgatcttaatcaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3931666 gacattcgattcgattgatacgatggaagacaaaaaaaaccctaacccctatatatgcaaaacaaaaaaggtcaagtactagacttctgatcttaatcaa 3931765  T
Q  408 gggagcaagtaacttactaaagatcagataaaatttctaagaataagacaaggttccttacaagatccctaaaaatgagaccaatcatgtgtcgctaaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3931766 gggagcaagtaacttactaaagatcagataaaatttctaagaataagacaaggttccttacaagatccctaaaaatgagaccaatcatgtgtcgctaaaa 3931865  T
Q  508 taacgcaaattatcctcatatattatgatatccatcactctctctgtctaagatattattcgtaaatatgttcaaacttgcactcaagctgcagctaact 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3931866 taacgcaaattatcctcatatattatgatatccatcactctctctgtctaagatattattcgtaaatatgttcaaacttgcactcaagctgaagctaact 3931965  T
Q  608 ctaaagggacggacatagaacatggctggaaaaacaactctagggatggacatgccagagatgtctattg-tgtttgtttcccaagttcaatgcaacatt 706  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3931966 ctaaagggatggacatagaacatggctggaaaaacaactctagggatggacatgccagagatgtctattgttgtttgtttccaaagttcaatgcaacatt 3932065  T
Q  707 agctattgttgccgactatatccttaagttgcagtgagataaataggtggagtggcatgataaaatagttaatgatattatcgaaaaagagttctatcaa 806  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3932066 agctattgttgccaactatatccttaagttgcagtgagataaataggtggagtggcatgat-aaatagttaatgatattatcaaaaaagagttctatcaa 3932164  T
Q  807 aagtaacataatttattgattttcttggtatgtgtnnnnnnnntcttagttacaactaaaaatgaacagaagaagttatatacaggacgccatcttatgt 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3932165 aagtaacataatttattgattttcttggtatgtgt-aaaaaaatcttagttacaactaaaaatgaacagaagaagttatatacaggacgccaacttatgt 3932263  T
Q  907 ctggtctgttaaa-tttgtttattgggccttgtgtgctttcacccatttgcctttaacttctatgaatcattggtttyttttaggtttgcctggcgtggc 1005  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||  ||||||||     
T  3932264 ctggtctgttaaattttgtttatcgggccttgtgtgctttcacccatttgcctttaacttcgatg-atcatt-gtttcttttaggtttggttggcgtggg 3932361  T
Q  1006 cagtcacgtg 1015  Q
    ||||||||||    
T  3932362 cagtcacgtg 3932371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University