View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5527_low_2 (Length: 586)

Name: NF5527_low_2
Description: NF5527
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5527_low_2
NF5527_low_2
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (4-489)||(27451195-27451681)
chr4 (4-489)||(23907324-23907820)
chr4 (4-489)||(48623549-48624045)
chr4 (235-489)||(1778038-1778293)
chr4 (264-489)||(435267-435492)
chr4 (275-489)||(53703655-53703870)
chr4 (490-586)||(27446722-27446818)
chr4 (4-316)||(16001137-16001457)
chr4 (237-490)||(39707472-39707725)
chr4 (4-83)||(55834038-55834117)
chr4 (4-80)||(55769785-55769861)
chr4 (209-301)||(56224743-56224835)
chr4 (47-129)||(37250011-37250093)
chr4 (419-484)||(2296364-2296429)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (4-489)||(32629376-32629868)
chr7 (12-485)||(36650766-36651250)
chr7 (4-489)||(33350828-33351324)
chr7 (6-489)||(24178217-24178712)
chr7 (4-430)||(11592454-11592890)
chr7 (244-489)||(39907401-39907646)
chr7 (234-489)||(38896622-38896877)
chr7 (303-489)||(22346586-22346772)
chr7 (346-489)||(38606156-38606298)
chr7 (379-489)||(46356873-46356983)
chr7 (416-489)||(36870346-36870419)
chr7 (434-493)||(11593158-11593217)
chr7 (218-287)||(33738551-33738620)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-489)||(15216293-15216790)
chr8 (4-489)||(36543916-36544411)
chr8 (255-489)||(42855035-42855271)
chr8 (4-322)||(13588472-13588800)
chr8 (388-489)||(36566263-36566364)
chr8 (4-78)||(41148300-41148374)
chr8 (383-452)||(6184814-6184883)
chr8 (208-322)||(31977595-31977709)
chr8 (428-488)||(30579245-30579305)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-489)||(20428659-20429158)
chr6 (79-485)||(5260274-5260691)
chr6 (1-489)||(9705562-9706035)
chr6 (157-489)||(6082306-6082660)
chr6 (222-467)||(30669888-30670132)
chr6 (4-143)||(6081212-6081351)
chr6 (340-489)||(3629377-3629526)
chr6 (210-441)||(26290765-26290995)
chr6 (7-202)||(3629059-3629253)
chr6 (278-468)||(2681479-2681669)
chr6 (16-84)||(17223047-17223115)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (6-489)||(2076496-2076990)
chr5 (4-489)||(20317755-20318251)
chr5 (20-489)||(24177304-24177784)
chr5 (4-443)||(1288596-1289046)
chr5 (4-486)||(26723-27215)
chr5 (244-314)||(22832091-22832161)
chr5 (250-489)||(37123591-37123831)
chr5 (242-315)||(25937109-25937183)
chr5 (251-385)||(756080-756214)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (4-482)||(8179557-8180046)
chr2 (236-486)||(45368651-45368901)
chr2 (209-489)||(24584628-24584911)
chr2 (242-489)||(452638-452885)
chr2 (55-439)||(37280923-37281316)
chr2 (208-390)||(13148301-13148482)
chr2 (404-489)||(2609703-2609788)
chr2 (56-202)||(11502833-11502979)
chr2 (416-489)||(14769487-14769560)
chr2 (251-411)||(33251337-33251497)
chr2 (447-490)||(13148540-13148583)
chr2 (4-119)||(28409702-28409817)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (4-489)||(51448731-51449223)
chr3 (225-489)||(52137824-52138088)
chr3 (209-471)||(38849082-38849344)
chr3 (4-484)||(3368527-3369016)
chr3 (4-194)||(9257865-9258055)
chr3 (4-107)||(38848833-38848936)
chr3 (234-406)||(27916583-27916753)
chr3 (52-114)||(27916396-27916458)
chr3 (419-486)||(48220971-48221038)
chr3 (416-489)||(50630343-50630414)
chr3 (91-131)||(48252502-48252542)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (4-468)||(49348445-49348919)
chr1 (4-489)||(51441786-51442282)
chr1 (215-489)||(43241403-43241677)
chr1 (208-489)||(8670897-8671178)
chr1 (157-489)||(29173551-29173896)
chr1 (52-468)||(35829434-35829859)
chr1 (4-489)||(32405486-32405970)
chr1 (260-489)||(45833593-45833820)
chr1 (241-322)||(11681833-11681914)
chr1 (275-489)||(34828107-34828321)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (54-489)||(13280-13725)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (281-489)||(30520-30728)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (304-471)||(90130-90297)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (4-100)||(74757-74853)
[»] scaffold0171 (1 HSPs)
scaffold0171 (350-467)||(5568-5685)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (380-443)||(25277-25340)
[»] scaffold0140 (1 HSPs)
scaffold0140 (296-366)||(14931-15001)
[»] scaffold0073 (1 HSPs)
scaffold0073 (208-322)||(20494-20608)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 27451681 - 27451195
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27451681 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacgaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggaagttgggccggataacatacctatcg 27451582  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgata-aaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||       |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||| ||||||||||||    
T  27451581 aagtgtggaaaagtcttggcgatataaggaattgtgtggctcacaaaaaaattcaacgagattatgaagacgaagaatattccagacaagtggagaagaa 27451482  T
Q  203 gcaccttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagc 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27451481 gcaccttataagaacaaaggggatatacataattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagc 27451382  T
Q  303 gaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgaggga 402  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  27451381 gaagactaagaaaagagactcatgttacggataacttatttggttttattcctcggaggtcgactatggaagcgaactacttactttgacgcatgatgga 27451282  T
Q  403 gcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  27451281 gcgatatcggacggataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggagaaggcgtaggatagagtacttagagagattttgtg 27451195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 23907820 - 23907324
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  23907820 aactataattattaccgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgattagtggcaaggcagttgggctggacaacatacctatcg 23907721  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  23907720 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcaccaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgctggacgagtggagaagaag 23907621  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23907620 cactttaattccaatttataagaacaagggggatatacaaaattccgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccataaagttatgggaaagg 23907521  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  23907520 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataatcaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgac 23907421  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23907420 gcgtgatggagcgatatcgaacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccaagagagattttgtg 23907324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 48624045 - 48623549
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48624045 aactataactattatcgtcggattcaagagcacgaggttatagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatcg 48623946  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||  ||||||||||||  ||||||||| |  | |||||||||| |||    
T  48623945 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaattagattatgaggattaagaaaatgtcgtatgagtggagaataag 48623846  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48623845 cactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 48623746  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||    
T  48623745 gtgatcgaaagaagactaagaaagaagactcgagttacagataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttagttcgac 48623646  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| |||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48623645 gcgtgatggagcgatataggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggtgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 48623549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 235 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 1778293 - 1778038
Alignment:
Q  235 ttgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagat 334  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  |||    
T  1778293 ttgcgcgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatggaattatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggat 1778194  T
Q  335 aacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaat 434  Q
    |||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||| |    
T  1778193 aaccaatttgattttatgcctgggaggttgactatggaagcaatctacttacttcgacgtgtgatggagcgatatcggacggataaaaaaaacttgcact 1778094  T
Q  435 tagttttcacttatttgg-ggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||||| | ||||||   |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1778093 tagttttcattgatttggaaaaaggtgtatgatagagtatcaagagagattttgtg 1778038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 264 - 489
Target Start/End: Original strand, 435267 - 435492
Alignment:
Q  264 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  || |||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  435267 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggaggctcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtt 435366  T
Q  364 gactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtat 463  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||| |||||    
T  435367 gactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatagagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaagacgtat 435466  T
Q  464 gatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||    
T  435467 gatagagtaccgagagagattttgtg 435492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 275 - 489
Target Start/End: Original strand, 53703655 - 53703870
Alignment:
Q  275 atgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaag 374  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  |||| |||||||  | ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  53703655 atgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgggttacagataaccaaattgattttatgtctgagaggtcgactatggaag 53703754  T
Q  375 tgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagat-aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtac 473  Q
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||    
T  53703755 caatctacttacttcgacgcgtgacggagcgatatcggacggatgaaaaaggacttgcacttagttttcactgatttggaaaaggcgtatgattgagtac 53703854  T
Q  474 ctagagagattttgtg 489  Q
    | ||||||||||||||    
T  53703855 cgagagagattttgtg 53703870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 490 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27446818 - 27446722
Alignment:
Q  490 acaaatctctttcatttctccaagtcagtcatctactctaaaaccttgtgattcttgatggacatctctagaacatatggttgttttgacatgcccg 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446818 acaaatctctttcatttctccaagtcagtcatctactctaaaaccttgtgattcttgatggacacctctagaacatatggttgttttgacatgcccg 27446722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 4 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 16001457 - 16001137
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||| | || |  |||||||| |||    
T  16001457 aactatagctattatcatcgg-ttcaagagcacgaggtaaaagaagcgttgaaaaggatgattaatgacaagacagttgagtcgcacgacatacctttcg 16001359  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||| ||||       || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||  |    
T  16001358 aagtgtggaaaagtcttggagat--aggaattgtgtgggtcaccaaactttttaacgagattatgaggacgaagaaaataccggacgagtggagaagctg 16001261  T
Q  204 cacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaatt-aagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaag 291  Q
    ||| |           ||||||||| || | ||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16001260 cactttaattcccatctataagaac-aatgtgatatacataattgcgtgaattataggagaattaaaattaatgagtcatactatgaagttatgggaaag 16001162  T
Q  292 ggtaattgagcgaagactaagaaaa 316  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||    
T  16001161 ggtgatttaacgaagactaagaaaa 16001137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 490
Target Start/End: Original strand, 39707472 - 39707725
Alignment:
Q  237 gcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaag-ggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagata 335  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||||||||| | | ||   |||   |||    
T  39707472 gcgccaattatagaggaattaaactaatgagtcataccatgaagttataggaaaaaggtgattgaacgaagactaagaaaagaaagtcgatttacgaata 39707571  T
Q  336 acttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaatt 435  Q
    ||  |||| ||||||||||||| || | ||||| | ||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||| |  || ||||||||||||||||| ||    
T  39707572 accaattttgttttatgcctgg-agattgactacgaaagcgatttacttacttcgacgtgtgatggagcgataacagacggataaaaaagacttgcactt 39707670  T
Q  436 agttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtga 490  Q
    |||||||| | |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  39707671 agttttcattgatttggagaagacgtatgatagagtgcctagagaggttttgtga 39707725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 55834117 - 55834038
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgg 83  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||| ||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55834117 aactataactactatcgtcggattcaagaatacgaggtaaaagaagagttgacaaggatgagtaatggcaaggcagttgg 55834038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 55769861 - 55769785
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagt 80  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||| ||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55769861 aactataactactatcgtcggattcaagaatacgaggtaaaagaagagttgacaaggatgagtaatggcaaggcagt 55769785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 301
Target Start/End: Original strand, 56224743 - 56224835
Alignment:
Q  209 tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgag 301  Q
    |||||||| || | |||||||||  |||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  56224743 tataagaataaggaggatatacaaaattgtgtaaattatagaggaattaaactaatgagtcatgtcatgaagttgtgggaaatggtaattgag 56224835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 129
Target Start/End: Original strand, 37250011 - 37250093
Alignment:
Q  47 aagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| ||  |||||||| |||| ||| | || |||||||||| |||||||    
T  37250011 aagcattgaaaaggatgagtaatgattaggaagttggaccaaataacatatctattgaactatgaaaaagtcttgacgataaa 37250093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 484
Target Start/End: Original strand, 2296364 - 2296429
Alignment:
Q  419 aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatt 484  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||| |||  ||||||| |||| |||||||    
T  2296364 aaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaggtgtacaatagagttcctaaagagatt 2296429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Original strand, 32629376 - 32629868
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32629376 aactataactattatcgtcggattcaggagcacgaggtgaaagaagcgttgaaaaggatgagtaatggtaaggcagttgggccggacaacatacctatcg 32629475  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||  || ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  32629476 aagtgtggaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgaaaacgaagaaaatgcttgacgagtggagaagaag 32629575  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    |||||||           ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32629576 caccttaattccaatctataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattacaggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 32629675  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || |    |||||||||    
T  32629676 gtaattgaacgaagactaagaaaagagactcacgttacggataaccaatttggctttatgcctggaaggtcgactatggaagcgatc----tacttcgac 32629771  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| |||| ||||||| || |||||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32629772 gcgtgatggagagatatcggacggataaaaaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 32629868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 12 - 485
Target Start/End: Original strand, 36650766 - 36651250
Alignment:
Q  12 ctattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtgg 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  36650766 ctattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccagacaacatacctatcgaagtgtgg 36650865  T
Q  112 aaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta- 210  Q
    || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       ||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||     
T  36650866 aagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttgacgagattatgaggacgaagaaaatgccggacgagtggagaagaatcactttaa 36650965  T
Q  211 ----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattga 300  Q
              ||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36650966 ttccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgattga 36651065  T
Q  301 gcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagg 400  Q
      |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| |    
T  36651066 aagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgtctgggaggtcgattatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatg 36651165  T
Q  401 gagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattt 485  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36651166 gagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattt 36651250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 33351324 - 33350828
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||| ||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33351324 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgggtagtgacgaggcagttgggccggacaacatacctatcg 33351225  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| | | |||||||| |       || ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  33351224 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggactgtgtggctcgcaaacctttttaacgagattataaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 33351125  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33351124 cactttaattccaatcgataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttgtgggaaagg 33351025  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || ||  |  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||    
T  33351024 gtgatcaaaagaagactaagaaaggagactctagttacggataaccaatttggttttatgcttgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcaac 33350925  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33350924 gcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttctttgatttggaaaaggggtatgatagagtaccgagagagattttgtg 33350828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 6 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 24178712 - 24178217
Alignment:
Q  6 ctataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaa 105  Q
    ||||||||||||| |||| |||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||    
T  24178712 ctataactattattgtcggattcagtagcacgaggtgaaagaagcaatgaaaaggatgactaatggaaaggcagttgggccgaacaacatacatatcgaa 24178613  T
Q  106 gtgtggaaaa-gtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagc 204  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||       ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  24178612 gtgtgaaaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaatgagattatgaggacgaagaaaatgtcagaggagtggagaataagc 24178513  T
Q  205 acctt-----------ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaggg 293  Q
    |||||           |||| ||||| ||  |||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24178512 accttcattccaatctataataacaagggatatatacagaattgcgtgaattataggggaatttagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaggg 24178413  T
Q  294 taattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacg 393  Q
    | ||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||  ||||||||||| |||  |||||||||||||||||| || |||||| || ||| |    
T  24178412 tgattcaacgaagactaagaaaagagactcaagttacggataacaaatttggttttacgccctggaggtcgactatggaagcgatctacttgctgcgatg 24178313  T
Q  394 cgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||| ||||||||| || || |||| |||||  || ||||||||||||| | |||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24178312 cgtgatggagcgataccggacggatacaaaagggttacaattagttttcattgatttggagacggtgtatgacagagtacctagagagattttgtg 24178217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 430
Target Start/End: Original strand, 11592454 - 11592890
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||    
T  11592454 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaacatcccta-cg 11592552  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| |||||       || ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11592553 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtgactcacaaacctttttaacgagactatgaggacgaagaaaatgccggacgagtggagaagaag 11592652  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11592653 cactttaattccaatctataaaaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 11592752  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||  | || |||||||||||    
T  11592753 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatggcttggaggtcgactatggaagcaatctgcttacttcgac 11592852  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttg 430  Q
    |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  11592853 gcgtgatggagcgatatcggacgaataaaaaagacttg 11592890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 244 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 39907646 - 39907401
Alignment:
Q  244 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttattt 343  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  |||| |  ||||  ||||||  ||||    
T  39907646 ttattggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagacccgagttacggataaccaattt 39907547  T
Q  344 ggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttca 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39907546 ggttttatgcctgggaggtcgactgtggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacagataaaaaagacttgcacttagttttca 39907447  T
Q  444 cttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
     | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39907446 ttgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 39907401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 234 - 489
Target Start/End: Original strand, 38896622 - 38896877
Alignment:
Q  234 attgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaaga 333  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||    
T  38896622 attgcgcaaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggaaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacgga 38896721  T
Q  334 taacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaa 433  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||   | |||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  38896722 taaccaattcggttttatgcctgggaggtcaactatggaagcaatctacttacttcgacgcacaatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcac 38896821  T
Q  434 ttagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||||||| | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38896822 ttagttttcattaatttggaaaaggtgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 38896877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 303 - 489
Target Start/End: Original strand, 22346586 - 22346772
Alignment:
Q  303 gaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgaggga 402  Q
    |||||||||||||  ||||||  |||   ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||    
T  22346586 gaagactaagaaaggagactcgagtttcggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacacgtgatgga 22346685  T
Q  403 gcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22346686 gcgatatcgaacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 22346772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 346 - 489
Target Start/End: Original strand, 38606156 - 38606298
Alignment:
Q  346 ttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcact 445  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||| |    
T  38606156 ttttatgtctgggaggtcgactatgaaagcgatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttacacttagttttcatt 38606255  T
Q  446 tatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
     |||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38606256 gattttgagaaggcgtatgat-gagtacctggagagattttgtg 38606298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 379 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 46356983 - 46356873
Alignment:
Q  379 ctacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctaga 478  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  46356983 ctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacgaataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgaga 46356884  T
Q  479 gagattttgtg 489  Q
    |||||||||||    
T  46356883 gagattttgtg 46356873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 416 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 36870419 - 36870346
Alignment:
Q  416 gataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36870419 gataaaaaatacttgcacttaattttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtgcctagagagattttgtg 36870346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 493
Target Start/End: Original strand, 11593158 - 11593217
Alignment:
Q  434 ttagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtgacaa 493  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11593158 ttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtgacaa 11593217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 33738620 - 33738551
Alignment:
Q  218 aaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggg 287  Q
    ||||||||| ||||  ||||||| || |||| || |||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  33738620 aaaggggatttacaaaattgcgcaaaatataaggaaattaaacttatgagtcatactatgaagttatggg 33738551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 15216790 - 15216293
Alignment:
Q  1 cggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacataccta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15216790 cggaactataactattatcgtcagattcaggagcacgagatgaaagaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggacaacataccta 15216691  T
Q  101 tcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaag 200  Q
    || |||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15216690 tcaaagtgtggaaaagtattgactatagaggaattatgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgaggacgaagaaaatgccagacgagtggagaag 15216591  T
Q  201 aagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaa 289  Q
    ||||||||||           ||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15216590 aagcaccttaattccaatctataagaacaaggtggatatacaacattgcacgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgcgaa 15216491  T
Q  290 agggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttc 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  15216490 agggtaattgagcgaagactaagaaaagagactcaagttatggataatcaatttggttttatgcctgggaggtcgactatgaaagcgatctacttacttc 15216391  T
Q  390 gacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||| ||| |  |||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||| | |||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15216390 gacgcttgatg--gcgatatcgaatggataaaaaagacttacatttagttttcattgatttgaataaggcgtatgatagagtacctagatagattttgtg 15216293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Original strand, 36543916 - 36544411
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  36543916 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgggtagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatca 36544015  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || || |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  36544016 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaaagagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 36544115  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36544116 cactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaatcataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 36544215  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  36544216 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcaagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgac 36544315  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||  ||||||||||  || ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  36544316 gcgtgattgagcgatatctgacggataaaaaagatttgcacttagttttcattgattt-ggaaaggcgtatgatagagtaccgagatagattttgtg 36544411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 255 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 42855271 - 42855035
Alignment:
Q  255 ttaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcc 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||    
T  42855271 ttaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaggaaaattgagcgaagactaagaaaagagactcgcgttacggataaccaatttggttttatgcc 42855172  T
Q  355 tgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagat--aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttgg 452  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||  ||||||||||| || |||||||||| | ||||||    
T  42855171 tgggaggtcgactattgaagcgatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatattggacggataaaaaaaagacttacacttagttttcattgatttgg 42855072  T
Q  453 ggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
     |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  42855071 agaaggcatatgatagagtgcctagagatattttgtg 42855035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 322
Target Start/End: Original strand, 13588472 - 13588800
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||  || || |||||||| |    
T  13588472 aactataactactatcgtaggattcaagcgcacgaggtaaaagaagcattgaaaagcatgaataatggcatgacagttgggctagacaatatacctattg 13588571  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
     |||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||       || ||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||     
T  13588572 gagtgtgaaaaagt-ttggggatagaggaattatgtggctcactaaactttttaacaagattataaggacaaagaagatgtcagatgagtggaaaagaaa 13588670  T
Q  204 cac-----------cttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    |||            ||||||||||||   |||| ||||  | || |  ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| |    
T  13588671 cactttaattctgatttataagaacaagaaggatgtacaaaactgtgtaaattataagtgaattaaactaatgagtcataccataaagttaagggaaatg 13588770  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagact 322  Q
     | |||||||||| |||||||||| |||||    
T  13588771 atgattgagcgaaaactaagaaaagagact 13588800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 388 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 36566364 - 36566263
Alignment:
Q  388 tcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttg 487  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  36566364 tcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtatcgagagagattttg 36566265  T
Q  488 tg 489  Q
    ||    
T  36566264 tg 36566263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 78
Target Start/End: Original strand, 41148300 - 41148374
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggca 78  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41148300 aactataactactattgtctaattcaagaacacatagtaaaaaaagcgttgaaaaggatgagtaatggcaaggca 41148374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 383 - 452
Target Start/End: Original strand, 6184814 - 6184883
Alignment:
Q  383 ttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttgg 452  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||    
T  6184814 ttacttcgacgtgtgatggagcgatatcggacagataaaaaagacttacacttagttttcattgatttgg 6184883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 208 - 322
Target Start/End: Original strand, 31977595 - 31977709
Alignment:
Q  208 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||  ||||||||  | || |||||| |||| |||||||||  ||| || ||||| || |||    
T  31977595 ttataagaacaaagaggatatacaaaattgtgcaaattataaaggaattaaaattattagtcatgccataaagttatggacaagagtgattgaacggaga 31977694  T
Q  308 ctaagaaaatagact 322  Q
    ||| | |||||||||    
T  31977695 ctagggaaatagact 31977709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 428 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 30579305 - 30579245
Alignment:
Q  428 ttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgt 488  Q
    ||||| |||||||| | | |||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  30579305 ttgcacttagttttaattcatttggagaaggcgaatcatagagtgcctagagagattttgt 30579245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 20429158 - 20428659
Alignment:
Q  1 cggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacataccta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  20429158 cggaactataactattatcgtcggattcaggagcacgaagtgaaagaaccgttgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggcccgaaaacataccta 20429059  T
Q  101 tcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaag 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  20429058 tcggagtgtggaaaagtcatggcgatggaggaattgtgtggctcacaaaactgttcaacgagattatgaggacgaagaaaatgccagacgaatgaagaag 20428959  T
Q  201 aagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaa 289  Q
    ||||||||||           ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20428958 aagcaccttaattccaatatataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattataagggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaa 20428859  T
Q  290 agggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttc 389  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||| | |||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||     
T  20428858 agggtaattgaacgaagactaagaacagagactcacgttacaaataaccaatatggttttatgcttgggaggttgactatggaagcgatctacttacttt 20428759  T
Q  390 gacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||  ||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20428758 gacgtgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttacacctagttttcattgatttgtagaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 20428659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 79 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 5260691 - 5260274
Alignment:
Q  79 gttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaaga 178  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  5260691 gttgggccggacaacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgaggacaaaga 5260592  T
Q  179 aaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgag 267  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||           ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5260591 aaatgccggacgagtggagaagaatcaccttaattccaatctataagaacaagggggatatacaacaatgcgcgaattataggggaattaagctaatgag 5260492  T
Q  268 tcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgact 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||  ||||||||||| |    
T  5260491 tcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagacttagaaaagagactcacgttacggataaccaatttggttttatgtatgggaggtcgatt 5260392  T
Q  368 atggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgata 467  Q
    ||||||| || ||  ||| |||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||   |||||| ||||||||||||||    
T  5260391 atggaagcgatctctttatttcgacgcctgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttacacttagttttcatcgatttggagaaggcgtatgata 5260292  T
Q  468 gagtacctagagagattt 485  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5260291 gagtacctagagagattt 5260274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Original strand, 9705562 - 9706035
Alignment:
Q  1 cggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacataccta 100  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||| |||| |||||| |||   ||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||    
T  9705562 cggaacaataactattatcgtcggattcaggagcacgaagtgaaagaagcgttgaaaggga---gtaatggtaaggcagttggatcggacaacataccta 9705658  T
Q  101 tcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||    
T  9705659 tcgaagtgtggaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgagaacgaagaaaatgtccgacgagtggagaag 9705758  T
Q  201 aagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaa 289  Q
    ||||||||           ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||     
T  9705759 aagcaccttaattccaatctataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattataggggaatta--------agtcataccatgaagttatggga- 9705849  T
Q  290 agggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttc 389  Q
                  ||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||  | |||  ||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||    
T  9705850 --------------aagactaagaaaagagactcacgttacggataaccaacttgactttatgcctgggaagtcgactatggaaacgatctacttacttc 9705935  T
Q  390 gacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| || |||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9705936 gacgcgcgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 9706035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 157 - 489
Target Start/End: Original strand, 6082306 - 6082660
Alignment:
Q  157 aacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaatt 245  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||           ||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||    
T  6082306 aacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaagcactttaattccaatctataagaacaaggggcatatacaaaattgcgcgaatt 6082405  T
Q  246 ataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataac-------- 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||            
T  6082406 ataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaattttt 6082505  T
Q  338 ---ttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaat 434  Q
       || |||  |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||| | |||||||||| || |||||||| |||||||| |    
T  6082506 tttttttttttttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacatgtgatgcagcgatatcggacggataaaaaggacttgcact 6082605  T
Q  435 tagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||||| | ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6082606 tagttttcattgatttggaaaaggtgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 6082660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 222 - 467
Target Start/End: Original strand, 30669888 - 30670132
Alignment:
Q  222 gggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagac 321  Q
    ||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||  ||||    
T  30669888 gggatatacaaaaatgcgcaaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggcaaaggatgattgaacgaagactaagaaatgagac 30669987  T
Q  322 tcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaa 421  Q
    ||| ||||  ||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||    
T  30669988 tcaagttacggataaccaatttggttttatgcc-aggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgtgtgatggagcgatatcggacagagaaa 30670086  T
Q  422 aaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgata 467  Q
    |||||||| || |||||||||| | |||||| |||||||| |||||    
T  30670087 aaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtttgata 30670132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 143
Target Start/End: Original strand, 6081212 - 6081351
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| |   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||     
T  6081212 aactataattattatcgtcggattcaagagcatgaggttagggaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccagaaaacatacctatca 6081311  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggct 143  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  6081312 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggct 6081351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 340 - 489
Target Start/End: Original strand, 3629377 - 3629526
Alignment:
Q  340 atttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagtt 439  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||||||    
T  3629377 atttgattttatgctttggaggtcgacaatggaaatgatctacttacttcggcgtatgatggagcgatatcggacaaacaaaaaagacttacacttagtt 3629476  T
Q  440 ttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||| | |||||  |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  3629477 ttcattgatttgaagaaggcgtatgataaagtacctatggagattttgtg 3629526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 210 - 441
Target Start/End: Original strand, 26290765 - 26290995
Alignment:
Q  210 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 309  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||    |||| || ||||| ||||||||    
T  26290765 ataagaacaagggggatatacaaaattgtgcgaatgataggggaattaaccttatgagtcataccataaagttaataaaaagagtgattgaacgaagact 26290864  T
Q  310 aagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatat 409  Q
    || |||| || |||| ||||  || ||   |||| ||||||||  ||| ||||||| |||||||| || |||||| |||||| | |||| ||||||||||    
T  26290865 aaaaaaagagtctcaagttattgacaatcaatttagttttatgtttggaaggtcga-tatggaagcgatctacttgcttcgatgtgtgatggagcgatat 26290963  T
Q  410 cgaacagataaaaaagacttgcaattagtttt 441  Q
    |  ||| | ||||| |||||||| ||||||||    
T  26290964 cagacaaaaaaaaaggacttgcacttagtttt 26290995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 7 - 202
Target Start/End: Original strand, 3629059 - 3629253
Alignment:
Q  7 tataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaag 106  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |  ||||||| ||| |||  ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||  || |||||| | | ||||    
T  3629059 tataactattatcgtctgattcaataatacaaggt-aaacaagtgttgaaaatgatgaataatggcaagacagttgggccatatgacatactttttgaag 3629157  T
Q  107 tgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaa 202  Q
    | ||||||| |||||| |||| | |||||  || ||||||       || || || ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  3629158 tatggaaaaatcttggagatagatgaattgggtagctcaccaaactttttaatgaaattatgaggacaaagaaaattttagacgagtagagaagaa 3629253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 2681669 - 2681479
Alignment:
Q  278 aagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtga 377  Q
    |||||| |||||||||| |||||  ||||| |||||||| ||||||  |  |  ||||||  ||||||||||||| |||  | || ||||||||||| ||    
T  2681669 aagttacgggaaagggtgattgaaggaagattaagaaaagagactcgaggaatggataaccaatttggttttatgtctgtaaagttgactatggaagcga 2681570  T
Q  378 actacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatag 468  Q
      |||||| |||||||  ||    | |||||||  || | ||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  2681569 cttacttagttcgacgtatggtacaacgatatcagacgggtaaaaaatacttgcacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatag 2681479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 17223115 - 17223047
Alignment:
Q  16 tatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttggg 84  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||| || |||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  17223115 tatcgtcgaattcaagaacaagaggtaaaagaaacattaaaaagaatgagtaatgacaaggtagttggg 17223047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 6 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 2076990 - 2076496
Alignment:
Q  6 ctataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaa 105  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2076990 ctataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatccaa 2076891  T
Q  106 gtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagca 205  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  2076890 gtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacagacccttttaacgacattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaagca 2076791  T
Q  206 cctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggt 294  Q
    | |||           ||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2076790 ctttaattccaatctataagaacaagggggacatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaacgagtcataccatgaagttatgggaaagggt 2076691  T
Q  295 aattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgc 394  Q
     || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  2076690 gatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgc 2076591  T
Q  395 gtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    | || |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2076590 gggatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttaattttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 2076496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Original strand, 20317755 - 20318251
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||     
T  20317755 aactataattattatcgttggattcaagagcacaaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggtaaggtagttgggccggacaacatacatatcc 20317854  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  20317855 aagtgtggaagagtcttggcgatagagagattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 20317954  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20317955 cactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgcaaattattagggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 20318054  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  20318055 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacagataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgac 20318154  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| |||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20318155 gcgtgatggagcgatatcggacggataaataagacttgcacttagttttcattaatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgggagagattttgtg 20318251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 489
Target Start/End: Original strand, 24177304 - 24177784
Alignment:
Q  20 gtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtct 119  Q
    |||| |||||||||||  |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  24177304 gtcggattcaagagcatgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaatatacctatcgaagtgtggaagagtct 24177403  T
Q  120 tggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta--------- 210  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||| ||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||| |||||| |||             
T  24177404 tggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaacaagattatgaggacgaagaaaatgccgaatgagtggagaaaaagcactttaattccaatc 24177503  T
Q  211 --taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagac 308  Q
      ||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||    
T  24177504 tataagaacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagac 24177603  T
Q  309 taagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgata 408  Q
    |||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| |||||  | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  24177604 taagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctggaaggtcgactacggaagcaatctacttacttcgacgcatgatggagcgata 24177703  T
Q  409 tcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24177704 tcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttgaaaaaggcatatgatagagtaccgagagagattttgtg 24177784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 1289046 - 1288596
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1289046 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgaggagtggtagggcagttgggccggacaacatacctatcg 1288947  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||| ||| | ||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  1288946 aagtgtggaagagtcttggtgatagagggattgtatggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcgaacgagtggagaagaag 1288847  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1288846 cactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgtgcgaattataggggaattaagttaatgagtcataccatgaagctatgggaaagg 1288747  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||  | ||||||||||||||    
T  1288746 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatggctgggaggtcgattgtggaagcaatctacttacttcgac 1288647  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttca 443  Q
    |||||| ||||| |||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1288646 gcgtgatggagcaatatcggacggataaaaaagacatgcacttagttttca 1288596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 486
Target Start/End: Original strand, 26723 - 27215
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||| |||||| |||||| | |||||||| |||  ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||| || |||||||  |  |    
T  26723 aactttaactactatcgttggattcaagaacacggggtaaaagaagcattgaaaagggtgagtaatggcaaggcggttaagccagacaacatactgactg 26822  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||||     
T  26823 aagtgtggaaaagtcttggagatagaggaattgtgtggctcaccaaactttttaacgagattatgaggacaaagaaaatgtcggatgagtggaaaagaaa 26922  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| | |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||    
T  26923 cactttaattctgttctataagaacaaggaggatatacaaaattgttcgaattataggggaattaaattaatgagtcataccatgaagtcatggaagcgg 27022  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || ||||| |||| | |||||||| |||||   ||||  ||||||   ||||||||||||| ||  || ||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  27023 gtgattgaacgaaaattaagaaaaaagacttgagttactgataaccattttggttttatgcttga-agatcgactatggaagcgatctacttacttcaac 27121  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 486  Q
    | |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||| |||||||| | |||| |||||||||    
T  27122 gtgtgatgaagcgatatcgaacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaggcgaatgatagatttcctaaagagatttt 27215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 244 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22832161 - 22832091
Alignment:
Q  244 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||  ||||||||||||    
T  22832161 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaaagtgattgaatgaagactaagaa 22832091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 250 - 489
Target Start/End: Original strand, 37123591 - 37123831
Alignment:
Q  250 gggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg--gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggtt 347  Q
    |||| |||| || |||| ||||||||||||||||||| |||    || |||||  |||||||||||||| ||||||| ||||  | |||   | ||||||    
T  37123591 gggagttaaacttatgattcataccatgaagttatggaaaaaaaagtgattgaatgaagactaagaaaagagactcaagttattgttaatcaaattggtt 37123690  T
Q  348 ttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcactta 447  Q
    |||||| || || |||||| || ||||||| ||||||||| | |||  ||||| ||||||| ||||  |||||||||||  |||| |||||||||| | |    
T  37123691 ttatgcttgagatgtcgaccatagaagtgatctacttactacaacgtatgagg-agcgataacgaatggataaaaaagatgtgcacttagttttcattga 37123789  T
Q  448 tttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||| |||   |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  37123790 tttggagaaactgtatgatagagttcctaaagagattttgtg 37123831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 242 - 315
Target Start/End: Original strand, 25937109 - 25937183
Alignment:
Q  242 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggg-aaagggtaattgagcgaagactaagaaa 315  Q
    |||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  25937109 aattataggacaattaaacttatgattcataccatgaagttatgggaaaaggttaattgagcgaagactacgaaa 25937183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 251 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 756214 - 756080
Alignment:
Q  251 ggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggtttta 350  Q
    |||||||| || | ||||| |||||  |||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| ||||||| | ||| |||||   ||||  |||||    
T  756214 ggaattaaacttaagagtcgtaccaacaagttatgggaaagagtgattgagcggagacaaagaaaagagactcaaggtaacgataatcaatttaatttta 756115  T
Q  351 tgcctgggaggtcgactatggaagtgaactactta 385  Q
    |||||| |||||  || ||||||| || |||||||    
T  756114 tgcctgagaggttaacaatggaagcgatctactta 756080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 4 - 482
Target Start/End: Original strand, 8179557 - 8180046
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8179557 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgattagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatcg 8179656  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8179657 aagtgtggaaaagtcttagcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcagacgagtggagaagaag 8179756  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8179757 cactttaattccaatctataagaacaaggaggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaataagtcataccatgaagttatgggaaagg 8179856  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||| |||    
T  8179857 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatgaaagcaatctacttactttgac 8179956  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagaga 482  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  8179957 gcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttggttttcattgatttggaaaagacgtatgatagagtaccgagagaga 8180046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 236 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 45368901 - 45368651
Alignment:
Q  236 tgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagata 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  45368901 tgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaaattatgggaaagggtaattgaacgaagactaagaaaagagactcatgttacggata 45368802  T
Q  336 acttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaatt 435  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||  |||| || ||    
T  45368801 accaatttggctttatgcctgggaggttgactatggaagcgatatacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaagaacttacactt 45368702  T
Q  436 agttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 486  Q
    |||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45368701 agttttcattgattttgagaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 45368651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 209 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 24584911 - 24584628
Alignment:
Q  209 tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaatt---gagcgaa 305  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   || | ||    
T  24584911 tataagaacaaaggggatatacaaaattgcacgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgattattgaacaaa 24584812  T
Q  306 gactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcg 405  Q
    ||||||||||  ||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  24584811 gactaagaaaggagactcgagttatagataactgatttggttttatgtctgggaggtcgagtatggaagcgatctacttacttcgacgcgtgatggagcg 24584712  T
Q  406 atatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||  || |||||| | |||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  24584711 atatcggacggataaaaaagacttacacctaattttcattgatttggagaaggcgtatgatagagtttccagagagattttgtg 24584628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 242 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 452885 - 452638
Alignment:
Q  242 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttat 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||    
T  452885 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttacgagaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaat 452786  T
Q  342 ttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagtttt 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  452785 ttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagtttt 452686  T
Q  442 cacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    || | ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  452685 cattgatttggaaaaggcgtacgatagagtaccgagagagattttgtg 452638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 55 - 439
Target Start/End: Original strand, 37280923 - 37281316
Alignment:
Q  55 aaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnt 154  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||       |    
T  37280923 aaaaagatgagtaatgacaaggcagttgggccagacaacatacatattgaagtgtggaaaagtcttggatatagaggaattgtgtggctcaccaaacatt 37281022  T
Q  155 tcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaa 243  Q
    | ||||||| |||||||||||  |||||| | || || |||||||||| | | |||           ||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  37281023 ttaacgagactatgaggacaac-aaaatgtcggatgaatggagaagaaacgctttaatttcgatctataagaacaa-ggggatatacaaaattgcgcgaa 37281120  T
Q  244 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttattt 343  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||  || ||||| ||||||||||| ||| | ||| | ||||  ||||||  ||||    
T  37281121 ttataggagaattaaactaatgaatcataccatgaagttatgataaaaagtgattgaacgaagactaagtaaacaaacttaagttactgataaccaattt 37281220  T
Q  344 ggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagtt 439  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| | |||||| ||   |  |||||||||| ||||||||||||    
T  37281221 ggttttatacctgagaagtcgactatagaagtgatctacttactttgacgtgtgatgaagcgatgtcatgcgaataaaaaagatttgcaattagtt 37281316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 208 - 390
Target Start/End: Original strand, 13148301 - 13148482
Alignment:
Q  208 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||  | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  13148301 ttataagaacaaaggggatatacaaaattgcttggattataggggaattaaactaatgagtcttaccatgaagttatgggaaagggtgattgaatgaaga 13148400  T
Q  308 ctaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcg 390  Q
    ||||||||| ||||||  ||||  ||||||  ||||| |||||||||| ||  ||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  13148401 ctaagaaaagagactcgagttatcgataaccaatttgattttatgcctagg-tgtcaactatggaagcgatctacttacttcg 13148482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 404 - 489
Target Start/End: Original strand, 2609703 - 2609788
Alignment:
Q  404 cgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  2609703 cgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtgctgagagagattttgtg 2609788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 56 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 11502979 - 11502833
Alignment:
Q  56 aaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnntt 155  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||||  || || ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||       |     
T  11502979 aaaggatgagtaatgacaatgcaattgggctagacaagatatctattgaagtgtggaaaagtcttggagataaaggaatagtgtggctcaccaatctttc 11502880  T
Q  156 caacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaa 202  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||   || |||||||||||||    
T  11502879 taactagattatgaggacaaataaaatgttcgatgagtggagaagaa 11502833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 489
Target Start/End: Original strand, 14769487 - 14769560
Alignment:
Q  416 gataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  14769487 gataaaaaagacttgcacttggttttcattgatttggagaagacgtatgataaagtagctagagagattttgtg 14769560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 251 - 411
Target Start/End: Original strand, 33251337 - 33251497
Alignment:
Q  251 ggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggtttta 350  Q
    |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| ||||| |||||||||| ||||  || ||  ||||   |||||  || ||||||||    
T  33251337 ggaattaaacttatgagtcatcccatgaagctatggaaaatggtgattgaacgaagactaaaaaaagtgattcgagttacttataaccaatctggtttta 33251436  T
Q  351 tgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcg 411  Q
    |||| |  |||||  |||||||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  33251437 tgcccgaaaggtcttctatggaagttatctaattacttcgacgtgtgatggagcgatatcg 33251497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 490
Target Start/End: Original strand, 13148540 - 13148583
Alignment:
Q  447 atttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtga 490  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13148540 atttggggaaggtgtgtgatagagtgcctagagagattttgtga 13148583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 119
Target Start/End: Original strand, 28409702 - 28409817
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||  ||| |||| ||| || ||||||||| ||| |||||| |||||||| ||| | | || |  ||||| ||      
T  28409702 aactataactattatcgtaggattcaagcacacgaggtaaaagaaacattgaaaatgattagtaattgcaaggcaattgagtcagacagtataccaattc 28409801  T
Q  104 aagtgtggaaaagtct 119  Q
    ||||||||||||||||    
T  28409802 aagtgtggaaaagtct 28409817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 51449223 - 51448731
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51449223 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttggaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatcg 51449124  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || |    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  51449123 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaaccttttta----gattatgaggacgaagaaaatgccggacgagtggagaagaaa 51449028  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           |||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51449027 cactttaattccaatctataagaacaagagggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccataaagttatgggaaagg 51448928  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||    
T  51448927 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatacctgggaggtcgactatggaagcaatctatttacttcgac 51448828  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51448827 gcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 51448731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 225 - 489
Target Start/End: Original strand, 52137824 - 52138088
Alignment:
Q  225 atatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactca 324  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||  ||| ||     
T  52137824 atatacaaaattgtgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactcagaaaggagattcg 52137923  T
Q  325 tgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaa 424  Q
     ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  52137924 agttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgaatatgaaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggacagataaaaaa 52138023  T
Q  425 gacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52138024 gacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 52138088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 209 - 471
Target Start/End: Original strand, 38849082 - 38849344
Alignment:
Q  209 tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagac 308  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |    
T  38849082 tataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataagggaattaaactaatgagtcataccatgaagttatgggaaagagtgattgaacgaaggc 38849181  T
Q  309 taagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgata 408  Q
    |||||||| ||||||  |||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||| ||| |||| |||     
T  38849182 taagaaaagagactcgggttacagataactaattttcttttatgcctgggaggtcgactatggaagcggtctacttactttgacgcttgacggagtgatg 38849281  T
Q  409 tcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagt 471  Q
    ||| || ||||||||| |||| || |||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||    
T  38849282 tcggacggataaaaaacacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtaagatagagt 38849344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 484
Target Start/End: Original strand, 3368527 - 3369016
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||| ||   ||| |||||||||||||||||||||  |||| ||| || |||||||| || |    
T  3368527 aactataactattatcgtcggattcaagaacacaaagcaaaataaatgttggaaaggatgagtaatggcaaggatgttgagccagacaacataccaattg 3368626  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||| |  |||||| |||| | || ||||||| ||||||||||       || ||||||||||| ||||||||||||||    || || |||||||||||    
T  3368627 aagtatataaaagtattggaggtagaggaattgtgtggctcaccgaacttttaaacgagattataaggacaaagaaaatattggatgaatggagaagaag 3368726  T
Q  204 ca--------cc---ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||        ||   ||||||||||||   |||||||||  |||| | |||||||||  ||||||| || || | |||||||||||||||||||||||      
T  3368727 cattttagttccgatttataagaacaagatggatatacaaaattgtgtgaattatagaagaattaaacttataattcataccatgaagttatgggaaaat 3368826  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || ||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||   |||| | |||| ||| | ||| || ||| ||||||||| |||| | |||| |||||||||    
T  3368827 gtgattgaacgaagactaagaaaagagactcgagttacttataattaatttagttatttgcttgtgagatcgactatgaaagttatctacctacttcgac 3368926  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagat-aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatt 484  Q
    || ||| ||||| |||||  || ||| |||||||||||||| |||||||||  | ||||||   ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  3368927 gcatgatggagcaatatcagacggataaaaaaagacttgcacttagttttctttgatttgg---aggtgtatgatagagtgcctagagagatt 3369016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 4 - 194
Target Start/End: Original strand, 9257865 - 9258055
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |    
T  9257865 aactataacgattatcgtcggattcaagagcacaaagtaaaggaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccagacaacatacttattg 9257964  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtg 194  Q
       |||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||| ||||       || ||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  9257965 ttatgtggaaaagtcttggagatagagggattgtgtggatcaccaaaaaatttaacgagattgtgaggacgaagaaaatgtcggacgagtg 9258055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 107
Target Start/End: Original strand, 38848833 - 38848936
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  38848833 aactataactactatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaagtcagttgggccggacaacatacctatcg 38848932  T
Q  104 aagt 107  Q
    ||||    
T  38848933 aagt 38848936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 234 - 406
Target Start/End: Original strand, 27916583 - 27916753
Alignment:
Q  234 attgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaaga 333  Q
    |||||| |||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| || ||||  ||    
T  27916583 attgcgtgaattataggggatataaattgatgagtcataccatgaagttatgagaaagggtgattgaacgaagaataagaaaagagacccaagttagtga 27916682  T
Q  334 taacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcga 406  Q
    ||||  ||||||||||||| ||   |||||||| ||||| ||||  |||||||||| ||| |||| |||||||    
T  27916683 taaccaatttggttttatgtct--aaggtcgaccatggatgtgatttacttacttccacgtgtgatggagcga 27916753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 114
Target Start/End: Original strand, 27916396 - 27916458
Alignment:
Q  52 ttgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaa 114  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||    
T  27916396 ttgaaatggatgagtaatgggaaggcagttggggcagacaacatacctattgaagtgtggaaa 27916458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 419 - 486
Target Start/End: Original strand, 48220971 - 48221038
Alignment:
Q  419 aaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagatttt 486  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||  ||||||||||| | |||||||| |||||    
T  48220971 aaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaaacgtatgatagattgcctagagatatttt 48221038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 416 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 50630414 - 50630343
Alignment:
Q  416 gataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||  ||||| ||| |||| ||||||||    
T  50630414 gataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggagaaggcatatg--agagtgcctcgagatattttgtg 50630343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 91 - 131
Target Start/End: Original strand, 48252502 - 48252542
Alignment:
Q  91 aacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaagg 131  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  48252502 aacatacctattgaagtgtggaaaggtcttggagataaagg 48252542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 49348919 - 49348445
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49348919 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatcg 49348820  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  49348819 aagtgtggaagagtcttggcgatacagggattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 49348720  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49348719 cactttaattccaatctataagaacaaggggg-tatacaaaattgcgcgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatgaagtcatgggaaagg 49348621  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  49348620 gtgatcgaaagaagactaagaaagaagactcgagttatggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgac 49348521  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatag 468  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||||||| ||||||    
T  49348520 gcgtgatggagcgatatcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtgtgatag 49348445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 51442282 - 51441786
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  51442282 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagctgggccagacaacatacctatcg 51442183  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    || ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  51442182 aaatgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 51442083  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51442082 cactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaatcacgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 51441983  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||    
T  51441982 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacatcgac 51441883  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||||| |||| ||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  || ||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  51441882 gcgtgatggagtgatatcagacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaagcgtatgatagagtatcgtgagagattttgtg 51441786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 215 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 43241677 - 43241403
Alignment:
Q  215 aacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaa 314  Q
    ||||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||    
T  43241677 aacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataagggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaa 43241578  T
Q  315 aatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaac 414  Q
    |  ||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  43241577 aggagactcaagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgatatcggac 43241478  T
Q  415 agataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43241477 ggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaagacgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 43241403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 208 - 489
Target Start/End: Original strand, 8670897 - 8671178
Alignment:
Q  208 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||| |    
T  8670897 ttataagaacaagggggatatacaaaactgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatggaaagaaaa 8670996  T
Q  308 ctaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgat 407  Q
    ||||||||  || |||  ||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8670997 ctaagaaaggagcctcgagttacggataaaaaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgacgcgtgatggagcgat 8671096  T
Q  408 atcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    |||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8671097 atcggacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgatttggaaaaggcgtatgatagagtaccgagagagattttgtg 8671178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 157 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 29173896 - 29173551
Alignment:
Q  157 aacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaatt 245  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||           |||||||||   ||||||||   |||||| |||||    
T  29173896 aacgagattatgtgaataaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcactttaatttcaatctataagaacaagaaggatatacgaaattgcgtgaatt 29173797  T
Q  246 ata--ggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttattt 343  Q
    |||  |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||||  ||||  ||||||| ||||    
T  29173796 atataggggaattaaactaatgagtcgtacaatcaagttatgcgaaaggatgattgaacgaaaactaagaaaagagactcgagttacggataactaattt 29173697  T
Q  344 ggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttca 443  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  |  |||||||||||||| |||| |||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  29173696 ggttttatgcctaggaggtcgactatggaagcaatttacttacttcgacgtgtgatggagcgatatcagacggataaaaaagacttgcacttagttttta 29173597  T
Q  444 cttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
     | |||||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  29173596 ttgatttggagaaggcgtatgatagagtgccgagagaggttttgtg 29173551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 35829859 - 35829434
Alignment:
Q  52 ttgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnn 151  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||  |||||||||         
T  35829859 ttgaaaatgatgagtaatagcaaagcagttgggccagacagcatacctattgaagtgtggaaaagtcttggagttaaaggcatttagtggctcaccaaat 35829760  T
Q  152 nnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgc 240  Q
      || ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |           |||||||||||   ||||||| |  |||| ||    
T  35829759 tttttaacgaaattatgaggacatagaaaatgccaaatgagtggagaagaagcactttaattccgatctataagaacaagatggatataaaaaattgtgc 35829660  T
Q  241 gaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataactta 340  Q
     |||||||| ||| |||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| || ||| |||||||| | ||||  ||||   |||||  |    
T  35829659 aaattatagaggagttaaact--tgagtcataccaagaagttatgggaaagagtgattgaacggagagtaagaaaaaatactcgagttacttataaccaa 35829562  T
Q  341 tttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttt 440  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||| | |||| | ||| ||||||||||  | || |||||||    
T  35829561 tttagatttatgcctgggaggtcgactatggaagtgatctacttacttagacgtatgatggaacaatattggacaaataaaaaagatatacacttagttt 35829462  T
Q  441 tcacttatttggggaaggcgtatgatag 468  Q
    ||| | |||||| |||||| ||| ||||    
T  35829461 tcattgatttggagaaggcttataatag 35829434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 32405970 - 32405486
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 103  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||| ||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||       ||||| |    
T  32405970 aactataactactatcatcggattcaagaacatgtggtaaaagaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttggaccaga-------cctattg 32405878  T
Q  104 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 203  Q
    ||| |||||||| |||||| | ||  |||||| ||||||  ||       || ||||| |||| ||||||||||||||||   || |||||||||||||     
T  32405877 aagggtggaaaactcttggaggtaggggaattgtgtggccaaccaaactttttaacgaaattacgaggacaaagaaaatgttggatgagtggagaagaaa 32405778  T
Q  204 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 292  Q
    ||| |||           | ||||||| || ||||||||  |||| || |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32405777 cactttaattctgatctattagaacaa-ggcgatatacaaaattgtgcaaattatagggaaattaaccttatgagtcataccatgaagttatgggaaaag 32405679  T
Q  293 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgac 392  Q
    || |||||||| |||||||||||| ||| ||  ||||   ||||   |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  32405678 gtgattgagcggagactaagaaaa-agattcgagttaccaataatcaatttggatttatgccttgaaggtcgactatggaagcaatctacttacttcgac 32405580  T
Q  393 gcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
      |||| |||  ||||||  || |||||||||||  |||| |||||||||| | |||| || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  32405579 atgtgatgga--gatatcagactgataaaaaagatgtgcacttagttttcattgattt-ggaaaagcgtatgatagagtgtctagagagattttgtg 32405486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 260 - 489
Target Start/End: Original strand, 45833593 - 45833820
Alignment:
Q  260 ctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctggga 359  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||  ||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||  || ||    
T  45833593 ctaacgagtcatgccatgaagttatgagaaatgatgattgagcgaagactaaagaaatagactcaagttt--gataactaatttggttttatgtatgaga 45833690  T
Q  360 ggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggc 459  Q
      || |||||| |||  | ||||||||||||||| |||| |||| ||||| | ||| |||||||||| ||| |  ||||||||| | |||||  ||||||    
T  45833691 tatcaactatgaaagcaacctacttacttcgacgtgtgatggagtgatattggacaaataaaaaagatttgtatatagttttcattgatttgaagaaggc 45833790  T
Q  460 gtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    ||| ||||||||  ||||||| ||||||||    
T  45833791 gtacgatagagtgtctagagatattttgtg 45833820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 241 - 322
Target Start/End: Original strand, 11681833 - 11681914
Alignment:
Q  241 gaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagact 322  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  11681833 gaattataggggaattaagctaaagagtcataccatcaaattatgggaaagggtgattgagcgaagactaagaaaagagact 11681914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 34828321 - 34828107
Alignment:
Q  275 atgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaag 374  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||| ||| |||||   ||||   |||    ||||| |||||||   |||||||||| ||| ||||    
T  34828321 atgaagttatgggaaaggatgattgagagaagaccaaggaaagagacttgagttatcaatattcaatttgattttatgttagggaggtcgattatagaag 34828222  T
Q  375 tgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacc 474  Q
     || |||| ||||||||||   || |||| ||||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||||| | |||||  ||| | |||||||| |||  |    
T  34828221 cgatctacctacttcgacgtacgatggagagatatcggacatataaaaatgactcgcacttagttttcattgatttgaagaatgtgtatgatatagtgtc 34828122  T
Q  475 tagagagattttgtg 489  Q
    || ||||||||||||    
T  34828121 taaagagattttgtg 34828107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 54 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 13725 - 13280
Alignment:
Q  54 gaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnn 153  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||| | | ||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||           
T  13725 gaaaaggatgagtagtgacaagacagttgggctgaacaacatgcttatcaaagtgtggaagagtcttggcgatagagaaattgtgtggctcacaatattt 13626  T
Q  154 ttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcga 242  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| || ||| |||           ||||||||| ||| |||||||  | | |||||    
T  13625 tttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaacaaacactttaattccaatctataagaacaa-gggaatatacaaaactacgcga 13527  T
Q  243 attataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatt 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |  ||||||  ||||  ||||||  |||    
T  13526 attataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaatggtgattgaacgaagactaagagagaagactccagttacggataaccaatt 13427  T
Q  343 tggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttc 442  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||  ||||||||||   || ||||| |||||||| || |||||||||    
T  13426 tggttttatgcttgggaggtcgactatggaaacgatctacttacttcgacgcgtggtggagcgatatatgacggataataaagacttacacttagttttc 13327  T
Q  443 acttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagagagattttgtg 489  Q
    | | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13326 attgatttggagaaggcgtatgatagagttcctagagagattttgtg 13280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 101; Significance: 9e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 281 - 489
Target Start/End: Original strand, 30520 - 30728
Alignment:
Q  281 ttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaact 380  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  30520 ttatgggaaagggtgattgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagcaatct 30619  T
Q  381 acttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagtacctagaga 480  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  30620 acttacttcaacgcgtgatgaagcgatatcagacggataaaaaagacttgcacttagttttcattgaattggaaaaggcgtatgatagagtaccgagaga 30719  T
Q  481 gattttgtg 489  Q
    |||||||||    
T  30720 gattttgtg 30728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 304 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 90297 - 90130
Alignment:
Q  304 aagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggag 403  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||  |||   |||    
T  90297 aagactaagaaaagagactcgagttacggataaccaatttgattttatgccagggaggtcaactatggaagtgatctacttaattcgacatgtggtcgag 90198  T
Q  404 cgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatttggggaaggcgtatgatagagt 471  Q
    || ||||| || |||||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  90197 cgttatcggacggataaaaaagacttacacttagttttcattgatttggagaaggcgtatgatagagt 90130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 4 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 74853 - 74757
Alignment:
Q  4 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacataccta 100  Q
    ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||    
T  74853 aactaaaactactatcgtcagattcaagagcacaaggtaaaagaagtgttgaaaaggatgagtaatggcaagacagttgggtcagacaacataccta 74757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0171 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0171
Description:

Target: scaffold0171; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 350 - 467
Target Start/End: Original strand, 5568 - 5685
Alignment:
Q  350 atgcctgggaggtcgactatggaagtgaactacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttcacttatt 449  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||| ||  | |||||||  ||| |||| ||||||||||   || ||||||||| | | ||| |||||||||| |||||    
T  5568 atgcatgggaggtcgaatatcgaagcgatttccttacttaaacgtgtgatggagcgatatttgactgataaaaaacaatcgcacttagttttcatttatt 5667  T
Q  450 tggggaaggcgtatgata 467  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  5668 tggagaaggcgtatgata 5685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 380 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 25340 - 25277
Alignment:
Q  380 tacttacttcgacgcgtgagggagcgatatcgaacagataaaaaagacttgcaattagttttca 443  Q
    ||||||||||||||  |||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  25340 tacttacttcgacgtttgatagagtgatatcaaacagataaaaaagacttgcacctagttttca 25277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0140 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0140
Description:

Target: scaffold0140; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 296 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 15001 - 14931
Alignment:
Q  296 attgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttatgcctgggaggtcgac 366  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| |||   |||| | ||||||||||||| || ||||||||||    
T  15001 attgagcgaagactaataaaagagactcatattatcaataattaatttggttttatgtctaggaggtcgac 14931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 208 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 20608 - 20494
Alignment:
Q  208 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||  ||||||||  | || |||||| |||| |||||||||  ||| || ||||| || |||    
T  20608 ttataagaacaaagaggatatacaaaattgtgcaaattataaaggaattaaaattattagtcatgccataaagttatggacaagagtgattgaacggaga 20509  T
Q  308 ctaagaaaatagact 322  Q
    ||| | |||||||||    
T  20508 ctagggaaatagact 20494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University