View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5529-Insertion-1 (Length: 1100)

Name: NF5529-Insertion-1
Description: NF5529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5529-Insertion-1
NF5529-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-1013)||(34436914-34437910)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (53-293)||(30666875-30667115)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1013
Target Start/End: Original strand, 34436914 - 34437910
Alignment:
Q  18 gcccaccaccaaaagaaaaatgttaagtatatctctcacttactgtctaagtccggtactaatgtactcataagaactcatgactgcataatgagttcca 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34436914 gcccaccaccaaaagaaaaaagttaagtatatctc--acttactgtctaagtccagtactaatgtactcataagaactcatgactgcataatgagttcca 34437011  T
Q  118 gaatcttgtggtgcttggaaaactgtatcaaccatacccttccctcttgtgatgtcttgttgatcatctgaagtatcataggccaaacctctccatttgt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34437012 gaatcttgtggtgcttggaaaactgtatcaaccatacccttccctcttgtgatgtcttgttgatcatctgaagtatcataggccaaacctctccatctgt 34437111  T
Q  218 ctttgtcagtttgcttgctttcatcaatctcagcagcaacaattttgaatcttccagatgaaacctttgtgtttggtaacctcgaggtaactttctttaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437112 ctttgtcagtttgcttgctttcattaatctcagcagcaacaattttgaatcttccagatgaaacctttgtgtttggtaacctcgaggtaactttctttaa 34437211  T
Q  318 gctggttccaaagaatgatgaatttggaactgaagctactgctccagagctattcaaactcaactgcaatatcacagtattatcctatgagtcacatcgg 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437212 gctggttccaaagaatgatgaacttggaactgaagctactgctccagagctattcaaactcaactgcaatatcacagtattatcctatgagtcacatcgg 34437311  T
Q  418 acatgacactaatacgtagacattggtaatcatttaagaaaattaaattattgaatgtaagtcaacacatgtgtcggtagcatgctggtgtatgagacaa 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34437312 acatgacactaatacgtagacattggtaatcatttaagaaaattaaattattgaatgtaagtcaacacatgtgtcggtagcatgttggtgtatgagacaa 34437411  T
Q  518 atacatgttagacactagacacgactttaatctaaagtatcagttctacttaggaattagccactcttttgtactatttatactatctgaaagtttactc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437412 atacatgttagacactagacac-------------agtatcagttctacttaggaattagccactcttttgtactatttatactatctgaaagtttactc 34437498  T
Q  618 aaatgctatagacatgcaatccagaccatcatactatatttataaatcaaagtaccagggattgtgccgctagattagtcggtccttgcccgataccaat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437499 aaatgctatagacatgcaatccagaccatcatactatatttataaatcaaagtaccagggattgttccgctagattagtcggtccttgcccgataccaat 34437598  T
Q  718 taataagtcaactgagatgtacgatcttaataggacggtctagattgtttgattggaannnnnnnngactgtagagaatcca-----------aaattcc 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||           |||||||    
T  34437599 taataagtcaactgagatgtacgatcttaataggtcggtctagattgtttgattggaattttttttgaccgtagagaatccaaatccaaatccaaattcc 34437698  T
Q  807 aaacatttaaaatcattatttgatatacaattgtaacattacacttataaagtaatgatttatcaa----gtatgtannnnnnnnnnnnnatatat---- 898  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||              ||||||        
T  34437699 aaacattt-aaatcattatttgatatacaattgtaacattacacttataaagtaatgatttatcaagtctgtatgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatat 34437797  T
Q  899 --atatgatttataaaattacacaagaacaagaataattg-atagtaggtagggtaaggcaacataactggtgttccaactgaacagcttctaacagctg 995  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  34437798 atatatgatttataaaattacacaagaacaagaataattgaaaagtaggta-ggtaaagcaacat-actggtgttcc-actg-acagc-tctaacagctg 34437892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 53 - 293
Target Start/End: Original strand, 30666875 - 30667115
Alignment:
Q  53 tcacttactgtctaagtccggtactaatgtactcataagaactcatgactgcataatgagttccagaatcttgtggtgcttggaaaactgtatcaaccat 152  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30666875 tcactcactgtttaagtccagtactaaggtactcataagaactcatgactgcataatgagttccagtatcttgtggtgcttggaaaactgaatcaaccat 30666974  T
Q  153 acccttccctcttgtgatgtcttgttgatcatctgaagtatcataggccaaacctctccatttgtctttgtcagtttgcttgctttcatcaatctcagca 252  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||  ||| || || || |  ||||| |||||   |    
T  30666975 accctttcctcttgtgatgtcttgttggtcatctgatatatcataggccaaacccctccatctgtctccgtcggtctgtttaccctcatcgatctcttta 30667074  T
Q  253 gcaacaattttgaatcttccagatgaaacctttgtgtttgg 293  Q
    |||| || |||||| ||||| || ||||| |||||||||||    
T  30667075 gcaaaaactttgaagcttcctgaggaaacttttgtgtttgg 30667115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University