View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5541-Insertion-2 (Length: 1135)

Name: NF5541-Insertion-2
Description: NF5541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5541-Insertion-2
NF5541-Insertion-2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-985)||(50439162-50440167)
chr1 (461-585)||(39559320-39559444)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 985
Target Start/End: Complemental strand, 50440167 - 50439162
Alignment:
Q  8 aaatatatcccctaattaccaattttgataatactattctggttggttggatatttcttgtttgtttttatgcaaatggaaatgaatggaagtnnnnnnn 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||           
T  50440167 aaatatatcccctaattaccaattttgataatactattctggttggttggatatttcttgtttgtttttatgcaaatggaaatgaatgtaagtggggagg 50440068  T
Q  108 tccctaatcatatgctatccaaagatgtctgcaccaaaatctgctatcaagcccctatccatgaggctgtattcagatttttcaaacttaagtgcgtctg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||    
T  50440067 tccctaatcatatgctatccaaagatgtctgcaccaaaatctgctatcaagcccctatccatgaggct-----------tttcaaacttaagtgcgtctg 50439979  T
Q  208 ttggtgggaaatttttctctcaattcggtatactcttttctcacggataaaaatcctcattgaga-----aatgattccaacttgtttaaactggtctaa 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50439978 ttggtgggaaatttttctctcaattcggtatactcttttctcacggataaaaatcctcattgagagaaataatgattccaacttgtttaaactggtctaa 50439879  T
Q  303 aagtggaatgaacttgataggatccacttttttctttagaaagttttccatggtagattgatgagcaatgatcgatgagaaatataaattcaatttgact 402  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50439878 aagtggaatgaacctgataggatccatttttttctttagaaagttttccatggtagattgatgaccaatgatcgatgagaaatataaattcaatttgact 50439779  T
Q  403 gctgaccacaaccgtcctagttgccactaggatcctgaatctaatatgcgcatcttgcgagattgtgatgaagcaataaaattttggtccccaatcatca 502  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50439778 gctgaccacaaccatcctagttgccactaggatcccgaatctaatatgcgcatcttgcgagattgtgatgaagctataaaattttggtccccaatcatca 50439679  T
Q  503 gaccatattattgggcgaaattctttagtctaggtttcatgccttggcttgaatggaaccttggtaacgatgatattggaaattttttagctttgtagaa 602  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50439678 aaccatattattgggcgaaattctttagtctaggtttcatgccttggcttgaatggaaccttggtgacgatgatattggaaattttttagctttgtagaa 50439579  T
Q  603 ggatcataatgaactgttttatttcatcaatattccattctatgtggaggtctaattgaccatattgccaacaaagtgaaaatggagagttctagcacca 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50439578 ggatcataatgaactgttttatttcatcaatattccattctatgtgggggtctacttatccatattgccaacaaagtgaaaatggagagttctagcacca 50439479  T
Q  703 ccatccatatcaaatgggaatcccaaccaagtttaatgtagatgaagctcatagaaaaatgaatggcttttcagcttgtggagatttgcttagagactac 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50439478 ccatccatatcaaatgggaatcccaaccaagtttaatgtagatgaagctcatagaaaaatgaatggcttttcagcttgtggagatttgcttagagactac 50439379  T
Q  803 caatgtagtct-------------tattgtaatcttgctcgc-aaccattctcagtgtgctgagatgtaaagtttagttcatgccatgtgtattgctcgc 888  Q
    |||||||||||             |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  50439378 caatgtagtcttatacagggtttctattgtaatcttgctcgcaaaccattctcagtgtgctgagatgtaaagtttagttcatgccatgtgtattgctcac 50439279  T
Q  889 aatcttcaccttg-------------------agattctaccctaattgcaactg-ttttaatcaatcaacctcaatctcttatctcaaatctytcttga 968  Q
    |||||||||||||                   ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  50439278 aatcttcaccttgatcatgtcgttttttagacagattctactctaattgcaactgtttttaatcaatcagcctcaatctcttatctcaaatttctcttga 50439179  T
Q  969 aagatgttcttaatgtc 985  Q
    |||||||||||||||||    
T  50439178 aagatgttcttaatgtc 50439162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 461 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 39559444 - 39559320
Alignment:
Q  461 gagattgtgatgaagcaataaaattttggtccccaatcatcagaccatattattgggcgaaattctttagtctaggtttcatgccttggcttgaatggaa 560  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||| || | |||||||| || | ||||||| || |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39559444 gagattgtgatgaggcgatataattttgatctctaatcatcaaactagattattgagctaaattctttagcataggtctcatgccttggcttgaatggaa 39559345  T
Q  561 ccttggtaacgatgatattggaaat 585  Q
    |||| | ||||| ||||||||||||    
T  39559344 ccttagcaacgaagatattggaaat 39559320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University