View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5541-Insertion-3 (Length: 918)

Name: NF5541-Insertion-3
Description: NF5541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5541-Insertion-3
NF5541-Insertion-3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-913)||(9451571-9452475)
chr2 (157-692)||(9440567-9441101)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 865; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 865; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 9452475 - 9451571
Alignment:
Q  8 ttaaagttgttaagtaaaaggacatgaattttataacttacacaccttagatattttctcatctattctcatgaatatgcacaatccttgattttatnnn 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  9452475 ttaaagttgttaagtaaaaggacatgaattttataacttacacaccttagatattt-ctcatccattctcatgaatatgcacaatccttgattttataaa 9452377  T
Q  108 nnnnttacacatcattattaaggaatagttaataatattacctgttttcgtgtcatacagtttcaaccaggagcatgcttggcagcaggaaagaatatcc 207  Q
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9452376 aaaattacacatcattattaaggaatatttaataatattacctgttttcgtgtcatacagtttcaaccaggagcatgcttggcagcaggaaagaatatcc 9452277  T
Q  208 gaggcatgtgtcgtgcacaaaaacgtgtatggttttcccaaggttgtccaagcagaattggaatccttgcagttgtaatccttggactatacatcatagc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9452276 gaggcatgtgtcgtgcacaaaaacgtgtatggttttcccaaggttgtccaagcagaattggaatccttgcagttgtaatccttggactatacatcatagc 9452177  T
Q  308 atatgctcctggaattggaacagtgccttgggttctaaactcggagatttatccattgcggttcagaggaataggtggaggtatagcagcagttttcaac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9452176 atatgctcctggaattggaacagtgccttgggttctaaactcggagatttatccattgcggttcagaggaataggtggaggtatagcagcagttttcaac 9452077  T
Q  408 tggtgtgctaatctaattgtgagtgagtcattcttgagcatgataaaggctctaggaactaccggaacattcctcctctttgcagggttctctttgattg 507  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9452076 tggtgtgccaatctaattgtgagtgagtcattcttgagcatgataaaggctctaggaactaccggaacattcctcctctttgcagggttctctttgattg 9451977  T
Q  508 gccttgtagccatttatttgttagtgcctgaaaccaaaggccttcagtttgaggaggttgagaaattgcttcaaaaagggtttagacctttcccatttaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9451976 gccttgtagccatttatttgttagtgcctgaaaccaaaggccttcagtttgaggaggttgagaaattgcttcaaaaagggtttagacctttcccatttaa 9451877  T
Q  608 caagaaaaaggatgacgacaaagggaaggagaaagtgcaagagatggcttgactgttatgtcattttgttcaacacaaaacttgttgtgtttggattaac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9451876 caagaaaaaggatgacgacaaagggaaggagaaagtgcaagagatggcttgactgttatgtcattttgttcaacacaaaacttgttgtgtttggattaac 9451777  T
Q  708 cgtagaaatatgttataataaatatcaactatgtataaatcatttcaattttcgcagaagttgcatattgtatacataaaagcatatttgtatacaatgt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9451776 cgtagaaatatgttataataaatatcaactatgtataaatcatttcaattttcgcagaagttgcatattgtatacataaaagcatatttgtatacaatgt 9451677  T
Q  808 tgtataaatgatttcaattgtcacaaaacttgttttgtttggattaactgtaatagaaatctggaggatataaaccaaactaaataaaaatacactgtta 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9451676 tgtataaatgatttcaattgtcacaaaacttgttttgtttggattaactgtaatagaaatctggaggatataaaccaaactaaataaaaatacactgtta 9451577  T
Q  908 gttttt 913  Q
    ||||||    
T  9451576 gttttt 9451571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 157 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 9441101 - 9440567
Alignment:
Q  157 gtgtcatacagtttcaaccaggagcatgcttggcagcaggaaagaatatccgaggcatgtgtcgtgcacaaaaacgtgtatggttttcccaaggttgtcc 256  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||    
T  9441101 gtgtcatacagtttcttccaggagcatgtttggcagcagaaaagaatatccgaggcatgtgttgtgcacaaaattgcgtatggttttctcaaggttgtcc 9441002  T
Q  257 aagcagaattggaatccttgcagttgtaatccttggactatacatcatagcatatgctcctggaattggaacagtgccttgggttctaaactcggagatt 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441001 aagcagaattggaatccttgcagttgtaatccttggactatacataatatcatatgctcctggaatcggaacagtgccttgggttctaaactcggagatt 9440902  T
Q  357 tatccattgcggttcagaggaataggtggaggtatagcagcagttttcaactggtgtgctaatctaattgtgagtgagtcattcttgagcatgataaagg 456  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9440901 tatcctttaaggttcagaggaataggtggaggtatagcagcagttttcaactggtgtgctaatgtaattatgagtgagtcattcttaagcatgataaaga 9440802  T
Q  457 ctctaggaactaccggaacattcctcctctttgcagggttctctttgattggccttgtagccatttatttgttagtgcctgaaaccaaaggccttcagtt 556  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9440801 ctctaggaactactggaacattcctcacctttgcagggttctctttgattggatttgtagccatttatttgttggtgcctgaaaccaaaggtcttcagtt 9440702  T
Q  557 tgaggaggttgagaaattgcttcaaaaagggtttagacctttcccatttaacaagaaaaaggatgacgacaaagggaaggagaaagtgcaagagatggct 656  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || | || |||    
T  9440701 tgaggaggttgagaaattgcttcagaaagggtttagacctttcccatttaacaagaaaaaggatgatgacaaagggaaggaggaagtgaaacacatagct 9440602  T
Q  657 tgactgttatgtcattttgttcaacacaaaacttgt 692  Q
    ||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  9440601 tgattgttatgtc-ttttgttcaagacacaacttgt 9440567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University