View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5542_low_1 (Length: 525)

Name: NF5542_low_1
Description: NF5542
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5542_low_1
NF5542_low_1
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (10-508)||(1606126-1606624)
chr3 (10-508)||(1629424-1629922)
chr3 (10-508)||(10820776-10821274)
chr3 (17-508)||(1623255-1623746)
chr3 (305-366)||(2576071-2576132)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-508)||(18780942-18781440)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (43-486)||(12802541-12802984)
chr4 (293-367)||(8767056-8767130)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Original strand, 1606126 - 1606624
Alignment:
Q  10 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1606126 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacccagggggcttactaaagtgtccatgaaagtt 1606225  T
Q  110 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 209  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1606226 ttcatcaccataactcttgaatattgttgccaaggcctgcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccctaatttgac 1606325  T
Q  210 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606326 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 1606425  T
Q  310 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606426 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 1606525  T
Q  410 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606526 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccactgcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 1606624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Original strand, 1629424 - 1629922
Alignment:
Q  10 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1629424 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacctagggggctcactaaagtgtccataaaagtt 1629523  T
Q  110 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 209  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  1629524 ttcatcaccattactcttgaatattgttgccaaggtctgcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggttttagatctgatgcagccctaatttgac 1629623  T
Q  210 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1629624 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggcagtgatcatgtttgcttggccatctaaaggctttcttgcgaaaatgtt 1629723  T
Q  310 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 409  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629724 acaattttggaataccactgcggcgttgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 1629823  T
Q  410 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629824 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggacgctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 1629922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 10821274 - 10820776
Alignment:
Q  10 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  10821274 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacctagggggctgactaaagtgtccataaaagtt 10821175  T
Q  110 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 209  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10821174 ttcatcaccataactcttgaatattgttgccaaggtcttcctaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccctaatttgac 10821075  T
Q  210 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10821074 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatggatcacctcgaccttgggcagtgatcatgttagcttggccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 10820975  T
Q  310 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 409  Q
     ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  10820974 gcaattttggaataccactgcagcgttgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtctgtaaaattgacgttgtgcatgagccatgagg 10820875  T
Q  410 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 508  Q
    |||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820874 gtgtcttggtaacccgatattgtacaccggtagaagacggagagatcagaggctgatcggagcgccactgcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 10820776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 508
Target Start/End: Original strand, 1623255 - 1623746
Alignment:
Q  17 tcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagttttcatca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1623255 tcatactctccataatacaatgtatcttgagcaaaatctgtgtcaccccatggagaccaacctagggggctcactaaagtgtccataaaagttttcatca 1623354  T
Q  117 ccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgacaattgtg 216  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1623355 ccataactcttgagaattgttgccaaggccttcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccctaatttgacaattgtg 1623454  T
Q  217 gaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgttacaattt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  1623455 gaatgaaattccagtgttttggaatgggtcaccacgaccttgggctgtgatcatgttagcttggccatccaaaggctttcttgcgaaaatgttacagttt 1623554  T
Q  317 tggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcagagtgtctt 416  Q
    ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1623555 tggaatactactgcagcgttgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcggtagaattgacgttgtgcatgagccatcagagtgtctt 1623654  T
Q  417 gataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 508  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||    
T  1623655 gatagcccgatatagcacaccgatagaagacagagagatcggaggctgatcggagcgccacagcttggcctttgtgaggaccagcagtattt 1623746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 305 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 2576132 - 2576071
Alignment:
Q  305 atgttacaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagat 366  Q
    |||||||||||||||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  2576132 atgttacaattttggaaaactacagctgcgttgccgaaaatgaagtcgacggtgccatagat 2576071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Original strand, 18780942 - 18781440
Alignment:
Q  10 ataattctcatactctccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagtt 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18780942 ataattctcatactcgccataatacaatgtgtcttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaacctagggggctcactaaagtgtccataaaagtt 18781041  T
Q  110 ttcatcaccataactctcgaatattgttgccaaggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgac 209  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18781042 ttcatcaccataactcttgaatattgttgccaaggcctgcccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatctgatgcagccataatttgac 18781141  T
Q  210 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgtt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18781142 aattgtggaatgaaattccagtgttttggaatgggtcacctcgaccttgggccgtgatcatgtttgcttggccatctaaaggctttcttgcgaaaatgtt 18781241  T
Q  310 acaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcaga 409  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||     
T  18781242 acaattttggaacactactgcggcgttgccaaagataaagtcgacggtgccatagatgaagcattgtctgtaaaattgacgttgcgcatgggccataagg 18781341  T
Q  410 gtgtcttgataacctgatatggcacaccgatagaaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacccttgtgtggaccggcggtattt 508  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||||| || ||||||    
T  18781342 gtgtcttggtagcccgatatagcacaccgatagaagacagagagatcggaggctgatcggagcgccacagcttgacctttatgaggaccagcagtattt 18781440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 43 - 486
Target Start/End: Original strand, 12802541 - 12802984
Alignment:
Q  43 ttgagcaaaatcagtgtcaccccatggagaccaaccaagggggctcactaaagtgtccatgaaagttttcatcaccataactctcgaatattgttgccaa 142  Q
    ||||||||||| |||  | ||||||||||||||||| |  || || || ||| | |||||||| | |||||| |||| |||||| || |||  ||||||     
T  12802541 ttgagcaaaattagtacctccccatggagaccaacccattggactgaccaaattatccatgaatgatttcatgaccacaactctagagtatctttgccag 12802640  T
Q  143 ggcctacccaagaaggttttgtacttgtcaacaacaggctttagatccgatgcagccctaatttgacaattgtggaatgaaattccagtgttttggaatg 242  Q
    ||||  ||||||||||| ||| | ||  | ||||| ||||| | ||| |  || |||||||| ||| | ||||| |  ||||||||||||||||| ||||    
T  12802641 ggccggcccaagaaggtgttgaatttcccgacaacgggcttgaaatctggcgcggccctaatctgagagttgtgaatcgaaattccagtgttttgaaatg 12802740  T
Q  243 ggtcacctcgaccttgggctgtgatcatgttagcttgaccatctaaaggttttcttgcgaaaatgttacaattttggaaaaccactgcggcattgccaaa 342  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||||||  ||||  | | |||  | || ||||||||||| || || || ||||||||    
T  12802741 ggtcatcacgaccttgggccgtgatcatgtttgcttggccgtttaaaggccttctaacaagaatcatgcagttttggaaaactacggctgcgttgccaaa 12802840  T
Q  343 gatgaagtctacggtgccatagatgaagcattgtcgataaaattgacgttgtgcatgagccatcagagtgtcttgataacctgatatggcacaccgatag 442  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||  ||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||| || |||   | || ||| || |||    
T  12802841 gatgaagtcaacggtgccatagatgtaacattctctgtaaaattgacgttgtgcgtgaaccatgagggtgtcttggtagcctttaaaggaacaacggtag 12802940  T
Q  443 aaaactgagagatcggaggctgatcttagcgccacagcttgacc 486  Q
    || || || || || ||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  12802941 aagacagataggtcagaggctgatcgaagcgccactgcttgacc 12802984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 8767130 - 8767056
Alignment:
Q  293 tttcttgcgaaaatgttacaattttggaaaaccactgcggcattgccaaagatgaagtctacggtgccatagatg 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  8767130 tttcttgcgaaaatgttacaattttgcaaaactaccgcggcgttaccaaagatgaaatcaactgtgccatagatg 8767056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University